Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP006584 | 269,443 | 0 | T | G | 50.0% | 8.6 / 295.9 | 201 | F57V (TTT→GTT) | LY180_01185 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (60/40); new base G (56/44); total (117/84) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.67e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.98e-01 | |||||||||||
Rejected as consensus: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 204 total aligned reads displayed.
AGAAGTTCACTTTTTGTACTAAATAATTCGCATTTTATGTTTAAAAATTGAGATATTCCTTATTACCTGAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACATAATTAAGGAGAACAAAATGGAACTTAAAAAATTGATGGAACATATTTCTATTATCCCCGATTACAGACAAGCCTGGAAAGTGGAACATAAATTATCGGATATTCTACTGTTGACTATTTGTGCCGTTATTTCTGGTGCAGAGGGTTGGGAAGATATAGAGGATTTTGGGGAAACACATCTCGATTTTTTGAAGCAATATGGTGATTTTGAAAATGGTATTCCTGTTCACGATACCATTGCCAGAGTTGTATCCTGTATCAGTCCTGCAAAATTTCACGAGTGCTTTATTAACTGGATGCGTGAC‑TGCCATTCTTCAGATGATAAAGACGTCATTGCAATTGATGGAAAAACGCTCCGGCACTCTTATGACAAGAGTCGCCGCAGGGGAGCGATTCATGTCATTAGTGCGTTCTCAACAATGCACAGTCTGGTCATCGGACAGATCAAGACGGATGAGAAATCTAATGAGATTACAGCTA > CP006584/269146‑269737 | gAAGTTCACTTTTTGTACTAAATAATTCGCATTTTATGTTTAAAAATTGAGATATTCCTTATTACCTGAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACATAATTAAGGAGAACAAAATGGAACTTAAAAAATTGATGGAACATATTTCTATTATCCCCGATTACAGACAAGCCTGGAAAGTGGAACATAAATTATCGGATATTCTACTGTTGACTATTTGTGCCGTTATTTCTGGTGCAGAGGGTTGGGAAGATATAGAGGATTTTGGGGAAACACATCTCGAttt > 1:715529/1‑298 (MQ=35) 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ccTGAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACATAATTAAGGAGAACAAAATGGAACTTAAAAAATTGATGGAACATATTTCTATTATCCCCGATTACAGACAAGCCTGGAAAGTGGAACATAAATTATCGGATATTCTACTGTTGACTATTTGTGCCGTTATTTCTGGTGCAGAAGGCTGGGAAGATATAGAGGATTTTGGGGAAACACATCCCGATGTTTTGAAGTGATATGGTGATTTTGAAAATGGTATTCCTGTTCACGATATCATTGCCAGAGTTGTa > 1:570176/1‑298 (MQ=255) tGAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACATAATTAAGGAGAACAAAATGGAACTTAAAAAATTGATGGAACATATTTCTATTATCCCCGATTACAGACAAGCCTGGAAAGTGGAACATAAATTATCGGATATTCTACTGTTGACTATTTGTGCCGTTATTTCTGGTGCAGAAGGCTGGGAAGATATAGAGGATTTTGGGGAAACACATCCCGATGTTTTGAAGTGATATGGTGATTTTGAAAATGGTATTCCTGTTCACGATATCATTGCCAGAGTTGTATc > 2:754281/1‑298 (MQ=255) gtaGCTGTTTTTTATTGCTTATACAAGATCAAATACTCCTTACAGAATTAAGGAGAACAAAAAGGAACTTAAAAAATGAATTGAATGTATTTGTATTATCCCCGATTACAGGCAAGCGTGGAAAGTGGAACAGAAAGTATCGGATATTCTACGTTTGACTATGTGTGCCGTTATTTCTGGTGCAGAAGGCTGGGAAGATATAGAGGATTTTGGGGAAACACATCCCGATGTTTTGAAGTGATATGGTGATTTTGAAAATGGTATTCCTGTTCACGATATCATTGCCAGAGTTGTATcc < 2:146593/296‑1 (MQ=11) 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tctcGATTTTTTGAAGCAATATGGTGATTTTGAAAATGGTATTCCTGTTCACGATACCATTGCCAGAGTTGTATCCTGTATCAGTCCTGCAAAATTTCACGAGTGCTTTATTAACTGGATGCGTGAC‑TGCCATTCTTCAGATGATAAAGACGTCATTGCAATTGATGGAAAAACGCTCCGGCACTCTTATGACAAGAGTCGCCGCAGGGGAGCGATTCATGTCATTAGTGCGTTCTCAACAATGCACAGTCTGGTCATCGGACAGATCAAGACGGATGAGAAATCTAATGAGATTACa < 2:1020462/298‑1 (MQ=33) ccGATGTTTTGAAGTGATATGGTGATTTTGAAAATGGTATTCCTGTTCACGATATCATTGCCAGAGTTGTATCCTGTATCAGTCCTGCAAAATTTCACGAGTGCTTTATTAACTGGATGCGTGAC‑TGCCATTCTTCAGATGATAAAGACGTCATTGCAATTGATGGAAAAACGCTCCGGCACTCTTATGACAAGAGTCGTCGCAGGGGAGCGATTCATGTCATTAGTGCGTTCTCAACAATGCATAGTcc > 2:909875/2‑249 (MQ=9) ccGATGTTTTGAAGTGATATGGTGATTTTGAAAATGGTATTCCTGTTCACGATATCATTGCCAGAGTTGTATCCTGTATCAGTCCTGCAAAATTTCACGAGTGCTTTATTAACTGGATGCGTGAC‑TGCCATTCTTCAGATGATAAAGACGTCATTGCAATTGATGGAAAAACGCTCCGGCACTCTTATGACAAGAGTCGTCGCAGGGGAGCGATTCATGTCATTAGTGCGTTCTCAACAATGCATAGTcc < 1:909875/249‑2 (MQ=9) | AGAAGTTCACTTTTTGTACTAAATAATTCGCATTTTATGTTTAAAAATTGAGATATTCCTTATTACCTGAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACATAATTAAGGAGAACAAAATGGAACTTAAAAAATTGATGGAACATATTTCTATTATCCCCGATTACAGACAAGCCTGGAAAGTGGAACATAAATTATCGGATATTCTACTGTTGACTATTTGTGCCGTTATTTCTGGTGCAGAGGGTTGGGAAGATATAGAGGATTTTGGGGAAACACATCTCGATTTTTTGAAGCAATATGGTGATTTTGAAAATGGTATTCCTGTTCACGATACCATTGCCAGAGTTGTATCCTGTATCAGTCCTGCAAAATTTCACGAGTGCTTTATTAACTGGATGCGTGAC‑TGCCATTCTTCAGATGATAAAGACGTCATTGCAATTGATGGAAAAACGCTCCGGCACTCTTATGACAAGAGTCGCCGCAGGGGAGCGATTCATGTCATTAGTGCGTTCTCAACAATGCACAGTCTGGTCATCGGACAGATCAAGACGGATGAGAAATCTAATGAGATTACAGCTA > CP006584/269146‑269737 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |