| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP006584 | 269,044 | 0 | T | C | 42.7% | 50.1 / 185.5 | 157 | C97C (TGT→TGC) | LY180_01180 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (45/45); new base C (29/38); total (74/83) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.23e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 158 total aligned reads displayed.
AAATGGAACTTAAAAAGTTGATGGAACATATTTCTATTATCCCCGATTACAGACAAGCCTGGAAAGTAGAACATAAATTGACAGATATTCTACTGTTGACTATTTGCGCTGTCATTTCTGGTGCAGAAGGCTGGGAAGATATAGAGGATTTTGGTGAAACACATCTCGATTTTTTGAAGCAATATGGTGATTTTGAAAATGGTATTCCTGTTCACGATACCATTGCCAGCGTTGTATCCTGTATCAGTCCTGCAAAATTTCACGAGTGCTTTATTAACTGG‑ATGCGTGATTGTCATTCTTCAGATGATAAAGACGTCATTGCAATTGATGGAAAAACGCTCCGGCACTCTTATGACAAGAGTCGCCGCAGGGGAGCGATCAGGGAAAGATCATCAGAAGTTCACTTTTTGTACTAAATAATTCGCATTTTATGTTTAAAAATTGAGATATTCCTTATTACCTGAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACATAATTAAGGAGAACAAAATGGAACTTAAAAAATTGATGGAACATATTTCTATTATCCCCGATTACAGACAAGCCTGGAAAG > CP006584/268752‑269338 | aaaTGGAACTTAAAAAGTTGATGGAACATATTTCTATTATCCCCGATTACAGACAAGCCTGGAAAGTAGAACATAAATTGACAGATATTCTACTGTTGACTATTTGCGCTGTCATTTCTGGTGCAGAAGGCTGGGAAGATATAGAGGATTTTGGTGAAACACATCTCGATTTTTTGAAGCAATATGGTGATTTTGAAAATGGTATTACTGTTCACGATACCATTGCCAGCGTTGTATCCTGTATCAGTCCTGCAAAATTTCACGAGTGCTTTATTAACTGG‑ATGCGTGATTGTCAttc > 1:714630/1‑298 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |