Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP006584 | 269,041 | 0 | T | C | 43.0% | 42.3 / 188.9 | 157 | D96D (GAT→GAC) | LY180_01180 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (44/45); new base C (30/37); total (74/83) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.28e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.31e-01 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 162 total aligned reads displayed.
GAGAACAAAATGGAACTTAAAAAGTTGATGGAACATATTTCTATTATCCCCGATTACAGACAAGCCTGGAAAGTAGAACATAAATTGACAGATATTCTACTGTTGACTATTTGCGCTGTCATTTCTGGTGCAGAAGGCTGGGAAGATATAGAGGATTTTGGTGAAACACATCTCGATTTTTTGAAGCAATATGGTGATTTTGAAAATGGTATTCCTGTTCACGATACCATTGCCAGCGTTGTATCCTGTATCAGTCCTGCAAAATTTCACGAGTGCTTTATTAACTGGATGCGTGATTGTCATTCTTCAGATGATAAAGACGTCATTGCAATTGATGGAAAAACGCTCCGGCACTCTTATGACAAGAGTCGCCGCAGGGGAGCGATCAGGGAAAGATCATCAGAAGTTCACTTTTTGTACTAAATAATTCGCATTTTATGTTTAAAAATTGAGATATTCCTTATTACCTGAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACATAATTAAGGAGAACAAAATGGAACTTAAAAAATTGATGGAACATATTTCTATTATCCCCGATTACAGACAAGCCTGGAAAG > CP006584/268745‑269338 | gagaACAAAATGGAACTTAAAAAGTTGATGGAACATATTTCTATTATCCCCGATTACAGACAAGCCTGGAAAGTAGAACATAAATTGACAGATATTCTACTGTTGACTATTTGCGCTGTCATTTCTGGTGCAGAAGGCTGGGAAGATATAGAGGATTTTGGTGAAACACATCTCGATTTTTTGAAGCAATATGGTGATTTTGAAAATGGTATTCCTGTTCACGATACCATTGCCAGCGTTGTATCCTGTATCAGTCCTGCAAAATTTCACGAGTGCTTTATTAACTGGATGCGTGAtt > 1:890591/1‑298 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |