| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 276,574 | T→C | V417A (GTG→GCG) | mmuP → | CP4‑6 prophage, putative S‑methylmethionine transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 276,574 | 0 | T | C | 100.0% | 63.2 / NA | 18 | V417A (GTG→GCG) | mmuP | CP4‑6 prophage, putative S‑methylmethionine transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (9/9); total (9/9) | |||||||||||
TGTGGCTGAGTATCTGCGCCTCGCATTTTGTTTTTCGTCGCCGTCATCTGCAACAAGGTAAGGCATTGAGTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTCGATCCAGCGCAGAGAATTGCGTTGTGGTGCGGGTTACCGTTTGTTGCGTTGTGCTATGGTGCTTATTTCCTTACTCAACCCCGAAACGCAAAACA > NC_000913/276451‑276703 | tgtgGCTGAGTATCTGCGCCTCGCATTTTGTTTTTCGTCGCCGTCATCTGCAACAAGGTAAGGCATTGAGTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGCGCTGTGCCTGGTGGc < 2:429569/139‑1 (MQ=255) tATCTGCGCCTCGCATTTTGTTTTTCGTCGCCGTCATCTGCAACAAGGTAAGGCATTGAGTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGCGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTggg > 2:195213/1‑139 (MQ=255) aacaaGGTAAGGCATTGAGTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGCGCTGTGCCTGGTGGc < 2:44539/88‑1 (MQ=255) aacaaGGTAAGGCATTGAGTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGCGCTGTGCCTGGTGGc > 1:44539/1‑88 (MQ=255) ggTAAGGCATTGAGTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGCGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTCGATCCAGCGCAGAGAATTGCGTtg > 2:428172/1‑126 (MQ=255) ggTAAGGCATTGAGTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGCGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTCGATCCAGCGCAGAGAATTGCGTtg < 1:428172/126‑1 (MQ=255) gAGTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGCGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTCGATCCAGCGCAGAGAATTGCGTTGTGGTGCGGGTCACCGTTTGTTGCg < 1:187193/139‑1 (MQ=255) gAGTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGCGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTCGATCCAGCGCAGAGAATTGCGTTGTGGTGCGGGTCACCGTTTGTTGCg > 2:187193/1‑139 (MQ=255) ttACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTGGCGCTGTGCCTGGTGGCGTGTGTTGGGCTGGCATTCGATCCAGCGCAGAGAATTGCGTTGTGGTGCGGGTTACCGTTTGTTGCGTTGTGCt < 1:150907/139‑1 (MQ=255) aTTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGCGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTCGATCCAGCGCAGAGAATTGCGTTGTGGTGCGGGTTACCGTTTGTTGCGTTGTGCTATgg > 2:64141/1‑139 (MQ=255) tCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGCGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTCGATCCAGCGCAGAGAATTGCGTTgtggtg < 1:376598/105‑1 (MQ=255) tCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGCGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTCGATCCAGCGCAGAGAATTGCGTTgtggtg > 2:376598/1‑105 (MQ=255) gcgcgcCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGCGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTCGATCCAGCGCAGAGAATTGCGTTGTGGTGCGGGTTACCGTTTGTTGCGTTGTGCTATGGTGCTTa > 2:5749/1‑139 (MQ=255) cgcgcCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGCGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCAtt > 2:126799/1‑72 (MQ=255) cgcgcCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGCGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCAtt < 1:126799/72‑1 (MQ=255) gTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGCGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTCGATCCAGCGCAGAGAATTGCGTTGTGGTGCGGGTTACCGTTTGTTGCGTTGTGCTATGGTGCTTATTTCCTTACt < 1:195213/139‑1 (MQ=255) gCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGCGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTCGATCCAGCGCAGAGAATTGCGTTGTGGTGCGGGTTACCGTTTGTTGCGTTGTGCTATGGTGCTTATTTCCTTACTCAAccc > 1:179706/1‑139 (MQ=255) tAGGTTTTGCGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTCGATCCAGCGCAGAGAATTGCGTTGTGGTGCGGGTTACCGTTTGTTGCGTTGTGCTATGGTGCTTATTTCCTTACTCAACCCCGAAACGCAAAACa < 2:98087/139‑1 (MQ=255) | TGTGGCTGAGTATCTGCGCCTCGCATTTTGTTTTTCGTCGCCGTCATCTGCAACAAGGTAAGGCATTGAGTGAATTACATTATCGCGCGCCGTGGTATCCGCTGGTGCCAGTATTAGGTTTTGTGCTGTGCCTGGTGGCCTGTGTTGGGCTGGCATTCGATCCAGCGCAGAGAATTGCGTTGTGGTGCGGGTTACCGTTTGTTGCGTTGTGCTATGGTGCTTATTTCCTTACTCAACCCCGAAACGCAAAACA > NC_000913/276451‑276703 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |