Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP006584 | 2,505,816 | A→G | intergenic (‑1173/‑340) | LY180_11895 ← / → LY180_11905 | hypothetical protein/phosphate acetyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP006584 | 2,505,816 | 0 | A | G | 98.9% | 309.2 / NA | 90 | intergenic (‑1173/‑340) | LY180_11895/LY180_11905 | hypothetical protein/phosphate acetyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base G (45/43); total (47/43) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GTACCGAGCTCGAATTCCGCGCGCCCGATGAATTGATCCCGGAAGTTCCTATTCTCTAGAAAGTATAGGAACTTCGAATTGGTCGACAAGCTCCCCATCGATCCGGCGATCATCTTCCACCTGCACGACACCCTGGGCATGAGCGTTGACGCAATCAACAAACTGCTGACCAAAGAGTCTGGCCTGCTGGGTCTGACCGAAGTGACCAGCGACTGCCGCT‑ATGTTGAAGACAACTACGCGACGAAAGAAGACGCGAAGCGCGCAATGGACGTTTACTGCCACCGCCTGGCGAAATACATCGGTGCCTACACTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACG‑CTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCGATGGTTCGTGAACTGT‑CTCTGGGCAAACTGGGCGTGCTGGGCTTTGAAGTTGATCATGAACGCAACCTGGCTGCACGTTTCGGCAAATCTGGTTTCATCAACAAAGAAGGTACCCGTCCTGCGGTGGTTATCCCAACCAACGAAGAACTGGTTATCGCGCAAGACGCGAGCCGCCTGACTGCCTGATTTCACACCGCCAGCTCAGCTGGCGGTGC > CP006584/2505521‑2506110 | cagcttcttttgcaccgctgcacaacccggctcacctgatcggtatcgaagaagctctgaaatctttcccacagctgaaagacaaaaacgttgctgtatttgacaccgcgttccaccagactatgccggaagagtcGCATGAGCGTTGACGCAATCAACAAACTGCTGACCAAAGAGTCTGGCCTGCTGGGTCTGACCGAAGTGACCAGCGACTGCCGCT‑ATGTTGAAGACAACTACGCGACGAAAGAAGACGCGAAGCGCGCAATGGACGTTTACTGCCACCGCCTGGCGAAATGCa < 1:133473‑M2/162‑1 (MQ=255) cttcttttgcaccgatgcacaacccggctcacctgatcggtatcgaagaagctctgaaatctttcccacagctgaaagacaaaaacgttgctgtatttgacaccgcgttccaccagactatgccggaagagtcGCATGAGCGTTGACGCAATCAACAAACTGCTGACCAAAGAGTCTGGCCTGCTGGGTCTGACCGAAGTGACCAGCGACTGCCGCT‑ATGTTGAAGACAACTACGCGACGAAAGAAGACGCGAAGCGCGCAATGGACGTTTACTGCCACCGCCTGGCGAAATGCATCg < 1:295646‑M2/165‑1 (MQ=255) ttcttttgcaccgctgcacaacccggctcacctgatcggtatcgaagaagctctgaaatctttcccacagctgaaagacaaaaacgttgctgtatttgacaccgcgttccaccagactatgccggaagagtcGCATGAGCGTTGACGCAATCAACAAACTGCTGACCAAAGAGTCTGGCCTGCTGGGTCTGACCGAAGTGACCAGCGACTGCCGCT‑ATGTTGAAGACAACTACGCGACGAAAGAAGACGCGAAGCGCGCAATGGACGTTTACTGCCACCGCCTGGCGAAATGCATCgg < 1:896702‑M2/166‑1 (MQ=255) tttgacccgcggcacaacccggctcacctgataggtatcgaagaagctctgaaatctttcccacagctgaaagacaaaaacgttgctggatttgacaccgcgttccaccagactatgccggaagagtcGCATGAGCGTTGACGCAATCAACAAACTGCTGACCAAAGAGTCTGGCCTGCTGGGTCTGACCGAAGTGACCAGCGACTGCCGCT‑ATGTTGAAGACAACTACGCGACGAAAGAAGACGCGAAGCGCGCAATGGACGTTTACTGCCACCGCCTGGCGAAATGCATCGGTGcc < 2:174509‑M2/170‑1 (MQ=255) ttgcaccgatcaacaacgcggatcgcctgatcggtatcgacgaagctctgaaatcttgcccacagctgaaagacaaaaacgtggcggtatttgacaccgcgttccaccagactatgccggaagagtcGCATGAGCGTTGACGCAATCAACAAACTGCTGACCAAAGAGTCTGGCCTGCTGGGTCTGACCGAAGTGACCAGCGACTGCCGCT‑ATGTTGAAGACAACTACGCGACGAAAGAAGACGCGAAGCGCGCAATGGACGTTTACTGCCACCGCCTGGCGAAATGCATCGGTGCCt < 2:493831‑M2/171‑1 (MQ=255) acaacccggctcacctgatcggtatcgaagaagctctgaaatctttcccacagctgaaagacaaaaacgttgctgtatttgacaccgcgttccaccagactatgccggaagagtcGCATGAGCGTTGACGCAATCAACAAACTGCTGACCAAAGAGTCTGGCCTGCTGGGTCTGACCGAAGTGACCAGCGACTGCCGCT‑ATGTTGAAGACAACTACGCGACGAAAGAAGACGCGAAGCGCGCAATGGACGTTTACTGCCACCGCCTGGCGAAATGCATCGGTGCCTACACTGCGCTga > 1:452091‑M2/116‑298 (MQ=255) acaacccggctcacctgatcggtagcgaagaagctctgaaatctgtcccacagctgaaagacaaaaacgttgctgtatttgacaccgcgttccaccagactatgccggaagagtcGCATGAGCGTTGACGCAATCAACAAACTGCTGACCAAAGAGTCTGGCCTGCTGGGTCTGACCGAAGTGACCAGCGACTGCCGCT‑ATGTTGAAGACAACTACGCGACGAAAGAAGACGCGAAGCGCGCAATGGACGTTTACTGCCACCGCCTGGCGAAATGCATCGGTGCCTACACTGCGCTga < 1:725759‑M2/183‑1 (MQ=255) atcggtatcgaagaagctctgaaatctttcccacagctgaaagacaaaaacgttgctgtatttgacaccgcgttccaccagactatgccggaagagtcGCATGAGCGTTGACGCAATCAACAAACTGCTGACCAAAGAGTCTGGCCTGCTGGGTCTGACCGAAGTGACCAGCGACTGCCGCT‑ATGTTGAAGACAACTACGCGACGAAAGAAGACGCGAAGCGCGCAATGGACGTTTACTGCCACCGCCTGGCGAAATGCATCGGTGCCTACACTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGAc < 1:882918‑M2/200‑1 (MQ=255) tcggtatcgaagaagctctgaaatctttcccacagctgaaagacaaaaacgttgctgtatttgacaccgcgttccaccagactatgccggaagagtcGCATGAGCGTTGACGCAATCAACAAACTGCTGACCAAAGAGTCTGGCCTGCTGGGTCTGACCGAAGTGACCAGCGACTGCCGCT‑ATGTTGAAGACAACTACGCGACGAAAGAAGACGCGAAGCGAGAAATGGACGTTTACTGCCAGCGCCGGGCGAAATGCATCGGTGACTACACGGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGTCg > 1:312918‑M2/98‑298 (MQ=255) ggtatcgaagaagctctgaaatctttcccacagctgaaagacaaaaacgttgctgtatttgacaccgcgttccaccagactatgccggaagagtcGCATGAGCGTTGACGCAATCAACAAACTGCTGACCAAAGAGTCTGGCCTGCTGGGTCTGACCGAAGTGACCAGCGACTGCCGCT‑ATGTTGAAGACAACTACGCGACGAAAGAAGACGCGAAGCGCGCAATGGACGTTTACTGCCACCGCCTGGCGAAATGCATCGGTGCCTACACTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACG‑Ct > 1:818738‑M2/96‑298 (MQ=255) 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gaaatcttgcccacagtggaaagacaaaaactgtgctgtatttgacaccgcgttccacccgactatgccggaagagtcGCATTAGCGTTGACGGAATCAACAAACGGCTGACCAAAGGGTCTGGCCTGCTGGGTCTGACCGAAGTGACCAGCGACTGCCGCT‑ATGTTGAAGACAACTACGCGACGAAAGAAGACGCGAAGCGCGCAATGGACGTTTACTGCCACCGCCTGGCGAAATGCATCGGTGCCTACACTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACG‑CTGTTGTATTCACtggtgg < 2:978193‑M2/220‑1 (MQ=255) aacctttaccaaagctgagagacaaaaacggtgcggtatgtgacaccgcgtgccaccaggctatgccggaagagtcGCATGGGCGTTGACGCAATCAACAAACTGCTGACCAAAGAGTCTGGCCTGCTGGGTCTGACCGAAGTGACCAGCGAGTGCCGCT‑ATGTTGAAGACAACTACGCGACGAAAGAAGACGCGAAGCGCGCAATGGACGTGTACTGCCACCGCCTGGCGAAATGCATCGGTGCCTACACTGCACTGATGGATGGTCGTCTGGACG‑CTGTTGTATTCACTGGTGGTa < 2:793701‑M2/222‑1 (MQ=255) tttcccacagctgaaagacaaaaacgttgctgtatttgacaccgcgttccaccagactatgccggaagagtcGCATGAGCGTTGACGCAATCAACAAACTGCTGACCAAAGAGTCTGGCCTGCTGGGTCTGACCGAAGTGACCAGCGACTGCCGCT‑ATGTTGAAGACAACTACGCGACGAAAGAAGACGCGAAGCGCGCAATGGACGTTTACTGCCACCGCCTGGCGAAATGCATCGGTGCCTACACTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACG‑CTGTTGTATTCACTGGTGGTATCgg > 1:467727‑M2/73‑298 (MQ=255) 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aaacgttgctgtatttgacaccgcgttccaccagactatgccggaagagtcGCATGAGCGTTGACGCAATCAACAAACTGCAGACCAAAGAGTCTGGCCTGCTGGGTCTGACCGAAGTGACCAGCGACTGCCGCT‑ATGTTGAAGACAACTACGCGACGAAAGAAGACGCGAAGCGCGCAATGGATGTTTACTGCCACCGCCTGGCGAAATGCATCGGTGCCTACACTGCGCTGATGGATGgtcgtc > 2:927272‑M2/52‑246 (MQ=255) aaacgttgctgtatttgacaccgcgttccaccagactatgccggaagagtcGCATGAGCGTTGACGCAATCAACAAACTGCAGACCAAAGAGTCTGGCCTGCTGGGTCTGACCGAAGTGACCAGCGACTGCCGCT‑ATGTTGAAGACAACTACGCGACGAAAGAAGACGCGAAGCGCGCAATGGATGTTTACTGCCACCGCCTGGCGAAATGCATCGGTGCCTACACTGCGCTGATGGATGgtcgtc < 1:927272‑M2/195‑1 (MQ=255) gttgctgtatttgacaccgcgttccaccagactatgccggaagagtcGCATGAGCGTTGACGCAATCAACAAACTGCTGACCAAAGAGTCTGGCCTGCTGGGTCTGACCGAAGTGACCAGCGACTGCCGCT‑ATGTTGAAGACAACTACGCGACGAAAGAAGACGCGAAGCGCGCAATGGACGTTTACTGCCACCGCCTGGCGAAATGCATCGGTGCCTACACTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACG‑CTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCGATGGTTCGTGaa > 1:446941‑M2/48‑298 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |