| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,024,017 | C→T | T17I (ACC→ATC) | rcsA → | transcriptional regulator of colanic acid capsular biosynthesis |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,024,017 | 0 | C | T | 100.0% | 85.8 / NA | 26 | T17I (ACC→ATC) | rcsA | transcriptional regulator of colanic acid capsular biosynthesis |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (13/13); total (13/13) | |||||||||||
CATTAGGTGACCCATGTTGTTCCGTTTAGTCATGATGAAATATTCAGGTAAGGGGAATTATCGTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGATTTATGTAGTTACACCCGACTAGGTTTAACCGGGTATCTGTTGAGTAGAGGGGTTAAAAAAAGAGAAATCAACGACATTGAAACCGTTGATGACCTTGCCATAGCTTGTGATTCACAGCGCCCTTCAGTGGTGTTTATTAATGAGGACTGTTTCATCCACGAT > NC_000913/2023881‑2024150 | cATTAGGTGACCCATGTTGTTCCGTTTAGTCATGATGAAATATTCAGGTAAGGGGAATTATCGTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGATTTATGTAGTTACACCCGACTAGGTTTAATCg < 2:262966/139‑1 (MQ=255) gTGACCCATGTTGTTCCGTTTAGTCATGATGAAATATTCAGGTAAGGGGAATTATCGTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGATTTATGTAGTTACACCCGACTAGGTTTAATCGGGTATc < 1:347779/139‑1 (MQ=255) gttgttCCGTTTAGTCATGATGAAATATTCAGGTAAGGGGAATTATCGTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGATTTATGTAGTTACACCCGACTAGGTTTAATCGGGt > 2:89167/1‑127 (MQ=255) gttgttCCGTTTAGTCATGATGAAATATTCAGGTAAGGGGAATTATCGTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGATTTATGTAGTTACACCCGACTAGGTTTAATCGGGt < 1:89167/127‑1 (MQ=255) tgatgaAATATTCAGGTAAGGGGAATTATCGTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGATTTATGTAGTTACACCCGACTAGGTTTAATCGGGTATCTGTTGAGTAGAGGGGTTAAAAAAaga > 2:82168/1‑139 (MQ=255) agtgagGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGATTTATGTAGTTACACCCGACTAGGTTTAATCGGGTATCTGTTGAGTAGAGGGGTTAAAAAAAGAGAAATCAACGACATTGAAACCGTTGATGACCTTGCCATAGc > 1:120536/1‑139 (MQ=255) tGCCATGTCAACGATTATTATGGATTTATGTAGTTACACCCGACTAGGTTTAATCGGGTATCGGTTGAGTAGAGGGGTTAAAAAAAGAGAAATCAACGACATTGAAACCGTTGATGACCTTGCCATAGCTTGTGATTca > 1:143584/1‑139 (MQ=255) gTCAACGATTATTATGGATTTATGTAGTTACACCCGACTAGGTTTAATCGGGTATCTg < 1:290857/58‑1 (MQ=255) gTCAACGATTATTATGGATTTATGTAGTTACACCCGACTAGGTTTAATCGGGTATCTg > 2:290857/1‑58 (MQ=255) aCGATTATTATGGAGTTATGTAGTTACACCCGACTAGGTTTAATCGGGTATCTGTTGAGTAGAGGGGTTAAAAAAAGAGAAATCAACGACATTGAAACCGTTGATGACCTTGCCATAGCTTGTGATTCACAGCGCCCtt > 1:25266/1‑139 (MQ=255) gATTTATGTAGTTACACCCGACTAGGTTTAATCGGGTATCTGTTGAGTAGAGGGGTTAAAAAAAGAGAAATCAACGACATTGAAACCGTTGATGACCTTGCCATAGCTTGTGATTCACAGCGCCCTTCAGTGGTGTtta < 2:25266/139‑1 (MQ=255) gATTTATGTAGTTACACCCGACTAGGTTTAATCGGGTATCTGTTGAGTAGAGGGGTTAAAAAAAGAGAAATCAACGACATTGAAACCGTTGATGACCTTGCCATAGCTTGTGATTCACAGCGCCCTTCAGTGGTGTtta < 2:143584/139‑1 (MQ=255) tttATGTAGTTACACCCGACTAGGTTTAATCGGGTATCTGTTGAGTAGAGGGGTTAAAAAAAGAGAAATCAACGACATTGAAACCGTTGATGAcc < 1:301188/95‑1 (MQ=255) tttATGTAGTTACACCCGACTAGGTTTAATCGGGTATCTGTTGAGTAGAGGGGTTAAAAAAAGAGAAATCAACGACATTGAAACCGTTGATGAcc > 2:445014/1‑95 (MQ=255) tttATGTAGTTACACCCGACTAGGTTTAATCGGGTATCTGTTGAGTAGAGGGGTTAAAAAAAGAGAAATCAACGACATTGAAACCGTTGATGAcc > 2:301188/1‑95 (MQ=255) tttATGTAGTTACACCCGACTAGGTTTAATCGGGTATCTGTTGAGTAGAGGGGTTAAAAAAAGAGAAATCAACGACATTGAAACCGTTGATGAcc < 1:445014/95‑1 (MQ=255) tttATGTAGTTACACCCGACTAGGTTTAATCGGGTATCTGTTGAGTAGAGGGGTTAAAAAAAGAGAAATCAACGACATTGAAACCGTTGATGACCTTGCCATAGCTTGTGATTCACAg < 1:298590/118‑1 (MQ=255) tttATGTAGTTACACCCGACTAGGTTTAATCGGGTATCTGTTGAGTAGAGGGGTTAAAAAAAGAGAAATAAACGACATTGAAACCGTTGATGACCTTGCCATAGCTTGTGATTCACAg > 2:298590/1‑118 (MQ=255) aTGTAGTTACACCCGACTAGGTTTAATCGGGTATCTGTTGAGTAGAGGGGTTAAAAAAAGAGAAATCAACGACATTGAAACCGTTGATGACCTTGCCATAGCTTGTGATTCACAGCGCCCTTCAGTGGTGTTTATTAAt > 2:341437/1‑139 (MQ=255) acacCCGACTAGGTTTAATCGGGTATCTGTTGAGTAGAGGGGTTAAAAAAAGAGAAATCAACGACATTGAAACCGTTGATGACCTTGCCATAGc < 1:383754/94‑1 (MQ=255) acacCCGACTAGGTTTAATCGGGTATCTGTTGAGTAGAGGGGTTAAAAAAAGAGAAATCAACGACATTGAAACCGTTGATGACCTTGCCATAGc > 2:383754/1‑94 (MQ=255) acacCCGACTAGGTTTAATCGGGTATCTGTTGAGTAGAGGGGTTAAAAAAAGAGAAATCAACGACATTGAAACCGTTGATGACCTTGCCATAGCTTGTGATTCACAGCGCCCTTCAGTGGTGTTTATTAATGAGGACTg > 1:158071/1‑139 (MQ=255) cccGACTAGGTTTAATCGGGTATCTGTTGAGTAGAGGGGTTAAAAAAAGAGAAATCAACGACATTGAAACCGTTGATGACCTTGCCATAGCTTGTGATTCACAGCGCCCTTCAGTGGTGTTTATTAATGAGGACTGttt < 1:341437/139‑1 (MQ=255) aCTAGGTTTAATCGGGTATCTGTTGAGTAGAGGGGTTAAAAAAAGAGAAATCAACGACATTGAAACCGTTGATGACCTTGCCATAGCTTGTGATTCACAgc > 2:111764/1‑101 (MQ=255) aCTAGGTTTAATCGGGTATCTGTTGAGTAGAGGGGTTAAAAAAAGAGAAATCAACGACATTGAAACCGTTGATGACCTTGCCATAGCTTGTGATTCACAgc < 1:111764/101‑1 (MQ=255) tttAATCGGGTATCTGTTGAGTAGAGGGGTTAAAAAAAGAGAAATCAACGACATTGAAACCGTTGATGACCTTGCCATAGCTTGTGATTCACAGCGCCCTTCAGTGGTGTTTATTAATGAGGACTGTTTCATCCACGAt < 2:158071/139‑1 (MQ=255) | CATTAGGTGACCCATGTTGTTCCGTTTAGTCATGATGAAATATTCAGGTAAGGGGAATTATCGTTACGCATTGAGTGAGGGTATGCCATGTCAACGATTATTATGGATTTATGTAGTTACACCCGACTAGGTTTAACCGGGTATCTGTTGAGTAGAGGGGTTAAAAAAAGAGAAATCAACGACATTGAAACCGTTGATGACCTTGCCATAGCTTGTGATTCACAGCGCCCTTCAGTGGTGTTTATTAATGAGGACTGTTTCATCCACGAT > NC_000913/2023881‑2024150 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |