New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP006584 | 1643563 = | 39 (0.610) | 83 (1.330) | 62/564 | 0.1 | 81.5% | intergenic (‑223/‑80) | LY180_07760/LY180_07765 | sulfatase/transposase |
? | CP006584 | = 4565632 | 0 (0.000) | intergenic (‑372/+82) | LY180_21775/LY180_21780 | hypothetical protein/lysine 2,3‑aminomutase |
GAGTCGCTCTTTGTGGAGGTGACGATTACCTAACAATCGGTCGATTCGTTTGATGTTATGTTTTGTTCTCGCTTTGGTTGGCAGGTTACGGCCAAGTTCGGTAAGAGTGAGAGTTTTACAGTCAAGTAAGGCGTGGCAAGCCAACGTTAAGCTGTTGAGTCGTTTTAAGTGTAATTCGGGGCAGAATTGGTAAAGAGAGTCGTGTAAAATATCGAGTTCGCACATTTTGTTGTCTGATTATTGATTTTTGGCGAAACCATTTGATC‑ATATGACAAGATGTGTATCCACCTTAACTTAATGATTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < CP006584/1643867‑1643563 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑taatgattttGATAAAAATCATTAGGGGATTCATCAGTATCAGGCCTACATCGTGCATTGAAATTGAATGGATTTGCAATGAACTGTAGGCCGGATAAGGCGTTTACGCTGCATCCGGCAAGAGCAACAAACGCAAGTACAGCAACCTGTCATTAAACTGGGAAGTTTAATCTTTGCCCGTTGCATAACCTTTAATTATTCATATGCATTGCTGTTGTTACTTTTTATATAGCTAACACCAATAATTAACCTTTCTTTTCTGTTTATATAGAGTGAGTACGGCTATTTATGTTATTTTAACAACTA < CP006584/4565632‑4565337 GAGTCGCTCTTTGTGGAGGTGACGATTACCTAACAATCGGTCGATTCGTTTGATGTTATGTTTTGTTCTCGCTTTGGTTGGCAGGTTACGGCCAAGTTCGGTAAGAGTGAGAGTTTTACAGTCAAGTAAGGCGTGGCAAGCCAACGTTAAGCTGTTGAGTCGTTTTAAGTGTAATTCGGGGCAGAATTGGTAAAGAGAGTCGTGTAAAATATCGAGTTCGCACATTTTGTTGTCTGATTATTGATTTTTGGCGAAACCATTTGATC‑ATATGACAAGATGTGTATCTACCTTAACTTAA > 2:114317/1‑298 GAGTCGCTCTTTGTGGAGGTGACGATTACCTAACAATCGGTCGATTCGTTTGATGTTATGTTTTGTTCTCGCTTTGGTTGGCAGGTTACGGCCAAGTTCGGTAAGAGTGAGAGTTTTACAGTAAAGTAAGGCGTGGCAAGCCAACGTTAAGCTGTTGAGTCGTTTTAAGGGTAATTCGGGGCAGAATTGGTAAAGAGAGTCGTGTAAAATATCGAGTTCCCACATTTTGTTGTCTGATTATTGATTTTTGGCGAAACCATTTGATC‑CTATGACAAGATTTTTTTCTACCTTAACTTAA > 2:229857/1‑298 AGTCGCTCTTTGTGGAGGTGACGATTACCTAACAATCGGTCGATTCGTTTGATGTTATGTTTAGTTCTCGCTTTGGTTGGCAGGTTACGGCCAAGTTCGGTAAGAGTGAGAGTTTTACAGTCAAGTAAGGCGTGGCAAGCCAACGTTAAGCTGTTGAGTCGTTTTAAGTGTAATTCGGGGCAGAATTGGTAAAGAGAGTCGTGTAAAATATCGAGTTCGCACATTTTGTTGTCTGATTATTGATTTTTGGCGAAACCATTTGATC‑ATATGACAAGATGTGTATCTACCTTAACTTAAT < 1:412246/298‑1 GTCGCTCTTTGTGGAGGTGACGATTACCTAACAATCGGTCGATTCGTTTGATGTTATGTTTTGTTCTCGCTTTGGTTGGCAGGTTACGGCCAAGTTCGGTAAGAGTGAGAGTTTTACAGTCAAGTAAGGCGTGGCAAGCCAACGTTAAGCTGTTGAGTCGTTTTAAGTGTAATTCGGGGCAGAATTGGTAAAGAGAGTCGTGTAAAATATCGAGTTCGCACATTTTGTTGTCTGATTATTGATTTTTGGCGAAACCATTTGATC‑ATATGACAAGATGTGTATCTACCTTAACTAAATG < 1:392948/298‑1 TCGCTCTTTGTGGAGGTGACGATTACCTAACAATCGGTCGATTCGTTTGATGTTATGTTTTGTTCTCGCTTTGGTTGGCAGGTTACGGCCAAGTTCGGTAAGAGTGAGAGTTTTACAGTCAAGTAAGGCGTGGCAAGCCAACGTTAAGCTGTTGAGTCGTTTTAAGTGTAATTCGGGGCAGAATTGGTAAAGAGAGTCGTGTAAAATATCGAGTTCGCACATTTTGTTGTCTGATTATTGATTTTTGGCGAAACCATTTGATC‑ATATGACAAGATGTGTATCTACCTTAACTTAATGA < 1:41430/298‑1 TTGTGGAGGTGACGATTACCTAACAATCGGTCGATTCGTTTGATGTTATATTTTGTTCTCGCTTTGGTTGGCAGGTTACGGCCAAGTTCGGTAAGAGTGAGAGTTTTACAGTCAAGTAAGGCGTGGCAAGCCAACGTTAAGCTGTTGAGTCGTTTTAAGTGTAATTCGGGGCAGAATTGGTAAAGAGAGTCGTGTAAAATATCGAGTTCGCACATTTTGTTGTCTGATTATTGATTTTTGGCGAAACCATTTGATC‑ATATGACAAGATGTGTATCTACCTTAACTTAATGATTTTGAT > 1:510936/1‑298 ACGATTACCTAACAATCGGTCGATTCGTTTGATGTTATGTTTTGTTCTCGCTTTGGTTGGCAGGTTACGGCCAAGTTCGGTAAGAGTGAGAGTTTTACAGTCAAGTAAGGCGTGGCAAGCCAACGTTAAGCTGTTGAGTCGTTTTAAGTGTAATTCGGGGCAGAATTGGTAAAGAGAGTCGTGTAAAATATCGAGTTCGCACATTTTGTTGTCTGATTATTGATTTTTGGCGAAACCATTTGATC‑ATATGACAAGATGTGTATCTACCTTAACTTAATAATTTTGATAAAAATCATTA > 2:527336/1‑298 ATTACCTAACAATCGGTCGATTCGTTTGATGTTATGTTTTGTTCTCGCTTTGGTTGGCAGGTTACGGCCAAGTTCGGTAAGAGTGAGAGTTTTACAGTCAAGTAAGGCGTGGCAAGCCAACGTTAAGCTGTTGAGTCGTTTTAAGTGTAATTCGGGGCAGAATTGGTAAAGAGAGTCGTGTAAAATATCGAGTTCGCACATTTTGTTGTCTGATTATTGATTTTTGGCGAAACCATTTGATC‑ATATGACAAGATGTGTATCTACCTTAACTTAATGATTTTGATAAAAATCATTAGGG > 1:82297/1‑298 ACCTAACAATCGGTCGATTCGTTTGATGTTATGTTTTGTTCTCGCTTTGGTTGGCAGGTTACGGCCAAGTTCGGTAAGAGTGAGAGTTTTACAGTCAAGTAAGGCGTGGCAAGCCAACGTTAAGCTGTTGAGTCGTTTTAAGTGTAATTCGGGGCAGAATTGGTAAAGAGAGTCGTGTAAAATATCGAGTTCGCACATTTTGTTGTCTGATTATTGATTTTTGGCGAAACCATTTGATC‑ATATGACAAGATGTGTATCTACCTTAACTTAATGATTTTGATAAAAATCATTAGGGGAT < 1:77599/298‑1 agCAATTGGTCGTGTGGTTTGATGTTGTGTTTTGTTCTCGCGTTGGTTGGAAGGTTACGGCCAAGTTCGGTAAGAGTGAGAGTTTTACAGTCAAGTAAGGCGTGGCAAGCCAACGTTAAGCTGTTGAGTCGTTTTAAGTGTAATTCGGGGCAGAATTGGTAAAGAGAGTCGTGTAAAATATCGAGTTCGCACATTTTGTTGTCTGATTATTGATTTTTGGCGAAACCATTTGATC‑ATATGACAAGATGTGTATCTACCTTAACTTAATGATTTTGATAAAAATCATTAGGGGATTCAT < 2:409520/296‑1 TCGATTCGTTTGATGTTATGTTTTGTTCTCGCTTTGGTTGGCAGGTTACGGCCAAGTTCGGTAAGAGAGAGAGTTTTACAGTCAAGTAAGGCGTGGCAAGCCAACGTTAAGCTGTTGAGTCGTTTTAAGTGTAATTCGGGGCAGAATTGGTAAAGAGAGTCGTGTAAAATATCGAGTTCGCACATTTTGTTGTCTGATTATTGATTTTTGGCGAAACCATTTGATC‑ATATGACAAGATGTGTATCTACCTTAACTTAATGATTTTGATAAAACTCATTAGGGGATTCATCAGggtaaa > 1:97215/1‑292 GATTCGTTTGATGTTATGTTTTGTTCTCGCTTTGGTTGGCAGGTTACGGCCAAGTTCGGTAAGAGTGAGAGTTTTACATTCAAGTAAGGCCTGGAAAGCCCACGTTAAGCTGTTGAGTCGTTTTAAGTGTAATTCGGGGCAGAATTGGTAAAGAGAGTCGTGTAAAATATCGAGTTCGCACATTTTGTTGTCTGATTATTGATTTTTGGCGAAACCATTTGATC‑ATATGACAAGTTGTGTTTCTACCTTAACTTACTGATTTTGATAAAAATCATTAGGGTCTTCATTAGTATCAGtc > 2:55790/1‑296 GATGTTATGTTTTGTTCTCGCTTTGGTTGGCAGGTTACGGCCAAGTTCGGTAAGAGTGAGAGTTTTACAGTCAAGTAAGGCGTGGCAAGCCAACGTTAAGCTGTTGAGTCGTTTTAAGTGTAATTCGGGGCAGAATTGGTAAAGAGAGTCGTGTAAAATATCGAGTTCGCACATTTTGTTGTCTGATTATTGATTTTTGGCGAAACCATTTGATC‑ATATGACAAGATGTGTATCTACCTTAACTTAATGATTTTGATAAAAATCATTAGGGGATTCATCAGTATCAGGCCTACATCGT < 1:151567/298‑1 TGTTATGTTTTGTTCTCGCTTTGGTTGGCAGGTTACGGCCAAGTTCGGTAAGAGTGAGAGTTTTACAGTCAAGTAAGGCGTGGCAAGCCAACGTTAAGCTGTTGAGTCGTTTTAAGTGTAATTCGGGGCAGAATTGGTAAAGAGAGTCGTGTAAAATATCGAGTTCGCACATTTTGTTGTCTGATTATTGATTTTTGGCGAAACCATTTGATC‑ATATGACAAGATGTGTATCTACCTTAACTTAATGATTTTGATAAAAATCATTAGGGGATTCATCAGTATCAGGCCTACATCGTGC > 1:146200/1‑298 TATGTTTTGTTCTCGCTTTGGTTGGCAGGTTACGGCCAAGTTCGGTAAGAGTGAGAGTTTTACAGTCAAGTAAGGCGTGGCAAGCCAACGTTAAGCTGTTGAGTCGTTTTAAGTGTAATTCGGGGCAGAATTGGTAAAGAGAGTCGTGTAAAATATCGAGTTCGCACATTTTGTTGTCTGATTATTGATTTTTGGCGAAACCATTTGATC‑ATATGACAAGATGTGTATCTACCTTAACTTAATGATTTTGATAAAAATCATTAGGGGATTCATCAGTATCAGGCCTACATCGTGCATT > 1:2266/1‑298 TATGTTTTGTTCTCGCTTTGGTTGGCAGGTTACGGCCAAGTTCGGTAAGAGTGAGAGTTTTACAGTCAAGTAAGGCGTGGCAAGCCAACGTTAAGCTGTTGAGTCGTTTTAAGTGTAATTCGGGGCAGAATTGGTAAAGAGAGTCGTGTAAAATATCGAGTTCGCACATTTTGTTGTCTGATTATTGATTTTTGGCGAAACCATTTGATC‑ATATGACAAGATGTGTATCTACCTTAACTTAATGATTTTGATAAAAATCATTAGGGGATTCATCAGTATCAGGCCTACATCGTGCATT > 1:178955/1‑298 TATGTTTTGTTCTCGCTTTGGTTGGCAGGTTACGGCCAAGTTCGGTAAGAGTGAGAGTTTTACAGTCAAGTAAGGCGTGGCAAGCCAACGTTAAGCTGTTGAGTCGTTTTAAGTGTAATTCGGGGCAGAATTGGTAAAGAGAGTCGTGTAAAATATCGAGTTCGCACATTTTGTTGTCTGATTATTGATTTTTGGCGAAACCATTTGATC‑ATATGACAAGATGTGTATCTACCTTAACTTAATGATTTTGATAAAAATCATTAGGGGATTCATCAGTATCAGGCCTACATCGTGCATT > 1:465577/1‑298 TGTTTTGTTCTCGCTTTGGTTGGCAGGTTACGGCCAAGTTCGGTAAGAGTGAGAGTTTTACAGTCAAGTAAGGCGTGGCAAGCCAACGTTAAGCTGTTGAGTCGTTTTAAGTGTAATTCGGGGCAGAATTGGTAAAGAGAGTCGTGTAAAATATCGAGTTCGCACATTTTGTTGTCTGATTATTGATTTTTGGCGAAACCATTTGATC‑ATATGACAAGATGTGTATCTACCTTAACTTAATGATTTTGATAAAAATCATTAGGGGATTCATCAGTATCAGGCCTACATCGTGCATTGA < 1:136790/298‑1 GCTTTGGTTGGCAGGTTACGGCCAAGTTCGGTAAGAGTGAGAGTTTTACAGTCAAGTAAGGCGTGGCAAGCCAACGTTAAGCTGTTGAGTCGTTTTAAGTGTAATTCGGGGCAGAATTGGTAAAGAGAGTCGTGTAAAATATCGAGTTCGCACATTTTGTTGTCTGATTATTGATTTTTGGCGAAACCATTTGATC‑ATATGACAAGATGTGTATCTACCTTAACTTAATGATTTTGATAAAAATCATTAGGGGATTCATCAGTATCAGGCCTACATCGTGCATTGAAATTGAATGGAT < 1:23179/298‑1 CTTTGGTTGGCAGGTTACGGCCAAGTTCGGTAAGAGTGAGAGTTTTACAGTCAAGTAAGGCGTGGCAAGCCAACGTTAAGCTGTTGAGTCGTTTTAAGTGTAATTCGGGGCAGAATTGGTAAAGAGAGTCGTGTAAAATATCGAGTTCGCACATTTTGTTGTCTGATTATTGATTTTTGGCGAAACCATTTGATC‑ATATGACAAGATGTGTATCTACCTTAACTTAATGATTTTGATAAAAATCATTAGGGGATTCATCAGTATCAGGCCTACATCGTGCATTGAAATTGAATGGATT < 2:178955/298‑1 GTTGGCAGGTTACGGCCAAGTTCGGTAAGAGTGAGAGTTTTACAGTCAAGTAAGGCGTGGCAAGCCAACGTTAAGCTGTTGAGTCGTTTTAAGTGTAATTCGGGGCAGAATTGGTAAAGAGAGTCGTGTAAAATATCGAGTTCGCACATTTTGTTGTCTGATTATTGATTTTTGGCGAAACCATTTGATC‑ATATGACAAGATGTGTATCTACCTTAACTTAATGATTTTGATAAAAATCATTAGGGGATTCATCAGTATCAGGCCTACATCGTGCATTGAAATTGAATGGATTTGCAA > 1:489887/1‑298 GCAGGTTACGGCCAAGTTCGGTAAGAGTGAGAGTTTTACAGTCAAGTAAGGCGTGGCAAGCCAACGTTAAGCTGTTGAGTCGTTTTAAGTGTAATTCGGGGCAGAATTGGTAAAGAGAGTCGTGTAAAATATCGAGTTCGCACATTTTGTTGTCTGATTATTGATTTTTGGCGAAACCATTTGATC‑ATATGACAAGATGTGTATCTACCTTAACTTAATGATTTTGATAAAAATCATTAGGGGATTCATCAGTATCAGGCCTACATCGTGCATTGAAATTGAATGGATTTGCAATGAA > 1:124547/1‑298 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AAGTTCGGTAAGAGTGAGAGTTTTACAGTCAAGTAAGGCGTGGCAAGCCAACGTTAAGCTGTTGAGTCGTTTTAAGTGTAATTCGGGGCAGAATTGGTAAAGAGAGTCGTGTAAAATATCGAGTTCGCACATTTTGTTGTCTGATTATTGATTTTTGGCGAAACCATTTGATC‑ATATGACAAGATGTGTATCTACCTTAACTTAATGATTTTGATAAAAATCATTAGGGGATTCATCAGTATCAGGCCTACATCGTGCATTGAAATTGAATGGATTTGCAATGAACTGTAGGCCGGAT > 1:514098/1‑298 AAGTTCGGTAAGAGTGAGAGTTTTACAGTCAAGTAAGGCGTGGCAAGCCAACGTTAAGCTGTTGAGTCGTTTTAAGTGTAATTCGGGGCAGAATTGGTAAAGAGAGTCGTGTAAAATATCGAGTTCGCACATTTTGTTGTCTGATTATTGATTTTTGGCGAAACCATTTGATC‑ATATGACAAGATGTGTATCTACCTTAACTTAATGATTTTGATAAAAATCATTAGGGGATTCATCAGTATCAGGCCTACATCGTGCATTGAAATTGAATGGATTTGCAATGAACTGTAGGCCGGAT > 1:434665/1‑298 TCGGTAAGAGTGAGAGTTTTACAGTCAAGTAAGGCGTGGCAAGCCAACGTTAAGCTGTTGAGTCGTTTTAAGTGTAATTCGGGGCAGAATTGGTAAAGAGAGTCGTGTAAAATATCGAGTTCGCACATTTTGTTGTCTGATTATTGATTTTTGGCGAAACCATTTGATC‑ATATGACAAGATGTGTATCTACCTTAACTTAATGATTTTGATAAAAATCATTAGGGGATTCATCAGTATCAGGCCTACATCGTGCATTGAAATTGAATGGATTTGCAATGAACTGTAGGCCGGATAAGG < 2:82297/298‑1 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TAAGAGTGAGAGTTTTACAGTCAAGTAAGGCGTGGCAAGCCAACGTTAAGCTGTTGAGTCGTTTTAAGTGTAATTCGGGGCAGAATTGGTAAAGAGAGTCGTGTAAAATATCGAGTTCGCACATTTTGTTGTCTGATTATTGATTTTTGGCGAAACCATTTGATC‑ATATGACAAGATGTGTATCTACCTTAACTTAATGATTTTGATAAAAATCATTAGGGGATTCATCAGTATCAGGCCTACATCGTGCATTGAAATTGAATGGATTTGCAATGAACTGTAGGCCGGATAAGGCGTT < 1:209576/298‑1 GTGAGAGTTTTACAGTCAAGTAAGGCGTGGCAAGCCAACGTTAAGCTGTTGAGTCGTTTTAAGTGTAATTCGGGGCAGAATTGGTAAAGAGAGTCGTGTAAAATATCGAGTTCGCACATTTTGTTGTCTGATTATTGATTTTTGGCGAAACCATTTGATC‑ATATGACAAGATGTGTATCTACCTTAACTTAATGATTTTGATAAAAA > 1:157905/1‑207 GTGAGAGTTTTACAGTCAAGTAAGGCGTGGCAAGCCAACGTTAAGCTGTTGAGTCGTTTTAAGTGTAATTCGGGGCAGAATTGGTAAAGAGAGTCGTGTAAAATATCGAGTTCGCACATTTTGTTGTCTGATTATTGATTTTTGGCGAAACCATTTGATC‑ATATGACAAGATGTGTATCTACCTTAACTTAATGATTTTGATAAAAA < 2:157905/207‑1 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |