New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP006584 | 4496731 = | NA (NA) | 344 (5.340) | 252/584 | 0.0 | NA | coding (521/1209 nt) | LY180_21450 | hypothetical protein |
? | CP006584 | = 4497432 | NA (NA) | intergenic (+13/+464) | LY180_21450/LY180_21455 | hypothetical protein/D‑allose kinase |
GAACGAGCAGCTCAGAGCGTTTTGATATCATGCTGCTAATCGCCCTGATGCTTCAACTAACATGTTGGCTTGCGGGCGTTCATGCTCAGAAACAAGGTTGGGACAAGCACTTCCAGGCTAACACAGTCAGAAATCGAAACGTACTCTCAACAGTTCGCTTAGGCATGGAAGTTTTGCGGCATTCTGGCTACACAATAACAAGGGAAGACTTACTCGTGGCTGCAACCCTACTAGCTCAAAATTTATTCACACATGGTTACGCTTTGGGGAAATTATGAGGGGATCTCTCAGCGCTGGGCATCGTCAAAATCCTGACGATCGCTAAACGGTAATGATTTGGCGTAATTCTGATTAACCTGTTGGGTATATTGAGTGGCGGCTTTCGCTTCCTCTTTCGCGTTAGCGGTATTTACCATCATGCCGCTGGCGGCAGTTAACGCAATAACAATCCTGCTCAAACGGAATAACCGAGAGTTATTCATATAAAT‑CTCCA‑TTTATCATTTATGTCGTAAATATGTAATCCATGCAAAATACGTCATTTAAAGCTGGCGTTATCATAATTGGGAAATTGCGACTTTAATAAGTGGA > CP006584/4497142‑4497729 | aaaCGAGCAGCTCAGAGCGGTTTGATAGCATGCTGCTAATCGCCCTGATGCTTCAACTAACATGTTGGCTTGCGGGCGTTCATGCTCAGAAACAAGGTTGGGACAAGCACTTCCAGGCTAACACAGTCAGAAATCGAAACGTACTCTCAACAGTTCGCTTAGGCATGGAAGTTTTGCGGCATTCTGGCTACACAATAACAAGGGAAGACTTACTCGTGGCTGCAACCCTACTAGCTCAAAATTTATTCACACATGGTTACGCTTTGGGGAAATTATGAGGGGATCTCTCAGCGCTggg < 2:98461/297‑1 (MQ=14) aaCGAGCAGCTCAGAGCGTTTTGATATCATGCTGCTAATCGCCCTGATGCTTCAACTAACATGTTGGCTTGCGCGCGTTCATGCTCAGAAACAAGGTTGGGACAAGCACTTCCAGGCTAACACAGTCAGAAATCGAACCGTACTCTCAACAGTTCGCTTAGCCATGGAAGTTTTGCGGCATCCTGGCTACAAAATAACAAGCGAAGACTTCCTCGTGGCTGCACCCCTCATACCTCAAAATTTATCCACCCATGGTTACCACTTGGGGAAATAATCAGGGGACCCCCCAGCGCTgatc > 2:331086/1‑295 (MQ=11) cGAGCAGCTCAGAGCGTTTTGATATCATGCTGCTAATCGCCCTGATGCTTCAACTAACATGTTGGCTTGCGGGCGTTCATGCTCAGAAACAAGGTTGGGACAAGCACTTCCAGGCTAACACAGTCAGAAATCGAAACGTACTCTCAACAGTTCGCTTAGGCATGGAAGTTTTGCGGCATTCTGGCTACACAATAACCAGGGAAGACTTACTCGTGGCTGCAACCCTACTAGCTCAAAATTTATTCACACATGGTTACGCTTTGGGGAAATTATGAGGGGATCTCTCAGGGCTGGGCAt > 2:554900/1‑298 (MQ=14) gAGCAGCTCAGAGCGTTTTGATATCATGCTGCTAATCGCCCTGATGCTTCAACTAACATGTTGGCTTGCGGGCGTTCATGCTCAGAAACAAGGTTGGGACAAGCACTTCCAGGCTAACACAGTCAGAAATCGAAACGTACTCTCAACAGTTCGCTTAGGCATGGAAGTTTTGCGGCATTCTGGCTACACAATAACAAGGGAAGACTTACTCGTGGCTGCAACCCTACTAGCTCAAAATTTATTCACACATGGTTACGCTTTGGGGAAATTATGAGGGGATCTCTCAGCGCTGGGCATc > 1:247069/1‑298 (MQ=32) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |