| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP006584 | = 1671281 | 1 (0.020) | 69 (1.070) | 64/584 | 0.1 | 98.6% | coding (598/699 nt) | LY180_07865 | GntR family transcriptional regulator |
| ? | CP006584 | = 1686277 | NA (NA) | intergenic (‑107/‑40) | LY180_07935/LY180_07940 | hypothetical protein/DNA invertase | |||||
Only 100 of 146 total aligned reads displayed.
AGGATGCTTCACCCACTATTGCGACTGAGCTGAATTTAGTGACTGGTGAGCAGGTTTATTACATAAAGAGACTGCGATTCATTGAGGATAATGCAGCACAATTAGAAGAAACGTGGATGTCAGTAGCACGTTTTCCTGATTTAACCGTGTCACATATGCAAAAATCCAAATTTTCATATATTGAGAATGAATGCGGGATCAAAATCATTGGCACCTTTGAAACTTTCTCCCCTACTTTTCCTACCCCAGAAATCGCCAGTATTTTACGGATCAGCCCACGAGATCCCATACTTAAAATTCAGACCCAGGCTGTGGACAGTAACTCTATTCCGCTGGATTATTCGTTACTTTACAGCAATATTTTCGAGTTCCAGGTAAAGTACTTTTTCCCGCGATAAAAGCAGACGCACAGAGTGCTGACATCACATTCTGTGCGTATGGTTTAGCCTCTAACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTGATATACAGCCCGGTCATAATGAGCACCGCACCGAAAAATTGTAGACCCGTTAAGCGTTCATCCAACAATAGTGCCGCACTTGCCAGTCCGACTACGG > CP006584/1670985‑1671572 | cgagcagctcagagcgttttgatatcatgctgctaatcgccctgatgcttcaactaacatgttggcttgcgggcgttcatgctcagaaacaaggttgggacaagcacttccaggctatcacagtcagaaatcgaaacgtactctcaacagttcgcttaggcatggaagttttgcggcattctggctacacaataacaagggaagacttactcgtggctgcaaccctactagctcaaaatttattcacacatggttacgctttggggaaattatgaggggatctctcagTACTTAAAAt > 1:588946‑M2/289‑298 (MQ=255) gagcgttttgatatcatgctgctaatcgccctgatgcttcaactaacatgttggcttgcgggcgttcatgctcagaaacaaggttgggacaagcacttccaggctaacacagtcagaaatcgaaacgtactctcaacagttcgcttaggcatggaagttttgcggcattctggctacacaataacaagggaagacttactcgtggctgcaaccctactagctcaaaatttattcacacatggttacgctttggggaaattatgaggggatctctcagTACTTAAAATTCAGACCCAgg > 1:174416‑M2/278‑298 (MQ=255) aCTATTGCGACTGAGCTGAATTTAGTGACTGGTGAGCAGGTTTATTACATAAAGAGACTGCGATTCATTGAGGATAATGCAGCACAATTAGAAGAAACGTGGATGTCAGTAGCACGTTTTCCTGATTTAACCGTGTCACATATGCAAAAATCCAAATTTTCATATATTGAGAATGAATGCGGGATCAAAATCATTGGCACCTTTGAAACTTTCTCCCCTACTTTTCCTACCCCAGAAATCGCCAGTATTTTACGGATCAGCCCACGAGATCCCATACTTAAAActgatgaatccccta > 2:533210‑M1/1‑283 (MQ=255) gACTGAGCTGAATTTAGTGACTGGAGAGCAGGTTTATTACATAAAGAGACTGCGATTCATTGAGGATAATGCAGCACAATTAGAAGAAACGTGGATGTCAGTAGCACGTTTTCCTGATTTAACCGTGTCACATATGCAAAAATCCAAATTTTCATATATTGAGAATGAATGCGGGATCAAAATCATTGGCACCTTTGAAACTTTCTCCCCTACTTTTCCTACCCCAGAAATCGCCAGTATTTTACGGATCAGCCCACGAGATCCCATACTTAAAActgatgaatcccctaatgatttt < 2:398773‑M1/298‑24 (MQ=255) tgctaatcgccctgatgcttcaactaacatgttggcttgcgggcgttcatgctcagaaacaaggttgggacaagcacttccaggctaacacagtcagaaatcgaaacgtactctcaacagttcgcttaggcatggaagttttgcggcattctggctacacaataacaagggaagacttactcgtggctgcaaccctactagctcaaaatttattcacacatggttacgctttggggaaattatgaggggatctctcagTACTTAAAATTCAGACCCAGGCTGTGGACAGTAACTCTAt < 1:498445‑M2/40‑1 (MQ=255) tGAATTTAGTGACTGGTGAGCAGGTTTATTACATAAAGAGACTGGGATTCATTGAGGATAATGCAGCACAATTAGAAGAAACGTGGATGTCAGTAGCACGTTTTCCTGATTTAACCGTGTCACATATGCAAAAATCCAAATTTTCATATATTGAGAATGAATGCGGGATCAAAATCATTGGCACCTTTGAAACTTTCTCCCCTACTTTTCCTACCCCAGAAATCGCCAGTATGTTACGGATCAGCCCACGAGATCCCATACTTAAAActgatgaatcccctaatgattttggtaaaaa < 2:192923‑M1/298‑32 (MQ=255) aTTTAGTGACTGGTGAGCAGGTTTATTACATAAAGAGACTGCGATTCATTGAGGATAATGCAGCACAATTAGAAGAAACGTGGATGTCAGTAGCACGTTTTCCTGATTTAACCGTGTCACATATGCAAAAATCCAAATTTTCATATATTGAGAATGAATGCGGGATCAAAATCATTGGCACCTTTGAAACTTTCTCCCCTACTTTTCCTACCCCAGAAATCGCCAGTATTTTACGGATCAGCCCACGAGATCCCATACTTAAAActgatgaatcccctaatgattttggtaaaaatca < 2:412751‑M1/298‑35 (MQ=255) 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gCCCACGAGATCCCATACTTAAAActgatgaatcccctaatgagtttggtaaaaatcattaagttaaggtggatacacatcttgtcatatgatcaaatggtttcgcgaaaaatcaataagcagacaacaagatgtgcgaactcgatattttacacgactctctttaccaattctgcccacaattacacttaaaacgactcaacagcttaacgttggcttgccacgcattacttgactgcaacactcccactcttcactaacttggcccgaaccggccaaccaaacagagaaaaaaaca > 2:469598‑M1/1‑24 (MQ=255) ggggatctctcagTACTTAAAATTCAGACCCAGGCTGTGGACAGTAACTCTATTCCGCTGGATTATTCGTTACTTTACAGCAATATTTTCGAGTTCCAGGTAAAGTACTTTTTCCCGCGATAAAAGCAGACGCACAGAGTGCTGACATCACATTCTGTGCGTATGGTTTAGCCTCTAACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTGATATACAGCCCGGTCATAATGAGCACCGCACCGAAAAATTGTAGACCCGTTAAGCGTTCATCCAACAATAGTGCCGCACTTg > 1:19951‑M2/14‑298 (MQ=255) cTTAAAATTCAGACCCAGGCTGTGGACAGTAACTCTATTCCGCTGGATTATTCGTTACTTTACAGCAATATTTTCGAGTTCCAGGTAAAGTACTTTTTCCCGCGATAAAAGCAGACGCACAGAGTGCTGACATCACATTCTGTGCGTATGGTTTAGCCTCTAACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTGATATACAGCCCGGTCATAATGAGCACCGCACCGCAAAATTGTAGACCAGTTAAGCGTTAATCCAACCATACTCCCCCACTTGCCAGCCCGACTCCgg > 2:281131/1‑298 (MQ=255) | AGGATGCTTCACCCACTATTGCGACTGAGCTGAATTTAGTGACTGGTGAGCAGGTTTATTACATAAAGAGACTGCGATTCATTGAGGATAATGCAGCACAATTAGAAGAAACGTGGATGTCAGTAGCACGTTTTCCTGATTTAACCGTGTCACATATGCAAAAATCCAAATTTTCATATATTGAGAATGAATGCGGGATCAAAATCATTGGCACCTTTGAAACTTTCTCCCCTACTTTTCCTACCCCAGAAATCGCCAGTATTTTACGGATCAGCCCACGAGATCCCATACTTAAAATTCAGACCCAGGCTGTGGACAGTAACTCTATTCCGCTGGATTATTCGTTACTTTACAGCAATATTTTCGAGTTCCAGGTAAAGTACTTTTTCCCGCGATAAAAGCAGACGCACAGAGTGCTGACATCACATTCTGTGCGTATGGTTTAGCCTCTAACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTGATATACAGCCCGGTCATAATGAGCACCGCACCGAAAAATTGTAGACCCGTTAAGCGTTCATCCAACAATAGTGCCGCACTTGCCAGTCCGACTACGG > CP006584/1670985‑1671572 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |