| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 827,507 | 0 | T | G | 47.9% | 143.4 / 27.3 | 96 | D492A (GAC→GCC) | ybhF | putative ABC transporter ATPase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (12/38); new base G (45/1); total (57/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.82e-15 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CTGGCGATTAATTTCCCGCGGTACACCAGGCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTC‑AACG‑CCG‑GAAGTCGGTTCGTCGAGAAACAGAATGTCCGGTTCATGCATCAGCGAACAGGCCAGCGCCAG‑CCGCTGTTTAAAACCTAATGGCAGTTCATCGGTGGCGTGGGAGGCGATACTTTTCAGGCCGAACGCCTCGCTCATGCGG > NC_000913/827363‑827656 | cTGGCGATTAATTTCCCGCGGTACACCAGGCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTC‑AACG‑c < 2:1593054/151‑1 (MQ=255) cttAATTTCCCGCGGTACACCAGGCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGGGGGGGGGGC‑AACG‑CCG‑GCAg > 2:1548353/2‑151 (MQ=255) aTTAATTTCCCGCGGTACACCAGGCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGGGGGGGGGGG‑AACG‑CCG‑GGAg > 1:134627/1‑151 (MQ=255) ttAATTTCCCGCGGTACACCAGGCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGGG‑GACG‑CCG‑GGAgg > 2:1562367/1‑150 (MQ=255) tCCCGCGGTACACCAGGCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTC‑AACG‑CCG‑GAAGTCGGTtc < 2:497125/151‑1 (MQ=255) gcgGTACACCAGGCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGGCAAACC‑CCG‑GAGGTGGGtcgttg > 1:165445/1‑146 (MQ=255) gcgGTACACCAGGCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGGGGGGGGGGC‑AACG‑CCG‑GGAGGCGGTttgtcg > 1:687237/1‑151 (MQ=255) acacCAGGCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGTGGGGGGC‑AACG‑CGG‑GCAGTAGGCtcctgcagaga > 2:44346/1‑142 (MQ=255) acacCAGGCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGGGGGGGGGGC‑AACG‑CCG‑GAAGTCGGTTCGTCGAGaaa > 1:1467415/1‑151 (MQ=255) cacCAGGCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCACAATTCACGGCGGGTGGGGGGGTC‑ACCG‑CCG‑GGAGTCGGTTCGTCGAGaaaa > 2:1105786/1‑150 (MQ=255) cacCAGGCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTC‑AACG‑CCG‑GAAGTCGGTTCGTCGAGAAAc < 1:627672/151‑1 (MQ=255) cacCAGGCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTC‑AACG‑CCG‑GAAGTCGGTTCGTCGAGAAAc < 1:586720/151‑1 (MQ=255) cacCAGGCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGGGAGGGGGGC‑CACG‑CCG‑GAAGGCGGTTCGCCCAGaaaa > 2:1366503/1‑150 (MQ=255) ccAGGCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTC‑AACG‑CCG‑GAAGTCGGTTCGTCGAGAAACAg < 1:504394/151‑1 (MQ=255) aGGCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGGGGGGGGC‑AACG‑CCG‑GAAGTCGGTTCGTCCGGAAACAGaa > 2:280284/1‑151 (MQ=255) aGGCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGGGGGGGGGTC‑AACC‑CCG‑GGAGGCGGGTCGTCGGGAAACaaaa > 1:92373/1‑151 (MQ=255) aGGCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGGGGGGGGGGCAAACC‑CCG‑GAGGTGGGttgtccgggaaacgaa > 2:369215/1‑137 (MQ=255) ggCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGGGGGGGGGGC‑AACG‑CCG‑GGAGGCGGGTCGGCGAGAAAAAGaaa > 1:1046624/1‑150 (MQ=255) ggCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGGGGGGGGGGC‑AACG‑CCG‑GGAGGCGGGTCCTCGAGGAACAGAAt > 1:1001095/1‑151 (MQ=255) ggCCGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGGGGGGGGGGC‑AACG‑CCG‑GGAGACGGGTCGTGGGGAAAAAGaaa > 1:366934/1‑150 (MQ=255) cGATGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTC‑AACG‑CCG‑GAAGTCGGTTCGTCGAGAAACAGAATGTc < 2:1307894/151‑1 (MQ=255) aTGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTC‑AACG‑CCG‑GAAGTCGGTTCGTCGAGAAACAGAATGTcc < 2:1577605/150‑1 (MQ=255) aTGCGGTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTC‑AACG‑CCG‑GAAGTCGGTTCGTCGAGAAACAGAATGTcc < 1:1429961/150‑1 (MQ=255) gTCGCAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGGGGGGGGGGG‑AACG‑CCG‑GAAGTCGGGTCGTCGGGAAAAAAAAAGTCCGGGTCa > 1:885103/1‑151 (MQ=255) cAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGGGGGGGTC‑AAAG‑CCC‑GAAGCTGCGCTGGCGGGAAACACAACGTCCGGGTCATGc > 2:698585/1‑150 (MQ=255) cAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTC‑AACG‑CCG‑GAAGTCGGTTCGTCGAGAAACAGAATGTCCGGTTCATGCa < 1:995220/151‑1 (MQ=255) cAATATTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGGGGGGGGGGC‑AACG‑CCG‑GAAGTCGGGTCGTCGAGAAAAAGAAAGTCCGGGTCATGCa > 1:170230/1‑151 (MQ=255) atTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTC‑AACG‑CCG‑GAAGTCGGTTCGTCGAGAAACAGAATGTCCGGTTCATGCATCAg < 2:178398/151‑1 (MQ=255) atTCCGCTTCATCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGGGGGGGGGGC‑AAAG‑CCG‑GAAATCGGGTCGTCGGGAAACAGAAAGTCCCGTTCCTGCATTAg > 1:992386/1‑151 (MQ=255) aTCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTC‑AACG‑CCG‑GAAGTCGGTTCGTCGAGAAACAGAATGTCCGGTTCATGCATCAGCGAACAGgcc < 2:1201729/151‑1 (MQ=255) tCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGGGGGGGGGGC‑CACG‑CCG‑GAAGGCGGGTTGTCGAGAAACAGAAAGTCCGGGTCATGCCTCAGCGAAAAGgcc > 1:1338456/1‑150 (MQ=255) tCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGGGGGGGGGGC‑AACGCCCG‑GAAG‑GGGGTCGGCGAGAAAAAAAAAGGCCGGGTCATGCATAAGCGAACAgggc > 1:473276/1‑148 (MQ=255) tCCATAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGGGGGGGGGGC‑AACG‑CCG‑GAAGTCGGGTCGTCGGGAAACAGAAAGTCCGGGTTATGCATCAGCGAACAGgcc > 1:250874/1‑150 (MQ=255) 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tAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTC‑AACG‑CCG‑GAAGTCGGTTCGTCGAGAAACAGAATGTCCGGTTCATGCATCAGCGAACAGgccagcgc < 2:169955/151‑1 (MQ=255) tAAAGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGGGAGGGGGGC‑AACG‑CCG‑GGAGTCGGTTCGTCGAGAAAAAGAAAGTCCGGGTCATGCATCAGCGAAAAAgccagcg > 2:191915/1‑150 (MQ=255) aaGTGGGTGGTGACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGGC‑AACC‑CCG‑GAAGGCGGTTCGGCGGGAAACAAAAAGGCCGGGTCATGCCTCAGCGAACAGgcccgcgcc > 1:1000949/1‑150 (MQ=255) gtggtgACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGGGGGGGGGGC‑AACG‑CCC‑GAAGTCGGGTCGTCGGGAAAAAGAAAGTCCGGGTCATGCATCAGAGAAAAGGCCAGCGCCCG‑gcgc > 1:940780/1‑150 (MQ=255) tgACCATCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTC‑AACG‑CCG‑GAAGTCGGTTCGTCGAGAAACAGAATGTCCGGTTCATGCATCAGCGAACAGGCCAGCGCCAG‑CCGCTGttt < 1:905632/151‑1 (MQ=255) aTCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTC‑AACG‑CCG‑GAAGTCGGTTCGTCGAGAAACAGAATGTCCGGTTCATGCATCAGCGAACAGGCCAGCGCCAG‑CCGCTGTTTAAAAc < 1:872727/151‑1 (MQ=255) aTCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTC‑AACG‑CCG‑GAAGTCGGTTCGTCGAGAAACAGAATGTCCGGTTCATGCATCAGCGAACAGGCCAGCGCCAG‑CCGCTGTTTAAAAc < 1:1379070/151‑1 (MQ=255) aTCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTC‑AACG‑CCG‑GAAGTCGGTTCGTCGAGAAACAGAATGTCCGGTTCATGCATCAGCGAACAGGCCAGCGCCAG‑CCGCTGTTTAAAAc < 1:1213544/151‑1 (MQ=255) aTCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTC‑AACG‑CCG‑GAAGTCGGTTCGTCGAGAAACAGAATGTCCGGTTCATGCATCAGCGAACAGGCCAGCGCCAG‑CCGCTGTTTAAAAc < 2:948001/151‑1 (MQ=255) aTCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGGGAGGGGGGC‑AACG‑CCG‑GGAGTCGGTTCGTCGAGAAACAGAAAGTCCGGGTCATGCATCAGCGGACAGGCCCGCGCCCG‑CCGCCGTTTaaaaa > 1:209139/1‑150 (MQ=255) tCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGGGGGGGGC‑AACG‑CCG‑GAAGGCGGGTTGTCGAGAAAAAAAATGTGCGGGTTTTGGCTCAGGGGACAAGCCAGCGCCCG‑CCGCTGTTTTAAAca > 2:1271589/1‑150 (MQ=255) tCACCGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGGGGGGGGGGC‑AACG‑CCG‑GAAGGCGGTTTGTCGGGAAACAGAAAGTCCGGGTCCTGCATCACCGAACAGGCCCGCGCCAGCCCCCGGTTTaaaa > 1:963537/1‑150 (MQ=255) ccGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGGGGGGGGGGC‑CACG‑CCC‑GGAGGCGGGTCGTCGAGAAAAAGAATGTCCGGTTTCTGCATCAGCGAACAGGCCCGCGCCAG‑CCGCCGTTTTAAAACTaa > 2:709607/1‑151 (MQ=255) cGTGACGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGGGAGGGGGGC‑CAAG‑CCG‑GAAGTCGGGTTGTCGGGAAAAAGAATGGCCGGGTCATGCCTCAGCGGACAGGCCCGCGCCAC‑CCGCTGTTTTAAAACTAAt > 1:1366567/1‑151 (MQ=255) aCGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTC‑AACG‑CCG‑GAAGTCGGTTCGTCGAGAAACAGAATGTCCGGTTCATGCATCAGCGAACAGGCCAGCGCCAG‑CCGCTGTTTAAAACCTAATGGc < 2:543336/150‑1 (MQ=255) aCGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTC‑AACG‑CCG‑GAAGTCGGTTCGTCGAGAAACAGAATGTCCGGTTCATGCATCAGCGAACAGGCCAGCGCCAG‑CCGCTGTTTAAAACCTAATGGc < 2:603724/150‑1 (MQ=255) aCGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTC‑AACG‑CCG‑GAAGTCGGTTCGTCGAGAAACAGAATGTCCGGTTCATGCATCAGCGAACAGGCCAGCGCCAG‑CCGCTGTTTAAAACCTAATGGc < 2:1083486/150‑1 (MQ=255) aCGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGTGAGGGGGTC‑AACG‑CCG‑GAAGTCGGTTCGTCGAGAAACAGAATGTCCGGTTCATGCATCAGCGAACAGGCCAGCGCCAG‑CCGCTGTTTAAAACCTAATGGc < 2:1292530/150‑1 (MQ=255) cGCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGGGGGGGGGGC‑AACG‑CCG‑GGAGGCGGGTCCTCCAGAAAAAGAAAGTCCGGGTCATGCATCAGCGAACAGGCCACCGCCAG‑CCGCCGGTTTAAACCTAATAGCAg > 2:738438/1‑151 (MQ=255) gCCTTTCTCTACCATGCTGTTGATGTGCAGCCAAAATTCACGGCGGGGGAGGGGGGT‑AAAG‑CCG‑GAAGTCGGTTCGTCGAGAAAAAAAAAGTCCGGGTCATTCATCAGAGAACAGGCCAGCGCCAG‑CCGCCGTTTAAAAAATAATGGCAgg > 1:1255085/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |