Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | NC_000913 | 3,665,702 | 0 | C | A | 52.0% | 62.2 / 152.3 | 99 | A37S (GCG→TCG) | gadX | acid resistance regulon transcriptional activator; autoactivator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (38/9); new base A (0/51); total (38/61) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.29e-19 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.00e-11 |
GTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTG‑ACACGAATACAAAATTTTC‑AACACACTTATCTACTCGAA‑TTTGGCTTGCATCCGCAAAAACCA‑GG‑T‑C‑ACCGCCATTAAAATAGCGATATTCACCATTAACCATGGTGAGAATATATTTATGTCTTGCATACGCAATTAGACAATTCCCATGTAGTGATTGCATAGTTGACTTAATATTACATAAACATATTACTGTTTATTAAT > NC_000913/3665553‑3665851 | gTGATGAACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTG‑ACACGAATACAAAATTTTC‑AACACACTTATCTACTCGAA‑TTTGGCTTGCATCCGCa > 2:648337/1‑151 (MQ=255) gatgaACGAGTAATGAAGAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTG‑ACACGAATACAAAATTTTC‑AACACACTTATCTACTCGAA‑TTTGGCTTGCATCCGCaaa > 1:735160/1‑151 (MQ=255) gaACGAGTAATGAATAAACTTTTTTATGTGCATGAAGATTTAATGCCTCCTCCTTGAGCATCGGGAGAAATAATGAAAGCGTGTCCCTTG‑ACACGAATACAAAATTTTC‑AACTCACTTATCTACTCGAA‑TTTGGCTTGCATCCGCaaaaa > 2:1048814/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |