New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP006584 | = 347397 | 86 (1.340) | 83 (1.290) | 82/582 | 0.0 | 66.0% | intergenic (+14/‑444) | LY180_01680/LY180_01685 | hypothetical protein/flagellin |
? | CP006584 | 363805 = | 0 (0.000) | intergenic (‑32/‑256) | LY180_01770/LY180_01775 | outer membrane phosphoporin protein E/gamma‑glutamyl kinase |
ATAGCCGAACGAGCAGCTCAGAGAGTTTTGATATCATGCTGCTAATCGCCCTGATGCTTCAACTAACATGTTGGCTTGCGGGCGTTCATGCTCAGAAACAAGGTTGGGACAAGCACTTCCAGGCTAACACAGTCAGAAATCGAAACGTACTCTCAACAGTTCGCTTAGGCATGGAAGTTTTGCGGCATTCTGGCTACACAATAACAAGGGAAGACTTACTCGTGGCTGCAACCCTACTAGCTCAAAATTTATTCACACATGGTTACGCTTTGGGGAAATTATGAGGGGATCTCTCAGT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP006584/347100‑347397 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tATTCAGCGGGAGAGCCCCGTTGAAAACAGGAAAGTTTTTAACCTGAGATTGTTAAAGATATATTACAGATTAATAATATTCTTAAAATGTGGTAATTTATTAAATCTGTAATAAAAGCGTAAACAACTGCCGCTAGGCTTGCTGATCCCGCGCAACAAAACGCCATGCTTTGCTTGCAGATGGTTGGCAACCGACGACAGTCCTGCTAAAACGTTCGTTTGATATCATTTTTCCTAAAATTGAATGGCAGAGAATCATGAGTGACAGCCAGACGCTGGTGGTAAAACTCGGCACCA > CP006584/363805‑364100 ATAGCCGAACGGGCAGCTCATAGAGTTTTGATATCATGCTGCTAATCGCCCTTATGCTTCAACTAACATGTTGGCTTGCGGGCGTTCATGCTCAGAAACAAGGTTGGGACAAGCACTTCCAGGCTAACACAGTCAGAAATCGAAACGTACTCTCAACAGTTCGCTTAGGCATGGAAGTTTTGCGGCATTCTGGCTACACAATAACAAGGGAAGACTTACTCGTGGCTGCAACCCTACTAGCTCAAAATTTATTCACACATGGTTACGCTTTGGGGAAATTATGAGGGGATCTCTCAGT < 1:214417/298‑1 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CAGAGAGTTTTGATATCATGCTGCTAATCGCCCTGATGCTTCAACTAACATGTTGGCTTGCGGGCGTTCATGCTCAGAAACAAGGTTGGGACAAGCACTTCCAGGCTAACACAGTCAGAAATCGAAACGTACTCTCAACAGTTCGCTTAGGCATGGAAGTTTTGCGGCATTCTGGCTACACAATAACAAGGGAAGACTTACTCGTGGCTGCAACCCTACTAGCTCAAAATTTATTCACACATGGTTACGCTTTGGGGAAATTATGAGGGGATCTCTCAGTATTCAGCGGGAGAGCCCC > 2:55930/1‑298 AGAGAGTTTTGATATCATGCTGCTAATCGCCCTGATGCTTCAACTAACATGTTGGCTTGCGGGCGTTCATGCTCAGAAACAAGGTTGGGACAAGCACTTCCAGGCTAACACAGTCAGAAATCGAAACGTACTCTCAACAGTTCGCTTAGGCATGGAAGTTTTGCGGCATTCTGGCTACACAATAACAAGGGAAGACTTACTCGTGGCTGCAACCCTACTAGCTCAAAATTTATTCACACATGGTTACGCTTTGGGGAAATTATGAGGGGATCTCTCAGTATTCAGCGGGAGAGCCCCG > 2:379871/1‑298 ATATCATGCTGCTAATCGCCCTGATGCTTCAACTAACATGTTGGCTTGCGGGCGTTCATGCTCAGAAACAAGGTTGGGACAAGCACTTCCAGGCTAACACAGTCAGAAATCGAAACGTACTCTCAACAGTTCGCTTAGGCATGGAAGTTTTGCGGCATTCTGGCTACACAATAACAAGGGAAGACTTACTCGTGGCTGCAACCCTACTAGCTCAAAATTTATTCACACATGGTTACGCTTTGGGGAAATTTTGAGGGGATGCCTCCGGATTCAGCGGGAGAGCCCCGTTGAAAACAGG > 2:245255/1‑298 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TTCAACTAACATGTTGGCTTGCGGGCGTTCATGCTCAGAAACAAGGTTGGGACAAGCACTTCCAGGCTAACACAGTCAGAAATCGAAACGTACTCTCAACAGTTCGCTTAGGCATGGAAGTTTTGCGGCATTCTGGCTACACAATAACAAGGGAAGACTTACTCGTGGCTGCAACCCTACTAGCTCAAAATTTATTCACACATGGTTACGCTTTGGGGAAATTATGAGGGGATCTCTCAGTATTCAGCGGGAGAGCCCCGTTGAAAACAGGAAAGTTTTTAACCTGAGATTGTTAA > 2:240446/1‑296 TTCAACTAACATGTTGGCTTGCGGGCGTTCATGCTCAGAAACAAGGTTGGGACAAGCACTTCCAGGCTAACACAGTCAGAAATCGAAACGTACTCTCAACAGTTCGCTTAGGCATGGAAGTTTTGCGGCATTCTGGCTACACAATAACAAGGGAAGACTTACTCGTGGCTGCAACCCTACTAGCTCAAAATTTATTCACACATGGTTACGCTTTGGGGAAATTATGAGGGGATCTCTCAGTATTCAGCGGGAGAGCCCCGTTGAAAACAGGAAAGTTTTTAACCTGAGATTGTTAA < 1:240446/296‑1 ACTAACATGTTGGCTTGCGGGCGTTCATGCTCAGAAACAAGGTTGGGACAAGCACTTCCAGGCTAACACAGTCAGAAATCGAAACGTACTCTCAACAGTTCGCTTAGGCATGGAAGTTTTGCGGCATTCTGGCTACACAATAACAAGGGAAGACTTACTCGTGGCTGCAACCCTACTAGCTCAAAATTTATTCACACATGGTTACGCTTTGGGGAAATTATGAGGGGATCTCTCAGTATTCAGCGGGAGAGCCCCGTTGAAAACAGGAAAGTTTTTAACCTGAGATTGTTAAAGATAT > 1:312948/1‑298 TGCGGGGGTTCATGATCAGAAACAAGGTTGGGACAAGCAATTCCAGGCTAACACAGTCATGAATCGAAACGTACTCTCAACAGTTTGCGTAGGCATGGAAGTTTTGCGGCATTCTTGCTACACAATAACAAGGGAAGACTTACTCGTGGCTGCAACCCTACTAGCTCAAAATTTATTCACACAGGGTTACGCTTTGGGGAAATTATGAGGGGATCTCTCAGTATTCAGCGGGAGAGACCCGTTGAAAACAGGAAAGTTTTTAACCTGAGATTGTTAAAGATATATTACAGATTAATAA < 2:396212/298‑1 GGGCGTTCATGCTCAGAAACAAGGTTGGGACAAGCACTTCCAGGCTAACACAGTCAGAAATCGAAACGTACTCTCAACAGTTCGCTTAGGCATGGAAGTTTTGCGGCATTCTGGCTACACAATAACAAGGGAAGACTTACTCGTGGCTGCAACCCTACTAGCTCAAAATTTATTCACACATGGTTACGCTTTGGGGAAATTATGAGGGGATCTCTCAGTATTCAGCGGGAGAGCCCCGTTGAAAACAGGAAAGTTTTTAACCTGAGATTGTTAAAGATATATTACAGATTAATAATAT > 2:403658/1‑298 GGCGTTCATGCTCAGAAACAAGGTTGGGACAAGCACTTCCAGGCTAACACAGTCAGAAATCGAAACGTACTCTCAACAGTTCGCTTAGGCATGGAAGTTTTGCGGCATTCTGGCTACACAATAACAAGGGAAGACTTACTCGTGGCTGCAACCCTACTAGCTCAAAATTTATTCACACATGGTTACGCTTTGGGGAAATTATGAGGGGATCTCTCAGTATTCAGCGGGAGAGCCCCGTTGAAAACAGGAAAGTTTTTAACCTGAGATTGTTAAAGATATATTACAGATTAATAATATT > 1:331109/1‑298 GCGTTCATGATCAAGAACAAGGTTGGGAAAAGCACTTCCAGGCTAACACCGTCAGAAATCGAAACGTACTCTCAACAGTTCGCTTAGGCATGGAAGTTTTGCGGCATTCTGGCTACACAATAACAAGGGAAGACTTACTCGTGGCTGCAACCCTACTAGCTCAAAATTTATTCACACATGGTTACGCTTTGGGGAAATTATGAGGGGATCTCTCAGTATTCAGCGGGAGAGCCCCGTTGAAAACAGGAAAGTTTTTAACCTGAGATTGTTAAAGATATATTACAGATTAATAATATTC < 2:213131/298‑1 CGTTCATGCTCAGAAACAAGGTTGGGACAAGCACTTCCAGGCTAACACAGTCAGAAATCGAAACGTACTCTCAACAGTTCGCTTAGGCATGGAAGTTTTGCGGCATTCTGGCTACACAATAACAAGGGAAGACTTACTCGTGGCTGCAACCCTACTAGCTCAAAATTTATTCACACATGGTTACGCTTTGGGGAAATTATGAGGGGATCTCTCAGTATTCAGCGGGAGAGCCCCGTTGAAAACAGGAAAGTTTTTAACCTGAGATTGTTAAAGATATATTACAGATTAATAATATTCT < 2:331109/298‑1 ATGCTCAGAAACAAGGTTGGGACAAGCACTTCCAGGCTAACACAGTCAGAAATCGAAACGTACTCTCAACAGTTCGCTTAGGCATGGAAGTTTTGCGGCATTCTGGCTACACAATAACAAGGGAAGACTTACTCGTGGCTGCAACCCTACTAGCTCAAAATTTATTCACACATGGTTACGCTTTGGGGAAATTATGAGGGGATCTCTCAGTATTCAGCGGGAGAGCCCCGTTGAAAACAGGAAAGTTTTTAACCTGAGATTGTTAAAGATATATTACAGATTAATAATATTCTTAAAA < 1:379871/298‑1 gccCAGAAACAATGTTGGGACAAGCACTTCCAGGCTAACACAGTCGGCAATCGAAACGTACTCTCAACAGGTCGCTTAGGCATGGAATTTTTGCGGCATTCTTGCTACACAATTACAAGGGAAGACTTACTCGTGGCTGCAACCCTACTAGCTCAAAATTTATTCACACATGGTTACGCTTTGGGGAAATTATGAGGGGATCTCTCAGTATTCAGCGGGAGAGCCCCGTTGAAAACAGGAAAGTTTTTAACCTGAGAGTGTTAAAGATATATTACAGATTAATAATATTCTTAAAATG < 2:194067/295‑1 GAAACAAGGTTGGGACAAGCACTTCCAGGCTAACACAGTCAGAAATCGAAACGTACTCTCAACAGTTCGCTTAGGCATGGAAGTTTTGCGGCATTCTGGCTACACAATAACAAGGGAAGACTTACTCGTGGCTGCAACCCTACTAGCTCAAAATTTATTCACACATGGTTACGCTTTGGGGAAATTATGAGGGGATCTCTCTGTATTCAGCGGGAGAGCCCCGTTGAAAACAGGAAAGTTTTTAACCTGAGATTGTTAAAGATATATTAAAGATTAATAATATTCTTAAAATGTGGTA > 2:522311/1‑298 AACAAGGTTGGGACAAGCACTTCCAGGCTAACACAGTCAGAAATCGAAACGTACTCTCAACAGTTCGCTTAGGCATGGAAGTTTTGCGGCATTCTGGCTACACAATAACAAGGGAAGACTTACTCGTGGCTGCAACCCTACTAGCTCAAAATTTATTCACACATGGTTACGCTTTGGGGAAATTATGAGGGGATCTCTCAGTATTCAGCGGGAGAGCCCCGTTGAAAACAGGAAAGTTTTTAACCTGAGATTGTTAAAGATATATTACAGATTAATAATATTCTTAAAATGTGGTAAT > 2:12080/1‑298 AACAAGGTTGGGACAAGCACTTCCAGGCTAACACAGTCAGAAATCGAAACGTACTCTCAACAGTTCGCTTAGGCATGGAAGTTTTGCGGCATTCTGGCTACACAATAACAAGGGAAGACTTACTCGTGGCTGCAACCCTACTAGCTCAAAATTTATTCACACATGGTTACGCTTTGGGGAAATTATGAGGGGATCTCTCAGTATTCAGCGGGAGAGCCCCGTTGAAAACAGGAAAGTTTTTAACCTGAGATTGTTAAAGATATATTACAGATTAATAATATTCTTAAAATGTGGTAAT < 1:540747/298‑1 ACAAGGTTGGGACAAGCACTTCCAGGCTAACACAGTCAGAAATCGAAACGTACTCTCAACAGTTCGCTTAGGCATGGAAGTTTTGCGGCATTCTGGCTACACAATAACAAGGGAAGACTTACTCGTGGCTGCAACCCTACTAGCTCAAAATTTATTCACACATGGTTACGCTTTGGGGAAATTATGAGGGGATCTCTCAGTATTCAGCGGGAGAGCCCCGTTGAAAACAGGAAAGTTTTTAACCTGAGATTGTTAAAGATATATTACAGATTAATAATATTCTTAAAATGTGGTAATT < 1:395574/298‑1 GGTTGGGACAAGCACTTCCAGGCTAACACAGTCAGAAATCGAAACGTACTCTCAACAGTTCGCTTAGGCATGGAAGTTTTGCGGCATTCTGGCTACACAATAACAAGGGAAGACTTACTCGTGGCTGCAACCCTACTAGCTCAAAATTTATTCACACATGGTTACGCTTTGGGGAAATTATGAGGGGATCTCTCAGTATTCAGCGGGAGAGCCCCGTTGAAAACAGGAAAGTTTTTAACCTGAGATTGTTAAAGATATATTACAGATTAATAATATTCTTAAAATGTGGTAATTTATT < 2:361574/298‑1 TTGGGCAAAGCACTTCCAGGCTAACACAGTCAGAAACCGAAACGTACTCTCAACAGTTCGGTTAGGCATTGAAGTTTGGCGGCAGTCTGGCTAAACAATAACAAGGGAAGACTTACTCGTGGCTGCAACCCTACTAGCTCAAAATTTATTCACACATGGTTACGCTTTGGGGAAATTATGAGGGGATCTCTCAGTATTCAGCGGGAGAGCCCCGTTGAAAACAGGAAAGTTTTTAACCTGAGATTGTTAAAGATATATTACAGATTAATAATATTCTTAAAATGTGGTAATTTATTAA < 2:257933/298‑1 TGGGACAAGCACTTCCAGGCTAACACAGTCAGAAATCGAAACGTACTCTCAACAGTTCGCTTAGGCATGGAAGTTTTGCGGCATTCTGGCTACACAATAACAAGGGAAGACTTACTCGTGGCTGCAACCCTACTAGCTCAAAATTTATTCACACATGGTTACGCTTTGGGGAAATTATGAGGGGATCTCTCAGTATTCAGCGGGAGAGCCCCGTTGAAAACAGGAAAGTTTTTAACCTGAGATTGTTAAAGATATATTACAGATTAATAATATTCTTAAAATGTGGTAATTTATTAAA < 1:35509/298‑1 GGACAAGCACTTCCAGGCTAACACAGTCAGAAATCGAAACGTACTCTCAACAGTTCGCTTAGGCATGGAAGTTTTGCGGCATTCTGGCTACACAATAACAAGGGAAGACTTACTCGTGGCTGCAACCCTACTAGCTCAAAATTTATTCACACATGGTTACGCCTTGGGGAACTTATGAGGGGATCTCTCAGTATTCAGCGGGAGAGCCCCGTTGAAAACAGGAAAGTTTTTAACCTGCGATTGTTAAAGATATATTACAGATTAATAATATTCTTAAAATGTGGTAATTTATTAAATC > 2:377678/1‑298 AAGCACTTCCAGGCTAACACAGTCAGAAATCGAAACGTACTCTCAACAGTTCGCTTAGGCATGGAAGTTTTGCGGCATTCTGGCTACACAATAACAAGGGAAGACTTACTCGTGGCTGCAACCCTACTAGCTCAAAATTTATTCACACATGGTTACGCTTTGGGGAAATTATGAGGGGATCTCTCAGTATTCAGCGGGAGAGCCCCGTTGAAAACAGGAAAGTTTTTAACCTGAGATTGTTAAAGATATATTACAGATTAATAATATTCTTAAAATGTGGTAATTTATTAAATCTGTA > 1:276539/1‑298 AGCACTTCCAGGCTAACACAGTCAGAAATCGAAACGTACTCTCAACAGTTCGCTTAGGCATGGAAGTTTTGCGGCATTCTGGCTACACAATAACAAGGGAAGACTTACTCGTGGCTGCAACCCTACTAGCTCAAAATTTATTCACACATGGTTACGCTTTGGGGAAATTATGAGGGGATCTCTCAGTATTCAGCGGGAGAGCCCCGTTGAAAACAGGAAAGTTTTTAACCTGAGATTGTTAAAGATATATTACAGATTAATAATATTCTTAAAATGTGGTAATTTATTAAATCTGTAA > 1:370956/1‑298 AGCACTTCCAGGCTAACACAGTCAGAAATCGAAACGTACTCTCAACAGTTCGCTTAGGCATGGAAGTTTTGCGGCATTCTGGCTACACAATAACAAGGGAAGACTTACTCGTGGCTGCAACCCTACTAGCTCAAAATTTATTCACACATGGTTACGCTTTGGGGAAATTATGAGGGGATCTCTCAGTATTCAGCGGGAGAGCCCCGTTGAAAACAGGAAAGTTTTTAACCTGAGATTGTTAAAGATATATTACAGATTAATAATATTCTTAAAATGTGGTAATTTATTAAATCTGTAA < 1:55930/298‑1 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |