| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP006584 | 3513901 = | 35 (0.540) | 25 (0.410) +TCGGATAAGGCGTTT |
21/554 | 2.4 | 45.2% | intergenic (‑77/+262) | tldD/LY180_16725 | protease TldD/membrane protein |
| ? | CP006584 | = 3514068 | 29 (0.450) | intergenic (‑244/+95) | tldD/LY180_16725 | protease TldD/membrane protein | |||||
ATGTTTCAGGCCGTTCGCCGCTAGCAATTGTTCACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGC‑TACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCG‑TTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTATCCTATGAGATTGGGGCAATTACGCGCCCTCGTCAAATCATTGCGCTTTTTCTTTACGCGGTTGGCGCAACACTTCGTTGATTTGCGGATCGTCCAGCGGACCCGAAATGTGATAGCGCAAAA‑TGGAGACTTTGCTCCACAGCGGCCCCAGCACTTTACTGGCGGCAAACACTGCCGCGCCAACAATGGGGTTAACCGCAAAAGCCGCAGCCACGCCCACCGTCGCAGAAATCTCTGGT > CP006584/3513771‑3514364 | ttttacgcgtgcgggaggcggcgtgaacgccctatccagcttatggttatgttccggtttgtaggcctgataagacgcacagcgtcgcatcaggcaacggctgtcggatgcggcgtaaacgccttatccgaCCTACGGTTATGTTCCG‑TTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCG‑TTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGt > 1:446644‑M1/132‑298 (MQ=255) tacggctgccggatgcggcgtgaacgccctatccagcctacggttatgttccggtttgtaggcctgataagacgcacagcgtcgcatcaggcaacggctgtcggatgcggcgtaaacgccttatccgaCCTACGGTTATGTTCCG‑TTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCG‑TTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCCGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGaa < 1:557444‑M1/170‑1 (MQ=255) gccggatgcggcgtgaacgccctatccagcctacggttatgttccggtttgtaggcctgataagacgcacagcgtcgcatcaggcaacggctgtcggatgcggcgtaaacgccttatccgaCCTACGGTTATGTTCCG‑TTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCG‑TTTGTAGGCCTGATAAGACGCACGGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTa > 1:438300‑M1/122‑298 (MQ=255) gccggatgcggcgtgaacgccctatccagcctacggttatgttccggtttgtaggcctgataagacgcacagcgtcgcatcaggcaacggctgtcggatgcggcgtaaacgccttatccgaCCTACGGTTATGTTCCG‑TTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCACATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCG‑TTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGtgaacgatacg < 1:77727‑M1/177‑6 (MQ=255) ttCGCCGCTAGCAATTGTTCACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGC‑TACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCG‑TTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTaaacgccttatcc > 1:564985‑M2/1‑285 (MQ=255) ttaGCAATTGTTCACTTCCCAGGTTAAGCCTCTTCGTTTTGGC‑TACTCGTTAGGTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTGATGTGCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCG‑TTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTaaacgccttatccgacctac > 2:479575‑M2/2‑278 (MQ=255) cTAGCAAATGTTCACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGC‑TACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCG‑TTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTaaacgccttatccgacctac > 1:328080‑M2/1‑278 (MQ=255) aaTTGTTGCCTTACCAAGTTAAGATGCATCGTTTTTGC‑TATCGGTTAGGTACTGCAGTAGGGGCTTTTTTCCGGCGGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTAGGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCG‑TTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTaaacgccttatccgacctacggtta > 2:256226‑M2/1‑273 (MQ=255) taactTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGC‑TACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTATGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCG‑TTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTaaacgccttatccgacctacggttatgttcc > 1:59424‑M2/3‑267 (MQ=255) ggcgtgccAGGTTAAGCGGCAGCGTTGTTGC‑TACGTGGTAGTTTCGGGAGTAGATCATTGTTTACGGCTGCGTGAGGCGGCGTGGACGCTCTGGACACCATACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCGGATAAGACGCGCAGCGGCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGGAAACGCCTTATCCGCCCTCCGGTTATGTTCCG‑TTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTccg < 2:158149/292‑3 (MQ=18) ttACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGC‑TACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCG‑TTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTaaacgccttatccgacctacggttatgttccgttt > 1:112146‑M2/1‑263 (MQ=255) gTTAAGTC‑CATCGGTTTTGCCTGCTCGTGAGTTACGGAAGTAGGGGATTTTTTGCGGCTGCGGGATGCGGCGGGAACGGCCTATCCAGCCTGCGGTTATGTTGCGGTTTGTAGGCCTGATAAGAAGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTGGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCG‑TTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTaaacgccttatccgacctacggttatgttccgtttgtaggcc > 2:236372‑M2/1‑256 (MQ=255) cggttggaaggcctgttaagacgcacagcggtgcatcggtcaacgggtgtgtggtgcggccgaagcgtcttatgcggCCTACGGTTATGTTCCT‑TTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCGGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTGCCG‑TTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGa > 2:434058‑M1/78‑298 (MQ=255) tgtaggcctgataagacgcacagcgtcgcatcaggcaacggctgtcggatgcggcgtaaacgccttatccgaCCTACGGTTATGTTCCG‑TTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCG‑TTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTATc > 1:350642‑M1/73‑298 (MQ=255) cTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCG‑TTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTaaacgccttatccgacctacggttatgttccgtttgtaggcctgataagacgcacagcgtcgcat < 1:548119‑M2/298‑66 (MQ=255) gttagttaCTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCG‑TTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTaaacgccttatccgacctacggttatgttccgtttgtaggcctgataagaagcacgcagtcgcatcag < 2:438300‑M2/298‑69 (MQ=255) acggctcgggactggggaaaggcggcgggttgcggggtaaagcccttatccgcCCTCGGGTTTGGTTCCG‑TTTGTAGGCCTGATAAGACGCCCAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCG‑TTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTATCCTATGAGATTGGGGCAAtt > 2:109392‑M1/54‑298 (MQ=255) gcttttttttggGCGGGCGGTGGCGTCGGGAAGGCCCCTCCCAGCCGACGGTTATTTTCAGGTTTTTGGGCCGGGTAAGACGCACAGCGTGGCTTCAGGCAAGGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCG‑TTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTaaacgccttatccgacctacggttatgttccgtttgtaggcctgataagacgcacagcgtcgcatcaggcaacggctgccggatgc > 2:379134‑M2/4‑212 (MQ=255) caggcaccggctgtcggatgcggcgtaaacgccttatccgaCTTACGGTTATGTTCCG‑TTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCG‑TTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTATCCTATGAGATTGGGGCAATTACGCGCCCTCGt > 1:163333‑M1/42‑298 (MQ=255) 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tGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCG‑TTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTaaacgccttatccgac > 1:190676‑M2/1‑184 (MQ=255) aaacgccttatccgaCCTACGGTTATGTTCCG‑TTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCG‑TTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTATCCTATGAGATTGGGGCAATTACGCGCCCTCGTCAAATCATTGCGCTTTTTCTTTAcgc > 1:311923‑M1/16‑298 (MQ=255) tccgaCCTACGGTTATGTTCCG‑TTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCG‑TTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTATCCTATGAGATTGGGGCAATTACGCGCCCTCGTCAAATCATTGCGCTTTTTCTTTACGCGGTTGGCGCa < 1:260336‑M1/293‑1 (MQ=255) 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gTTATGTTCCG‑TTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTATCCTATGAGATTGGGGCAATTACGCGCCCTCGTCAAATCATTGCGCTTTTTCTTTACGCGGTTGGCGCAACACTTCGTTGATTTGCGGATCGTCCAGCGGACCCGAAATGTGATAGCGCAAAA‑TGGAGACTTTGCTCCACAGCGGCCCCAGCACTTTACTGGCGGCAAaca < 1:343339/298‑1 (MQ=255) tGTTCCG‑TTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTATCCTATGAGATTGGGGCAATTACGCGCCCTCGTCAAATCATTGCGCTTTTTCTTTACGCGGTTGGCGCAACACTTCGTTGATTTGCGGATCGTCCAGCGGACCCGAAATGTGATAGCGCAAAA‑TGGAGACTTTGCTCCACAGCGGCCCCAGCACTTTACTGGCGGCAAACACTGc < 1:222486/298‑1 (MQ=255) cgg‑ttGGAAGGCCTGTTAAGACGCACAGCGGTGCATCGGTCAACGGGTGTGTGGTGCGGCCGaagcgtcttatgcggcctacggttatgttccttttgtaggcctgataagacgcacagcgtcgcatcaggcaacggcggccggatgcggcgtaaacgccttatccgacctacggttatgtgccgtttgtaggcctgataagacgcacagcgtcgcatcaggcaacggctgccggatgcggcgtgaacgccctatccgacctacggttatgttctggctcgttggcctttggcaacga > 2:434058‑M2/3‑62 (MQ=255) tGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTaaacgccttatccgacctacggttatgttccgtttgtaggcctgataagacgcacagcgtcgcatcaggcaacggctgccggatgcggcgtaaacgccttatccgacctacggttatgttccgtttgtaggcctgataagacgcacagcgtcgcatcaggcaacggctgccggatgcggcgtgaacgccctatccgacctacggttatgttctggctcgttggcctttggcaacgattatc > 1:350642‑M2/1‑57 (MQ=255) aTAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTATCCTATGAGATTGGGGCAATTACGCGCCCTCGTCAAATCATTGCGCTTTTTCTTTACGCGGTTGGCGCAACACTTCGTTGATTTGCGGATCGTCCAGCGGACCCGAAATGTGATAGCGCAAAA‑TGGAGACTTTGCTCCACAGCGGCCCCAGCACTTTACTGGCGGCAAACACTGCCGCGCCAACAATGGGGTTa > 1:450205/1‑298 (MQ=255) tAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTATCCTATGAGATTGGGGCAATTACGCGCCCTCGTCAAATCATTGCGCTTTTTCTTTACGCGGTTGGCGCAACACTTCGTTGATTTGCGGATCGTCCAGCGGACCCGAAATGTGATAGCGCAAAA‑TGGAGACTTTGCTCCACAGCGGCCCCAGCACTTTACTGGCGGCAAACACTGCCGCGCCAACAATGGGGTTaa > 1:240819/1‑298 (MQ=255) 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ggCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTaaacgccttatccgacctacggttatgttccgtttgtaggcctgataagacgcacagcgtcgcatcaggcaacggctgccggatgcggcgtaaacgccttatccgacctacggttatgttccgtttgtaggcctgataagacgcacagcgtcgcatcaggcaacggctgccggattcggcgtgaacgccctatccgacctacggttatgttctggctcgttggcctttggcaacgattatcctatgagatttgggcaattacgcgccctcgtca < 1:523932‑M2/298‑275 (MQ=255) gCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTaaacgccttatccgacctacggttatgttccgtttgtaggcctgataagacgcacagcgtcgcatcaggcaacggctgccggatgcggcgtaaacgccttatccgacctacggttatgttccgtttgtaggcctgataagacgcaccgccccgcatcaggcaacggctgccggatgcggcgtgaacgccttacccgccctacggtcaggttctggccggctggcctttgtccccgcttatcctgctagtttgcgacaattgctcgccctcgtcga < 2:1353‑M2/298‑276 (MQ=255) cAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTATCCTATGAGATTGGGGCAATTACGCGCCCTCGTCAAATCATTGCGCTTTTTCTTTACGCGGTTGGCGCAACACTTCGTTGATTTGCGGATCGTCCAGCGGACCCGAAATGTGATAGCGCAAAA‑TGGAGACTTTGCTCCACAGCGGCCCCAGCACTTTACTGGCGGCAAACACTGCCGCGCCAACAATGGGGTTAACCGCAAAAGCCGCAGCCACGCCCa < 1:10878/298‑1 (MQ=255) 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ATGTTTCAGGCCGTTCGCCGCTAGCAATTGTTCACTTACCAGGTTAAGACTCATCGTTTTTGC‑TACTCGTTAGTTACTGCAGTAGAGGATTTTTTACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCAGCCTACGGTTATGTTCCGGTTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGTCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGACCTACGGTTATGTTCCG‑TTTGTAGGCCTGATAAGACGCACAGCGTCGCATCAGGCAACGGCTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCCTATCCGACCTACGGTTATGTTCTGGCTCGTTGGCCTTTGGCAACGATTATCCTATGAGATTGGGGCAATTACGCGCCCTCGTCAAATCATTGCGCTTTTTCTTTACGCGGTTGGCGCAACACTTCGTTGATTTGCGGATCGTCCAGCGGACCCGAAATGTGATAGCGCAAAA‑TGGAGACTTTGCTCCACAGCGGCCCCAGCACTTTACTGGCGGCAAACACTGCCGCGCCAACAATGGGGTTAACCGCAAAAGCCGCAGCCACGCCCACCGTCGCAGAAATCTCTGGT > CP006584/3513771‑3514364 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |