| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,426,252 | A→G | intergenic (+170/‑202) | ydaY → / → tmpR | pseudogene, Rac prophage,Phage or Prophage Related/Rac prophage, pseudogene, tail protein family,Phage or Prophage Related, putative alpha helix protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,426,252 | 0 | A | G | 98.2% | 204.7 / NA | 54 | intergenic (+170/‑202) | ydaY/tmpR | pseudogene, Rac prophage,Phage or Prophage Related/Rac prophage, pseudogene, tail protein family,Phage or Prophage Related, putative alpha helix protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (23/30); minor base T (0/1); total (23/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
GGTAATATCCCGTGCCCGACGTTATGCTGGAATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATGGTGTCTTTAATTAAATCGATGATGCTCCTGGAGAAAAGCATTGCGTGGCCTCGTAATCGCT > NC_000913/1426117‑1426386 | ggTAATATCCCGTGCCCGACGTTATGCTGGAATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCGCTg < 1:169791/139‑1 (MQ=255) tAATATCCCGTGCCCGACGTTATGCTGGAATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCGCTGGa > 2:92069/1‑139 (MQ=255) atCCCGTGCCCGACGTTATGCTGGAATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCGCTGGATGAc < 2:51541/139‑1 (MQ=255) tGCCCGACGTTATGCTGGAATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCGCTGGATGACCAGTAt > 1:210766/1‑139 (MQ=255) tGCCCGACGTTATGCTGGAATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCGCTGGATGACCAGTAt > 1:402793/1‑139 (MQ=255) ccGACGTTATGCTGGAATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCGCTGGATGACCAGTAtttt < 1:353582/139‑1 (MQ=255) cGTTATGCTGGAATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCGCTGGATGACCAGTATTTTCAgg > 1:437227/1‑139 (MQ=255) aTGCTGGAATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCGCTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCa < 1:209151/139‑1 (MQ=255) aaTGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACTGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCGCTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAgtgtgtg > 1:439112/1‑139 (MQ=255) aaTGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCGCTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAgtgtgtg < 2:112877/139‑1 (MQ=255) 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tatTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCGCTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATGGTGTCt > 1:23500/1‑139 (MQ=255) tatTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCGCTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATGGTGTCt > 1:345287/1‑139 (MQ=255) atTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCGCTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATg < 1:22389/132‑1 (MQ=255) atTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCGCTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATg > 2:22389/1‑132 (MQ=255) tCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCGCTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAgt > 1:85366/1‑77 (MQ=255) tCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCGCTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAgt < 2:85366/77‑1 (MQ=255) ttgattgaGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCGCTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATGGTGTCTTTAATTAAATCGATGATGCTc > 2:46538/1‑139 (MQ=255) aGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCGCTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATGGTGTCTTTAATTAAATCgatgat > 2:279991/1‑128 (MQ=255) aGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCGCTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATGGTGTCTTTAATTAAATCgatgat < 1:279991/128‑1 (MQ=255) aGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCGCTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATGGTGTCTTTAATTAAATCGATGATGCTCCTGgaga > 1:292814/1‑139 (MQ=255) gcgcGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCGCTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGc < 1:37041/56‑1 (MQ=255) gcgcGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCGCTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGc > 2:37041/1‑56 (MQ=255) gcgcGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCGCTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTa < 1:123762/73‑1 (MQ=255) gcgcGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCGCTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTa > 2:123762/1‑73 (MQ=255) gcgcGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCGCTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATGGTGTCTTTAATTAAATCGATGATGCTcc > 1:211101/1‑132 (MQ=255) gcgcGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCGCTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATGGTGTCTTTAATTAAATCGATGATGCTcc < 2:211101/132‑1 (MQ=255) cgATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCGCTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATGGTGTCTTTAATTAAATCGATGATGCTCCTGGAGAAAAg < 2:292814/139‑1 (MQ=255) gAATTTGAAGCAGCGATCTTTGCTCTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCCGTTACAGAGATGTGATGGTCTCTTTAATTAAATCGATGATGCTCCTGGAGAAAAGCAtt < 1:338330/139‑1 (MQ=255) tGATCTTTGCGCTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAgtt < 2:369309/49‑1 (MQ=255) tGATCTTTGCGCTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAgtt > 1:369309/1‑49 (MQ=255) tGATCTTTGCGCTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATGGTGTCTTTAAATAAATCGATGATGCTCCTGGAGAAAAGCATTGCGTGGCCTCGTa < 1:361352/139‑1 (MQ=255) gATCTTTGCGCTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATGGTGTCTTTAATTAAATCGATGATGCTCCTGGAGAAAAGCATTGCGTGGCCTCGTaa < 2:401549/139‑1 (MQ=255) ttGCGCTGGATGACCAGTCTTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATGGTGTCTTTAATTAAATCGATGATGCTCCTGGAGAAAAGCATTGCGTGGCCTCGTAATCGCt < 2:345287/139‑1 (MQ=255) ttGCGCTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATGGTGTCTTTAATTAAATCGATGATGCTCCTGGAGAAAAGCATTGCGTGGCCTCGTAATCGCt < 1:24042/139‑1 (MQ=255) ttGCGCTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATGGTGTCTTTAATTAAATCGATGATGCTCCTGGAGAAAAGCATTGCGTGGCCTCGTAATCGCt < 2:124732/139‑1 (MQ=255) ttGCGCTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATGGTGTCTTTAATTAAATCGATGATGCTCCTGGAGAAAAGCATTGCGTGGCCTCGTAATCGCt < 1:300085/139‑1 (MQ=255) | GGTAATATCCCGTGCCCGACGTTATGCTGGAATGGCTGGGGTGCCTTTGCCTTTATCTCTGACAGAGATAAATGAATATTTAGCCACTCATCCGGTATTGATTGAGCGCGATGAATTTGAAGCAGTGATCTTTGCACTGGATGACCAGTATTTTCAGGAGCAGTGTGTGTAGTTGTTAATTACGTACACTCTGTTACAGAGATGTGATGGTGTCTTTAATTAAATCGATGATGCTCCTGGAGAAAAGCATTGCGTGGCCTCGTAATCGCT > NC_000913/1426117‑1426386 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |