| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP006584 | 2,506,026 | T→C | intergenic (‑1383/‑130) | LY180_11895 ← / → LY180_11905 | hypothetical protein/phosphate acetyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP006584 | 2,506,026 | 0 | T | C | 97.9% | 160.7 / ‑3.2 | 47 | intergenic (‑1383/‑130) | LY180_11895/LY180_11905 | hypothetical protein/phosphate acetyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (24/22); minor base . (1/0); total (25/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.43e-01 | |||||||||||
CCGCTATGTTGAAGACAACTACGCGACGAAAGAAGACGCGAAGCGCGCAATGGACGTTT‑ACTGCCACCGCCTGGCGAAATACATCGGTGCCTACACTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCGATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCAAACTGGGCGTGCTGGGCTTTGAAGTTGATCATGAACGCAACCTGGCTGCACGTTTCGGCAAATCTGGTTTCATCAACAAAGAAGGTACCCGTCCTGCGGTGGTTATCCCAACCA‑ACGAAGAACTGGTTATCGCGCAAGACGCGAGCCGCCTGACTGCCTGATTTCACACCGCCAGCTCAGCTGGCGGTGCTGTTTTGTAACCCGCCAAATCGGCGGTAACGAAAGAGGATAAACCGTGTCCCGTATTATTATGCTGATCCCTACCGGAACCAGCGTCGGTCTGACCAGCGTCAGCCTTGGCGTGATCCGTGCAATGGAACGCAAAGGCGTTCGTCTGAGCGTTTTCAAACCTATCGCTCAGCCGCGTACCGGTGGCGATGCGCCCGATCAGA > CP006584/2505736‑2506312 | ccGCTATGTTGAAGACAACTACGCGACGAAAGAAGACGCGAAGCGCGCAATGGACGTTT‑ACTGCCACCGCCTGGCGAAATGCATCGGTGCCTACACTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCGATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCAAACTGGGCGTGCTGGGCTTTGAAGTTGATCATGAACGCAACCTGGCTGCACGTTTCGGCAAATCTGGTTTCATCAACAAAGAAGGTACCCGTCCTGCGGTGGTTACCccaacca < 1:517136/299‑1 (MQ=255) cGCTATGTTGAAGACAACTACGCGACGAAAGAAGACGCGAAGCGCGCAATGGACGTTT‑ACTGCCACCGCCTGGCGAAATGCATCGGTGCCTACACTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCGATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCAAACTGGGCGTGCTGGGCTTTGAAGTTGATCATGAACGCAACCTGGCTGCACGTTTCGGCAAATCTGGTTTCATCAACAAAGAAGGTACCCGTCCTGCGGTGGTTACCccaacca‑a > 1:33481/1‑299 (MQ=255) cTAGGTTGAATACAACTACGCCACGGAAGAAGACGCGAAGCGCGGAATGGCAGTTT‑ACTGCCACCGCCTGGCGAAATGCAGCGGTGCCTACACTGGGCTGATGGGTGGTCGTCTGGGCGCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCGATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCAAACTGGGCGTGCTGGGCTTTGAAGTTGATCATGAACGCAACCTGGCTGCACGTTTCGGCAAATCTGGTTTCATCAACAAAGAAGGTACCCGTCCTGCGGTGGTTACCCCAACCA‑ACg < 2:611304/299‑1 (MQ=255) cAACTACGCGACGAAAGAAGACGCGAAGCGCGCAATGGACGTTT‑ACTGCCACCGCCTGGCGAAATGCATCGGTGCCTACACTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCGATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCCAACTGGGCGTGCTGGGCTTTGAAGTTGATCATGAACGCAACCTGGCTGCACGTTTCGGCAACTCTGGTTCCATCAACAAAGAAGGTACCCGTCCTGCGGTGGTGACCCCAACCA‑ACGAAGAACAGGttc > 2:225687/1‑298 (MQ=255) 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CCGCTATGTTGAAGACAACTACGCGACGAAAGAAGACGCGAAGCGCGCAATGGACGTTT‑ACTGCCACCGCCTGGCGAAATACATCGGTGCCTACACTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCGATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCAAACTGGGCGTGCTGGGCTTTGAAGTTGATCATGAACGCAACCTGGCTGCACGTTTCGGCAAATCTGGTTTCATCAACAAAGAAGGTACCCGTCCTGCGGTGGTTATCCCAACCA‑ACGAAGAACTGGTTATCGCGCAAGACGCGAGCCGCCTGACTGCCTGATTTCACACCGCCAGCTCAGCTGGCGGTGCTGTTTTGTAACCCGCCAAATCGGCGGTAACGAAAGAGGATAAACCGTGTCCCGTATTATTATGCTGATCCCTACCGGAACCAGCGTCGGTCTGACCAGCGTCAGCCTTGGCGTGATCCGTGCAATGGAACGCAAAGGCGTTCGTCTGAGCGTTTTCAAACCTATCGCTCAGCCGCGTACCGGTGGCGATGCGCCCGATCAGA > CP006584/2505736‑2506312 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |