New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP006584 | 2030792 = | NA (NA) | 80 (0.790) | 71/578 | 0.5 | 100% | intergenic (+74/+105) | znuB/LY180_09680 | zinc transporter/hypothetical protein |
? | CP006584 | 2414712 = | 0 (0.000) | coding (1018/1644 nt) | LY180_11545 | multidrug ABC transporter ATP‑binding protein |
ACTTCACTGCTGATTATTCCTGCAGCTACTGCGCGTCGCTTTGCCCGTACGCCGGAACAGATGGCTGGTGTCGCTGTTTTGGTGGGGATGGTGGCAGTAACTGGCGGTTTAACCTTTTCCGCGTTTTACGATACGCCGGCGGGTCCGTCGGTGGTGCTATGTGCGGCACTGTTATTTATTCTCAGTATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACATAGTTCGTGCGACATGTAGATACTGTTATGGCCTGCAAGTTTTTTCCTGGTCCGGTTTCCCGGATTGCAGGCATGCCAGACACAGCGCCGTCAGGCGCTGTTTTTTTCATCCCTTCCGCGATTTTTACGCCGCTACCGGATTATGCCGTGACGCATCGAACGGCACGCCTGACTTCAGCACTCCATACGCCA‑CCTGTGCCAGCTTGCGCATCATCGCGCCGAGAATCACCTTTCCTTTCTTGCCATTAGCCGCCAGACGGTCGCGGAACGCCCGTCCCCACTCAGTC > CP006584/2030509‑2031059 | aCTTCACTGCTGATTATTCCTGCAGCTACTGCGCGTCGCTTTGCCCGTACGCCGGAACAGATGGCTGGTGTCGCTGTTTTGGTGGGGATGGTGGCAGTAACTGGCGGTTTAACCTTTTCCGCGTTTTACGATACGCCGGCGGGTCCGTCGGTGGTGCTATGTGCGGCACTGTTATTTATTCTCAGTATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACATAGTTCGTGCGACATGTAGATACTGTTATGGCCt > 1:173214/1‑298 (MQ=255) ttCACTGCTGATTATTCCTGCAGCTACTGCGCGTCGCTTTGCCCGTACGCCGGAACAGATGGCTGGTGTCGCTGTTTTGGTGGGGATGGTGGCAGTAACTGGCGGTTTAACCTTTTCCGCGTTTTACGATACGCCGGCGGGTCCGTCGGTGGTGCTATGTGCGGCACTGTTATTTATTCTCAGTATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACATAGTTCGTGCGACATGTAGATACTGTTATGGCCTGc > 1:741691/1‑298 (MQ=255) cACTGCTGATTATTCCTGCAGCTACTGCGCGTCGCTTTGCCCGTACGCCGGAACAGATGGCTGGTGTCGCTGTTTTGGTGGGGATGGTGGCAGTAACTGGCGGTTTAACCTTTTCCGCGTTTTACGATACGCCGGCGGGTCCGTCGGTGGTGCTATGTGCGGCACTGTTATTTATTCTCAGTATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACATAGTTCGTGCGACATGTAGATACTGTTATGGCCTGCaa > 1:2648/1‑298 (MQ=255) ctgctgATTATTCCTGCAGCTACTGCGCGTCGCTTTGCCCGTACGCCGGAACAGATGGCTGGTGTCGCTGTTTTGGTGGGGATGGTGGCAGTAACTGGCGGTTTAACCTTTTCCGCGTTTTACGATACGCCGGCGGGTCCGGCGGTGGTGCTCTGTGCGGCACTGTTATTTATTCCCAGTATGATGGAAAAGCAGGCCAGCTAACCTATCGCTGAACACATTTGTCGGACGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGCCCTACAAAGTTCGTCCGACATGTAGATACTGTTATGGCCTGCACGt > 2:219360/1‑298 (MQ=255) ctgATTATTCCTGCAGCTACTGCGCGTCGCTTTGCCCGTACGCCGGAACAGATGGCTGGTGTCGCTGTTTTGGTGGGGATGGTGGCAGTAACTGGCGGTTTAACCTTTTCCGCGTTTTACGATACGCCGGCGGGTCCGTCGGTGGTGCTATGTGCGGCACTGTTATTTATTCTCAGTATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACATAGTTCGTGCGACATGTAGATACTGTTATGGCCTGCAAGtttt > 1:1021347/1‑298 (MQ=255) attattCCTGCAGCTACTGCGCGTCGCTTTGCCCGTACGCCGGAACAGATGGCTGGTGTCGCTGTTTTGGTGGGGATGGTGGCAGTAACTGGCGGTTTAACCTTTTCCGCGTTTTACGATACGCCGGCGGGTCCGTCGGTGGTGCTATGTGCGGCACTGTTATTTATTCTCAGTATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACATAGTTCGTGCGACATGTAGATACTGTTATGGCCTGCAAGTTTTTTc > 1:918395/1‑298 (MQ=255) ttattCCTGCAGCTACTGCGCGTCGCTTTGCCCGTACGCCGGAACAGATGGCTGGTGTCGCTGTTTTGGTGGGGATGGTGGCAGTAACTGGCGGTTTAACCTTTTCCGCGTTTTACGATACGCCGGCGGGTCCGTCGGTGGTGCTATGTGCGGCACTGTTA‑TTATTCTCAGTATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACATAGTTCGTGCGACATGTAGATACTGTTATGGCCTGCAAGTTTTTTCCt > 1:220064/1‑298 (MQ=255) 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tgaAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACATAGTTCGTGCGACATGTAGATACTGTTATGGCCTGCAAGTTTTTTCCTGGTCCGGTTTCCCGGATTGCAGGCATGCCAGACACAGCGCCGTCAGGCGCTGTTTTTTTCATCCCTTCCGCGATTTTTACGCCGCTACCGGATTATGCCGTGACGCATCGAACGGCACGCCTGACTTCAGCACTCCATACGCCA‑CCTGTGCCAGCTTGCGCATCATCGCGCCgaga > 1:111108/1‑298 (MQ=255) aaGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACATAGTTCGTGCGACATGTAGATACTGTTATGGCCTGCAAGTTTTTTCCTGGTCCGGTTTCCCGGATTGCAGGCATGCCAGACACAGCGCCGTCAGGCGCTGTTTTTTTCATCCCTTCCGCGATTTTTACGCCGCTACCGGATTATGCCGTGACGCATCGAACGGCACGCCTGACTTCAGCACTCCATACGCCA‑CCTGTGCCAGCTTGCGCATCATCGCGCCGAGAATCAc > 1:813385/1‑298 (MQ=255) gCAGGGCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGAGGCGGGGCGGGCGCCTTATCCGGCCTACATATGTCGGGCGACATGTAGATACTGTTATGGCCTGCAAGTTTTTTCCTGGTCCGGTTTCCCGGATTGCAGGCATGCCAGACACAGCGCCGTCAGGCGCTGTTTTTTTCATCCCTTCCGCGATTTTTACGCCGCTACCGGATTATGCCGTGACGCATCGAACGGCACGCCTGACTTCAGCACTCCATACGCCA‑CCTGTGCCAGCTTGCGCATCATCGCGCCGAGAATCAcct < 2:755097/298‑1 (MQ=255) gCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTCTCCGACCTACATAGTTCGTGCGACATGTAGATACTGTTATGGCCTGCAAGTTTTTTCCTGGTCCGGTTTACCGGATTGCAGGCATGCCAGACACAGCGCCGTCAGGCGCTGTTTTTTTCATCCCTTCCGCGACTTTTACGCCGATCCCGGATTCTGCCTTGCCGCCTCCAACGGCACGCCTCACTTCAGCACCCCATCCCACACCCTGT‑CCAGCTCGCGCATCCCCccgccgcacacccccc > 2:27146/1‑288 (MQ=14) aGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACATAGTTCGTGCGACATGTAGATACTGTTATGGCCTGCAAGTTTTTTCCTGGTCCGGTTTCCCGGATTGCAGGCATGCCAGACACAGCGCCGTCAGGCGCTGTTTTTTTCATCCCTTCCGCGATTTTTACGCCGCTACCGGATTATGCCGTGACGCATCGAACGGCACGCCTGACTTCAGCACTCCATACGCCA‑CCTGTGCCAGCTTGCGCATCATCGCGCCGAGAATCAccttt < 1:257389/298‑1 (MQ=255) gCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACATAGTTCGTGCGACATGTAGATACTGTTATGGCCTGCAAGTTTTTTCCTGGTCCGGTTTCCCGGATTGCAGGCATGCCAGACACAGCGCCGTCAGGCGCTGTTTTTTTCATCCCTTCCGCGATTTTTACGCCGCTACCGGATTATGCCGTGACGCATCGAACGGCACGCCTGACTTCAGCACTCCATACGCCA‑CCTGTGCCAGCTTGCGCATCATCGCGCCGAGAATCAcctttcc > 1:91151/1‑298 (MQ=255) tCGCTGACCACTTGTGTCGGGTGGGGCGCGGGCGCCTTGTCCTACCTACATAGTTCGTGCGACATGTAGATACTGTTATGGCCTGCAAGTTTTTTCCTGGTCCGGTTTCCCGGATTGCAGGCATGCCAGACACAGCGCCGTCAGGCGCTGTTTTTTTCATCCCTTCCGCGATTTTTACGCCGCTACCGGATTATGCCGTGACGCATCGAACGGCACGCCTGACTTCAGCACTCCATACGCCA‑CCTGTGCCAGCTTGCGCATCATCGCGCCGAGAATCACCTTTCCTTTCTTGCCATTa < 2:574433/298‑1 (MQ=255) tGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACATAGTTCGTGCGACATGTAGATACTGTTATGGCCTGCAAGTTTTTTCCTGGTCCGGTTTCCCGGATTGCAGGCATGCCAGACACAGCGCCGTCAGGCGCTGTTTTTTTCATCCCTTCCGCGATTTTTACGCCGCTACCGGATTATGCCGTGACGCATCGAACGGCACGCCTGACTTCAGCACTCCATACGCCA‑CCTGTGCCAGCTTGCGCATCATCGCGCCGAGAATCACCTTTCCTTTCTTGCCATTAgccg > 1:996789/1‑298 (MQ=38) gAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACATAGTTCGTGCGACATGTAGATACTGTTATGGCCTGCAAGTTTTTTCCTGGTCCGGTTTCCCGGATTGCAGGCATGCCAGACACAGCGCCGTCAGGCGCTGTTTTTTTCATCCCTTCCGCGATTTTTACGCCGCTACCGGCTTATGCCGTGACGCATCGAACGGCACGCCTGACTTCAGCACCCCATCCGCCA‑CCTGTGCCAGCCTCCCCCTCCTCCCGCCGACAATCCCCCTTCCTTTCTTCCCATTCcccgc > 2:683837/1‑298 (MQ=11) gTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACATAGTTCGTGCGACATGTAGATACTGTTATGGCCTGCAAGTTTTTTCCTGGTCCGGTTTCCCGGATTGCAGGCATGCCAGACACAGCGCCGTCAGGCGCTGTTTTTTTCATCCCTTCCGCGATTTTTACGCCGCTACCGGATTATGCCGTGACGCATCGAACGGCACGCCTGACTTCAGCACTCCATACGCCA‑CCTGTGCCAGCTTGCGCATCATCGCGCCGAGAATCACCTTTCCTTTCTTGCCATTAGCCGCCAGACGGTcg > 1:495971/1‑298 (MQ=33) tCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACATAGTTCGTGCGACATGTAGATACTGTTATGGCCTGCAAGTTTTTTCCTGGTCCGGTTTCCCGGATTGCAGGCATGCCAGACACAGCGCCGTCAGGCGCTGTTTTTTTCATCCCTTCCGCGATTTTTACGCCGCTACCGGATTATGCCGTGACGCATCGAACGGCACGCCTGACTTCAGCACTCCATACGCCA‑CCTGTGCCAGCTTGCGCATCATCGCGCCGAGAATCACCTTTCCTTTCTTGCCATTAGCCGCCAGACGGTcgc > 1:956592/1‑298 (MQ=33) ggATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACATAGTTCGTGCGACATGTAGATACTGTTATGGCCTGCAAGTTTTTTCCTGGTCCGGTTTCCCGGATTGCAGGCATGCCAGACACAGCGCCGTCAGGCGCTGTTTTTTTCATCCCTTCCGCGATTTTTACGCCGCTACCGGATTATGCCGTGACGCATCGAACGGCACGCCTGACTTCAGCACTCCATACGCCA‑CCTGTGCCAGCTTGCGCATCATCGCGCCGAGAATCACCTTTCCTTTCTTGCCATTAGCCGCCAGACGGTCGCgg > 1:784522/1‑298 (MQ=33) gcggcgCGAGCGCCTTATCCGACCTACATAGTTCGTGCGACATGTAGATACTGTTATGGCCTGCAAGTTTTTTCCTGGTCCGGTTTCCCGGATTGCAGGCATGCCAGACACAGCGCCGTCAGGCGCTG‑TTTTTTCATCCCTTCCGCGATTTTTACGCCGCTACCGGATTATGCCGTGACGCATCGAACGGCACGCCTGACTTCAGCACTCCATACGCCA‑CCTGTGCCAGCTTGCGCATCATCGCGCCGAGAATCACCTTTCCTTTCTTGCCATTAGCCGCCAGACGGTCGCGGAACGc < 1:699960/298‑1 (MQ=18) gcgcGAGCGCCTTATCCGACCTACATAGTTCGTGCGACATGTAGATACTGTTATGGCCTGCAAGTTTTTTCCTGGTCCGGTTTCCCGGATTGCAGGCATGCCAGACACAGCGCCGTCAGGCGCTGTTTTTTTCATCCCTTCCGCGATTTTTACGCCGCTACCGGATTATGCCGTGACGCCTCGAACGGCACGCCTCACTTCACCACCCCATACGCCA‑CCTCTGACAGCTTGCGTCTCCTCCCGCCCACAATCCCCTCTCCTTTCTTCCCCTTAGCCCCCCCACGGTCGCggccacccc > 2:346651/1‑291 (MQ=11) aGCGCCTTATCCGACCTACATAGTTCGTGCGACATGTAGATACTGTTATGGCCTGCAAGTTTTTTCCTGGTCCGGTTTCCCGGATTGCAGGCATGCCAGACCCAGCGCCGTCAGGCGCTGTTTTTTTCATCCCTTCCGCGATTTTTACGCCGCTACCGGATTATGCCGTGACGCATCGACCGGCCCGCCTGACTTCAGCACTCCATACGCCA‑CCTGTGCCAGCTTGCGCACCATCGCCCCGAGAATCACCTTTCCTTTCTTGCCATTACCCGCCAGACGCTCGCGGACCGCCCGcccc > 2:286285/1‑298 (MQ=255) tCCGACCTACATAGTTCGTGCGACATGTAGATACTGTTATGGCCTGCAAGTTTTTTCCTGGTCCGGTTTCCCGGATTGCAGGCATGCCAGACACAGCGCCGTCAGGCGCTGTTTTTTTCATCCCTTCCGCGATTTTTACGCCGCTACCGGATTATGCCGTGACGCATCGAACGGCACGCCTGACTTCAGCACTCCATACGCCA‑CCTGTGCCAGCTTGCGCATCATCGCGCCGAGAATCACCTTTCCTTTCTTGCCATTAGCCGCCAGACGGTCGCGGAACGCCCGTCCCCACCCAGTc > 1:509025/1‑298 (MQ=14) | ACTTCACTGCTGATTATTCCTGCAGCTACTGCGCGTCGCTTTGCCCGTACGCCGGAACAGATGGCTGGTGTCGCTGTTTTGGTGGGGATGGTGGCAGTAACTGGCGGTTTAACCTTTTCCGCGTTTTACGATACGCCGGCGGGTCCGTCGGTGGTGCTATGTGCGGCACTGTTATTTATTCTCAGTATGATGAAAAAGCAGGCCAGCTAATCTATCGCTGAACACATTTGTCGGATGCGGCGCGAGCGCCTTATCCGACCTACATAGTTCGTGCGACATGTAGATACTGTTATGGCCTGCAAGTTTTTTCCTGGTCCGGTTTCCCGGATTGCAGGCATGCCAGACACAGCGCCGTCAGGCGCTGTTTTTTTCATCCCTTCCGCGATTTTTACGCCGCTACCGGATTATGCCGTGACGCATCGAACGGCACGCCTGACTTCAGCACTCCATACGCCA‑CCTGTGCCAGCTTGCGCATCATCGCGCCGAGAATCACCTTTCCTTTCTTGCCATTAGCCGCCAGACGGTCGCGGAACGCCCGTCCCCACTCAGTC > CP006584/2030509‑2031059 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |