Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP006584 | 269,453 | 0 | A | G | 49.2% | 9.4 / 297.1 | 205 | Q60R (CAA→CGA) | LY180_01185 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (63/39); new base G (56/43); total (121/84) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.76e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.84e-01 | |||||||||||
Rejected as consensus: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 205 total aligned reads displayed.
TTTGTACTAAATAATTCGCATTTTATGTTTAAAAATTGAGATATTCCTTATTACCTGAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACATAATTAAGGAGAACAAAATGGAACTTAAAAAATTGATGGAACATATTTCTATTATCCCCGATTACAGACAAGCCTGGAAAGTGGAACATAAATTATCGGATATTCTACTGTTGACTATTTGTGCCGTTATTTCTGGTGCAGAGGGTTGGGAAGATATAGAGGATTTTGGGGAAACACATCTCGATTTTTTGAAGCAATATGGTGATTTTGAAAATGGTATTCCTGTTCACGATACCATTGCCAGAGTTGTATCCTGTATCAGTCCTGCAAAATTTCACGAGTGCTTTATTAACTGGATGCGTGAC‑TGCCATTCTTCAGATGATAAAGACGTCATTGCAATTGATGGAAAAACGCTCCGGCACTCTTATGACAAGAGTCGCCGCAGGGGAGCGATTCATGTCATTAGTGCGTTCTCAACAATGCACAGTCTGGTCATCGGACAGATCAAGACGGATGAGAAATCTAATGAGATTACAGCTATCCCAGAACTT > CP006584/269158‑269748 | tAAATAATTCGCATTTTATGTTTAAAAATTGAGATATTCCTTATTACCTGAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACATAATTAAGGAGAACAAAATGGAACTTAAAAAATTGATGGAACATATTTCTATTATCCCCGATTACAGACAAGCCTGGAAAGTGGAACATAAATTATCGGATATTATACTGTTGACTATTTGTGCCGTTATTTCTGGTGCAGAGGTTTGGTACGATATAACGGTATTTGGGGAAACACATCTCGATTTTTTGAAGAAATATGGTGa > 2:367393/1‑298 (MQ=255) ataatTCGCATTTTATGTTTAAAAATTGAGATATTCCTTATTACCTGAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACATAATTAAGGAGAACAAAATGGAAATTAAAAAATTGATGGAACATATTTCTATTACCCCCAATTACAGAAAAGCCTGGAAAGGGGAACATAAATTATCGGATATTCTACTGTTGACTATTTGTTTCGTTATTTTTGGTGCAGAGGGTTGGGAAGATAGAGAGGTATTTGGGGAAAAACATCTTCATTTTTTGAAGCAATATGGtagttt > 2:19300/1‑293 (MQ=14) gCATTTTATGTTTAAAAATTGAGATATTCCTCATTACCTGAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACATAATTAAGGAGAACAAAATGGAACTTAAAAAATTGATGGAACATATTTCTATTATCCCCGATTACAGACAAGCCTGGAAAGTGGAACATAAATTATCGGATATTCTACTGTTGACTATTTGTGCCGTTATTTCTGGTGCAGAAGGCTGGGAAGATATAGAGGATTTTGGGGAAACACATCCCGATGTTTTGAAGTTATATGGTGATTTTGAAAAt > 2:273306/1‑298 (MQ=255) cATTTTATGTTTAAAAATTGAGATATTCCTAATTACCTGAATCTGGTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTACTTACATAAATAAGGAGAACAAAATGGAACTTAAAAAATTGATGGAACATATTTCTATTAGCCCAGATTACAGACAAGCCTGGAAAGTGGAACATAAATTATCGGATATTCTACTGTTGACTATTTGTGCCGTTATTTCTGGTGCAGAAGGCTGGGAAGATATAGAGGATTTTGGGGAAACACATCCCGATGTTTTGAAGTGATATGGTGATTTTGAAAATg < 2:564130/298‑1 (MQ=11) 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tgttttGAAGTGATATGGTGATTTTGAAAATGGTATTCCTGTTCACGATATCATTGCCAGAGTTGTATCCTGTATCAGTCCTGCAAAATTTCACGAGTGCTTTATTAACTGGATGCGTGAC‑TGCCATTCTTCAGATGATAAAGACGTCATTGCAATTGATGGAAAAACGCTCCGGCActc > 2:97554/3‑180 (MQ=9) aaGCAATATGGTGATTTTGAAAATGGTATTCCTGTTCACGATACCATTGCCAGAGTTGTATCCTGTATCAGTCCTGCAAAATTTCACGAGTGCTTTATTAACTGGATGCGTGAC‑TGCAATTCTTCAGATGATAAAGACGTCATTGCAATTGATGGAAAAACGCCCCGGCACTCTTATGACAAGAGTAGCCGCAGGGGAGCGATTCATGACATTAGTGCGTTCTCAACAATGCACAGTCTGGTCATCGGACAGATCAAGACGGATGAGAAATCTAATGAGATTACAGCTATCCCAGAAc > 2:654768/1‑298 (MQ=17) gCAATATGGTGATTTTGAAAATGGTATTCCTGTTCACGATACCATTGCCAGAGTTGTATCCTGTATCAGTCCTGCAAAATTTCACGAGTGCTTTATTAACTGGATGCGTGAC‑TGCCATTCTTCAGATGATAAAGACGTCATTGCAATTGATGGAAAAACGCTCCGGCACTCTTATGACAAGAGTCGCCGCAGGGGAGCGATTCATGTCATTAGTGCGTTCTCAACAATGCACAGTCTGGTCATCGGACAGATCAAGACGGATGAGAAATCTAATGAGATTACAGCTATCCCAGAActt > 2:572466/1‑298 (MQ=32) | TTTGTACTAAATAATTCGCATTTTATGTTTAAAAATTGAGATATTCCTTATTACCTGAAGCTGTTTTTTATTGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACATAATTAAGGAGAACAAAATGGAACTTAAAAAATTGATGGAACATATTTCTATTATCCCCGATTACAGACAAGCCTGGAAAGTGGAACATAAATTATCGGATATTCTACTGTTGACTATTTGTGCCGTTATTTCTGGTGCAGAGGGTTGGGAAGATATAGAGGATTTTGGGGAAACACATCTCGATTTTTTGAAGCAATATGGTGATTTTGAAAATGGTATTCCTGTTCACGATACCATTGCCAGAGTTGTATCCTGTATCAGTCCTGCAAAATTTCACGAGTGCTTTATTAACTGGATGCGTGAC‑TGCCATTCTTCAGATGATAAAGACGTCATTGCAATTGATGGAAAAACGCTCCGGCACTCTTATGACAAGAGTCGCCGCAGGGGAGCGATTCATGTCATTAGTGCGTTCTCAACAATGCACAGTCTGGTCATCGGACAGATCAAGACGGATGAGAAATCTAATGAGATTACAGCTATCCCAGAACTT > CP006584/269158‑269748 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |