| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP006584 | 2,312,761 | T→A | intergenic (‑71/+448) | LY180_11070 ← / ← LY180_11075 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP006584 | 2,312,761 | 0 | T | A | 98.3% | 176.3 / ‑5.4 | 60 | intergenic (‑71/+448) | LY180_11070/LY180_11075 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (25/34); minor base C (0/1); total (25/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.64e-01 | |||||||||||
CGAGGTGAATCACCTGAAACTGTAATAGCAATTTTTAATCGTGAACTACAGAATATATTCAACCAACTAATAGAATATTAGTTTATTAAAGGGGGAAGCGGTTTTCCCCCTTAGTTGCGTTTCAATTTGCCCATTACTTCAACAAATCAATCAACCGTAACAGAGCCACTAATAGCTCCAGTACGGCAATGAGCACGGTTAACTTTTGTGTCAGCGTGTCCATCCGCTCTCCTTATTAAGGAGCGCAACACCAGCACCTTACCCTTACACTGCCTGTCGATACTGGTTTACGTTTGTTGAGTCGCCATGTTGCACTCCGGATCAGAGCACTACCTGCGGCACCACCCGTCCGGTAGCCAGGACTTGAAATGGGTTCGATCCGGCGCAACTTCCCAACAGTCAGGATTATAAATCTCATTATCTTAATTGCAACACTGTCCAGAGGTGGTTATAATTCGTTCGTTGAGATGCCATGTTGCACTATCAGTAACTTAACATCAAAGTAGTAAATAAAAGAACCTGCCTCACCAGCAGGTTTTTTTATTTTCTGCGATCTACTTTCCAGATATTTTTT > CP006584/2312468‑2313041 | cGAGGTGAATCACCTGAAACTGTAATAGCAATTTTTAATCGTGAACTACAGAATATATTCAACCAACTAATAGAATATTAGTTTATTAAAGGGGGAAGCGGTTTTCCCCCTTAGTTGCGTTTCAATTTGCCCATTACTTCAACAAATCAATCAACCGTAACAGAGCCACTAATAGCTCCAGTACGGCAATGAGCACGGTTAACTTTTGTGTCAGCGTGTCCATCCGCTCTCCTTATTAAGGAGCGCAACACCAGCACCTTACCCTTACACTGCCTGTCGATACTGGTTTACGTatgtt < 2:153256/298‑1 (MQ=255)cGAAGTGAATCACCTGAAACTGTAATAGCAATTTTTAATCGTGAACTACAGAATATATTCAACCAACTAATAGAATATTAGTTTATTAAAGGGGGAAGCGGTTTTCCCCCTTAGTTGCGTTTCAATTTGCCCATTACTTCAACCAATCAATCAACCGTAACAGAGCCACTAATAGCTCCAGTACGGCAATGAGCACGGTTAACTTTTGTGTCAGCGTGTCCATCCGCTCTCCTTATTAAGGAGCGCAACACCAGCACCTTACCCTTACACTGCCTGTCGATACTGGTTTACGTatgtt < 1:446697/298‑1 (MQ=255) ggTGAATCACCTGAAACTGTAATAGCAATTTTTAATCGTGAACTACAGAATATATTCAACCAACTAATAGAATATTAGTTTATTAAAGGGGGAAGCGGTTTTCCCCCTTAGTTGCGTTTCAATTTGCCCATTACTTCAACAAATCAATCAACCGTAACAGAGCCACTAATAGCTCCAGTACGGCAATGAGCACGGTTAACTTTTGTGTCAGCGTGTCCATCCGCTCTCCTTATTAAGGAGCGCAACACCAGCACCTTACCCTTACACTGCCTGTCGATACTGGTTTACGTatgttgga > 1:47130/1‑296 (MQ=255) tGAATCACCTGAAACTGTAATAGCAATTTTTAATCGTGAACTACAGAATATATTCAACCAACTAATAGAATATTAGTTTATTAAAGGGGGAAGCGGTTTTCCCCCTTAGTTGCGTTTCAATTTGCCCATTACTTCAACAAATCAATCAACCGTAACAGAGCCACTAATGGCTCCAGTACGGCAATGAGCACGGTTAACTTTTGTGTCAGCGTGTCCATCCGCTCTCCTTATTAAGGAGCGCAACACCAGCACCTTACCCTTACACTGCCTGTCGATACTGGTTTACGTatgttggacc < 2:335007/298‑5 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |