| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 156,412 | T→G | T158P (ACA→CCA) | yadN ← | putative fimbrial‑like adhesin protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 156,412 | 0 | T | G | 98.6% | 272.8 / NA | 73 | T158P (ACA→CCA) | yadN | putative fimbrial‑like adhesin protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base G (30/42); minor base A (1/0); total (31/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.25e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
CAATCAATTTAACTGGTGAATACTTACTGATAAGTAATGGTGTATGCAGTGTTAGTTTTTACATAACCAGCAGTTGCTGTTTGGTCTGCGACGGCACGAACGTAAGACGCTTTAAAATCATAAACAGCAGATTTTGTCGTTGCATCCAGGGCTTTAGTATACACATCGCCAGGGTTGTTAATTTGAACCTGTTTGATAGTGGAACCATCAATATTGTGTAGAGCGATATTAACGCCGTCAGATGGGTTGTTAATAGACATGTCGTTG > NC_000913/156276‑156542 | caatcaatTTAACTGGTGAATACTTACTGATAAGTAATGGTGTATGCAGTGTTAGTTTTTACATAACCAGCAGTTGCTGTTTGGTCTGCGACGGCACGAACGTAAGACGCTTTAAAATCATAAACAGCAGATTTTGGCg > 2:157135/1‑139 (MQ=255)caatcaatTTAACTGGTGAATACTTACTGATAAGTAATGGTGTATGCAGTGTTAGTTTTTACATAACCAGCAGTTGCTGTTTGGTCTGCGACGGCACGAACGTAAGACGCTTTAAAATCATAAACAGCAGATTTTGGCg > 1:53006/1‑139 (MQ=255) tcaatTTAACTGGTGAATACTTACTGATAAGTAATGGTGTATGCAGTGTTAGTTTTTACATAACCAGCAGTTGCTGTTTGGTCTGCGACGGCACGAACGTAAGACGCTTTAAAATCATAAACAGCAGATTTTGGCGTTg > 1:56608/1‑139 (MQ=255) tAACTGGTGAATACTTACTGATAAGTAATGGTGTATGCAGTGTTAGTTTTTACATAACCAGCAGTTGCTGTTTGGTCTGCGACGGCACGAACGTAAGACGCTTTAAAATCATAAACAGCAGATTTTGGCGTTGCATCCa < 1:109389/139‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) gtTAGTTTTTACATAACCAGCAGTTGCTGTTTGGTCTGCGACGGCACGAACGTAAGACGCTTTAAAATCATAAACAGCAGATTTTGGCGTTGCATCCAGGGCTTTAGTATACACATCGCCAGGGTTGTTAATTTGAAcc > 2:92798/1‑139 (MQ=255) tAGTTTTTACATAACCAGCAGTTGCTGTTTGGTCTGCGACGGCACGAACGTAAGACGCTTTAAAATCATAAACAGCAGATTTTGGCGTTGCATCCAGGGCTTTAGTATACACATCGCCAGGGTTGTTAATTTGAACCTg < 2:482459/139‑1 (MQ=255) gTTTTTACATAACCAGCAGTTGCTGTTTGGTCTGCGACGGCACGAACGTAAGACGCTTTAAAATCATAAACAGCAGATTTTGGCGTTGCATCCAGGGCTTTAGTATACACATCGCCAGGGTTGTTAATTTGAACCTGtt < 1:445323/139‑1 (MQ=255) tttACATAACCAGCAGTTGCTGTTTGGTCTGCGACGGCACGAACGTAAGACGCTTTAAAATCATAAACAGCAGATTTTGGCGTTGCATCCAGGGCTTTAGTGTACACATCGCCAGGGTTGTTAATTTGAACCTGTTTGa > 2:125216/1‑139 (MQ=255) tttACATAACCAGCAGTTGCTGTTTGGTCTGCGACGGCACGAACGTAAGACGCTTTAAAATCATAAACAGCAGATTTTGGCGTTGCATCCAGGGCTTTAGTATACACATCGCCAGGGTTGTTAATTTGAACCTGTTTGa > 1:181263/1‑139 (MQ=255) aaCCAGCAGTTGCTGTTTGGTCTGCGACGGCACGAACGTAAGACGCTTTAAAATCATAAACAGCAGATTTTGGCGTTGCATCCAGGGCt > 1:163504/1‑89 (MQ=255) 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(MQ=255) agTTGCTGTTTGGTCTGCGACGGCACGAACGTAAGACGCTTTAAAATCATAAACAGCAGATTTTGGCGTTGCATCCAGGGCTTTAGTATACACATCGCCAGGGTTGTTAATTTGAACCTGTTTGATAGTGGGACCATCa < 2:181263/139‑1 (MQ=255) agTTGCTGTTTGGTCTGCGACGGCACGAACGTAAGACGCTTTAAAATCATAAACAGCAGATTTTGGCGTTGCATCCAGGGCTTTAGTATACACATCGCCAGGGTTGTTAATTTGAACCTGTTTGATAGTGGAACCATCa < 2:121981/139‑1 (MQ=255) agTTGCTGTTTGGTCTGCGACGGCACGAACGTAAGACGCTTTAAAATCATAAACAGCAGATTTTGGCGTTGCATCCAGGGCTTTAGTATACACATCGCCAGGGTTGTTAATTTGAACCTGTTTGATAGTGGAACCATCa < 2:448863/139‑1 (MQ=255) tttGGTCTGCGACGGCACGAACGTAAGACGCTTTAAAATCATAAACAGCAGATTTTGGCGTTGCATCCAGGGCTTTAGTGTACACATCGCCAGGGTTGTTAATTTGAACCTGTTTGATAGTGGAACCATCAATATtgtg < 1:125216/139‑1 (MQ=255) cGAACGTAAGACGCTTTAAAATCATAAACAGCAGATTTTGGCGTTGCATCCAGGGCTTTAGTATACACATCGCCAGGGTTGTTAATTTGAACCTGTTTGATAGTGGAACCATCAATATTGTGTAGAGCGATATTAACGc < 2:53006/139‑1 (MQ=255) gAACGTAAGACGCTTTAAAATCATAAACAGCAGATTTTGGCGTTGCATCCAGGGCTTTAGTATACACATCGCCAGGGTTGTTAATTTGAACCTGTTTGATAGTGGAACCATCAATATTGTGTAGAGCGATATTAACGcc < 1:279603/139‑1 (MQ=255) gAACGTAAGACGCTTTAAAATCATAAACAGCAGATTTTGGCGTTGCATCCAGGGCTTTAGTATACACATCGCCAGGGTTGTTAATTTGAACCTGTTTGATAGTGGAACCATCAATATTGTGTAGAGCGATATTAACGcc < 1:35702/139‑1 (MQ=255) aaGACGCTTTAAAATCATAAACAGCAGATTTTGGCGTTGCATCCAGGGCTTTAGTATACACATCGCCAGGGTTGTTAATTTGAACCTGTTTGATAGTGGAACCATCAATATTGTGTAGAGCGATATTAACGCCGTCAGa < 1:18053/139‑1 (MQ=255) aGACGCTTTAAAATCATAAACAGCAGATTTTGGCGTTGCATCCAGGGCTTTAGTATACACATCGCCAGGGTTGTTAATTTGAACCTGTTTGATAGTGGAACCATCAATATTGTGTAGAGCGATATTAACGCCGTCAGAt < 1:446235/139‑1 (MQ=255) cGCTTTAAAATCATAAACAGCAGATTTTGGCGTTGCATCCAGGGCTTTAGTATACACATCGCCAGGGTTGTTAATTTGAACCTGTTTGATAGTGGAACCATCAATATTGTGTAGAGCGATATTAACGCCGTCAGATggg < 2:100884/139‑1 (MQ=255) gCTTTAAAATCATAAACAGCAGATTTTGGCGTTGCATCCAGGGCTTTAGTATACACATCGCCAGGGTTGTTAATTTGAACCTGTTTGATAGTGGAACCATCGATATTGTGTAGAGCGATATTAACACCTTCAGATGGgt < 1:343510/139‑1 (MQ=255) gCTTTAAAATCATAAACAGCAGATTTTGGCGTTGCATCCAGGGCTTTAGTATACACATCGCCAGGGTTGTTAATTTGAACCTGTTTGATAGTGGAACCATCAATATTGTGTAGAGCGATATTAACGCCGTCAGATGGgt > 2:237977/1‑139 (MQ=255) gCTTTAAAATCATAAACAGCAGATTTTGGCGTTGCATCCAGGGCTTTAGTATACACATCGCCAGGGTTGTTAATTTGAACCTGTTTGATAGTGGAACCATCAATATTGTGTAGAGCGATATTAACGCCGTCAGATGGgt < 2:202060/139‑1 (MQ=255) cTTTAAAATCATAAACAGCAGATTTTGGCGTTGCATCCAGGGCTTTAGTATACACATCGCCAGGGTTGTTAATTTGAACCTGTTTGATAGTGGAACCATCAATATTGTGTAGAGCGATATTAACGCCGTCAGATGGgtt > 1:496052/1‑139 (MQ=255) tAAAATCATAAACAGCAGATTTTGGCGTTGCATCCAGGGCTTTAGTATACACATCGCCAGGGTTGTTAATTTGAACCTGTTTGATAGTGGAACCATCAATATTGTGTAGAGCGATATTAACGCCGTCAGATGGgttgtt < 1:229480/139‑1 (MQ=255) aaTCATAAACAGCAGATTTTGGCGTTGCATCCAGGGCTTTAGTATACACATCGCCAGGGTTGTTAATTTGAACCTGTTTGATAGTGGAACCATCAATATTGTGTAGAGCGATATTAACGCCGTCAGATGGGTTGTTAAt < 1:157135/139‑1 (MQ=255) cagATTTTGGCGTTGCATCCAGGGCTTTAGTATACACATCGCCAGGGTTGTTAATTTGAACCTGTTTGATAGTGGAACCATCAATATTGTGTAGAGCGATATTAACGCCGTCAGAt > 2:42539/1‑116 (MQ=255) cagATTTTGGCGTTGCATCCAGGGCTTTAGTATACACATCGCCAGGGTTGTTAATTTGAACCTGTTTGATAGTGGAACCATCAATATTGTGTAGAGCGATATTAACGCCGTCAGAt < 1:42539/116‑1 (MQ=255) agATTTTGGCGTTGCATCCAGGGCTTTAGTATACACATCGCCAGGGTTGTTAATTTGAACCTGTTTGATAGTGGAACCATCAATATTGTGTAGAGCGATATTAACGCCGTCAGATGGGTTGTTAATAGACATGTCgttg < 2:290510/139‑1 (MQ=255) | CAATCAATTTAACTGGTGAATACTTACTGATAAGTAATGGTGTATGCAGTGTTAGTTTTTACATAACCAGCAGTTGCTGTTTGGTCTGCGACGGCACGAACGTAAGACGCTTTAAAATCATAAACAGCAGATTTTGTCGTTGCATCCAGGGCTTTAGTATACACATCGCCAGGGTTGTTAATTTGAACCTGTTTGATAGTGGAACCATCAATATTGTGTAGAGCGATATTAACGCCGTCAGATGGGTTGTTAATAGACATGTCGTTG > NC_000913/156276‑156542 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |