Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP006584 | 2,506,026 | T→C | intergenic (‑1383/‑130) | LY180_11895 ← / → LY180_11905 | hypothetical protein/phosphate acetyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP006584 | 2,506,026 | 0 | T | C | 97.7% | 150.0 / NA | 43 | intergenic (‑1383/‑130) | LY180_11895/LY180_11905 | hypothetical protein/phosphate acetyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (22/20); minor base A (1/0); total (23/20) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GACAACTACGCGACGAAAGAAGACGCGAAGCGCGCAATGGACGTTTACTGCCACCGCCTGGCGAAATACATCGGTGCCTACACTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCGATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCAAACTGGGCGTGCTGGGCTTTGAAGTTGATCATGAACGCAACCTGGCTGCAC‑GTTTCGGCAAATCTGGTTTCATCAACAAAGAAGGTACCCGTCCTGCGGTGGTTATCCCAACCAACGAAGAACTGGTTATCGCGCAAGACGCGAGCCGCCTGACTGCCTGATTTCACACCGCCAGCTCAGCTGGCGGTGCTGTTTTGTAACCCGCCAAATCGGCGGTAACGAAAGAGGATAAACCGTGTCCCGTATTATTATGCTGATCCCTACCGGAACCAGCGTCGGTCTGACCAGCGTCAGCCTTGGCGTGATCCGTGCAATGGAACGCAAAGGCGTTCGTCTGAGCGTTTTCAAACCTATCGCTCAGCCGCGTACCGGTGG > CP006584/2505749‑2506295 | gACAACTACGCGACGAAAGAAGACGCGAAGCGCGCAATGGACGTTTACTGCCACCGCCTGGCGAAATGCATCGGTGCCTACACTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCGATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCAAACTGGGCGTGCTGGGCTTTGAAGTTGATCATGAACGCAACCTGGCTGCAC‑GTTTCGGCAAATCTGGTTTCATCAACAAAGAAGGTACCCGTCCTGCGGTGGTTACCCCAACCAACGAAGAACTgg > 1:516546/1‑298 (MQ=255) agaagaCGCGAAGCGCGCAATGGACGTTTACTGCCACCGCCTGGCGAAATGCATCGGTGCCTACACTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCGATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCAAACTGGGCGTGCTGGGCTTTGAAGTTGATCATGAACGCAACCTGGCTGCAC‑GTTTCGGCAAATCTGGTTTCATCAACAAAGAAGGTACCCGTCCTGCGGTGGTTACCCCAACCAACGAAGAACTGGTTATCGCGCAAGAcgcg > 1:478069/1‑298 (MQ=255) aGCGCGCAATGGACGTTTACTGCCACCGCCTGGCGAAATGCATCGGTGCCTACACTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCGATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCAAACTGGGCGTGCTGGGCTTTGAAGTTGATCATGAACGCAACCTGGCTGCAC‑GTTTCGGCAAATCTGGTTTCATCAACAAAGAAGGTACCCGTCCTGCGGTGGTTACCCCAACCAACGAAGAACTGGTTATCGCGCAAGACGCGAGCCGCCTGAc < 1:268891/298‑1 (MQ=255) gcAATGGACGTTTACTGCCACCGCCTGGCGAAATGCATCGGTGCCTACACTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCGATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCAAACTGGGCGTGCTGGGCTTTGAAGTTGATCATGAACGCAACCTGGCTGCAC‑GTTTCGGCAAATCTGGTTTCATCAACAAAGAAGGTACCCGTCCTGCGGTGGTTACCCCAACCAACGAAGAACTGGTTATCGCGCAAGACGCGAGCCGCCTGACTGCCt > 1:238872/1‑298 (MQ=255) 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aCCGCCTGGCGAAATGCATCGGTGCCTACACTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCGATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCAAACTGGGCGTGCTGGGCTTTGAAGTTGATCATGAACGCAACCTGGCTGCAC‑GTTTCGGCAAATCTGGTTTCATCAACAAAGAAGGTACCCGTCCTGCGGTGGTTACCCCAACCAACGAAGAACTGGTTATCGCGCAAGACGCGAGCCGCCTGACTGCCTGATTTCACACCGCcagctc > 1:363962/1‑298 (MQ=255) atgcATCGGTGCCTACACTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCGATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCAAACTGGGCGTGCTGGGCTTTGAAGTTGATCATGAACGCAACCTGGCTGCAC‑GTTTCGGCAAATCTGGTTTCATCAACAAAGAAGGTACCCGTCCTGCGGTGGTTACCCCAACCAACGAAGAACTGGTTATCGCGCAAGACGCGAGCCGCCTGACTGCCTGATTTCACACCGCCAGCTCAGCTGGCGGTGCt > 1:80834/4‑298 (MQ=255) gcATCGGTGCCTACACTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCGATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCAAACTGGGCGTGCTGGGCTTTGAAGTTGATCATGAACGCAACCTGGCTGCAC‑GTTTCGGCAAATCTGGTTTCATCAACAAAGAAGGTACCCGTCCTGCGGTGGTTACCCCAACCAACGAAGAACTGGTTATCGCGCAAGACGCGAGCCGCCTGACTGCCTGATTTCACACCGCCAGCTCAGCTGGCGGTGCTGt > 1:193833/2‑298 (MQ=255) cTACACTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCGATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCAAACTGGGCGTGCTGGGCTTTGAAGTTGATCATGAACGCAACCTGGCTGCAC‑GTTTCGGCAAATCTGGTTTCATCAACAAAGAAGGTACCCGTCCTGCGGTGGTTACCCCAACCAACGAAGAACTGGTTATCGCGCAAGACGCGAGCCGCCTGACTGCCTGATTTCACACCGCCAGCTCAGCTGGCGGTGCTGTTTTGTAAccc > 1:30975/1‑298 (MQ=255) acacTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCGATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCAAACTGGGCGTGCTGGGCTTTGAAGTTGATCATGAACGCAACCTGGCTGCAC‑GTTTCGGCAAATCTGGTTTCATCAACAAAGAAGGTACCCGTCCTGCGGTGGTTACCCCAACCAACGAAGAACTGGTTATCGCGCAAGACGCGAGCCGCCTGACTGCCTGATTTCACACCGCCAGCTCAGCTGGCGGTGCTGTTTTGTAACCCGc < 1:32122/298‑1 (MQ=255) acTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCGATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCAAACTGGGCGTGCTGGGCTTTGAAGTTGATCATGAACGCAACCTGGCTGCAC‑GTTTCGGCAAATCTGGTTTCATCAACAAAGAAGGTACCCGTCCTGCGGTTGTTACCCCAACCCACGAAGAACTGGTTATCGCGCAAGACGCCAGCCGCCTGCACGCCCCATTTCCCACCGCCCGCCCAGCAGCCGGGTCTCTTTGGTAACCCCCCa > 2:125688/1‑298 (MQ=255) 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tCGGTGAAAATGCCGCGATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCAAACTGGGCGTGCTGGGCCTTGAAGTTGATCATGAACGCAACCTGGCTGCAC‑GTTTCGGCAAATCTGGTTTCATCAACAAAGAAGGTACCCGTCCTGCGGTGGTTACCCCAACCAACGAAGAACTGGTTATCGCGCAAGACGCGAGCCGCCTGACTGCCTGATTTCACACCGCCAGCTCAGCTGGCGGTGCTGTTTTGTAACCCGCCAAATCGGCGGTAACGAAAGAGGATAAACCGTGTCCCGTATTATTATGCTg > 1:2164/1‑298 (MQ=255) aTGCCGCGATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCAAACTGGGCGTGCTGGGCTTTGAAGTTGATCATGAACGCAACCTGGCTGCAC‑GTTTCGGCAAATCTGGTTTCATCAACAAAGAAGGTACCCGTCCTGCGGTGGTTACCCCAACCAACGAAGAACTGGTTATCGCGCAAGACGCGAGCCGCCTGACTGCCTGATTTCACACCGCCAGCTCAGCTGGCGGTGCTGTTTTGTAACCCGCCAAATCGGCGGTAACGAAAGAGGATAAACCGTGTCCCGTATTATTATGCTGATCCCTAcc < 1:242505/298‑1 (MQ=255) tGCCGCGATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCAAACTGGGCGTGCTGGGCTTTGAAGTTGATCATGAACGCAACCTGGCTGCAC‑GTTTCGGCAAATCTGGTTTCATCAACAAAGAAGGTACCCGTCCTGCGGTGGTTACCCCAACCAACGAAGAACTGGTTATCGCGCAAGACGCGAGCCGCCTGACTGCCTGATTTCACACCGCCAGCTCAGCTGGCGGTGCTGTTTTGTAACCCGCCAAATCGGCGGTAACGAAAGAGGATAAACCGTGTCCCGGATTATTATGCTGATCCCTACCg > 1:291942/1‑298 (MQ=255) 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GACAACTACGCGACGAAAGAAGACGCGAAGCGCGCAATGGACGTTTACTGCCACCGCCTGGCGAAATACATCGGTGCCTACACTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCGATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCAAACTGGGCGTGCTGGGCTTTGAAGTTGATCATGAACGCAACCTGGCTGCAC‑GTTTCGGCAAATCTGGTTTCATCAACAAAGAAGGTACCCGTCCTGCGGTGGTTATCCCAACCAACGAAGAACTGGTTATCGCGCAAGACGCGAGCCGCCTGACTGCCTGATTTCACACCGCCAGCTCAGCTGGCGGTGCTGTTTTGTAACCCGCCAAATCGGCGGTAACGAAAGAGGATAAACCGTGTCCCGTATTATTATGCTGATCCCTACCGGAACCAGCGTCGGTCTGACCAGCGTCAGCCTTGGCGTGATCCGTGCAATGGAACGCAAAGGCGTTCGTCTGAGCGTTTTCAAACCTATCGCTCAGCCGCGTACCGGTGG > CP006584/2505749‑2506295 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |