| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,238,707 | C→T | A43V (GCC→GTC) | alx → | putative membrane‑bound redox modulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,238,707 | 0 | C | T | 84.6% | 26.2 / ‑0.5 | 13 | A43V (GCC→GTC) | alx | putative membrane‑bound redox modulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base T (5/6); total (6/7) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTCGGCACGCCGTTGCTATGGGGCGGATTCGCTGTTGTTGTCGCCATTATGCTGGCTATCGACCTGTTGTTGCAGGGGCGTCGTGGGGCACATGCCATGACCATGAAACAGGCTGCGGCCTGGTCGCTGGTCTGGGTGACGCTGTCGTTACTGTTTAACGCCGCTTTCTGGTGGTATCTGGTGCAAACCGAAGGTCGCGCCGTTGCCGATCCACAGGCACTGGCCTTTCTCACAGGTTATCTGATTGAGA > NC_000913/3238589‑3238838 | gTCGGCACGCCGTTGCTATGGGGCGGATTCGCTGTTGTTGTCGCCATTATGCTGGCTATCGACCTGTTGTTGCAGGGGCGTCGTGGGGCACATGCCATGACCATGAAACAGGCTGCGGTCTGGTCGCTGGTCTGGGTGa > 1:446553/1‑139 (MQ=255) cGGCACGCCGTTGCTATGGGGCGGATTCGCTGTTGTTGTCGCCATTATGCTGGCTATCGACCTGTTGTTGCAGGGGCGTCGTGGGGCACATGCCATGACCATGAAACAGGCTGCGGTCTGGTCGCTGGTCTGGGTGACg < 1:370579/139‑1 (MQ=255) cGCTGTTGTTGTCGCCATTATGCTGGCTATCGACCTGTTGTTGCAGGGGCGTCGTGGGGCACATGCCATGACCATGAAACAGGCTGCGGTCTGGTCGCTGGTCTGGGTGACGCTGTCGTTACTGTTTAACGCCGCTTTc < 2:446553/139‑1 (MQ=255) aTTATGCTGGCTATCGACCTGTTGTTGCAGGGGCGTCGTGGGGCACATGCCATGACCATGAAACGGGCTGCGGTCTGGTCGCTGGTCTGGGTGACGCTGTCGTTACTGTATAACGCCGCTTTCTGGTGGTATCTGGTGc < 1:304623/139‑1 (MQ=255) tATCGACCTGTTGTTGCAGGGGCGTCGTGGGGCACATGCCATGACCATGAAACAGGCTGCGGTCTGGTCGCTGGTCTGGGTGACGCTGTCGTTACTGTTTAACGCCGCTTTCTGGTGGTATCTGGTGCAAACCGAAGGt > 1:16099/1‑139 (MQ=255) tgttgtTGCAGGGGCGTCGTGGGGCACATGCCATGACCATGAAACAGGCTGCGGTCTGGTCGCTGGTCTGGGTGACGCTGTCGTTACTGTTTAACGCCGCTTTCTGGTGGTATCTGGTGCAAACCGAAGGTCGCGCCGt < 2:16099/139‑1 (MQ=255) ggCGTCGTGGGGCACATGCCATGACCATGAAACAGGCTGCGGTCTGGTCGCTGGTCTGGGTGACGCTGTCGTTACTGTTTAACGCCGCTTTCTGGTGGTATCTGGTGCAAACCGAAGGTCGCGCCGTTGCCGATCcaca > 2:39030/1‑139 (MQ=255) gCCATGACCATGAAACAGGCTGCGGCCTGGTCGCTGGTCTGGGTGACGCTGTCGTTACTGTTTAACGCCGCTTTCTGGTGGTATCTGGTGCAAACCGAAGGTCGCGCCGTTGcc > 1:401652/1‑114 (MQ=255) gCCATGACCATGAAACAGGCTGCGGCCTGGTCGCTGGTCTGGGTGACGCTGTCGTTACTGTTTAACGCCGCTTTCTGGTGGTATCTGGTGCAAACCGAAGGTCGCGCCGTTGcc < 2:401652/114‑1 (MQ=255) catgaccatgaAACAGGCTGCGGTCTGGTCGCTGGTCTGGGTGACGCTGTCGTTACTGTTTAACGCCGCTTTCTGGTGGTATCTGGTGCAAACCGAAGGTCGCGCCGTTGCCGATCCACAGGCACTGGCCTTTCTcaca < 1:39030/139‑1 (MQ=255) gCTGCGGTCTGGTCGCTGGTCTGGGTGACGCTGTCGTTACTGTTTAACGCCGCttt > 1:404194/1‑56 (MQ=255) gCTGCGGTCTGGTCGCTGGTCTGGGTGACGCTGTCGTTACTGTTTAACGCCGCttt < 2:404194/56‑1 (MQ=255) gCTGCGGTCTGGTCGCTGGTCTGGGTGACGCTGTCGTTACTGTTTAACGCCGCTTTCTGGTGGTATCTGGTGCAAACCGAAGGTCGCGCCGTTGCCGATCCACAGGCACTGGCCTTTCTCACAGGTTATCTGATTgaga > 2:342253/1‑139 (MQ=255) | GTCGGCACGCCGTTGCTATGGGGCGGATTCGCTGTTGTTGTCGCCATTATGCTGGCTATCGACCTGTTGTTGCAGGGGCGTCGTGGGGCACATGCCATGACCATGAAACAGGCTGCGGCCTGGTCGCTGGTCTGGGTGACGCTGTCGTTACTGTTTAACGCCGCTTTCTGGTGGTATCTGGTGCAAACCGAAGGTCGCGCCGTTGCCGATCCACAGGCACTGGCCTTTCTCACAGGTTATCTGATTGAGA > NC_000913/3238589‑3238838 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |