Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP006584 | 269,403 | 0 | T | C | 48.6% | 6.9 / 270.0 | 191 | G43G (GGT→GGC) | LY180_01185 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (59/35); new base C (52/37); total (115/76) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.50e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.78e-02 | |||||||||||
Rejected as consensus: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 192 total aligned reads displayed.
GCCGCAGGGGAGCGATCAGGGAAAGATCATCAGAAGTTCACTTTTTGTACTAAATAATTCGCATTTTATGTTTAAAAATTGAGATATTCCT‑TATTACCTGAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACATAATTAAGGAGAACAAAATGGAACTTAAAAAATTGATGGAACATATTTCTATTATCCCCGATTACAGACAAGCCTGGAAAGTGGAACATAAATTATCGGATATTCTACTGTTGACTATTTGTGCCGTTATTTCTGGTGCAGAGGGTTGGGAAGATATAGAGGATTTTGGGGAAACACATCTCGATTTTTTGAAGCAATATGGTGATTTTGAAAATGGTATTCCTGTTCACGATACCATTGCCAGAGTTGTATCCTGTATCAGTCCTGCAAAATTTCACGAGTGCTTTATTAACTGGATGCGTGAC‑TGCCATTCTTCAGATGATAAAGACGTCATTGCAATTGATGGAAAAACGCTCCGGCACTCTTATGACAAGAGTCGCCGCAGGGGAGCGATTCATGTCATTAGTGCGTTCTCAACAATGCACAGTCTGGTCATCGGACA > CP006584/269115‑269699 | gccgcAGGGGAGCGATCAGGGAAAGATCATCAGAAGTTCACTTTTTGTACTAAATAATTCGCATTTTATGTTTAAAAATTGAGATATTCCT‑TATTACCTGAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACATAATTAAGGAGAACAAAATGGAACTTAAAAAATTGATGGAACATATTTCTATTATCCCCGATTACAGACAAGCCTGGAAAGTGGAACATAAATTATCGGATATTCTACTGTTGACTATTTGTGCCGTTATTTCTGGTGCAGAGGGTTGGGAAGat < 2:314441/298‑1 (MQ=40) ggggAGCGATCAGGGAAAGATCATCAGAAGTTCACTTTTTGTACTAAATAATTCGCATTTTATGTTTAAAAATTGAGATATTCCT‑TATTACCTGAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACATAATTAAGGTGAACAAAATGGAACTTAAAAAATTGATGGAACATATTTCTATTATCCCCGATTACAAACAAACCTGAAAAGTGGAACATAAATTATCGGATATTCTACTGTTGACTATTTGTGCCGTTATTTCGTGTGCAATGGGTTGGGGAGATTAagag > 2:164624/1‑298 (MQ=11) gAGCGATCAGGGAAAGATCATCAGAAGTTCACTTTTTGTACTAAATAATTCGCATTTTATGTTTAAAAATTGAGATATTCCT‑TATTACCTGAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACATAATTAAGGAGAACAAAATGTAACTTAAAAAATGTATGGAACATATTTCTATTATCCCCGATTACAGACAAGCCTGGAAAGTGGAACATAAATTATCGGATATTCTACTGTTGACTATTTGTGCCGTTATTTCTGGTGCAGAGGGTTGGGAAGATATAGAGGAt < 2:378671/298‑1 (MQ=37) gCGATCAGGGAAAGATCATCATAAGTTTACTTTTTGTAACACATTATTTGTATTTTATGTTTAAAAATTTAAGTATTCCTGTATT‑CCTGAAGCTGTTTTTTTTTGCGTATATATGAGCAAATTTTCGTTTAATAAACAAGGAAACCAAAATTTAAATTAAAAAAGTGATGGAACATATTTCTATTATTCCCGATTACAGACAAGCCTGGAAAGTGGAACATAAATTATCGGATATTATACTGTTGACGATGTGTGCCGTTATTTCTGGTGCAGAGGGTTGGGAAGATAGAGAGGAttt < 2:240468/298‑1 (MQ=11) 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gTGCAGAAGTGTGGGAAGGTATAGAGGATTTTGGGGAAACACATCCCGATGTTTTGAAGTGATATGGTGATTTTGAAAATGGTATTCCTGTTCACGATATCATTGCCAGAGTTGTATCCTGTATCAGTCCTGCAAAATTTCACGAGTGCTTTATTAACTGGATGCGTGAC‑TGCCATTCTTCAGATGATAAAGACGTCATTGCAATTGATGGAAAAACGCTCCGGCACTCTTATGACAAGAGTCGTCGCAGGGGAGCGATTCATGTCATTAGTGCGTTCTCAACAATGCATAGTCTGGt < 2:852534/298‑1 (MQ=11) gagGGTTGGGAAGATATAGAGGATTTTGGGGAAACACATCTCGATTTTTTGAAGCAATATGGTGATTTTGAAAATGGTATTCCTGTTCACGATACCATTGCCAGAGTTGTATCCTGTATCAGTCCTGCAAAATTTCACGAGTGCTTTATTAACTGGATGCGTGAC‑TGCCATTCTTCAGATGATAAAGACGTCATTGCAATTGATGGAAAAACGCTCCGGCACTCTTATGACAAGAGTCGCCGCAGGGGAGCGATTCATGTCATTAGTGCGTTCTCAACAATGCACAGTCTGGTCATCg > 1:56903/1‑298 (MQ=33) gTTGGGAAGATATAGAGGATTTTGGGGAAACACATCTCGATTTTTTGAAGCAATATGGTGATTTTGAAAATGGTATTCCTGTTCACGATACCATTGCCAGAGTTGTATCCTGTATCAGTCCTGCAAAATTTCACGAGTGCTTTATTAACTGGATGCGTGAC‑TGCCATTCTTCAGATGATAAAGACGTCATTGCAATTGATGGAAAAACGCTCCGGCACTCTTATGACAAGAGTCGCCGCAGGGGAGCGATTCATGTCATTAGTGCGTTCTCAACAATGCACAGTCTGGTCATCGGACa < 1:465917/298‑1 (MQ=32) | GCCGCAGGGGAGCGATCAGGGAAAGATCATCAGAAGTTCACTTTTTGTACTAAATAATTCGCATTTTATGTTTAAAAATTGAGATATTCCT‑TATTACCTGAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACATAATTAAGGAGAACAAAATGGAACTTAAAAAATTGATGGAACATATTTCTATTATCCCCGATTACAGACAAGCCTGGAAAGTGGAACATAAATTATCGGATATTCTACTGTTGACTATTTGTGCCGTTATTTCTGGTGCAGAGGGTTGGGAAGATATAGAGGATTTTGGGGAAACACATCTCGATTTTTTGAAGCAATATGGTGATTTTGAAAATGGTATTCCTGTTCACGATACCATTGCCAGAGTTGTATCCTGTATCAGTCCTGCAAAATTTCACGAGTGCTTTATTAACTGGATGCGTGAC‑TGCCATTCTTCAGATGATAAAGACGTCATTGCAATTGATGGAAAAACGCTCCGGCACTCTTATGACAAGAGTCGCCGCAGGGGAGCGATTCATGTCATTAGTGCGTTCTCAACAATGCACAGTCTGGTCATCGGACA > CP006584/269115‑269699 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |