| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 29,496 | 0 | T | A | 45.3% | 62.4 / 30.2 | 53 | intergenic (+301/‑155) | dapB/carA | dihydrodipicolinate reductase/carbamoyl phosphate synthetase small subunit, glutamine amidotransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (25/4); new base A (0/24); total (25/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.71e-11 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTTAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAAC‑AGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAATATTCTCTGGAG > NC_000913/29346‑29644 | tttAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAAC‑AGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAatat < 1:809250/151‑1 (MQ=255) tAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAAC‑AGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATaa < 2:854389/151‑1 (MQ=255) aaTTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAAC‑AGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATcc < 2:700374/151‑1 (MQ=255) cGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAAC‑AGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCatat > 1:804667/1‑149 (MQ=255) cGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAAC‑AGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCatat > 1:350458/1‑149 (MQ=255) tttttATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAAC‑AGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATAcctc > 1:986086/1‑150 (MQ=255) ttttttTGATGCAATTTTTTTGCTGCGCAAGC‑TTTTCC‑AAAAA‑AAGTTAAGATGATTTTTTTTTCGCTTAAGCCTTGTAAAAAATGCATGGCCCACAAAAAAATAAAAAAAACCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAg < 2:777337/151‑1 (MQ=255) tttATTTCATCCAATTTTCTGGCTGCACAAGCTTTTCCA‑AGAAC‑AGGTT‑AAATTATTTTTTTTTCGCTTAATGCTTAAAAACAATGCATGCCCCAAAAAATAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAg < 2:1146448/151‑1 (MQ=255) aTTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAAC‑AGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAACCATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAAt > 1:968195/1‑151 (MQ=255) aTCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAAC‑AGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGttt > 1:447335/1‑151 (MQ=255) aTCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAAC‑AGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGttt > 1:497343/1‑151 (MQ=255) cttcttGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAAC‑AGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTg > 1:1058142/1‑150 (MQ=255) ttgccgccgaaggcttttCCAAGAAC‑GGTAT‑AGATATTTTTTTTTTCGTTAAAGGCTTGAAAAACATGAATGAACCAAAAAAAAAAAAAAAAATCCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAg < 2:838768/137‑1 (MQ=255) ctgcGCAAGCG‑TTTCC‑AAAACAAGTTT‑AAATGATTTTTTTGCCGATAAATCCTTAAAAAACAGGAATGACCCAAAAAAAAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGaaa < 2:52967/150‑1 (MQ=255) ctgcACAAGCTTTTTCC‑AGAAC‑AGGTT‑AGATGATTTTTTTGTCGCTTAATCCCTGAAAAACATGAAGGACCCAAAAAATAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAAt < 1:1002637/151‑1 (MQ=255) gcgcAAGCGTTTTCC‑AGAAC‑AGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAAtt > 1:459962/1‑150 (MQ=255) aGCGTTTTCC‑AGAAC‑AGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCgg > 1:970442/1‑151 (MQ=255) ttttcaaaGAAC‑AGGTT‑AGATGTTTTTTTTGTCTCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGACCCAAAAAATAAAAAAAAAACCCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTaa < 2:829607/144‑1 (MQ=255) 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ttGTCGTTTAATCCTTAAAAAACTTGCAGGGCCCAAAAAAAAATAAAAAAAACCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTcatcat < 2:519643/151‑1 (MQ=255) tCGCTTAGTCCCTGAAAACAATGCATGAGCAAAAAAAAAAAAAAAAAACCCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATtg < 2:782232/150‑1 (MQ=255) cGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATtgtg > 1:711832/1‑151 (MQ=255) gattACTGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACACAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCAAGAAATTCGTCGGTAATCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCAGTGTGa > 2:209044/3‑151 (MQ=255) ctttattgtctaaaaaaCATGTAGGCACCAAAAAATAATAAAAAAACTCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGa < 2:1138513/138‑1 (MQ=255) cTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGaa > 2:882756/1‑151 (MQ=255) cTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGaa > 1:1064909/1‑151 (MQ=255) taattccttatAAAACATGAGTGACCCAAAAAATAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAAt < 2:70727/141‑1 (MQ=255) aaaggCCTGAAAAACTGGCAAGAGACACAAAATAAAAAAAAAACTCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTAAGTCATCATTGTTAAtt < 2:270751/147‑1 (MQ=255) ataccTGAAAAACATGTATGAGCCAAAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATAAAGTTGACTTATAGGGGCCATATCTTCAGAATGCAGCCGTTTGCTAGAAATTCGTCTGTATGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGCATTaa > 2:706754/4‑151 (MQ=255) 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(MQ=255) tttcgcaagtaacaAAATAATAAAAAAGCCCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAACGCCCATATCTCCAGAATGCCGCTGTTTGCCAGACATTCGTCGGTAAGCAAATTTTCATTGATTTCCGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAag < 2:215384/140‑1 (MQ=255) atgcttgccccAAAAAATAATAAAAAAAACCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAag < 1:698450/142‑1 (MQ=255) tgagtgAGCAAGAAATAAAAATAAAAGAGCCCGCCATTAAGTTTACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCCTCATTGTGAATTAATATGCAAATAAag < 2:877510/146‑1 (MQ=255) gcatgAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAagtg > 2:44338/1‑151 (MQ=255) gaaggaccaacaAAAAAATAAAAAAACTCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAag < 2:732724/140‑1 (MQ=255) 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atatAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAATATTCTCTGGa > 1:812753/1‑151 (MQ=255) taAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAATATTCTCTGGAg > 1:1002427/1‑149 (MQ=255) | TTTAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAAC‑AGGTT‑AGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAATATTCTCTGGAG > NC_000913/29346‑29644 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |