| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP006584 | 346068 = | NA (NA) | 137 (1.330) | 103/586 | 0.1 | 98.6% | intergenic (‑51/‑107) | LY180_01675/LY180_01680 | CadC family transcriptional regulator/hypothetical protein |
| ? | CP006584 | = 363812 | 2 (0.020) | intergenic (‑39/‑249) | LY180_01770/LY180_01775 | outer membrane phosphoporin protein E/gamma‑glutamyl kinase | |||||
Only 100 of 121 total aligned reads displayed.
CCATCATCATCGATAGCAACGCGCAACGCATGGATCGCCGTCGGCAGGCTGTTTCCGCCGACAATGCGGTTCTTCCATACTTCGGCACATAAATAAGATCGCGATAAAACCACATCGGCATTTTTTGCTAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGA‑CGTGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTCGCGAAAAATCAATAATCAGACAACAAGATGTGCGAACTCGATATTTTACACGACTCTCTTTACCAATTCTGCCCCGAATTACACTTAAAACGACTCAACAGCTTAACGTTGGCTTGCCACGCATTACTTGACTGTAAAACTCTCACTCTTACCGAACTTGGCCGTAACCTGCCAACCAAAGCGAGAACAAAACATAACATCAAACGAATC > CP006584/345773‑346357 | catcatcatCGATAGCAACGCGCAACGCATGGATCGCCGTCGGCAGGCTGTTTCCGCCGACAATGCGGTTCTTCCATACTTCGGCACATAAATAAGATCGCGATAAAACCACATCGGCATTTTTTGCTAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGA‑CGTGTTTCACGCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATACTAATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGCTACATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACtga > 1:335855/1‑298 (MQ=255) atcatcatcGATAGCAACGCGCAACGCATGGATCGCCGTCGGCAGGCTGTTTACGCCGACAATGCGGTTCTTCCATACTTCGGCACATAAATAAGATCGCGATAAAACCACATCGGCATTTTTTGCTAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGA‑CGTGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACtgat < 1:506046/298‑1 (MQ=255) atcGATAGCAACGCGCAACGCATGGATCGCCGTCGGCAGGCTGTTTCCGCCGACAATGCGGTTCTTCCATACTTCGGCACATAAATAAGATCGCGATAAAACCACATCGGCATTTTTTGCTAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGA‑CGTGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTTATCGTTCTTTGCACTGATGAATcc > 2:768360/1‑298 (MQ=255) gATAGCAACGCGCAACGCATGGATCGCCGTCGGCAGGCTGTTTCCGCCGACAATGCGGTTCTTCCATACTTCGGCACATAAATAAGATCGCGATAAAACCACATCGGCATTTTTTGCTAATGTTTCTAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGA‑CGTGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCTTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCt > 2:835867/1‑298 (MQ=255) gcgcaacgcATGGATCGCCGTCGGCAGGCTGTTTCCGCCGACAATGCGGTTCTTCCATACTTCGGCACATAAATAAGATCGCGATAAAACCACATCGGCATTTTTTGCTAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGA‑CGTGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGAtttt > 1:47821/1‑298 (MQ=255) ctcaacacCTGGATCGCCGTCGTGATGCTGGTTCCGCCGACAATGCTGTTCTTCCATACTTCGGCACATAAATAAGAGCGCGATAAAACCACATCGGCATTTTTTGCTAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGA‑CGTGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTg < 2:214037/296‑1 (MQ=255) aacgcGTGGATCGCCGTCGGCAGGCTGTTTCCGCCGACAATGCGGTTCTTCCATACTTCGGCACATAAATAAGATCGCGATAAAACCACATCGGCATTTTTTGCTAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGA‑CGTGTTTCACCCGTTTCGCGATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTa < 1:843269/298‑1 (MQ=255) aacgcATGGATCGCCGTCGGCAGGCTGTTTCCGCCGACAATGCGGTTCTTCCATACTTCGGCACATAAATAAGATCGCGATAAAACCACATCGGCATTTTTTGCTAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGA‑CGTGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTa > 1:941083/1‑298 (MQ=255) cATGGTTCGCCGTCGGCAGTCTGTTTCGCCCGATAATGCGGTTCTTCCATACTTCGGCACATAAATAAGATCGCGATAAAACCACATCGGCATTTTTTGCTAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGA‑CGTGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTaaaaa < 2:927963/298‑1 (MQ=255) gATCGCCGTCGGCAGGCTGTTTCCGCCGACAATGCGGTTCTTCCATACTTCGGCACATAAATAAGATCGCGATAAAACCACATCGGCATTTTTTGCTAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGA‑CGTGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCAt > 1:645066/1‑298 (MQ=255) aTCGCCGTCGGCAGGCTGTTTCCGCCGACAATGCGGTTCTTCCATACTTCGGCACATAAATAAGATCGCGATAAAACCACATCGGCATTTTTTGCTAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGA‑CGTGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCAtt < 1:464112/298‑1 (MQ=255) tCGCCGTCGGCAGGCTGTTTCCGCCGACAATGCGGTTCTTCCATACTTCGGCACATAAATAAGATCGCGATAAAACCACATCGGCATTTTTTGCTAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGA‑CGTGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGTTATAAATCAtta > 1:630533/1‑298 (MQ=255) gcggTCGGGCGGTTGTTTCCTCCGACAAGGAGGTTTTTCCATATTTCGGCACATAAATAAGATTGCGATAAAACCACATCGGCATTTTTTGTTAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGA‑CGTGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCAttaag < 2:954776/295‑1 (MQ=255) 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ggCTGTTTCCGCCGACAATGCGGTTCTTCCATACTTCGGCACATAAATAAGATCGCGATAAAACCACATAGGCATTTTTTGCTAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGA‑CGTGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGa > 2:100667/1‑298 (MQ=255) ggtGTTTCCGCCGAAAATGCGGTTCTTTCATACTTTGGCACATAAAGAAGATCGCGATAAAACCACATCGGCAGTTTTTGCTAATGTTTCCAGGAAAATAAAATGGGATTCGCCGAGACGA‑CGTGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGAt < 2:117108/296‑1 (MQ=255) cTGTTTCCGCCGACAATGCGGTTCTTCCATACTTCGGCACATAAATAAGATCGCGATAAAACCACATCGGCATTTTTTGCTAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGA‑CGTGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATa < 1:187396/298‑1 (MQ=255) cTGTTTCCGCCGACAATGCGGTTCTTCCATACTTCGGCACATAAATAAGATCGCGATAAAACCACATCGGCATTTTTTGCTAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGA‑CGTGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATa < 1:768360/298‑1 (MQ=255) tttCCGCCGACAATGCGGTTCTTCCATACTTCGGCACATAAATAAGATCGCGATAAAACCACATCGGCATTTTTTGCTAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGA‑CGTGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATacac > 1:318593/1‑298 (MQ=255) ttCCGCCGACAATGCGGTTCTTCCATACTTCGGCACATAAATAAGATCGCGATAAAACCACATCGGCATTTTTTGCTAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGA‑CGTGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATAcaca < 1:420827/298‑1 (MQ=255) 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aggATAAATTTTTCCTGGTGATGTTTGGCACGGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAAGCAGTAAGTTAAGGTGGATACAACTCTTGTCATATGATCAAATGGTTGCGCGAAAAATCAATAATCAGACAACAAGATGTGCGAACTCGATATTTTACACGACTCTCTTTACCAATTCTGCCCCGAATTACACTTAAAACGACTCAACAGCTTAACGTTGGCTTGCCACGCATTACTTGACTGTAAAACTCTCACTCTTACCGAACTTGGCCGTAACCTGCCAACCAAAGCGAGAAc < 2:693251/297‑1 (MQ=11) gTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTCGCGAAAAATCAATAATCAGACAACAAGATGTGCGAACTCGATATTTTACACGACTCTCTTTACCAATTCTGCCCCGAATTACACTTAAAACGACTCAACAGCTTAACGTTGGCTTGCCACGCATTACTTGACTGTAAAACTCTCACTCTTACCGAACTTGGCCGTAACCTGCCAACCAAAGCGAGAACAAAACATAACATCAAACGaa > 1:859826/1‑298 (MQ=31) gCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTCGCGAAAAATCAATAATCAGACAACAAGATGTGCGAACTCGATATTTTACACGACTCTCTTTACCAATTCTGCCCCGAATTACACTTAAAACGACTCAACAGCTTAACGTTGGCTTGCCACGCATTACTTGACTGTAAAACTCTCACTCTTACCGAACTTGGCCGTAACCTGCCAACCAAAGCGAGAACAAAACATAACATCAAACGAATc < 2:386620/298‑1 (MQ=31) | CCATCATCATCGATAGCAACGCGCAACGCATGGATCGCCGTCGGCAGGCTGTTTCCGCCGACAATGCGGTTCTTCCATACTTCGGCACATAAATAAGATCGCGATAAAACCACATCGGCATTTTTTGCTAATGTTTCCAGCAAAATAAAATGGTATTCGCCGAGACGA‑CGTGTTTCACCCGTTTCGCAATGTATTAAGGCATTAAGCGACGGGTCCATCCGCCAGTTGTTGATAATAATACTCATAGTTGAGTTTACCTTAGCAAGGGATAAATGTTTCCTGATAGTGCTTTGCACTGATGAATCCCCTAATGATTTTGGTAAAAATCATTAAGTTAAGGTGGATACACATCTTGTCATATGATCAAATGGTTTCGCGAAAAATCAATAATCAGACAACAAGATGTGCGAACTCGATATTTTACACGACTCTCTTTACCAATTCTGCCCCGAATTACACTTAAAACGACTCAACAGCTTAACGTTGGCTTGCCACGCATTACTTGACTGTAAAACTCTCACTCTTACCGAACTTGGCCGTAACCTGCCAACCAAAGCGAGAACAAAACATAACATCAAACGAATC > CP006584/345773‑346357 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |