| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP006584 | 2385043 = | 2 (0.030) | 43 (0.710) | 41/586 | 0.6 | 95.6% | coding (718/1026 nt) | LY180_11390 | microcin C ABC transporter permease |
| ? | CP006584 | 2565085 = | NA (NA) | intergenic (+71/‑106) | LY180_12185/LY180_12190 | D‑serine dehydratase/hypothetical protein | |||||
GGATCTCGGTTCTGTTTGGCCTGATGCTGACTCTCTGTTCCAGCGTGATGGGCGTGCTGGCGGGGGCGCTACAAGGCTATTACGGCGGTAAAGTCGATCTCTGGGGACAACGCTTTATTGAAGTATGGTCGGGGATGCCGACGCTGTTTTTGATTATTTTACTTTCCAGCGTCGTACAGCCTAACTTCTGGTGGCTGCTGGCAATTACTGTCTTGTTTGGCTGGATGAGTCTGGTCGGCGTGGTGCGGGCGGAGTTTTTACGTACTCGTAATTTCGACTACATTCGTGCGGCACAGGCGCTTGGCGTCAGCGATCGCAGTATCATCCTGCGTCATATGTTGCCTAATGCCATGGTCGCGACCCTCACCTTTTTACCGTTTATTTTATGTAGTTCGATAACCACCCTGACCTCGCTCGATTTCCTCGGCTTCGGTCTACCGCTCGGTTCACCGTCACTCGGTGAACTGCTGTTACAAGGGAAAAATAACCTTCAGGCCCCGTGGCTTGGGATCACCGCCTTCTTGTCGGTGGCGATATTATTGTCTTTGCTGATCTTTATTGGTGAAGCCGTCCGCGACGCATTTGATCCTAATA > CP006584/2384747‑2385340 | ggATCTCGGTTCTGTTTGGCCTGATGCTGACTCTCTGTTCCAGCGTGATGGGCGTGCTGGCGGGGGCGCTACAAGGCTATTACGGCGGTAAAGTCGATCTCTGGGGACAACGCTTTATTGAAGTATGGTCGGGGATGCCGACGCTGTTTTTGATTATTTTACTTTCCAGCGTCGTACAGCCTAACTTCTGGTGGCTGCTGGCAATTACTGTCTTGTTTGGCTGGATGAGTCTGGTCGGCGTGGTGCGGGCGGAGTTTTTACGTACTCGTAATTTCGACTACATTCGTGCGGCACAGgcg > 1:104707/1‑299 (MQ=255) ggTTCTGTTTGGCCTGATGCTGACTCTCTGTTCCAGCGTGATGGGCGTGCTGGCGGGGGCGCTACAAGGCTATTACGGCGGTAAAGTCGATCTCTGGGGACAACGCTTTATTGAAGTATGGTCGGGGATGCCGACGCTGTTTTTGATTATTTTACTTTCCAGCGTCGTACAGCCTAACTTCTGGTGGCTGCTGGCAATTACTGTCTTGTTTGGCTGGATGAGTCTGGTCGGCGTGGTGCGGGCGGAGTTTTTACGTACTCGTAATTTCGACTACATTCGTGCGGCACAGGCGCTTGGCg > 1:236625/1‑299 (MQ=255) cTGTTTGGCCTGATGCTGACTCTCTGTTCCAGCGTGATGGGCGTGCTGGCGGGGGCGCTACAAGGCTATTACGGCGGTAAAGTCGATCTCTGGGGACAACGCTTTATTGAAGTATGGTCGGGGATGCCGACGCTGTTTTTGATTATTTTACTTTCCAGCGTCGTACAGCCTAACTTCTGGTGGCTGCTGGCAATTACTGTCTTGTTTGGCTGGATGAGTCAGGTCGGCGTGGTGCGGGCGGAGTTTTTACGTACTCGTAATTTCGACTACATTCGTGCGGCACAGGCGCTTGGCGctga > 1:286235‑M1/1‑295 (MQ=255) ccTGATGCTGACTCTCTGTTCCAGCGTGATGGGCGTGCTGGCGGGGGCGCTACAAGGCTATTACGGCGGTAAAGTCGATCTCTGGGGACAACGCTTTATTGAAGTATGGTCGGGGATGCCGACGCTGTTTTTGATTATTTTACTTTCCAGCGTCGTACAGCCTAACTTCTGGTGGCTGCTGGCAATTACTGTCTTGTTTGGCTGGATGAGTCTGGTCGGCGTGGTGCGGGCGGAGTTTTTACGTACTCGTAATTTCGACTACATTCGTGCGGCACAGGCGCTTGGCGctgatgaatccc > 1:178317‑M1/1‑287 (MQ=255) ggtttctgactgcttgttccagcggggtgGGCGGGCTGGCGGGGGCGCTACAATGCTATTACGGCGGTAAAGTCGATCTCTGGGGACAACGCTTTATTGAAGTATGGTCGGGGATGCCGACGCTGTTTTTGATTATTTTACTTTCCAGCGTCGTACAGCCTAACTTCTGGTGGCTGCTGGCAATTACTGTCTTGTTTTGCTGGATGAGTCTGGTCGGCGTGGTGCGGGCGGAGTTTTTACGTACTCGTAATTTCGACTACATTCGTGCGGCACAGGCGCTTGGCGctgatgaatcccct < 2:325857‑M1/285‑15 (MQ=255) tGCTGACTCTCTGTTCCAGCGTGATGGGCGTGCTGGCGGGGGCGCTACAAGGCTATTACGGCGGTAAAGTCGATCTCTGGGGACAACGCTTTATTGAAGTATGGTCGGGGATGCCGACGCTGTTTTTGATTATTTTACTTTCCAGCGTCGTACAGCCTAACTTCTGGTGGCTGCTGGCAATTACTGTCTTGTTTGGCTGGATGAGTCTGGTCGGCGTGGTGCGGGCGGAGTTTTTACGTACTCGTAATTTCGACTACATTCGTGCGGCACAGGCGCTTGGCGctgatgaatcccctaat < 1:229084‑M1/299‑18 (MQ=255) ctctGTTCCAGCGTGATGGGCGTGCTGGCGGGGGCGCTACAAGGCTATTACGGCGGTAAAGTCGATCTCTGGGGACAACGCTTTATTGAAGTATGGTCGGGGATGCCGACGCTGTTTTTGATTATTTTACTTTCCAGCGTCGTACAGCCTAACTTCTGGTGGCTGCTGGCAATTACTGTCTTGTTTGGCTGGATGAGTCTGGTCGGCGTGGTGCGGGCGGAGTTTTTACGTACTCGTAATTTCGACTACATTCGTGCGGCACAGGCGCTTGGCGctgatgaatcccctaatgattttgg < 1:299569‑M1/299‑26 (MQ=255) ggttggcaggttacggccaagttcggtaagagtgagagttttacagtcaagtaatgcgtggcaagccaacgttaagctgttgagtcgttttaagtgtaattcggggcagaattggtaaagagagtcgtgtaaaatatcgagttcgcacatcttgttgtctgattattgatttttcgcgaaaccatttgatcatatgacaagatgtgtatccaccttaacttaatgatttttaccaaaatcattaggggattcatcaGCGCTTGGCGTCAGCGATCGCAGTATCATCCTGCGTCATATGt > 1:498084‑M1/257‑299 (MQ=255) cAGCGTGATGGGCGTGCTGGCGGGGGCGCTACAAGGCTATTACGGCGGTAAAGTCGATCTCTGGGGACAACGCTTTATTGAAGTATGGTCGGGGATGCCGACGCTGTTTTTGATTATTTTACTTTCCAGCGTCGTACAGCCTAACTTCTGGTGGCTGCTGGCAATTACTGTCTTGTTTGGCTGGATGAGTCTGGTCGGCGTGGTGCGGGCGGAGTTTTTACGTACTCGTAATTTCGACTACATTCGTGCGGCACAGGCGCTTGGCGctgatgaatcccctaatgattttggtaaaaatc > 1:464313‑M1/1‑266 (MQ=255) gTGATGGGCGTGCTGGCGGGGGCGCTACAAGGCTATTACGGCGGTAAAGTGGATCTCTGGGGACAACGCTTTATTGAAGTATGGTCGGGGATGCCGACGCTGTTTTTGATTATTTTACTTTCCACCGTCGTACAGCCTAACTTCTGGTGGCTGCTGGCACTTACTGTCTTGTTTGGCTGGATGAGTCTGGTCGGCGTGGTGCTGGCGGCGGTTTTACATACTCGTAATTTCGCCTACATTCGTGAGGCCCAGGCGCTTGGTGccgcagaatcccctaatgactttgggaaaaatcctta > 2:289546‑M1/1‑262 (MQ=255) 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gTGCTGGCGGGGGCGCTACAAGGCTATTACGGCGGTAAAGTCGATCTCTGGGGACAACGCTTTATTGAAGTATGGTCGGGGATGCCGACGCTGTTTTTGATTATTTTACTTTCCAGCGTCGTACAGCCTAACTTCTGGTGGCTGCTGGCAATTACTGTCTTGTTTGGCTGGATGAGTCTGGTCGGCGTGGTGCGGGCGGAGTTTTTACGTACTCGTAATTTCGACTACATTCGTGCGGCACAGGCGCTTGGCGctgatgaatcccctaatgattttggtaaaaatcattaagttaaggt < 1:348675‑M1/299‑47 (MQ=255) cTGGCGGGGGCGCTACAAGGCTATTACGGCGGTAAAGTCGATCTCTGGGGACAACGCTTTATTGAAGTATGGTCGGGGATGCCGACGCTGTTTTTGATTATTTTACTTTCCAGCGTCGTACAGCCTAACTTCTGGTGGCTGCTGGCAATTACTGTCTGGTTTGGCTGGATGCGTCGGGTCGGCGTGGTGCGGGCGGAGTTTTTACGTACTCGTAATTTCGACTACATTCGTCCGGCACAGCGGCTTGGCCctgatgaaacccctaatgattttggtaaaaaccattaagtttaggttgt > 2:340711‑M1/1‑250 (MQ=255) gttcggtaagagtgagagttttacagtcaagtaatgcgtggcaagccaacgttaagctgttgagtcgttttaagtgtaattcggggcagaattggtaaagagagtcgtgtaaaatatcgagttcgcacatcttgttgtctgattattgatttttcgcgaaaccatttgatcatatgacaagatgtgtatccaccttaacttaatgatttttaccaaaatcattaggggattcatcaGCGCTTGGCGTCAGCGATCGCAGTATCATCCTGCGTCATATGTTGCCTAATGCCATGGTcgcg < 1:19070‑M1/63‑1 (MQ=255) 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ggCTATTACGGCGGTAAAGTCGATCTCTGGGGACAACGCTTTATTGAAGTATGGTCGGGGATGCCGACGCTGTTTTTGATTATTTTACTTTCCAGCGTCGTACAGCCTAACTTCTGGTGGCTGCTGGCAATTACTGTCTTGTTTGGCTGGATGAGTCTGGTCGGCGTGGTGCGGGCGGAGTTTTTACGTACTCGTAATTTCGACTACATTCGTGCGGCACAGGCGCTTGGCGctgatgaatcccctaatgattttggtaaaaatcattaagttaaggtggatacacatcttgtcatatg < 1:204151‑M1/299‑68 (MQ=255) agttttacagtcaagtaatgcgtggcaagccaacgttaagatgttgagtcgttttaagtgtaattcggggcagaattggtaaagagagtcgtgtaaaatatcgagttcgcacatcttgttgtttgattattgatttttcgcgaacccatttgatcagatgtcaagatatgtatccaccttaacttaatgatttttaccaaaataattaggggatacatcaACGCTTGGCGTCAGCGATAGAAGTATCATCCTGCGTCATATGTTGCCTAATGCACTGGTCGCGAACCTCACCTTTTTAc < 1:228108‑M1/79‑1 (MQ=255) cagtcaagtaatgcgtggcaagccaacgttaagctgttgagtcgttttaagtgtaattcggggcagaattggtaaagagagtcgtgtaaaatatcgagttcgcacatcttgttgtctgattattgatttttcgcgaaaccatttgatcatatgacaagatgtgtatccaccttaacttaatgatttttaccaaaatcattaggggattcatcaGCGCTTGGCGTCAGCGATCGCAGTATCATCCTGCGTCATATGTTGCCTAATGCCATGGTCGCGACCCTCACCTTTTTACCGtttat > 1:502859‑M1/214‑299 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |