| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (73/59); new base T (42/38); total (116/99) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.76e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.58e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 216 total aligned reads displayed.
AATTGATGAATTGCGTGGGGCATTCTCAAAACGCCGTCAGGTTGGCGCAAGTGAGTATGCATATATTAGTTTTTTAACAGTCAGTCAGCGCCGTACTTTATTTATGCACGCACGACTGACAGAAAAAGAATTTAACCAGCCATACTGGCGAATTAATGAAGAGTCATGTTACTGGCGTGATGCTTTATTCCGTGCATTACGTGAATTATTCAGTCTGTTTGAGTATGCACCGACAATTCTGACGTCGGTAAAACCAGAGCAATATCTGCATTAAGTAATTAACCAGAGTTTTTAACGCACTTAATCGTGCGGGGCTTCTTTTTGCCTGGAGAAAGTCATGCATACAGTTTCTGAAAATCAGTGCGGTAAATTCGCATTACTGCTGCAACAGGCCAGAACCGAAGCACAGGCCGACGCTGCGACGCGCTTTTCTTCTCATCTTGACGCCATGATTCGCCACATCACAAAGGCGGAGTTATCCCGCGTGGAGATAGTCGAGCTGCTCAGTCAGGAGTCGGAAAAATTTCACAACATCGGATTGTCTCGCGGGGAGGTGCTTTGATGTCCTGTTCTCATTCAGTTGTATTACTGA > CP006584/4253605‑4254196 | aaTTGATGAATTGCGTGGGGCATTCTCAAAACGCCGTCAGGTTGGCGCAAGTGAGTATGCATATATTAGTTTTTTAACAGTCAGTCAGCGCCGTACTTTATTTATGCACGCACGACTGACAGAAAAAGAATTTAACCAGCCATACTGGCGAATTAATGAAGAGTCATGTTACTGGCGTGATGCTTTATTCCGTGCATTACGTGAATTATTCAGTCTGTTTGAGTATGCACCGACAATTCTGACGTCGGTAAAACCAGAGCAATATCTGCATTAAGTAATTAACCAGAGTTTTTAACGc > 1:619659/1‑298 (MQ=255) 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ttAACGCACTTAATCGTGCGGGGCTTCTTTTTGCCTGGAGAAAGTCATGCATACAGTTTCTGAAAATCAGTGCGGTAAATTCGCATTACTGCTGCAACAGGCCAGAACCGAAGCACAGGCCGACGCTGCGACGCGCTTTTCTTCTCATCTTGACGCCATGATCCGCCCCCTCACAAAGGCGGAGTTATCCCGCGGGGGGATAGTCGCGCTGCTCCGTCAGGAGTCGGTAAAATTTCACAAACTCGGATAGTCTCCACGGGAGGTCCCTTGATGTCCTGTTCTCATTTTGTTGGATTAc > 2:424210/1‑298 (MQ=18) tAACGTACTTAATCGTGCGGGGCTTCTTTTTGCCTGGAGAAAGTCATGCATACAGTTTCTGAAAATCAGTGCGGTAAATACGCATTACTGCTGCAACAGGCCAGAACCGAAGCACAGGCCGACGCTGCAACGCGCTTTTCTTCTCATCTTGACGCCATGATTCGCCACATCACAAAGGCGGAGTTATCCCGCGTGGAGATAGTCGAGCTGCTCAGTCAGGAGTCGGAAAAATTTCACAATATCGGATTGTCTCGCGGGGAGGTGCTTTGATGTCCTGTTCTTATTCAGTTGTATTACt < 1:842041/298‑1 (MQ=255) aCGCACTTAATCGTGCGGGGCTTCTTTTTGCCTGGAGAAAGTCATGCATACAGTTTCTGAAAATCAGTGCGGTAAATTCGCATTACTGCTGCAACAGGCCAGAACCGAAGCACAGGCCGACGCTGCGACGCGCTTTTCTTCTCATCTTGACGCCATGATTCGCCACATCACAAAGGCGGAGTTATCCCGCGTGGAGATAGTCGAGCTGCTCAGTCAGGAGTCGGAAAAATTTCACAACATCGGATTGTCTCGCGGGGGGGTGCTTTGATGTCCTGTTCTCATTCAGTTGTATTACTGa < 1:342840/298‑1 (MQ=255) | AATTGATGAATTGCGTGGGGCATTCTCAAAACGCCGTCAGGTTGGCGCAAGTGAGTATGCATATATTAGTTTTTTAACAGTCAGTCAGCGCCGTACTTTATTTATGCACGCACGACTGACAGAAAAAGAATTTAACCAGCCATACTGGCGAATTAATGAAGAGTCATGTTACTGGCGTGATGCTTTATTCCGTGCATTACGTGAATTATTCAGTCTGTTTGAGTATGCACCGACAATTCTGACGTCGGTAAAACCAGAGCAATATCTGCATTAAGTAATTAACCAGAGTTTTTAACGCACTTAATCGTGCGGGGCTTCTTTTTGCCTGGAGAAAGTCATGCATACAGTTTCTGAAAATCAGTGCGGTAAATTCGCATTACTGCTGCAACAGGCCAGAACCGAAGCACAGGCCGACGCTGCGACGCGCTTTTCTTCTCATCTTGACGCCATGATTCGCCACATCACAAAGGCGGAGTTATCCCGCGTGGAGATAGTCGAGCTGCTCAGTCAGGAGTCGGAAAAATTTCACAACATCGGATTGTCTCGCGGGGAGGTGCTTTGATGTCCTGTTCTCATTCAGTTGTATTACTGA > CP006584/4253605‑4254196 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |