| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP006584 | 4496128 = | NA (NA) | 134 (1.420) | 107/538 | 0.0 | 99.3% | intergenic (‑2037/‑83) | LY180_21445/LY180_21450 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | CP006584 | 4565632 = | 1 (0.010) | intergenic (‑372/+82) | LY180_21775/LY180_21780 | hypothetical protein/lysine 2,3‑aminomutase | |||||
Only 100 of 654 total aligned reads displayed.
AATAGTTGTTAAAATAACATAAATAGCCGTACTCACTCTATATAAACAGAAAAGAAAGGTTAATTATTGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTATGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATCCATTCAATTTCAATGCACGATGTAGGCCTGATACTGATGAATCCCCTAATGATTTTTATC‑AAAATCATTAGGGGATTCATCAGGGCCTGATAAGCGTAGCGAATCAGGCAATTTTAATGTTTAACTTCCCTGTTTAATCAGTTACTGCTGGCGTAGCTGGAGATCCAGCGGCGTTTTGCTGGGTTCGCCGCCAATTTCTCGCGCCAGTTTCGGCACCAGATATCCCGACACCAGTGTCAGCAACTCACGCATAATCTGCCGTGCTTCGTCATCACTCACCATAAAATGCGCCGCGCCCTGTACTTTATCGAGCACATGCAGGTAATACGGCATTACGCCGGCATCGAACAACGCATT > CP006584/4565335‑4565929 | tgtggaggtgacgattacctaacaatcggtcgattcgtttgatgttatgttttgttctcgctttggttggcaggttacggccaagttcggtaagagtgagagttttacagtcaagtaatgcgtggcaagccaacgttaagctgttgagtcgttttaagtgtaattcggggcagaattggtaaagagagtcgtgtaaaatatcgagttcgcacatcttgttgtctgattattgatttttcgcgaaaccatttgatcatatgacaagatgtgtatccaccttaacttaatgatttttacc < 1:895463‑M2/1‑1 (MQ=255)tggggaggtgacgattactttacaattggttgatttgtttgatgttatgtttggttttcgttttggttggcaggttacggccaagttcggtaagagggagagttttacagtcaagtaatgcgtggcaagccaacgttaagctgttgagtcgttttaagtgtaattcggggcagaattggtaaagagagtcgtgtaaaatatcgagttcgcacatcttgttgtctgattattgatttttcgcgaaaccatttgatcatatgacaagatgtgtatccaccttaacttaatgatttttacc < 2:428056‑M2/1‑1 (MQ=255)ggtggggggtagggttaccgaaccattgttcgattcggttgttgtttttttttgtgcttgttttggtttgccggttactgcaaagttcggtaagagtgagagttttacagtcaagtactgcgtggcaagccaacgttaagctgttgagtcgttttaagtgtaatgcggggcagaattggtaaagagagtcgtttaaaatatcgaggtcgcacatcttgttgtctgattattgatttttcgcgaaaccatttgatcatatgacaagatgtgtatccaccttaacttaatgatttttacc < 2:194023‑M2/1‑1 (MQ=255) aTAGTTGTTAAAATAACATAAATAGCCGTACTCACTCTATATAAACAGAAAAGAAAGGTTAATTATTGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTATGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATCCATTCAATTTCAATGCACGATGTAGGCCTGATACTGATGAATCCCCTAATGATTTTTATCa < 1:716906‑M2/298‑2 (MQ=255) ggggggacgattacctaacaatcggttgattcgtttgatgttatgttttgttctcgctttggttggcaggttacggccaagttcggtaagagtgagagttttacagtcaagtaatgcgtggcaagccaacgttaagctgttgagtcgttttaagtgtaattcggggcagaattggtaaagagagtcgtgtaaaatatcgagttcgcacatcttgttgtctgattattgatttttcgcgaaaccatttgatcatatgacaagatgtgtatccaccttaacttaatgatttttacC‑aaaa < 2:304482‑M2/5‑1 (MQ=255) aggtgacgattacctaacaatcggtcgattcgtttgatgttatgttttgttctcgctttggttggcaggttacggccaagttcggtaagagtgagagttttacagtcaagtaatgcgtggcaagccaacgttaagctgttgagtcgttttaagtgtaattcggggcagaattggtaaagagagtcgtgtaaaatatcgagttcgcacatcttgttgtctgattattgatttttcgcgaaaccatttgatcatatgacaagatgtgtatccaccttaacttaatgatttttacC‑AAAAt < 1:808427‑M2/6‑1 (MQ=255) aggtgacgattacctaacaatcggtcgattcgtttgatgttatgttttgttctcgctttggttggcaggttacggccaagttcggtaagagtgagagttttacagtcaagtaatgcgtggcaagccaacgttaagctgttgagtcgttttaagtgtaattcggggcagaattggtaaagagagtcgtgtaaaatatcgagttcgcacatcttgttgtctgattattgatttttcgcgaaaccatttgatcatatgacaagatgtgtatccaccttaacttaatgatttttacC‑AAAAt < 1:250446‑M2/6‑1 (MQ=255) ggtgacgattacctaactgtcggtcgattcttttgatgttatgttttgttctcgctgtggttggcaggttacgaccaagttcggtaagagtgagagttttacagtcaagtaatgcgtggcaagccaacgttaagctgttgagtcgttttaagtgtaattcggggcagaattggtaaagagagtcgtgtaaaatatctagttcgcacatcttgttgtctgattattgatttttcgcgaaaccatttgatcatatgacaagatgtgtatccaccttaacttaatgatttttacC‑AAAATc < 2:747835‑M2/7‑1 (MQ=255) ggtgacgattacctaacaatcggtcgattcgtttgatgttatgttttgttctcgctttggttggcaggttacggccaagttcggtaagagtgagagttttacagtcaagtaatgcgtggcaagccaacgttaagctgttgagtcgttttaagtgtaattcggggcagaattggtaaagagagtcgtgtaaaatatcgagttcgcacatcttgttgtctgattattgatttttcgcgaaaccctttgatcatatgacaagatgtgtattccccctaacttaatgatttttacC‑AAAATc > 2:389248‑M2/292‑298 (MQ=255) ggtgacgattacctaacaatcggtcgattcgtttgatgttatgttttgttctcgctttggttggcaggttacggccaagttcggtaagagtgagagttttacagtcaagtaatgcgtggcaagccaacgttaagctgttgagtagttttaagtgtaattcggggcagaattggtaaagagagtcgtgtaaaatatcgagttcgcacatcttgttgtctgattattgatttttcgcgaaaccatttgatcataagacaagatgtgtatccaccttaacttaatgatttttacC‑AAAATc > 1:611757‑M2/292‑298 (MQ=255) 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acgattacctaacaatcggtcgattcgtttgatgttatgttttgttctcgctttggttggcaggttacggccaagttcggtaagagtgagagttttacagtcaagtaatgcgtggcaagccaacgttaagctgttgagtcgttttaagtgtaattcggggcagaattggtaaagagagtcgtgtaaaatatcgagttcgcacatcttgttgtctgattattgatttttcgcgaaaccatttgatcatatgacaagatgtgtatccaccttaacttaatgatttttacC‑AAAATCATTa < 1:319619‑M2/11‑1 (MQ=255) gtatttcctaacaattggtgtagtctttttttgttatgtgttgtgctcgctttggttggcaggttacggccaagttcgttaagggtgagaggtttacagtcaagtaattcgtggcaagacaacgttaagctttttggtcgttttaagtgtaattcggggcagaattggtaaagggagtcgtgtaaaatatcgagttcgcacatcttgttgtctgattattgatttttcgcgaaaccatttgatcatatgacaagatgtgtatccaccttaacttaatgatttttacC‑AAAATCATTAg < 2:805888‑M2/12‑1 (MQ=255) cgattacctaacaatcggtcgattcgtttgatgttatgttttgttctcgctttggttggcaggttacggccaagttcggtaagagtgagagttttacagtcaagtaatgcgtggcaagccaacgttaagctgttgagtcgttttaagtgtaattcggggcagaattggtaaagagagtcgtgtaaaatatcgagttcgcacatcttgttgtctgattatttatttttcgcgaaaccatttgatcatatgacaagatgtgtatccaccttaacttaattatttttacC‑AAAATAATtat > 2:548305‑M2/287‑297 (MQ=255) cgattacctaacaatcggtcgattcgtttgatgttatgttttgttctcgctttggttggcaggttacggccaagttcggtaagagtgagagttttacagtcaagtaatgcgtggcaagccaacgttaagctgttgagtcgttttaagtgtaattcggggcagaattggtaaagagagtcgtgtaaaatatcgagttcgcacatcttgttgtctgattattgatttttcgcgaaaccatttgatcatatgacaagatgtgtatccaccttaacttaatgatttttacC‑AAAATCATTAg < 1:481597‑M2/12‑1 (MQ=255) cgattacctaacaatcggtcgattcgtttgatgttatgttttgttctcgctttggttggcaggttacggccaagttcggtaagagtgagagttttacagtcaagtaatgcgtggcaagccaacgttaagctgttgagtcgttttaagtgtaattcggggcagaattggtaaagagagtcgtgtaaaatatcgagttcgcacatcttgttgtctgattattgatttttcgcgaaaccatttgatcatatgacaagatgtgtatccaccttaacttaatgatttttacC‑AAAATCATTAg < 1:953050‑M2/12‑1 (MQ=255) agagtacctaaaattcggtcgatttgttgtattgtagtttttgttctcgctttggttggcaggttacggccaagttcggtaagagtgagagttttacagtcaagtaatgcgtggcaagccaacgttaagctgttgagtcgttttaagtgtaattcggggcagaattggtaaagagagtcgtgtaaaatatcgagttcgcacatcttgttgtctgattattgatttttcgcgaaaccatttgatcatatgacaagatgtgtatccaccttaacttaatgatttttacC‑AAAATCATTAg < 2:33232‑M2/12‑1 (MQ=255) gattacctactagtcggtcgtttctgtggtttttttgtttttttctggctttggttggcgggttacggccaagttcggtaagagtgagagttttacagtcaagtaatgcgtggcaagccaacgttaagctgttgagtcgttttaagtgtaattctgggcagaattggtaaaggtagtcgtgtaaaatatcgagttcgcacatcttgttgtctgattattgatgtttcgcgaaaccatttgatcatatgacaagatgtgtatcaaccttaacttaatgatttgtacC‑AAAATCAGTAgg < 2:607212‑M2/13‑1 (MQ=255) gattacctaacaatcggtcgattcgtttgatgttatgttttgttctcgctttggttggcaggttacggccaagttcggtaagagtgagagttttacagtcaagtaatgcgtggcaagccaacgttaagctgttgagtcgttttaagtgtaattcggggcagaattggtaaagagagtcgtgtaaaatatcgagttcgcacatcttgttgtctgattattgatttttcgcgaaaccatttgatcatatgacaagatgtgtatccaccttaacttaatgatttttacC‑AAAATCATTAgg < 1:377303‑M2/13‑1 (MQ=255) gattacctaacaatcggtcgattcgtttgatgttatgttttgttctcgctttggttggcaggttacggccaagttcggtaagagtgagagttttacagtcaagtaatgcgtggcaagccaacgttaagctgttgagtcgttttaagtgtaattcggggcagaattggtaaagagagtcgtgtaaaatatcgagttcgcacatattgttgtctgattattgatttttcgcgaaaccattttatcatatgataagatgtgtatccaccttaacttacttatttttacC‑TAAATCATTAgg > 2:825890‑M2/286‑298 (MQ=255) attacctaacaatcggtcgattcgtttgatgttatgttttgttctcgctttggttggcaggttacggccaagttcggtaagagtgagagttttacagtcaagtaatgcgtggcaagccaacgttaagctgttgagtcgttttaagtgtaattcggggcagaattggtaaagagagtcgtgtaaaatatcgagttcgcacatcttgttgtctgattattgatttttcgcgaaaccatttgatcatatgacaagatgtgtatccaccttaacttaatgatttttacC‑AAAATCATTAggg > 1:547110‑M2/285‑298 (MQ=255) ttacttaacaattgggcgtttcgtttggtttattgtgtgttttcagctttggttggcaggttacggccaagttgggtaagggtgagagtttgacagtcaggtaatgcgtggcatgccaacgttaagctggtgagtcgttttaagtgtaattcggggcagaattggtaaagagagtcgtgtaaaatatcgagttcgcacatcttgttgtctgattattgatttttcgcgaaaccatttgatcatatgacaagatgtgtatccaccttaacttaatgatttttacC‑AAAATCATTAgggg < 2:557727‑M2/15‑1 (MQ=255) tacctaacaatcggtcgattcgtttgatgttatgttttgttctcgctttggttggcaggttacggccaagttcggtaagagtgagagttttacagtcaagtaatgcgtggcaagccaacgttaagctgttgagtcgttttaagtgtaattcggggcagaattggtaaagagagtcgtgtaaaatatcgagttcgcacatcttgttgtctgattattgatttttcgcgaaaccatttgatcatatgacaagatgtgtatccaccttaacttaatgatttttacC‑AAAATCATTAGGGGa < 1:623504‑M2/16‑1 (MQ=255) acctaacaatcggtcgattcgtttgatgttatgttttgttctcgctttggttggcaggttacggccaagttcggtaagagtgagagttttacagtcaagtaatgcgtggcaagccaacgttaagctgttgagtcgttttaagtgtaattcggggcagaattggtaaagagagtcgtgtaaaatatcgagttcgcacatcttgtttactgattattgatttttcgtgaaacaatttgatcacatgaaacgatttgtatcccccttaacttaatgatttttgcT‑AAATTCATtatgggta > 2:71702‑M2/282‑296 (MQ=255) acctaacaatcggtcgattcgtttgatgttatgttttgttctcgctttggttggcaggttacggccaagttcggtaagagtgagagttttacagtcaagtaatgcgtggcaagccaacgttaagctgttgagtcgttttaagtgtaattcggggcagaattggtaaagagagtcgtgtaaaatatcgagttcgcacatcttgttgtctgattattgatttttcgcgaaaccatttgatcatatgacaagatttttatccaccttaacttaattatttttacC‑TAAACCAATAGGGGAt > 2:738104‑M2/282‑298 (MQ=255) acctaacaatcggtcgattcgtttgatgttatgttttgttctcgctttggttggcaggttacggccaagttcggtaagagtgagagttttacagtcaagtaatgcgtggcaagccaacgttaagctgttgagtcgttttaagtgtaattcggggcagaattggtaaagagagtcgtgtaaaatatcgagttcgcacatcttgttgtctgattattgatttttcgcgaaaccatttgatcatatgacaagatgtgtatccaccttaacttaatgatttttacC‑AAAATCATTAGGGGAt < 1:748192‑M2/17‑1 (MQ=255) cctaacgtgtggtcgattcgtttgatgttttgttttgttcgcgcgttggttggcaggttacggccaagttcggtaagagtgagagttttacagtcaagtaatgcgtggcaagccaacgttaagctgttgagtcgttttaagtgtaattcggggcagaattggtaaagagagtcgtgtaaaatatcgagttcgcacatcttgttgtctgattattgatttttcgcgaaaccatttgatcatatgacaagatgtgtatccaccttaacttaatgatttttacC‑AAAATCATTAGGGGAtt < 2:881673‑M2/18‑1 (MQ=255) cctaacaatcggtcgattcgtttgatgttatgttttgttctcgctttggttggcaggttacggccaagttcggtaagagtgagagttttacagtcaagtaatgcgtggcaagccaacgttaagctgttgagtcgttttaagtgtaattcggggcagaattggtaaagagagtcgtgtaaaatatcgagttcgcacatcttgttgtctgattattgatttttcgcgaaaccatttgctcatatgacaagatttgtatccaccttaaattaattatttttacC‑AAAATCATTAGGGGAtt > 2:957516‑M2/281‑298 (MQ=255) cctaacaatcggtcgattcgtttgatgttatgttttgttctcgctttggttggcaggttacggccaagttcggtaagagtgagagttttacagtcaagtaatgcgtggcaagccaacgttaagctgttgagtcgttttaagtgtaattcggggcagaattggtaaagagagtcgtgtaaaatatcgagttcgcacatcttgttgtctgattattgatttttcgcgaaaccatttgatcatatgacaagatgtgtatccaccttaacttaatgatttttacC‑AAAATCATTAGGGGAtt > 1:759328‑M2/281‑298 (MQ=255) ctaacaatcggtcgattcgtttgatgttatgttttgttctcgctttggttggcaggttacggccaagttcggtaagagtgagagttttacagtcaagtaatgcgtggcaagccaacgttaagctgttgagtcgttttaagtgtaattcggggcagaattggtaaagagagtcgtgtaaaatatcgagttcgcacatcttgttgtctgattattgatttttcgcgaaaccatttgatcatatgacaagatgtgtatccaccttaacttaatgatttttacC‑Aaaatcattaagatcgga > 1:50221‑M2/280‑290 (MQ=255) ctaacaatcggtcgattcgtttgatgttatgttttgttctcgctttggttggcaggttacggccaagttcggtaagagtgagagttttacagtcaagtaatgcgtggcaagccaacgttaagctgttgagtcgttttaagtgtaattcggggcagaattggtaaagagagtcgtgtaaaatatcgagttcgcacatcttgttgtctgattattgatttttcgcgaaaccatttgatcatatgacaagatgtgtatccaccttaacttaatgatttttacC‑AAAATCATTAGGGGATtc < 1:150327‑M2/19‑1 (MQ=255) taacagtcgttgtatttgtttgttgttttgtttttttttcgtgttggttggcaggttacggccaagttcggtaagagtgagagttttacagtcaagtaatgcgtggcaagccaacgttaagctgttgagtcgttttaagtgtaattcggggcagaattggtaaagagagtcgtgtaaaatatcgagttcgcacatcttgttgtctgattattgatttttcgcgaaaccatttgatcatatgacaagatgtgtatccaccttaacttaatgatttttacC‑AAAATCATTAGGGGATtca < 2:265633‑M2/20‑1 (MQ=255) 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acaagatgtgtatccaccttaacttaatgatttttacC‑AAAATCATTAGGGGATTCATCAGGGCCTGATAAGCGTAGCGAATCAGGCAATTTTAATGTTTAACTTCCCTGTTTAATCAGTTACTGCTGGCGTAGCTGGAGATCCAGCGGCGTTTTGCTGGGTTCGCCGCCAATTTCTCGCGCCAGTTTCGGCACCAGATATCCCGACACCAGTGTCAGCAACTCACGCATAATCTGCCGTGCTTCGTCATCACTCACCATAAAATGCGCCGCGCCCTGTACTTTATCGAGCACATGCa > 1:118273‑M2/38‑298 (MQ=255) gatgaATCCCCTAATGATTTTTATCaaaatcattaagttaaggtagatacacatcttgtcatatgatcaaatggtttcgccaaaaatcaataatcagacaacaaaatgtgcgaactcgatattttacacgactctctttaccaattctgccccgaattacacttaaaacgactcaacagcttaacgttggcttgccacgccttacttgactgtaaaactctcacacttaccgaacttggccgtaacctgccaaccaaagcgagaacaaaacataacatcaaacgaatcgaccgattgt > 1:275939‑M2/1‑25 (MQ=255) ccccTAATGATTTTTATCaaaatcattaagttaaggtagatacacatcttgtcatatgatcaaatggtttcgccaaaaatcaataatcagacaacaaaatgtgcgaactcgatattttacacgactctctttaccaattctgccccgaattacacttaaaacgactcaacagcttaacgttggcttgccacgccttacttgactgtaaaactctcactcttaccgaacttggccgtaacctgccaaccaaagcgagaacaaaacataacatcaaacgaatcgaccgattgttaggtaa > 1:984665‑M2/1‑18 (MQ=255) ccTAATGATTTTTATCaaaatcattaagttaaggtagatacacatcttgtcatatgatcaaatggtttcgccaaaaatcaataatcagacaacaaaatgtgcgaactcgatattttacacgactctctttaccaattctgccccgaattacacttaaaacgactcaacagcttaacgttggcttgccacgccttacttgactgtaaaactctcactcttaccgaacttggccgtaacctgccaaccaaaccgagaacaaaacataacatcaaaccaatcgaccgattattaggtaata < 2:1015209‑M2/298‑283 (MQ=255) ccTAATGATTTTTATCaaaatcattaagttaaggtagatacacatcttgtcatatgatcaaatggtttcgccaaaaatcaataatcagacaacaaaatgtgcgaactcgatattttacacgactctctttaccaattctgccccgaattacacttaaaacgactcaacagcttaacgttggcttgccacgccttacttgactgtaaaactctcactcttaccgaacttggccgtaacctgc < 2:154838‑M2/241‑226 (MQ=255) aTTTTTATCaaaatcattaagttaaggtagatacacatcttgtcatatgatcaaatggtttcgccaaaaatcaataatcagacaacaaaatgtgcgaactcgatattttacacgactctctttaccaattctgccccgaattacacttaaaacgactcaacagcttaacgttggcttgccacgccttacttgactgtaaaactctcactcttaccgaacttggccgtaacctgccaaccaaagcgcgaacaaaaaacaccataaaacaaaccgaccgattgttaggtaatctaaaccc < 2:228247‑M2/298‑290 (MQ=255) | AATAGTTGTTAAAATAACATAAATAGCCGTACTCACTCTATATAAACAGAAAAGAAAGGTTAATTATTGGTGTTAGCTATATAAAAAGTAACAACAGCAATGCATATGAATAATTAAAGGTTATGCAACGGGCAAAGATTAAACTTCCCAGTTTAATGACAGGTTGCTGTACTTGCGTTTGTTGCTCTTGCCGGATGCAGCGTAAACGCCTTATCCGGCCTACAGTTCATTGCAAATCCATTCAATTTCAATGCACGATGTAGGCCTGATACTGATGAATCCCCTAATGATTTTTATC‑AAAATCATTAGGGGATTCATCAGGGCCTGATAAGCGTAGCGAATCAGGCAATTTTAATGTTTAACTTCCCTGTTTAATCAGTTACTGCTGGCGTAGCTGGAGATCCAGCGGCGTTTTGCTGGGTTCGCCGCCAATTTCTCGCGCCAGTTTCGGCACCAGATATCCCGACACCAGTGTCAGCAACTCACGCATAATCTGCCGTGCTTCGTCATCACTCACCATAAAATGCGCCGCGCCCTGTACTTTATCGAGCACATGCAGGTAATACGGCATTACGCCGGCATCGAACAACGCATT > CP006584/4565335‑4565929 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |