New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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? | CP006584 | 3419690 = | 133 (1.320) | coding (2032/2517 nt) | LY180_16245 | membrane protein | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 136 total aligned reads displayed.
TTCCGTTAGAACGCTGGTTACCGCGTAGCCGGGTTTCCTATCAGATGACCAGCCAGAAAGATCGCCCAACCCAACATGAAATGCGTCTTGATGGCTCACTGCTGGATGATGGTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGTAGCCTGAACGCCAGTTACCGTTCACCTTATGGCACCTTCAGTGCCGGATACAGCTACGGTAATGACAGCAGCCAATACAATTACGGCGTTACCGGCGGCGTGGTTATCCATCCTCATGGCGTGACGCTCTCGCAATATCTGGGCAACGCTTTTGCGCTTATCGATGCTAATGGGGCTTCTGGCGTGAGGATACAAAAC‑TATCCGGGGATTGCTACTGATCCCTTTGGCTATGCAGTGGTTCCTTATCTCACGACTTACCAGGAAAACCGTCTCTCGGTAGATACTACGCAGCTGCCCGATAACGTCGATCTTGAGCAAACAACACAGTTTGTGGTGCCCAACAGAGGTGCAATGGTAGCGGCGCGTTTCAACGCCAATATCGGTTATCGCGTACTTGTTACAGTCAGCGATCGCAACGGTAAACC > CP006584/3419367‑3419958 | ttCCGTTAGAACGCTGGTTACCGCGTAGCCGGGTTTCCTATCAGATGACCAGCCAGAAAGATCGCCCAACCCAACATGAAATGCGTCTTGATGGCTCACTGCTGGATGATGGTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGTAGCCTGAACGCCAGTTACCGTTCACCTTATGGCACCTTCAGTGCCGGATACAGCTACGGTAATGACAGCAGCCAATACAATTACGGCGTTACCGGCGGCGTGGTTATCCATCCTCATGGCGTGACGCtctc < 1:407977/298‑1 (MQ=255) cGCTGGTTACCGCGTAGCCGGGTTTCCTATCAGATGACCAGCCAGAAAGATCGCCCAACCCAACATGAAATGCGTCTTGATGGCTCACTGCTGGATGATGGTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGTAGCCTGAACGCCAGTTACCGTTCACCTTATGGCACCTTCAGTGCCGGATACAGCTACGGTAATGACAGCAGCCAATACAATTACGGCGTTACCGGCGGCGTGGTTATCCATCCTCATGGCGTGACGCTCTCGCAATATCTgg < 1:454435/298‑1 (MQ=255) cTGGTTACCGCGTAGCCGGGTTTCCTATCAGATGACCAGCCAGAAAGATCGCCCAACCCAACATGAAATGCGTCTTGATGGCTCACTGCTGGATGATGGTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGTAGCCTGAACGCCAGTTACCGTTCACCTTATGGCACCTTCAGTGCCGGATACAGCTACGGTAATGACAGCAGCCAATACAATTACGGCGTTACCGGCGGCGTGGTTATCCATCCTCATGGCGTGACGCTCTCGCAATATCTGGGc > 1:632258/1‑298 (MQ=255) tGGTTACCGCGTAGCCGGGTTTCCTATCAGATGACCAGCCAGAAAGATCGCCCAACCCAACATGAAATGCGTCTTGATGGCTCACTGCTGGATGATGGTCGCCTGAGCTATAGCCTGGAACAAAGTCTGGATGACGATAACAACCATAACAGTAGCCTGAACGCCAGTTACCGTTCACCTTATGGCACCTTCAGTGCCGGATACAGCTACGGTAATGACAGCCGCCAACCAACTTACGGGTTTAACGGCGTGGTGGTTTGCAAGCACCATGGCGTCAACCTCCCGCAACACCTGGGcc > 2:464548/1‑297 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |