Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 29,496 | 0 | T | A | 50.0% | 51.5 / 83.6 | 82 | intergenic (+301/‑155) | dapB/carA | dihydrodipicolinate reductase/carbamoyl phosphate synthetase small subunit, glutamine amidotransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (34/7); new base A (0/41); total (34/48) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.47e-16 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
AATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAATATTCTCTGGA > NC_000913/29349‑29643 | aaTGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATaaa > 1:404753/1‑151 (MQ=255) tAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAAt < 1:371453/151‑1 (MQ=255) tAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAAt < 2:501386/151‑1 (MQ=255) aTTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATccc < 2:205730/151‑1 (MQ=255) tttGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGt > 2:241716/1‑151 (MQ=255) aCTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACtttt > 2:1097913/1‑151 (MQ=255) cTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTa > 2:1124373/1‑151 (MQ=255) ttttttttGCTGTTTTTTTTTTAATGCATTTTTTTTGCTGCGCAAGCGTTTCCCAAAACAGTTAAGATAATTTTTTTGTCGTTTAAGGCTTAAAAAACATGCATGACCCAAAAAATAAAAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAg < 2:512256/151‑1 (MQ=255) ttttttCTTTTCTTTTTTTTTTCATGATATCTTCTTTCTGCGAAAGCTTTTCACATAACGGTTGATATTTTTTTTTTCTGTTTTAGTCCTTATAAAAGATACTTGACCCAAAAAATAAAAAAAAAAACTCCGCCATTAAGTTGACTTTTAg < 2:747584/151‑1 (MQ=255) ttttttCTCCTTTTTTTTATTTAATGAATTCTTTTTGCGGCACAAGCTTTTACAAAACCAGGTTATAAAATTTTTTTGTCTTTTATTCCTTGAAAACCAGGCATGACCAAAAAAAAAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAg < 2:1052409/151‑1 (MQ=255) tttttttATTTAATGCATTTTTTTGACTGCGCAAGCTTTTCCCAAAACAGTTTAGATGATTTTTTTGTCGCTTAATCCCTGAAAAACATGCTTGACCCAAAAAATAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATAtct < 2:50224/149‑1 (MQ=255) tttttATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATAtctc > 2:459229/1‑150 (MQ=255) ttttttTCATACATTCTTCTTGCTGCGCAAGCTTTTACAAAAACAGGTAAGATTATTTTTTTGTCGTTAAATGCCTAAAAAACTGGCGTGACCAAAAAAAAAATAAAAAAAACCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAg < 2:125955/151‑1 (MQ=255) tttATTTCATGAAATCTTTTTGCTGCACAAGCTTTTTCAAAAACAGGTTAGATGATTTTTTTGTCGCTTAATGCCTGAAAAACATGCAGGAGCCAAAAAAAAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAg < 1:1110300/151‑1 (MQ=255) ttATTTCATACATTCTTCTTCCTGCGCAGGTTTTTCCCAAAAGAGTTAAGATGATTTTTTTTTCGCTTATGGCCGGAAAAACATGAATGAGCCACAAAATAATAAAAAAAACCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGa < 2:306273/151‑1 (MQ=255) tttttCATGCATTCTTCTTGCTGCGCAAGCTTTTCCAAGAACAGGTTAGATATTTTTTTTTTCGTTTATTGCCTAAAAAACATGCATGACCCAAAAAATAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGaa < 2:1460072/149‑1 (MQ=255) tATTTCATGCATTTTTTTTGCTGCGAAAGCGTTTTCCAGAACGGGTTAGATGATTTTTTTGTCGTTTAATGCCTAAAAAACATGATTGGCCCAAAAAAAAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGaa < 2:1426896/151‑1 (MQ=255) ttttCATCCATTCTTCTGGCTGCAAAAGTTTTTCCAAGAACAGTTAAAATGATTTTTTTGCCGTTAAATGCTTAAAAAACTGCCAGGACCAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAAt < 2:942092/150‑1 (MQ=255) aTTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAAt > 1:1573557/1‑151 (MQ=255) tttCAGGCATTCTTCTTGCGGCACAAGCTTTTCCAAGAACAGTTAAGATGATTTTTTTGTCGTTTAATCCTTAAAAAACATGCATGCCCCAAAAAAAAATAAAAAAACCCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATg < 2:1020344/151‑1 (MQ=255) ttCATCCATTTTTTTTGCGGCGAAAGCGTTTCCAAAAACGGTTTAGATGATCTTTTTGTCGTTTAATGCCTGAAAAACATGCATGGCCCAAAAAATAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATgc < 1:1576140/151‑1 (MQ=255) aTCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCTCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGttt > 2:1131275/1‑151 (MQ=255) aTCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGttt > 2:1014937/1‑151 (MQ=255) aTCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGttt > 1:552124/1‑151 (MQ=255) aTCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGttt > 2:1210996/1‑151 (MQ=255) ctgcGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAAt > 1:522592/1‑151 (MQ=255) cgaaaGCTTTTTCAAAAAAAGTTAAAATTATTTTTTTGTCGTTTAATGCTTGAAAAACATGATTGAGCAAAAAAATAAAAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATtcg < 1:513090/148‑1 (MQ=255) aaaGCTTTTCCCAAAACGGGTAAAATGATTTTTTTGTCTCTTAATGCCTAAAAAACATGCATGGGCCAAAAAAAAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATtcgtc < 1:1486789/150‑1 (MQ=255) ttcccAGAACAGGTAAGATGATTTTTTTGTCGTTTAGTCCCTGAAAAACATGAAGGACCCAAAAAATAAAAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGc < 2:1190046/148‑1 (MQ=255) ttccaaaaaaaGGTTAAATTATTTTTTTGCCGTTAATTGCCTAAAAAACATGAATGACCCAAAAAAAAAAAAAAAAAACCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGc < 2:1041785/141‑1 (MQ=255) ttCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCa > 2:20572/1‑151 (MQ=255) ttCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCa > 2:750901/1‑151 (MQ=255) ttCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCa > 2:951685/1‑151 (MQ=255) ttCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCa > 1:1330647/1‑151 (MQ=255) ttCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCa > 1:1061390/1‑151 (MQ=255) ttCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCa > 1:1482323/1‑151 (MQ=255) caaaaaCAGGTAAGATATTTTTTTTGCCCATTAATGCTTTAAAAACTTGCAGGACCCAAAAAATAATAAAAAAAACCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGa < 2:1441931/147‑1 (MQ=255) aaagaCAGTTTAGATTATTTTTTTGTCGCTAAATGCCTTAAAAAAATGCATGAGCCAAAAAAAAATAAAAAAAACCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGa < 1:971560/146‑1 (MQ=255) gAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGAttt > 1:914128/1‑151 (MQ=255) aacggtttAGATAATTTTTTTTCCTATAAATCCGTGAAAAACTTGCATGACCCACAAAAAAAAAAAAAAAACCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGAtt < 2:1066870/143‑1 (MQ=255) aCAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGa > 2:971071/1‑146 (MQ=255) ggTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGTGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGCTTGCCAGAAAATCGTCGGCGAGCAGATTTACAtt > 2:691423/1‑151 (MQ=255) ggTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCAtt > 2:336858/1‑151 (MQ=255) 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ttttttttGTCGCTTAAGGCCTGAAAAACAGGCATAACCCAAAAAAAAAAAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGt < 1:575120/148‑1 (MQ=255) ttttttttGTCCTTTAATGCAGAAAAAACATGAATGACCAAAAAAATAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGt < 1:1488806/148‑1 (MQ=255) atttttttGTCGCTTAATGCCTGAAAAACATGAATGACCCAAAAAAAAATAAAAAAAACCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGt < 1:1264905/148‑1 (MQ=255) atCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGACTTACGt > 1:968227/1‑151 (MQ=255) tCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGt > 1:488588/1‑150 (MQ=255) 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atatAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAATATTCTCTGGa > 2:1322654/1‑151 (MQ=255) | AATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATTTCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCCAGAACAGGTTAGATGATCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCCACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAATATTCTCTGGA > NC_000913/29349‑29643 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |