| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP006584 | 194,161 | A→G | M42V (ATG→GTG) | LY180_00835 → | 1‑deoxy‑D‑xylulose 5‑phosphate reductoisomerase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP006584 | 194,161 | 0 | A | G | 98.4% | 211.3 / ‑4.4 | 63 | M42V (ATG→GTG) | LY180_00835 | 1‑deoxy‑D‑xylulose 5‑phosphate reductoisomerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base G (34/27); total (36/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.99e-01 | |||||||||||
CAGAAACTGACTGATGCTGCAATCAAGAAAATTGAAGCGGCGCTGGCAGACAAAGAAGCAGAACTGATGCAGTTCTGATTTCTTGAACGACAAAAACGCCGCTCAGTAGATCCTTGCGGATCGGCTGGCGGCGTTTTGCTTTTTATTCTGTCTCAACTCTGGATGTTTCATGAAGCAACTCACCATTCTGGGCTCGACCGGCTCGATTGGTTGCAGCACGCTGGACGTGGTG‑CGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAA‑TGTCACTCGCATGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTATGCCGTAATGGACGATGAAGCGAGTGCGAAACTTCTTAAAACGATGCTACAGCAACAGGGTAGCCGCACCGAAGTCTTAAGTGGGCAACAAGCCGCTTGCGATATGGCAGCGCTTGAGGATGTTGATCAGGTGATGGCAGCCATTGTTGGCGCTGCTGGGCTGTTACCTACGCTTGCTGCGATCCGCGCGGGTAAAACCATTTTGCTGGCCAATAAAGAATCACTGGTTACCTGCGGACGTCTGTTTATGGACGCCG > CP006584/193869‑194452 | aggAAACTGACTGATGGTGCAATGAAGAAAATTGAGGGGGCTCTTGCAGAAAAAGAAGCAGAACTGAGGCAGTTCGGATTTCTGGAACGACAAAAACGCCGCTCAGTAGATCCTTGCGGATCGGCTGGCGGCGTTTTGCTTTTTATTCTGTCTCAACTCGGGATGTTTCATGAAGCAACTCACCATTCTGGGCTCGACCGGCTCGATTGGTTGCAGCACGCTGGACGTGGTG‑CGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAA‑TGTCACTCGCGTGGTa < 2:539399/296‑1 (MQ=255) 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cTGGACGTGGTG‑CGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAA‑TGTCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTATGCCGTAATGGACGATGAAGCGAGTGCGAAACTTCTTAAAACGATGCTACAGCAACAGGGTAGCCGCACCGAAGTCTTAAGTGGGCAACAAGCCGCTTGCGATATGGCAGCGCTTGAGGATGTTGATCAGGTGATGGCAGCCATTGTTGGCGCTGCTGGGCTGTTACCTACGCTTGCTGCGATCCGCGCgg < 1:494620/298‑1 (MQ=255) ttgtg‑CGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAA‑TGTCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTATGCCGTCATGGACGATGAAGCGAGTGCGCAACTTCTTAAAACGATGCTACAGCAACAGGGTAGCCGCACCGAAGCCTTAAGTGGGCAACAAGCCGCTTGCGATGTGACAGCCATTGGGGATGTTGATCCGGACATGCCACCCATTGGTGCCGCTGCTGGCCGTTGACCTCCGCTTTCCGCGCCCCGCTCGGGTAAAAc > 2:41594/3‑298 (MQ=255) gttgggcATAATCCCCAGAACTTCCGCGGAGGTGCGCTGGGGGGAGGCAAAAA‑TGGCGCTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGCTTTCTCTCCACGTTATGCCGTAATGGACGATGAAGCGAGTGCGAAACTTCGTAAAACGATGCTACAGCAAAAGGGTAGGCGAACCGAAGGCGTAAGTGGGCAACAAGCCGCTTGCGATATGGCAGCGCTTGAGGAGGTGGATCAGGTGATGGCAGCCATTGTTGGCGCTGCTGGGCTGTTACCTACGCTTGCTGCGATCCGCGCGGGTAAAACCa < 2:643381/292‑1 (MQ=255) 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gTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAA‑TGTCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTATGCCGTAATGGACGATGAAGCGAGTGCGAAACTTCTTAAAACGATGCTACAGCAACAGGGTAGCCGCACCGAAGTCTTAAGTGGGCAACAAGCCGCTTGCGATATGGCAGCGCTTGAGGATGTTGATCAGGTGATGGCAGCCATTGTTGGCGCTGCTGGGCTGTTACCTACGCTTGCTGCGATCCGCGCGGGTAAACCCATTTTGCTGGCCAATAAAGAATCACTGGTTa > 1:15578/1‑298 (MQ=255) tggCAGGCAAAAA‑TGTCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTATGCCGTAATGGACGATGAAGCGAGTGCGAAACTTCTTAAAACGATGCTACAGCAACAGGGTAGCCGCACCGAAGTCTTAAGTGGGCAACAAGCCGCTTGCGATATGGCAGCGCTTGAGGATGTTGATCAGGTGATGGCAGCCATTGTTGGCGCTGCTGGGCTGTTACCTACGCTtgct < 1:564905/236‑1 (MQ=255) tggCAGGCAAAAA‑TGTCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTATGCCGTAATGGACGATGAAGCGAGTGCGAAACTTCTTAAAACGATGCTACAGCAACAGGGTAGCCGCACCGAAGTCTTAAGTGGGCAACAAGCCGCTTGCGATATGGCAGCGCTTGAGGATGTTGATCAGGTGATGGCAGCCATTGTTGGCGCTGCTGGGCTGTTACCTACGCTtgct > 2:564905/1‑236 (MQ=255) 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gTCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTATGCCGTAATGGACGATGAAGCGAGTGCGAAACTTCTTAAAACGATGCTACAGCAACAGGGTAGCCGCACCGAAGTCTTAAGTGGGCAACAAGCCGCTTGCGATATGGCAGCGCTTGAGGATGTTGATCAGGTGATGGCAGCCATTGTTGGCGCTGCTGGGCTGTTACCTACGCTTGCTGCGATCCGCGCGGGTAAAACCATTTTGCTGGCCAATAAAGAATCACTGGTTACCTGCGGACGTCTGTTTATGGACg > 1:147128/1‑298 (MQ=255) aCTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTATGCCGTAATGGACGATGAAGCGAGTGCGAAACTTCTTAAAACGATGCTACAGCAACAGGGTAGCCGCACCGAAGTCTTAAGTGGGCAACAAGCCGCTTGCGATATGGCAGCGCTTGAGGATGTTGATCAGGTGATGGCAGCCATTGTTGGCGCTGCTGGGCTGTTACCTACGCTTGCTGCGATCCGCGCGGGTAAAACCATTTTGCTGGCCAATAAAGAATCACTGGTTACCTGCGGACGTCTGTTTATGGACGCCg > 1:205519/1‑298 (MQ=255) | CAGAAACTGACTGATGCTGCAATCAAGAAAATTGAAGCGGCGCTGGCAGACAAAGAAGCAGAACTGATGCAGTTCTGATTTCTTGAACGACAAAAACGCCGCTCAGTAGATCCTTGCGGATCGGCTGGCGGCGTTTTGCTTTTTATTCTGTCTCAACTCTGGATGTTTCATGAAGCAACTCACCATTCTGGGCTCGACCGGCTCGATTGGTTGCAGCACGCTGGACGTGGTG‑CGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAA‑TGTCACTCGCATGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTATGCCGTAATGGACGATGAAGCGAGTGCGAAACTTCTTAAAACGATGCTACAGCAACAGGGTAGCCGCACCGAAGTCTTAAGTGGGCAACAAGCCGCTTGCGATATGGCAGCGCTTGAGGATGTTGATCAGGTGATGGCAGCCATTGTTGGCGCTGCTGGGCTGTTACCTACGCTTGCTGCGATCCGCGCGGGTAAAACCATTTTGCTGGCCAATAAAGAATCACTGGTTACCTGCGGACGTCTGTTTATGGACGCCG > CP006584/193869‑194452 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |