Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP006584 | 194,161 | A→G | M42V (ATG→GTG) | LY180_00835 → | 1‑deoxy‑D‑xylulose 5‑phosphate reductoisomerase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP006584 | 194,161 | 0 | A | G | 95.4% | 217.5 / NA | 65 | M42V (ATG→GTG) | LY180_00835 | 1‑deoxy‑D‑xylulose 5‑phosphate reductoisomerase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (33/29); minor base C (3/0); total (36/29) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.47e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
GAAACTGACTGATGCTGCAATCAAGAAAATTGAAGCGGCGCTGGCAGACAAAGAAGCAGAACTGATGCAGTTCTGATTTCTTGAACGACAAAAACGCCGCTCAGTAGATCCTTGCGGATCGGCTGGCGGCGTTTTGCTTTTTATTCTGTCTCAACTCTGGATGTTTCATGAAGCAACTCACCATTCTGGGCTCGACCGGCTCGATTGGTTGCAGCACGCTGGACGTGGTGCGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAATG‑TCACTCGCATGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTATGCCGTAATGGACGATGAAGCGAGTGCGAAACTTCTTAAAACGATGCTACAGCAACAGGGTAGCCGCACCGAAGTCTTAAGTGGGCAACAAGCCGCTTGCGATATGGCAGCGCTTGAGGATGTTGATCAGGTGATGGCAGCCATTGTTGGCGCTGCTGGGCTGTTACCTACGCTTGCTGCGATCCGCGCGGGTAAAACCATTTTGCTGGCCAATAAAGAATCACTGGTTACCTGCGGACGTCTGTTTATGGACGCCGT > CP006584/193871‑194453 | gAAACTGACTGATGCTGCAATCAAGAAAATTGAAGCGGCGCTGGCAGACAAAGAAGCAGAACTTATGCAGTTCTGATTTCTTGAACGACAAAAACGCCGCTCAGTAGATACTTGCGGATCGGCTGGCGGCGTATTGCTTTTTATTCTGTCTCAACTCTGGATGTTTCATGAAGCAAATCACCATTCTGGGCTCGACCGGCTCGCTTGGTTGCAGCACGCTGGACGTGCTGCGCGCTAAGCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGAGCTGGGGGCGGGCCAAAATG‑TCCCTCGCCTCGTAGaa > 2:514563/1‑299 (MQ=255) aaCTGACTGATGCTGCAATCAAGAAAATTGAAGCGGCGCTGGCAGACAAAGAAGCAGAACTGATGCAGTTCTGATTTCTTGAACGACAAAAACGCCGCTCAGTAGATCCTTGCGGATCGGCTGGCGGCGTTTTGCTTTTTATTCTGTCTCAACTCTGGATGTTTCATGAAGCAACTCACCATTCTGGGCTCGACCGGCTCGATTGGTTGCAGCACGCTGGACGTGGTGCGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAATG‑TCACTCGCGTGGTAGAACa < 1:356750/299‑1 (MQ=255) aTGCTGCAATCAAGAAAATTGAAGCGGCGCTGGCAGACAAAGAAGCAGAACTGATGCAGTTCTGATTTCTTGAACGACAAAAACGCCGCTCAGTAGATCCTTGCGGATCGGCTGGCGGCGTTTTGCTTTTTATTCTGTCTCAACTCTGGATGTTTCATGAAGCAACTCACCATTCTGGGCTCGACCGGCTCGATTGGTTGCAGCACGCTGGACGTGGTGCGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTTGTTGCCGTGGGGGCAGGGAAAAAAG‑TCACTCGCGTGGGAGAAAAGTGCCAGGa > 2:98071/1‑299 (MQ=255) gtctgacaTCAAGGAAAGGGAGACGGGGGTGGAAGAAGAAGAAGCAGTACTGATGCGGTTGTGATTTCGTGAACGAGAAAAGAGGCGTTGAGTAGGTGCTTGCGGATCGGGTGGCGGGGTTGTGCTTTTTATGCTGTCTAAACTCTGGATGTTTCAGGAAGCAATTCACCATTCTGGGCTGGAACGGCTCGATTGGTTGGAGCACGCTGGACGTGGTGCGGCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAATG‑TCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGaa < 2:656266/292‑1 (MQ=255) aaagcaaagagaTTGAAGCGGTCCGGGCAGCAAAAGGAGGAGACGTGGTTCAGTGGTGATTTCTGTGACGACAAAGATGCGGCTAGGTAGGGCCTGGCGGATCGGCTGGCGTGGTTTTGCTTTTTAGTCTGTCTCAGCTCTGGATGTTTCATGAAGCAACTCACCAGTCTGGGCTCGACCGGCTCGATTGGTTGCAGCACGCTGGACGGGGTGCGCTATAATCCCGAACACTTGCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCCAAAATG‑TCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAATtctc < 2:56723/288‑1 (MQ=255) aaTCAAGAAAATTGAAGCGGCGCTGGCAGACAAAGAAGCAGAACTGATGCAGTTCTGATTTCTTGAACGACAAAAACGCCGCTCAGTAGATCCTTGCGGATCGGCTGGCGGCGTTTTGCTTTTTATTCTGTCTCAACTCTGGATGTTTCATGAAGCAACTCACCATTCTGGGCTCGACCGGCTCGATTGGTTGCAGCACGCTGGACGTGGTGCGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAATG‑TCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAATtctct > 1:532155/1‑299 (MQ=255) gaaaGAAAATTGACGCGGGGGGGGCAGAAAAAGACGCAGAACGTAGGAGGTTCGGATTTGTTGAACGACAAAAACGCCGCTCAGTAGATCCGTGCGGTTGTGCTGGCGGCGTTTTGCTTTTTATTCTGTCTCAACTCTGTAGGTTTCATGAAGCAACTCACGATTCTGGGCTCGACCGGCTCGATTGGTTGCAGCACGCTGGACGGGGTGCGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAATG‑TCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTcc < 2:453229/297‑1 (MQ=255) aaGAAAATTGAAGCGGAGATGGCAGACAAAGAAGCAGAACTGATGCAGTTCTGATTTCGTGAACGACAAAAACGCCGTGTAGTAGATCCTTGCGGTTCGGCTGGCGGCGTTTTGCGTTTTATTCTGTCTCAACTCTGGATGTTTCATGAAGCAACTCACCATTCTGGGCTCGACCGGCTCGATTGGTTGCAGCACGCTGGACGTGGTGCGCCATAATCCAGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAATG‑TCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTcccc < 2:433224/299‑1 (MQ=255) aaaTTGAAGCTGCGCTGGCGGACAAAGAAGCAGAAATGAGGCTGTTCTGGTTTGTGGAAGGACAAAAACGCAGCTCAGTGGATCCTTGCGGATCGGCTGGCGGCGTTTGTCTTTTTCTTCTGTCTAAACTCTGGATGTTTCATGAAGCAACTCACCATTCTGGTCTCGACCGGCTCGATTGGTTGCAGCACGCTGGACGTGGTGCGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAATG‑TCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTa < 2:532155/299‑1 (MQ=255) gcgcTGGAAGACAAAGAAGCAGAACTGATGCAGTTCTGATTTCTTGAACGACAAAAACGCCGCTCAGTAGATCCTTGCGGATCGGCTGGCGGCGTTTTGCTTTTTATTCTGTCTCAACTCTGGATGTTTCATGAAGCAACTCACCATTCTGGGCTCGACCGGCTCGATTGGTTGCAGCACGCTGGACGTGGTGCGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAATG‑TCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTATGCCGTAATgg < 1:256032/299‑1 (MQ=255) aCAAAGAAGCAGAACTGATGCAGTTCTGATTTCTTGAACGACAAAAACGCCGCTCAGTAGATCCTTGCGGATCGGCTGGCGGCGTTTTGCTTTTTATTCTGTCTCAACTCTGGATGTTTCATGAAGCAACTCACCATTCTGGGCTCGACCGGCTCGATTGGTTGCAGCACGCTGGCCGCGGTGCGCCATAATCCCGCAACCTTCAGCGTAGTTGCGCCGGCTGCAGGCAAAAATG‑TAACTCGCCTGGTAGAACAGTCCATGGAGTTCTACCACTGCTATGCTGTAATgatagatgcaac > 2:482481/1‑288 (MQ=255) cAAAGAAGCAGAACTGATGCAGTTCTGATTTCTTGAACGACAAAAACGCCGCTAAGTAGATCCTTGCGGATCGGCTGGCGGCGTTTTGCTTTTTATTCTGTCTCAACTCTGGATGTTTCATGAAGCAACTCACCATTCTGGGCTCGACCGGCTCGATTGGTTGCAGCACGCTGGACGTGGTGCGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAATG‑TCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTATGCCGTAATGGACGATGAAGCg > 1:149391/1‑299 (MQ=255) aagaagCAGAACTGATGCAGTTCTGATTTCTTGAACGACAAAAACGCCGCTCAGTAGATCCTTGCGGATCGGCTGGCGGCGTTTTGCTTTTTATTCTGTCTCAACTCTGGATGTTTCATGAAGCAACTCACCATTCTGGGCTCGACCGGCTCGATTGGTTGCAGCACGCTGGACGTGGTGCGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAATG‑TCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTATGCCGTAATGGACGATGAAGCGAg < 1:98071/299‑1 (MQ=255) gaagCAGAACTGATGCAGTTCTGATTTCTTGAACGACAAAATCGCCGCTCAGTAGATCCTTGCGGATCGGCTGGCGGCGTTTTGCTTTTTATTCTGTCTCAACTCTTGATGTTTCATGAAGCAACTCACCATTCTGGGCTCGACCGGCTCGATTGGTTGCAGCACGCTGGACGTGGTGCGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAATG‑TCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTATGCCGTAATGGACGATGAAGCGAGTg < 1:226947/299‑1 (MQ=255) aCTGATGCAGTTCTGATTTCTTGAACGACAAAAACGCCGCTCAGTAGATCCTTGCGGATCGGCTGGCGGCGTTTTGCTTTTTATTCTGTCTCAACTCTGGATGTTTCATGAAGCAACTCACCATTCTGGGCTCGACCGGCTCGATTGGTTGCAGCACGCTGGACGTGGTGCGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAATG‑TCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTATGCCGTAATGGACGATGAAGCGAGTGCGAAActt > 1:623662/1‑299 (MQ=255) tGATGCAGTTCTGATTTCTTGAACGACAAAAACGCCGCTCAGTAGATCCTTGCGGATCGGCTGGCGGCGTTTTGCTTTTTATTCTGTCTCAACTCTGGATGTTTCATGAAGCAACTCACCATTCTGGGCTCGACCGGCTCGATTGGTTGCAGCACGCTGGACGTGGTGCGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAATG‑TCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTATGCCGTAATGGACGATGAAGCGAGTGCGAAActtct < 1:476792/299‑1 (MQ=255) tGCAGTTCTGATTTCTTGAACGACAAAAACGCCGCTCAGTAGATCCTTGCGGATCGGCTGGCGGCGTTTTGCTTTTTATTCTGTCTCACCTCTGGATGTTTCATGAAGCCACTCACCATTCTCGGCTCCACCCGCCCGATTGGTTGCATCACGCTGGACGTGGTGACCCATAATCCCTACCCCTTCCGCGTAGTTGCGATGGTGGCAGGACAAAATGCTCAC‑CACGTGGAAGAACAGTTCCTCGCACTCTCCTCCCCCTATGCCGTAGTGACCGAAGACGAGAGTggaacacttaatca > 2:561041/1‑286 (MQ=255) tGCAGTTCTGATTTCTTGAACGACAAAAACGCCGCTCAGTAGATCCTTGCGGATCCGCTGGCGGCGTTTTGCTTTTTATTCTGTCTCAACTCTGGATGTTTCATGAAGCAACTCACCATTCTGGGCTCGACCGGCTCGATTGGTTGCAGCACGCTGGACGTGGTGCGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAATG‑TCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTATGCCGTAATGGACGATGAAGCGAGTGCGAAACTTCTTaa > 1:208693/1‑299 (MQ=255) gTTCTGATTTCTTGAACGACAAAAACGCCGCTCAGTAGATCCTTGCGGATCGGCTGGCGGCGTTTTGCTTTTTATTCTGTCTCAACTCTGGATGTTTCATGAAGCAACTCACCATTCTGGGCTCGACCGGCTCGATTGGTTGCAGCACGCTGGACGTGGTGCGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAATG‑TCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTATGCCGTAATGGACGATg > 1:243578/1‑273 (MQ=255) gTTCTGATTTCTTGAACGACAAAAACGCCGCTCAGTAGATCCTTGCGGATCGGCTGGCGGCGTTTTGCTTTTTATTCTGTCTCAACTCTGGATGTTTCATGAAGCAACTCACCATTCTGGGCTCGACCGGCTCGATTGGTTGCAGCACGCTGGACGTGGTGCGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAATG‑TCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTATGCCGTAATGGACGATg < 2:243578/273‑1 (MQ=255) cTGATTTCTTGAACGACAAAAACGCCGCTCAGTAGATCCTTGCGGATCGGCTGGCGGCGTTTTGCTTTTTATTCTGTCTCAACTCTGGATGTTTCATGAAGCAACTCACCATTCTGGGCTCGACCGGCTCGATTGGTTGCAGCACGCTGGACGTGGTGCGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAATG‑TCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTATGCCGTAATGGACGATGAAGCGAGTGCGAAACTTCTTAAAACGATg > 1:367402/1‑299 (MQ=255) cTTGAACGACAAAAACGCCGCTCAGTAGATCCTTGCGGATCGGCTGGCGGCGTTTTGCTTTTTATTCTGTCTCAACTCTGGATGTTTCATGAAGCAACTCACCATTCTGGGCTCGACCGGCTCGATTGGTTGCAGCACGCTGGACGTGGTGCGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAATG‑TCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTATGCCGTAATGGACGATGAAGCGAGTGCGAAACTTCTTAAAACGATGCTACAGc > 1:477563/1‑299 (MQ=255) cTTGAACGACAAAAACGCCGCTCAGTAGATCCTTGCGGATCGGCTGGCGGCGTTTTGCTTTTTATTCTGTCTCAACTCTGGATGTTCCATGAAGCAACTCACCATTCTGGGCTCGACCGGCTCGATTGGTTGCAGCACGCTGGACGTGGTGCGCCATAATCCCGCACACTTCCGCGTAGTTGCGAGGGTGGCAGGCAAAAATG‑TCACTCGCGTGGTAGAACATTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTATCACGTTAGGGCAGATGAAGCGCGCGCGAAAATCCTTAAAACgcgacaacaac > 2:599636/1‑289 (MQ=255) aaCGACAAAAACGCCGCTCAGTAGATCCTTGCGGATCGGCTGGCGGCGTTTTGCTTTTTATTCTGTCTCAACTCTGGATGTTTCATGAAGCAACTCACCATTCTGGGCTCGACCGGCTCGATTGGTTGCAGCACGCTGGACGTGGTGCGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAATG‑CAACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTATGCCGTAATGGACGCTGAAACGGGGGCGAAACTCCTTAAACAGATGCTACCGCAACa > 2:616059/1‑299 (MQ=255) aCGACAAAAACGCCGCTCAGTAGATCCTTGCGGATCGGCTGGCGGCGTTTTGCTTTTTATTCTGTCTCAACTCTGGATGTTTCATGAAGCAACTCACCATTCTGGGCTCGACCGGCTCGATTGGTTGCAGCACGCTGGACGTGGTGCGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAATG‑TCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTATGCCGTAATGGACGATGAAGCGAGTGCGAAACTTCTTAAAACGATGCTACAGCAACAg < 1:616059/299‑1 (MQ=255) caaacCGCCGGTGAGTATATCGTTGCGGATCGGCTGGGGGCGTTTTGCTTTTTATTCTGTCTCAAGTCTGGATGTTTCATGAAGCAACTCACCATTCTGGGCTCGACCGGCTCGATTGGTTGCAGCACGCTGGACGTGGTGCGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAATG‑TCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTATGCCGTAATGGACGATGAAGCGAGTGCGAAACTTCTTAAAACGATGCTACAGCAACAGGGTAg < 2:623662/298‑1 (MQ=255) aGATCCTTGCGGATCGGCTGGCGGCGTTTTGCTTTTTATTCTGTCTCAACTCTGGATGTTTCATGAAGCAACTCACCATTCTGGGCTCGACCGGCTCGATTGGTTGCAGCACGCTGGACGTGGTGCGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAATG‑TCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTTTGCCGTAATAGACGATGAAGCGAGTGCGAAACTTCTTAAAACGATGCTACAGCAACAGGGTAGCCGCACCGAAGTCTTa > 1:249525/1‑299 (MQ=255) ccTTGCGGATCGGCTGGCGGCGTTTTGCTTTTTATTCTGTCTCAACTCTGGATGTTTCATGAAGCAACTCACCATTCTGGGCTCGACCGGCTCGATTGGTTGCAGCACGCTGGACGTGGTGCGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAATG‑TCACTCGCGTGGTAGAACa > 2:470422/1‑192 (MQ=255) ccTTGCGGATCGGCTGGCGGCGTTTTGCTTTTTATTCTGTCTCAACTCTGGATGTTTCATGAAGCAACTCACCATTCTGGGCTCGACCGGCTCGATTGGTTGCAGCACGCTGGACGTGGTGCGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAATG‑TCACTCGCGTGGTAGAACa < 1:470422/192‑1 (MQ=255) cTTGCGGATCGGCTGGCGGCGTTTTGCTTTTTATTCTGTCTCAACTCTGGATGTTTCATGAAGCAACTCACCATTCTGGGCTCGACCGGCTCGATTGGTTGCAGCACGCTGGACGTGGTGCGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAATG‑TCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTATGCCGTAATGGACGATGAAGCGAGTGCGAAACTTCTTAAAACGATGCTACAGCAACAGGGTAGCCGCACCGAAGTCTTAAGTgg > 1:392689/1‑299 (MQ=255) gCGGATCGGCTGGCGGCGTTTTGCTTTTTATTCTGGCTCAACTCTGGATGTTTCATGAAGCAACTCACCATTCTGGGCTCGACCGGCTCGATTGGTTGCAGCACGCTGGACGTGGTGCGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAATG‑TCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTATGCCGTAATGGACGATGAAGCGAGTGCGAAACTTCTTAAAACGATGCTACAGCGACAGGGTAGCCGCACCGAAGTCTTAAGTGGGca < 1:258067/299‑1 (MQ=255) tggttCGGCTGGCGGTGTTTTGCTTTTTGTTCTGTCTCATCTTTGGATGTTTCAGGAAGCAACTCACCATTCTGGGCTCGACGGGCTCGATTGGTTGCAGCACGCTGGACGTGGTGCGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCCAAAATG‑TCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAATTATCTCCCCGCTATGCCGTAATGGACGATGAAGCGAGTGCGAAACTTCTTAAAACGATGCTACAGCAACAGGGTAGCCGCACCGAAGTCTTAAGTGGGcaa < 2:367402/295‑1 (MQ=255) tCGGCTGGCGGCGTTTTGCTTTTTATTCTGTCTCAACTCTGGATGTTTCATGAAGTAACTCACCATTCTGGGCTCGACCGGCTCGATTGGTTGCAGCACGCTGGACGTGGTGCGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAATG‑TCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTATGCCGTAATGGACGATGAAGCGAGTGCGAAACTTCTTAAAACGATGCTACAGCAACAGGGTAGCCGCACCGAAGTCTTAAGTGGGCAACAAg < 1:95963/299‑1 (MQ=255) cGGCTGGCGGCGTTTTGCTTTTTATTCTGTCTCAACTCTGGATGTTTCATGAAGCAACTCACCATTCTGGGCTCGACCGGCTCGATTGGTTGCAGCACGCTGGACGTGGTGCGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAATG‑TCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTATGCCGTAATGGACGATGAAGCGAGTGCGAAACTTCTTAAAACGATGCTACCGCAACAGGGTAGCCGCACCGACGTCTTAAGTGGGCAACAAGc > 1:247519/1‑299 (MQ=255) cTGGCGGCGTTTTGCTTTTTATTCTGTCTCAACTCTGGATGTTTCATGAAGCAACTCACCATTCTGGGCTCGACCGGCTCGATTGGTTGCAGCACGCTGGACGTGGTGCGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAATG‑TCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTATGCCGTAATGGACGATGAAGCGAGTGCGAAACTTCTTAAAACGATGCTACAGCAACAGGGTAGCCGCACCGAAGTCTTAAGTGGGCAACAAGCCGc > 1:437320/1‑299 (MQ=255) cTGGCGGCGTTTTGCTTTTTATTCTGTCTCAACTCTGGATGTTTCATGAAGCAACTCACCATTCTGGGCTCGACCGGCTCGATTGGTTGCAGCACGCTGGACGTGGTGCGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAATG‑TCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTATGCCGTAATGGACGATGAAGCGAGTGCGAAACTTCTTAAAACGATGCTACAGCAACAGGGTAGCCGCACCGAAGTCTTAAGTGGGCAACAAGCCGc < 1:180559/299‑1 (MQ=255) ggcgTTTTGCTTTTTATTCTGTCTCAACTCTGGATGTTTCATGAAGCAACTCACCATTCTGGGCTCGACCGGCTCGATTGGTTGCAGCACGCTGCACGTGGTGCGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCCAAAATG‑TCACTCGCCTGGTAGCACAGTGCCTGGAATTCTTTCCCCGCTATGCCGTAATGGACGATGGAGCTAGTGCGACACTTCTTAAAACGACGCTACAGCAACACGGCACCCGCACCGACGTCTTAATAGTGCACCAAACCGATTCCg > 2:288023/1‑299 (MQ=255) ttttGCTTTTTATTCTGTCTCAACTCTGGATGTTTCATGAAGCAACTCACCATTCTGGGCTCGACCGGCTCGATTGGTTGCAGCACGCTGGACGTGGTGCGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAATG‑TCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTATGCCGTAATGGACGATGAAGCGAGTGCGAAACTTCTTAAAACGATGCTACAGCAACAGGGTAGCCGCACCGAAGTCTTAAGTGGGCAACAAGCCGCTTACGatat < 1:514563/299‑1 (MQ=255) ttATTCTGTCTCAACTCTGGATGTTTCATGAAGCAACTCACCATTCTGGGCTCGACCGGCTCGATTGGTTGCAGCACGCTGGACGTGGTGCGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAATG‑TCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTATGCCGTAATGGACGATGAAGCGAGTGCGAAACTTCTTAAAACGATGCTACAGCAACAGGGTAGCCGCACCGAAGTCTTAAGTGGGCAACAAGCCGCTTGCGATATGGCAGCGCt < 1:187448/299‑1 (MQ=255) aTTCTGTCTCAACTCTGGATGTTTCATGAAGCAACTCACCATTCTGGGCTCGACCGGCTCGATTGGTTGCAGCACGCTGGACGTGGTGCGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAATG‑TCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTATGCCGTAATGGACGATGAAGCGAGTGCGAAACTTCTTAAAACGATGCTACAGCAACAGGGTAGCCGCACCGAAGTCTTAAGTGGGCAACAAGCCGCTTGCGATATGGCAGCGCTTg > 1:500716/1‑299 (MQ=255) cTGTCTCAACTCTGGATGTTTCATGAAGCAACTCACCATTCTGGGCTCGACCGGCTCGATTGGTTGCAGCACGCTGGACGTGGTGCGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAATG‑TCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTATGCCGTAATGGACGATGAAGCGAGTGCGAAACTTCTTAAAACGATGCTACAGCAACAGGGTAGCCGCACCGAAGTCTTAAGTGGGCAACAAGCCGCTTGCGATATGGCAGCGCTTGAgg < 1:304257/299‑1 (MQ=255) tGTCTCAACTCTGGATGTTTCATGAAGCAACTCACCATTCTGGGCTCGACCGGCTCGATTGGTTGCAGCACGCTGGACGTGGTGCGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAATG‑TCACTCGCGCGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCTCTATGCCGTAATGGACGATGAAGCGAGTGCGAAACTTCTTAAAACGATGCTACAGCAACAGGGTAGCCGCACCGACGTCTTAAGTGTGCAACAAGCCGCCAGCGATATGGCAGCGCTCGAGGa > 2:223640/1‑299 (MQ=255) gTCTCAACTCTGGATGTTTCATGAAGCAACTCACCATTCTGGGCTCGACCGGCTCGATTGGTTGCAGCACGCTGGACGTGGTGCGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAATG‑TCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTATGCCGTAATGGACGATGAAGCGAGTGCGAAACTTCTTAAAACGATGCTACAGCAACAGGGTAGCCGCACCGAAGTCTTAAGTGGGCAACAAGCCGCTTGCGATATGGCAGCGCTTGAGGAt < 1:579641/299‑1 (MQ=255) ctcAACTCTGGATGTTTCATGAAGCAACTCACCCTTCTGGGTTCGACCGGCTCGATTGGTTGCAGCACGCTGGACGTGGTGCGACATAATCACGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCATAAATG‑TCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTATGCCGTAATGGACGATGAAGCGAGTGAGAAACTTCTTAAAACGATGCTACAGCAACAGGATAGCCGCACCGAAGTCTTAAGTGGGCAACAAGCCGCTTGCGATATGGCAGCGCTTGAGGATGt > 1:161293/1‑299 (MQ=255) ctctGGATGTTTCATGAAGCAACTCACCATTCTGGGCTCGACCGGCTCGATTGGTTGCAGCACGCTGGACGTGGTGCGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAATG‑TCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTATGCCGTAATGGACGATGAAGCGAGTGCGAAACTTCTTAAAACGATGCTACAGCAACAGGGTAGCCGCACCGAAGTCTTAAGTGGGCAACAAGCCGCTTGCGATATGGCAGCGCTTGAGGATGTTGATc > 1:69190/1‑299 (MQ=255) ctGGATGTTTCATGAAGCAACTCACCATTCTGGGCTCGACCGGCTCGATTGGTTGCAGCACGCTGGACGTGGTGCGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAATG‑TCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTATGCCGTAATGGACGCTGAAGCGAGTGCGAAACTTCTTAAAACGTTGCTACAGCAACAGGGTAGCCGCACCGAAGCCTTAAGTGGGGAACAAAACGGTTTGGATGAGGCAGCGCATggggggtgtgaagag > 2:24099/1‑288 (MQ=255) tttCATGAAGCAACTCACCATTCTGGGCTCGACCGGCTCGATTGGTTGCAGCACGCTGGACGTGGTGCGCCATAATCCCGAACACTCCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAATG‑TCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTATGCCGTAATGGACGATGAAGCGAGTGCGAAACTTCTTAAAACGATGCTACAGCAACAGGGTAGCCGCACCGAAGTCTTAAGTGGGCAACAAGCCGCTTGCGATATGGCAGCGCTTGAGGATGTTGATCAGGTGATgg < 1:363266/299‑1 (MQ=255) gAAGCAACTCACCATTCTGGGCTCGACCGGCTCGATTGGTTGCAGCACGCTGGACGTGGTGCGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAATG‑TCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTATGCCGTAATGGACGATGAAGCGAGTGCGAAACTTCTTAAAACGATGCTACAGCAACAGGGTAGCCGCACCGAAGTCTTAAGTGGGCAACAAGCCGCTTGCGATATGGCAGCGCTTGAGGATGTTGATCAGGTGATGGCAGCCa > 1:151616/1‑299 (MQ=255) gAAGCAACTCACCATTCTGGGCTCGACCGGCTCGATTGGTTGCAGCACGCTGGACGTGGTGCGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAATG‑TCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTATGCCGTAATGGACGATGAAGCGAGTGCAAAACTTCTTAAAACGATACTACAGCAACAGGGTAGCCGCACCGAAGTCTTAAGTGGGCAACAAGCCGCTTGCGATATGGCAGCGCTTGAGGATGTTGATCAGGTGATGGCAGCCa > 1:212048/1‑299 (MQ=255) cATTCTGGGCTCGACCGGCTCGATTGGTTGCAGCACGCTGGACGTGGTGCGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAATG‑TCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTATGCCGTAATGGACGATGAAGCGAGTGCGAAACTTCTTAAAACGATGCTACAGCAACAGGGTAGCCGCACCGAAGTCTTAAGTGGGCAACAAGCCGCTTGCGATATGGCAGCGCTTGAGGATGTTGATCAGGTGATGGCAGCCATTGTTGGCgctg > 1:254671/1‑299 (MQ=255) gACCGGCTCGATTGGTTGCAGCACGCTGGACGTGGTGCGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAATG‑TCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTATGCCGTAATGGACGATGAAGCGAGTGCGAAACTTCTTAAAACGATGCTACAGCAACAGGGTAGCCGCACCGAAGTCTTAAGTGGGCAACAAGCCGCTTGCGATATGGCAGCGCTTGAGGATGTTGATCAGGTGATGGCAGCCATTGTTGGCGCTGCTGGGCTGTTAc > 1:381530/1‑299 (MQ=255) tGGTTGCAGCACGCTGGACGTGGTGCGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAATG‑TCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTATGCCGTAATGGACGATGAAGCGAGTGCGAAACTTCTTAAAACGATGCTACAGCAACAGGGTAGCCGCACCGAAGTCTTAAGTGGGCAACAAGCCGCTTGCGATATGGCAGCGCTTGAGGATGTTGATCAGGTGATGGCAGCCATTGTTGGCGCTGCTGGGCTGTTACCTACGCTtgctg < 1:485147/299‑1 (MQ=255) tGGACGTGGTGCGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAATG‑TCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTATGCCGTAATGGACGATGAAGCGAGTGCGAAACTTCTTAAAACGATGCTACAGCAACAGGGTAGCCGCACCGAAGTCTTAAGTGGGCACCAAGCCGCCTGCGATATGGCAGCGCTTGAGGATTTTGATCAGGTGATGGCCGCCATTGTTGGCGCGGCTGGGCTGTTACCTCCGCTTGCTGCGGTTCGCCCGGGt > 2:383948/1‑299 (MQ=255) cGTGGTGCGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAATG‑TCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTATGCCGTAATGGACGATGAAGCGAGTGCGAAACTTCTTAAAACGATGCTACAGCAACAGGGTAGCCGCACCGAAGTCTTAAGTGGGCAACAAGCCGCTTGCGATATGGCAGCGCTTGAGGATGTTGATCAGGTGATGGCAGCCATTGTTGGCGCTGCTGGGCTGTTACCTACGCTTGCTGCGATCCGCGCGGGTaaaa > 1:374538/1‑299 (MQ=255) gtggtgCGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAATG‑TCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTATGCCGTAATGGACGATGAAGCGAGTGCGAAACTTCTTAAAACGATGCTACAGCAACAGGGTAGCCGCACCGAAGTCTTAAGTGGGCAACAAGCCGCTTGCGATATGGCAGCGCTTGAGGATGTTGATCAGGTGATGGCAGCCATTGTTGGCGCTGCTGGGCTGTTACCTACGCTTGCTGCGATCCGCGCGGGTAAAAc > 1:315708/1‑299 (MQ=255) tggtgCGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAATG‑TCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTATGCCGTAATGGACGATGAAGCGAGTGCGAAACTTCTTAAAACGATGCTACAGCAACAGGGTAGCCGCACCGAAGTCTTAAGTGGGCAACAAGCCACTTGCGATATGGCAGCGCTTGAGGATGTTGATCAGGTGATGGCAGCCATTGTTGGCGCTGCTGGGCTGTTACCTACGCTTGCTGCGATCCGCGCGGGTAAAAcc > 1:412490/1‑299 (MQ=255) ggtcCGCCTAAATCCGGAACCTTTCCGCGTGGTTGCGCGGGTGGCAGGCAAAAAGG‑TCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTATGCCGTAATGGACGATGAAGCGAGTGCGAAACTTCTTAAAACGATGCTACAGCAACAGGGTAGCCGCACCGAAGTCTTAAGTGGGCAACAAGCCGCTTGCGATATGGCAGCGCTTGAGGATGTTGATCAGGTGATGGCAGCCATTGTTGGCGCTGCTGGGCTGTTACCTACGCTTGCTGCGATCCGCGCGGGTAAAACCa < 2:208693/299‑1 (MQ=255) tgCGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAATG‑TCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTATGCCGTAATGGACGATGAAGCGAGTGCGAAACTTCTTAAAACGATGCTACAGCAACAGGGTAGCCGCACCGAAGTCTTAAGTGGGCAACAAGCCGCTTGCGATATGGCAGCGCTTGAGGATGTTGATCAGGTGATGGCAGCCATTGTTGGCGCTGCTGGGCTGTTACCTACGCTTGCTGCGATCCGCGCGGGTAAAACCAtt < 1:24099/299‑1 (MQ=255) cGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAATG‑TCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTATGCCGTAATGGACGATGAAGCGAGTGCGAAACTTCTTAAAACGATGCTACAGCAACAGGGTAGCCGCACCGAAGTCTTAAGTGGGCAACAAGCCGCTTGCGATATGGCAGCGCTTGAGGATGTTGATCAGGTGATGGCAGCCATTGTTGGCGCTGCTGGGCTGTTACCTACGCTTGCTGCGATCCGCGCGGGTAAAACCATTTTGCTGGCCAATa > 1:553569/1‑299 (MQ=255) tcggcgTGGTTGGGCTGGGGGGAGGGAAAGATG‑TCAGTCGGGTGGTAGAACAGTGCCGGGGATTCTCTCCCCGCTATGCCGGAATGGACGATGAAGCGAGTGCGAAACTTCTTAAAACGATGCTACAGCAACAGGGTAGCCGCACCGAAGTCTTAAGTGGGCAACAAGCCGCTTGCGATATGGCAGCGCTTGAGGATGTTGATCAGGTGATGGCAGCCATTGTTGGCGCTGCTGGGCTGTTACCTACGCTTGCTGCGATCCGCGCGGGTAAAACCATTTTGCTGGCCAATAAAGAATCa < 2:392689/296‑1 (MQ=255) cgTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAATG‑TCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTATGCCGTAATGGACGATGAAGCGAGTGCGAAACTTCTTAAAACGATGCTACAGCAACAGGGTAGCCGCACCGAAGTCTTAAGTGGGCAACAAGCCGCTTGCGATATGGCAGCGCTTGAGGATGTTGATCAGGTGATGGCAGCCATTGTTGGCGCTGCTGGGCTGTTACCTACGCTTGCTGCGATCCGCGCGGGTAAAACCATTTTGCTGGCCAATAAAGAATCACTgg > 1:489085/1‑299 (MQ=255) aGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAATG‑TCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTATGCCGTAATGGACGATGAAGCGAGTGCGAAACTTCTTAAAACGATGCTACAGCAACAGGGTAGCCGCACCGAAGTCTTAAGTGGGCAACAAGCCGCTTGCGATATGGCAGCGCTTGAGGATGTTGATCAGGTGATGGCAGCCATTGTTGGCGCTGCTGGGCTGTTACCTACGCTTGCTGCGATCCGCGCGGGTAAAACCATTTTGCTGGCCAATAAAGAATCACTGGTTa > 1:579510/1‑299 (MQ=255) ggcaAAAATG‑TCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTATGCCGTAATGGACGATGAAGCGAGTGCGAAACTTCTTAAAACGATGCTACAGCAACAGGGTAGCCGCACCGAAGTCTTAAGTGGGCAACAAGCCGCTTGCGATATGGCAGCGCTTGAGGATGTTGATCAGGTGATGGCAGCCATTGTTGGCGCTGCTGGGCTGTTACCTACGCTTGCTGCGATCCGCGCGGGTAAAACCATTTTGCTGGCCAATAAAGAATCACTGGTTACCTGCGGACGTCTGtt < 1:512651/299‑1 (MQ=255) aaaaTG‑TCACTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTATGCCGTAATGGACGATGAAGCGAGTGCGAAACTTCTTAAAACGATGCTACAGCAACAGGGTAGCCGCACCGAAGTCTTAAGTGGGCAACAAGCCGCTTGCGATATGGCAGCGCTTGAGGATGTTGATCAGGTGATGGCAGCCATTGTTGGCGCTGCTGGGCTGTTACCTACGCTTGCTGCGATCCGCGCGGGTAAAACCATTTTGCTGGCCAATAAAGAATCACTGGTTACCTGCGGACGTCTGTTTATg < 1:483345/299‑1 (MQ=255) aCTCGCGTGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTATGCCGTAATGGACGATGAAGCGAGTGCGAAACTTCTTAAAACGATGCTACAGCAACAGGGTAGCCGCACCGAAGTCTTAAGTGGGCAACAAGCCGCTTGCGATATGGCAGCGCTTGAGGATGTTGATCAGGTGATGGCAGCCATTGTTGGCGCTGCTGGGCTGTTACCTACGCTTGCTGCGATCCGCGCGGGTAAAACCATTTTGCTGGCCAATAAAGAATCACTGGTTACCTGCGGACGTCTGTTTATGGACGCCGt > 1:194271/1‑299 (MQ=255) | GAAACTGACTGATGCTGCAATCAAGAAAATTGAAGCGGCGCTGGCAGACAAAGAAGCAGAACTGATGCAGTTCTGATTTCTTGAACGACAAAAACGCCGCTCAGTAGATCCTTGCGGATCGGCTGGCGGCGTTTTGCTTTTTATTCTGTCTCAACTCTGGATGTTTCATGAAGCAACTCACCATTCTGGGCTCGACCGGCTCGATTGGTTGCAGCACGCTGGACGTGGTGCGCCATAATCCCGAACACTTCCGCGTAGTTGCGCTGGTGGCAGGCAAAAATG‑TCACTCGCATGGTAGAACAGTGCCTGGAATTCTCTCCCCGCTATGCCGTAATGGACGATGAAGCGAGTGCGAAACTTCTTAAAACGATGCTACAGCAACAGGGTAGCCGCACCGAAGTCTTAAGTGGGCAACAAGCCGCTTGCGATATGGCAGCGCTTGAGGATGTTGATCAGGTGATGGCAGCCATTGTTGGCGCTGCTGGGCTGTTACCTACGCTTGCTGCGATCCGCGCGGGTAAAACCATTTTGCTGGCCAATAAAGAATCACTGGTTACCTGCGGACGTCTGTTTATGGACGCCGT > CP006584/193871‑194453 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |