| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,434,459 | C→T | intergenic (‑235/+499) | ynaE ← / ← ttcC | cold shock protein, Rac prophage/pseudogene, prophage Rac integration site ttcA duplication;Phage or Prophage Related |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,434,459 | 0 | C | T | 98.2% | 114.2 / ‑6.8 | 56 | intergenic (‑235/+499) | ynaE/ttcC | cold shock protein, Rac prophage/pseudogene, prophage Rac integration site ttcA duplication;Phage or Prophage Related |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (28/27); minor base A (1/0); total (29/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCCTGGGTGTTCTTAAAGTTCGTAGATAAACATTGTCGTTTCAGGTATACAGGAATGCTAACAGGTGGCGGCAAAAATCAGGCGGTTTATGGCGCAAGCTGAAGTGGCAACTGCAAACTATCTTATGCAGAGACTCTACACGGAT > NC_000913/1434312‑1434601 | gggTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTgg > 1:1035975/1‑151 (MQ=18)gggTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTgg > 1:612352/1‑151 (MQ=18) ggTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTggg > 1:406656/1‑151 (MQ=18) atGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTCTTAAAg < 1:212708/151‑1 (MQ=18) atGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTCTTAAAg < 2:234701/151‑1 (MQ=18) atGCCAATCCCTAATTCTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTACCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCATGGGTGTTCTTaaat > 1:219421/1‑150 (MQ=255) tGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTCTTAAAGt > 2:943685/1‑151 (MQ=18) tGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTCTTAAAGt < 1:970446/151‑1 (MQ=18) tGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTCTTAAAGt < 1:786915/151‑1 (MQ=18) cccTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTCTTAAAGTTCGTAGa > 2:1382074/1‑151 (MQ=18) taGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTCTTAAAGTTCGTAGATAAACATTGTCg < 2:1214196/151‑1 (MQ=18) gACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTCTTAAAGTTCGTAGATAAACATTGTCGTTTCAGGt > 2:120810/1‑151 (MQ=14) cTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTCTTAAAGTTCGTAGATAAACATTGTCGTTTCAGGtat > 2:1425595/1‑151 (MQ=14) aaaaaTGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTCTTAAAGTTCGTAGATAAACATTGTCGTTTCAGGTATAc < 2:1001850/151‑1 (MQ=14) aaTGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTCTTAAAGTTCGTAGATAAACATTGTCGTTTCAGGTATACAgg < 1:500575/151‑1 (MQ=14) tGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCATTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTCTTAAAGTTCGTAGATAAACATTGTCGTTTCAGGTATACAGGAATGc < 1:843410/151‑1 (MQ=14) gAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTCTTAAAGTTCGTAGATAAACATTGTCGTTTCAGGTATACAGGAATg > 1:512822/1‑149 (MQ=14) gAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTCTTAAAGTTCGTAGATAAACATTGTCGTTTCAGGTATACAGGAATg > 2:549311/1‑149 (MQ=14) gAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTCTTAAAGTTCGTAGATAAACATTGTCGTTTCAGGTATACAGGAATg > 1:1340714/1‑149 (MQ=14) atatGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTCTTAAAGTTCGTAGATAAACATTGTCGTTTCAGGTATACAGGAATGCTaa > 2:724306/1‑151 (MQ=14) tatGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTCTTAAAGTTCGTAGATAAACATTGTCGTTTCAGGTATACAGGAATGCTAAc < 2:258673/151‑1 (MQ=14) tGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTCTTAAAGTTCGTAGATAAACATTGTCGTTTCAGGTATACAGGAATGCTAACAg < 2:1291091/151‑1 (MQ=14) ccTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTCTTAAAGTTCGTAGATAAACATTGTCGTTTCAGGTATACAGGAATGCTAACAGGTGGCGGCAAAAATCAGGCGGTTTATGGCGCAAGCTGAAGt < 1:943204/151‑1 (MQ=11) aaTTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTCTTAAAGTTCGTAGATAAACATTGTCGTTTCAGGTATACAGGAATGCTAACAGGTGGCGGCAAAAATCAGGCGGTTTATGGCGCAAGCTGAAGTGGCaa > 1:450559/1‑151 (MQ=14) ttAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTCTTAAAGTTCGTAGATAAACATTGTCGTTTCAGGTATACAGGAATGCTAACAGGTGGCGGCAAAAATCAGGCGGTTTATGGCGCAAGCTGAAGTGGCaa > 1:785125/1‑149 (MQ=14) gTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTCTTAAAGTTCGTAGATAAACATTGTCGTTTCAGGTATACAGGAATGCTAACAGGTGGCGGCAAAAATCAGGCGGTTTATGGCGCAAGCTGAAGTGGCAACTGCa > 1:447320/1‑151 (MQ=14) gtgtTATATCTGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTCTTAAAGTTCGTAGATAAACATTGTCGTTTCAGGTATACAGGAATGCTAACAGGTGGCGGCAAAAATCAGGCGGTTTATGGCGCAAGCTGAAGTGGCAACTGCAAACt > 1:955378/1‑150 (MQ=14) gtgtTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTCTTAAAGTTCGTAGATAAACATTGTCGTTTCAGGTATACAGGAATGCTAACAGGTGGCGGCAAAAATCAGGCGGTTTATGGCGCAAGCTGAAGTGGCAACTGCAAAc < 1:1369963/149‑1 (MQ=14) gtgtTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTCTTAAAGTTCGTAGATAAACATTGTCGTTTCAGGTATACAGGAATGCTAACAGGTGGCGGCAAAAATCAGGCGGTTTATGGCGCAAGCTGAAGTGGCAACTGCAAAc > 2:1370648/1‑149 (MQ=14) gtgtTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTCTTAAAGTTCGTAGATAAACATTGTCGTTTCAGGTATACAGGAATGCTAACAGGTGGCGGCAAAAATCAGGCGGTTTATGGCGCAAGCTGAAGTGGCAACTGCAAACTa > 2:174405/1‑151 (MQ=14) gtgtTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTCTTAAAGTTCGTAGATAAACATTGTCGTTTCAGGTATACAGGAATGCTAACAGGTGGCGGAAAAAATCAGGCGGTTTATGGCGCAAGCTGAAGTGGCAACTGCAAACTa > 1:795511/1‑151 (MQ=14) gtgtTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGGCGTTCTTAAAGTTCGTAGATAAACATTGTCGTTTCAGGTATACAGGAATGCTAACAGGTGGCGGCAAAAATCAGGCGGTTTATGGCGCAAGCTGAAGTGGCAACTGCAAACTa > 2:1037509/1‑151 (MQ=14) tgtTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTCTTAAAGTTCGTAGATAAACATTGTCGTTTCAGGTATACAGGAATGCTAACAGGTGGCGGCAAAAATCAGGCGGTTTATGGCGCAAGCTGAAGTGGCAACTGCAAACTAt < 2:863670/151‑1 (MQ=14) gtTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGGAGTTCTTAAAGTTCGTAGATAAACATTGTCGTTTCAGGTATACAGGAATGCTAACAGGGGGCGGCAAAAATCAGGCGGTTTATGGCGCAAGCTGAAGTGGCAACTGCAAACTAt > 2:1114236/1‑150 (MQ=9) ttATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTCTTAAAGTTCGTAGATAAACATTGTCGTTTCAGGTATACAGGAATGCTAACAGGTGGCGGCAAAAATCAGGCGGTTTATGGCGCAAGCTGAAGTGGCAACTGCAAACTATc < 1:245167/150‑1 (MQ=14) ttATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTCTTAAAGTTCGTAGATAAACATTGTCGTTTCAGGTATACAGGAATGCTAACAGGTGGCGGCAAAAATCAGGCGGTTTATGGCGCAAGCTGAAGTGGCAACTGCAAACTATCt < 1:973338/151‑1 (MQ=14) atatatGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTCTTAAAGTTCGTAGATAAACATTGTCGTTTCAGGTATACAGGAATGCTAACAGGTGGCGGCAAAAATCAGGCGGTTTATGGCGCAAGCTGAAGTGGCAACTGCAAACTATCTTa > 2:710121/1‑151 (MQ=14) tatGATTTACTTGTCAATTTTTATCTTGGGTGTTCTTAAAGTTCGTAGATAAACATTGTCTTTTCAGGTATACAGGAATGCTAACAGGTGGCGGCAAAAATCAGGCGGTTTATGGCGCAAGCTGAATTGGCAACTGCAAACTATCTTATGc < 1:1479428/151‑1 (MQ=11) tatGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTCTTAAAGTTCGTAGATAAACATTGTCGTTTCAGGTATACAGGAATGCTAACAGGTGGCGGCAAAAATCAGGCGGTTTATGGCGCAAGCTGAAGTGGCAACTGCAAACTATCTTATGc < 2:1282676/151‑1 (MQ=17) tatGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTCTTAAAGTTCGTAGATAAACATTGTCGTTTCAGGTATACAGGAATGCTAACAGGTGGCGGCAAAAATCAGGCGGTTTATGGCGCAAGCTGAAGTGGCAACTGCAAACTATCTTATGc < 2:785575/151‑1 (MQ=17) tatGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTCTTAAAGTTCGTAGATAAACATTGTCGTTTCAGGTATACAGGAATGCTAACAGGTGGCGGCAAAAATCAGGCGGTTTATGGCGCAAGCTGAAGTGGCAACTGCAAACTATCTTATGc < 2:219485/151‑1 (MQ=17) atGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTCTTAAAGTTCGTAGATAAACATTGTCGTTTCAGGTATACAGGAATGCTAACAGGTGGCGGCAAAAATCAGGCGGTTTATGGCGCAAGCTGAAGTGGCAACTGCAAACTATCTTATGCa > 1:1026068/1‑151 (MQ=18) atGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTCTTAAAGTTCGTAGATAAACATTGTCGTTTCAGGTATACAGGAATGCTAACAGGTGGCGGCAAAAATCAGGCGGTTTATGGCGCAAGCTGAAGTGGCAACTGCAAACTATCTTATGCa > 2:578724/1‑151 (MQ=18) atGATATAGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTCTTAAAGTTCGTAGATAAACATTGTCGTTTCAGGTATACAGGAATGCTAACAGGTGGCGGCAAAAATCAGGCGGTTTATGGCGCAAGCTGAAGTGGCAACTGCAAACTATCTTATGCa > 2:431162/1‑151 (MQ=18) atatAGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTCTTAAAGTTCGTAGATAAACATTGTCGTTTCAGGTATACAGGAATGCTAACAGGTGGCGGCAAAAATCAGGCGGTTTATGGCGCAAGCTGAAGTGGCAACTGCAAACTATCTTATGCagag > 1:1210954/1‑151 (MQ=18) ataGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTCTTAAAGTTCGTAGATAAACATTGTCGTTTCAGGTATACAGGAATGCTAACAGGTGGCGGCAAAAATCAGGCGGTTTATGGCGCAAGCTGAAGTGGCAACTGCAAACTATCTTATGCAGAGAc < 1:216239/151‑1 (MQ=18) ataGTTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTCTTAAAGTTCGTAGATAAACATTGTCGTTTAAGGAATACAGGAATGCTAACAGGTGGCGGCAAAAATCAGGCGGATTATGGCGCAAGCTGAAGTGGAAAATGCAAACTATCTTATGCAgaga > 2:1179191/1‑150 (MQ=11) ataGGTGACAATTTTTATCTTGGGTGTTCTTAAAGTTCGTAGATAAACATTGTCGTTTCAGGTATACAGGAATGCTAACAGGTGGCGGCAAAAATCAGGCGGTTTATGGCGCAAGCTGAAGTGGCAACTGCAAACTATCTTATGCAgaga > 1:359097/1‑150 (MQ=18) aCAATTTTTATCTTGGGTGTTCTTAAAGTTCGTAGATAAACATTGTCGTTTCAGGTATACAGGAATGCTAACAGGTGGCGGCAAAAATCAGGCGGTTTATGGCGCAAGCTGAAGTGGCAACTGCAAACTATCTTATGCAGAGACTCTacac < 2:64933/151‑1 (MQ=18) aCAATTTTTATCTTGGGTGTTCTTAAAGTTCGTAGATAAACATTGTCGTTTCAGGTATACAGGAATGCTAACAGGTGGCGGCAAAAATCAGGCGGTTTATGGCGCAAGCTGAAGTGGCAACTGCAAACTATCTTATGCAGAGACTCTacac < 2:1036483/151‑1 (MQ=18) aCAATTTTTATCTTGGGTGTTCTTAAAGTTCGTAGATAAACATTGTCGTTTCAGGTATACAGGAATGCTAACAGGTGGCGGCAAAAATCAGGCGGTTTATGGCGCAAGCTGAAGTGGCAACTGCAAACTATCTTATGCAGAGACTCTacac < 2:1325830/151‑1 (MQ=18) aCAATTTTTATCTTGGGTGTTCTTAAAGTTCGTAGATAAACATTGTCGTTTCAGGTATACAGGAATGCTAACAGGTGGCGGC‑AAAATCAGGCGGTTTATGGCGCAAGCTGAAGTGGCAACTGCAAACTATCTTATGCAGAGACTCTacac < 1:1424869/150‑1 (MQ=16) cAATTTTTATCTTGGGTGTTCTTAAAGTTCGTAGATAAACATTGTCGTTTCAGGTATACAGGAATGCTAACAGGTGGCGGCAAAAATCAGGCGGTTTATGGCGCAAGCTGAAGTGGCAACTGCAAACTATCTTATGCAGAGACTCTACTCg < 2:55697/151‑1 (MQ=18) cAATTTTTATCTTGGGTGTTCTTAAAGTTCGTAGATAAACATTGTCGTTTCAGGTATACAGGAATGCTAACAGGTGGCGGCAAAAATCAGGCGGTTTATGGCGCAAGCTGAAGTGGCAACTGCAAACTATCTTATGCAGAGACTCTACACg < 2:1379310/151‑1 (MQ=18) aTTTTTATCTTGGGTGTTCTTAAAGTTCGTAGATAAACATTGTCGTTTCAGGTATACAGGAATGCTAACAGGTGGCGGCAAAAATCAGGCGGTTTATGGCGCAAGCTGAAGTGGCAACTGCAAACTATCTTATGCAGAGACTCTACACGGa < 2:1134067/151‑1 (MQ=18) tttttATCTTGGGTGTTCTTAAAGTTCGTAGATAAACATTGTCGTTTCAGGTATACAGGAATGCTAACAGGTGGCGGCAAAAATCAGGCGGTTTATGGCGCAAGCTGAAGTGGCAACTGCAAACTATCTTATGCAGAGACTCTACACGGAt > 2:313814/1‑151 (MQ=18) | GGGTTATTGGATATGCCAATCCCTAATTTTATTAGAGCATGACTAAAAATGCTGAATATGATAAGGAGCGAAGTGATTATCAGTATGCTGTTCATATAGCCTCGAATTAGTAATGTGTTATATATGATATAGTTGACAATTTTTATCCTGGGTGTTCTTAAAGTTCGTAGATAAACATTGTCGTTTCAGGTATACAGGAATGCTAACAGGTGGCGGCAAAAATCAGGCGGTTTATGGCGCAAGCTGAAGTGGCAACTGCAAACTATCTTATGCAGAGACTCTACACGGAT > NC_000913/1434312‑1434601 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |