| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP006584 | 4,253,879 | 0 | G | A | 34.8% | 242.8 / 183.9 | 202 | intergenic (+1/‑63) | LY180_20335/LY180_20340 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (73/58); new base A (38/32); total (111/91) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.82e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.63e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 203 total aligned reads displayed.
GAACGTGAACGGCTGGTTTGTGCAATTGATGAATTGCGTGGGGCATTCTCAAAACGCCGTCAGGTTGGCGCAAGTGAGTATGCATATATTAGTTTTTTAACAGTCAGTCAGCGCCGTACTTTATTTATGCACGCACGACTGACAGAAAAAGAATTTAACCAGCCATACTGGCGAATTAATGAAGAGTCATGTTACTGGCGTGATGCTTTATTCCGTGCATTACGTGAATTATTCAGTCTGTTTGAGTATGCACCGACAATTCTGACGTCGGTAAAACCAGAGCAATATCTGCATTAAGTAATTAACCAGAGTTTTTAACGCACTTAATCGTGCGGGGCTTCTTTTTGCCTGGAGAAAGTCATGCAT‑ACAGTTTCTGAAAATCAGTGCGGTAAATTCGCATTACTGCTGCAACAGGCCAGAACCGAAGCACAGGCCGACGCTGCGACGCGCTTTTCTTCTCATCTTGACGCCATGATTCGCCACATCACAAAGGCGGAGTTATCCCGCGTGGAGATAGTCGAGCTGCTCAGTCAGGAGTCGGAAAAATTTCACAACATCGGATTGTCTCGCGGGGAGGTGCTTTGATGTCCTG > CP006584/4253582‑4254173 | gAACGTGAACGGCTGGTTTGTGCAATTGATGAATTGCGTGGGGCATTCTCAAAACGCCGTCAGGTTGGCGCAAGTGAGTATGCATATATTAGTTTTTTAACAGTCAGTCAGCGCCGTACTTTATTTATGCACGCACGACTGACAGAAAAAGAATTTAACCAGCCATACTGGCGAATTAATGAAGAGTCATGTTACTGGCGTGATGCTTTATTCCGTGCATTACGTGAATTATTCAGTCTGTTTGAGTATGCACCGACAATTCTGACGTCGGTAAAACCAGAGCAATATCTGCATTAAg < 1:182519/298‑1 (MQ=255) aaCGGCTGGTTTGTGCAATTGATGAATTGCGTGGGGCATTCTCAAAACGCCGTCAGGTTGGCGCAAGTGAGTATGCATATATTAGTTTTTTAACAGTCAGTCAGCGCCGTACTTTATTTATGCACGCACGACTGACAGAAAAAGAATTTAACCAGCCATACTGGCGAATTAATGAAGAGTCATGTTACTGGCGTGATGCTTTATTCCGTGCATTACGTGAATTATTCAGTCTGTTTGAGTATGCACCGACAATTCTGACGTCGGTAAAACCAGAGCAATATCTGCATTAAGTAATTaa < 1:642580/298‑1 (MQ=255) tGGTTTGTGCAATTGATGAATTGCGTGGGGCATTCTCAAAACGCCGTCAGGTTGGCGCAAGTGAGTATGCATATATTAGTTTTTTAACAGTCAGTCAGCGCCGTACTTTATTTATGCACGCACGACTGACAGAAAAAGAATTTAACCAGCCATACTGGCGAATTAATGAAGAGTCATGTTACTGGCGTGATGCTTTATTCCGTGCATTACGTGAATTATTCAGTCTGTTTGAGTATGCACCGACAATTCTGACGTCGGTAAAACCAGAGCAATATCTGCATTAAGTAATTAACCagag > 1:600144/1‑298 (MQ=255) gCAATTGATGAATTGCGTGGGGCATTCTCAAAACGCCGTCAGGTTGGCGCAAGTGAGTATGCATATATTAGTTTTTTAACAGTCAGTCAGCGCCGTACTTTATTTATGCACGCACGACTGACAGAAAAAGAATTTAACCAGCCATACTGGCGAATTAATGAAGAGTCATGTTACTGGCGTGATGCTTTATTCCGTGCATTACGTGAATTATTCAGTCTGTTTGAGTATGCACCGACAATTCTGACGTCGGTAAAACCAGAGCAATATCTGCATTAAGTAATTAACCAGAGTTTTTAAc < 1:917449/298‑1 (MQ=255) 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tGCATTAAATAATTAACCAGAGTTTTTAACGTACTTAATCGTGCGGGGCTTCTTTTTGCCTGGAGAAAGTCATGCAT‑ACAGTTTCTGAAAATCAGTGCGGTAAATACGCATTACTGCTGCAACAGGCCAGAACCGAAGCACAGGCCGACGCTGCAACGCGCTTTTCTTCTCATCTTGACGCCATGATTCGCCACATCACAAAGGCGGAGTTATCCCGCGTGGAGATAGTCGAGCTGCTCAGTCAGGAGTCGGAAAAATTTCACAATATCGGATTGTCTCGCGGGGAGGTGCTTTGATg < 1:114081/298‑1 (MQ=255) gCATTAAATAATTAACCAGAGTTTTTAACGTACTTAATCGTGCGGGGCTTCTTTTTGCCTGGAGAAAGTCATGCAT‑ACAGTTTCTGAAAATCAGTGCGGTAAATACGCATTACTGCTGCAACAGGCCAGAACCGAAGCACAGGCCGACGCTGCAACGCGCTTTTCTTCTCATCTTGACGACATGATTCGCCACATCACAAAGGCGGAGTTATCCCGCGTGGAGAGAGTCGAGCTGCTCAGTCAGGAGTCGGAAAAATTTCACAAAATCGGATTGTCTCGCGGGGAGGCGCATTGAGGt > 2:808661/1‑298 (MQ=18) tAAGTAATTAACCAGAGTTTTTAACGCACTTAATCGTGCGGGGCTTCTTTTTGCCTGGAGAAAGTCATGCAT‑ACAGTTTCTGAAAATCAGTGCGGTAAATTCGCATTACTGCTGCAACAGGCCAGAACCGAAGCACAGGCCGACGCTGCGACGCGCTTTTCTTCTCATCTTGACGCCATGATTCGCCACATCACAAAGGCGGAGTTATCCCGCGTGGAGATAGTCGAGCTGCTCAGTCAGGAGTCGGAAAAATTTCACAACATCGGATTGTCTCGCGGGGAGGTGCTTTGATGTCCTg < 1:564520/298‑1 (MQ=255) | GAACGTGAACGGCTGGTTTGTGCAATTGATGAATTGCGTGGGGCATTCTCAAAACGCCGTCAGGTTGGCGCAAGTGAGTATGCATATATTAGTTTTTTAACAGTCAGTCAGCGCCGTACTTTATTTATGCACGCACGACTGACAGAAAAAGAATTTAACCAGCCATACTGGCGAATTAATGAAGAGTCATGTTACTGGCGTGATGCTTTATTCCGTGCATTACGTGAATTATTCAGTCTGTTTGAGTATGCACCGACAATTCTGACGTCGGTAAAACCAGAGCAATATCTGCATTAAGTAATTAACCAGAGTTTTTAACGCACTTAATCGTGCGGGGCTTCTTTTTGCCTGGAGAAAGTCATGCAT‑ACAGTTTCTGAAAATCAGTGCGGTAAATTCGCATTACTGCTGCAACAGGCCAGAACCGAAGCACAGGCCGACGCTGCGACGCGCTTTTCTTCTCATCTTGACGCCATGATTCGCCACATCACAAAGGCGGAGTTATCCCGCGTGGAGATAGTCGAGCTGCTCAGTCAGGAGTCGGAAAAATTTCACAACATCGGATTGTCTCGCGGGGAGGTGCTTTGATGTCCTG > CP006584/4253582‑4254173 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |