| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,827,065 | T→C | L225P (CTG→CCG) | srlE → | glucitol/sorbitol‑specific enzyme IIB component of PTS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,827,065 | 0 | T | C | 92.9% | 39.9 / ‑3.7 | 14 | L225P (CTG→CCG) | srlE | glucitol/sorbitol‑specific enzyme IIB component of PTS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (5/8); total (5/9) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.06e-01 | |||||||||||
CGTTTATGGCATTCGTCTCGGCGCTCATTGGCATCATTATGGCTTCTGGCCTTGGTGACTGGATTGCCCACGGTCTTGCTCCGCTGGCGAGCCATCCACTGGGTCTGGTCATGCTGGCGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATCGGCGTATTGATTGGCGTGCAGATTGGTCTCGGCAATATTCCGCCGCATCTGGCTTTACCGGCACTGTTTGCCATCAACGCGCAGG > NC_000913/2826927‑2827196 | cGTTTATGGCATTCGTCTCGGCGCTCATTGGCATCATTATGGCTTCTGGCCTTGGTGACTGGATTGCCCACGGTCTTGCTCCGCTGGCGAGCCATCCACTGGGTCTGGTCATGCTGGCGCTCATCTGTTCCTTCCCACt < 1:402772/139‑1 (MQ=255) aTGGCATTCGTCTCGGCGCTCATTGGCATCATTATGGCTTCTGGCCTTGGTGACTGGATTGCCCACGGTCTTGCTCCGCTGGCGAGTCATCCACTGGGTCTGGTCATGCTGGCGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCttt < 1:107177/139‑1 (MQ=255) cTTCTGGCCTTGGTGACTGGATTGCCCACGGTCTTGCTCCGCTGGCGAGCCATCCACTGGGTCTGGTCATGCTGGCGCTCATCTGTTCCTTCCCACCGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGt < 1:260299/139‑1 (MQ=255) tCTGGCCTTGGTGACTGGATTGCCCACGGTCTTGGTCCGCTGGCGAGCCATCCACTGGGTCTGGTCATGCTGGCGCTCATCTGTTCCTTCCCACCGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTa > 1:112291/1‑139 (MQ=255) cTGGCCTTGGTGACTGGATTGCCCACGGTCTTGCTCCGCTGGCGAGCCATCCACTGGGTCTGGTCATGCTGGCGCTCATCTGTTCCTTCCCACCGCTTTCACCTTTCCt < 1:36512/109‑1 (MQ=255) cTGGCCTTGGTGACTGGATTGCCCACGGTCTTGCTCCGCTGGCGAGCCATCCACTGGGTCTGGTCATGCTGGCGCTCATCTGTTCCTTCCCACCGCTTTCACCTTTCCt > 2:36512/1‑109 (MQ=255) tGGCCTTGGTGACTGGATTGCCCACGGTCTTGCTCCGCTGGCGAGCCATCCACTGGGTCTGGTCATGCTGGCGCTCATCTGTTCCTTCCCACCGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATc > 2:188193/1‑139 (MQ=255) tGGTGACTGGATTGCCCACGGTCTTGCTCCGCTGGCGAGCCATCCACTGGGTCTGGTCATGCTGGCGCTCATCTGTTCCTTCCCACCGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATCGGCGTa > 1:245738/1‑139 (MQ=255) gACTGGATTGCCCACGGTCTTGCTCCGCTGGCGAGCCATCCACTGGGTCTGGTCATGCTGGCGCTCATCTGTTCCTTCCCACCGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATCGGCGTattga < 2:245738/139‑1 (MQ=255) aCGGTCTGGCTCCGCTGGCGAGCCATCCACTGGGTCTGGTCATGCTTGCGCTCATCTGTTCCTCCCCACCTCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATCGGCGTATTGATTGGCGTGCAGAt < 2:112291/139‑1 (MQ=255) tCTTGCTCCGCTGGCGAGCCATCCACTGGGTCTGGTCATGCTGGCGCTCATCTGTTCCTTCCCACCGCTTTCGCCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATCGGCGTATTGATTGGCGTGCAGATTGGt < 2:417654/139‑1 (MQ=255) tGGGTCTGGTCATGCTGGCGCTCATCTGTTCCTTCCCACCGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATCGGCGTATTGATTGGCGTGCAGATTGGTCTCGGCAATATTCCGCCGCATCTGGc < 1:157976/139‑1 (MQ=255) cTGGCGCTCATCTGTTCCTTCCCACCGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATCGGCGTATTGATTGGCGTGCAGATTGGtct > 1:21108/1‑101 (MQ=255) cTGGCGCTCATCTGTTCCTTCCCACCGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATCGGCGTATTGATTGGCGTGCAGATTGGtct < 2:21108/101‑1 (MQ=255) ttccCACCGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATCGGCGTATTGATTGGCGTGCAGATTGGTCTCGGCAATATTCCGCCGCATCTGGCTTTACCGGCACTGTTTGCCATCAACGCGCAgg < 2:359242/139‑1 (MQ=255) | CGTTTATGGCATTCGTCTCGGCGCTCATTGGCATCATTATGGCTTCTGGCCTTGGTGACTGGATTGCCCACGGTCTTGCTCCGCTGGCGAGCCATCCACTGGGTCTGGTCATGCTGGCGCTCATCTGTTCCTTCCCACTGCTTTCACCTTTCCTCGGCCCAGGCGCAGTTATCGCACAGGTTATCGGCGTATTGATTGGCGTGCAGATTGGTCTCGGCAATATTCCGCCGCATCTGGCTTTACCGGCACTGTTTGCCATCAACGCGCAGG > NC_000913/2826927‑2827196 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |