| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,818,550 | (C)7→8 | intergenic (‑50/+55) | chbF ← / ← chbR | phospho‑chitobiase, general 6‑phospho‑beta‑glucosidase activity/repressor of chb operon for N,N'‑diacetylchitobiose utilization |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,818,543 | 1 | . | C | 96.5% | 208.1 / ‑0.5 | 57 | intergenic (‑43/+62) | chbF/chbR | phospho‑chitobiase, general 6‑phospho‑beta‑glucosidase activity/repressor of chb operon for N,N'‑diacetylchitobiose utilization |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/1); new base C (31/24); total (32/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GGCAATTCGTGATAACGCTTAATAAATCCTTCCAGTAACTCCGGGGTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTG‑‑CCCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGCTCTTAGGCGTAAAGGACGTTAATTTCTTAAACG > NC_000913/1818406‑1818672 | ggCAATTCGTGATAACGCTTAATAAATCCTTCCAGTAACTCCGGGGTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTG‑‑c < 2:347308/139‑1 (MQ=255) ttCGTGATAACGCTTAATAAATCCTTCCAGTAACTCCGGGGTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTG‑‑cccccc < 2:853298/139‑1 (MQ=255) tCGTGATAACGCTTAATAAATCCTTCCAGTAACTCCGGGGTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTG‑‑ccccccc < 1:937945/139‑1 (MQ=255) tCGTGATAACGCTTAATAAATCCTTCCAGTAACTCCGGGGTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTG‑‑ccccccc < 2:76271/139‑1 (MQ=255) gATAACGCTTAATAAATCCTTCCAGTAACTCCGGGGTATAGCTTCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTG‑‑ccccccccgga < 1:1097298/139‑5 (MQ=255) attaCGCTTAATAATTCCTTCCAGTAACTCCGGGGTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTG‑‑ccccccccggac < 2:780064/136‑6 (MQ=255) tCCTTCCAGTAACTCCGGGGTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGC‑CCCCCCCGGACATAAATAATCCAGCa > 2:541162/1‑139 (MQ=255) tCCAGTAACTCCGGGGTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGC‑CCCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAg > 1:413742/1‑139 (MQ=255) tCCAGTAACTCCGGGGTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGC‑CCCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAg > 1:268863/1‑139 (MQ=255) tCCAGTAACTCCGGGGTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTG‑‑CCCCCCCCGGCATTAATAATTCCGCCACAgg > 2:114168/1‑139 (MQ=255) ccAGTAACTCCGGGGTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGC‑CCCCCCCGGACATAAATAATCCAGCaa < 2:419632/135‑1 (MQ=255) ccAGTAACTCCGGGGTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGC‑CCCCCCCGGACATAAATAATCCAGCaa > 1:419632/1‑135 (MQ=255) ccAGTAACTCCGGGGTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGC‑CCCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAgg > 1:875776/1‑139 (MQ=255) cAGTAACTCCGGGGTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGC‑CCCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGa < 1:857824/139‑1 (MQ=255) gTAACTCCGGGGTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGGTTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCATCTGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGC‑CCCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACa < 2:36807/139‑1 (MQ=255) cTCCGGGGTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGC‑CCCCCCCGGACATAAATAATCCAGc < 1:2447/126‑1 (MQ=255) cTCCGGGGTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGC‑CCCCCCCGGACATAAATAATCCAGc > 2:2447/1‑126 (MQ=255) ggggTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGC‑CCCCCCCGGACATAAATAATCCAGCaa > 2:1029035/1‑124 (MQ=255) ggggTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGC‑CCCCCCCGGACATAAATAATCCAGCaa < 1:1029035/124‑1 (MQ=255) ggTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGC‑CCCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGaa < 2:575404/139‑1 (MQ=255) ggTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGC‑CCCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGaa < 2:268863/139‑1 (MQ=255) aGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGC‑CCCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTc > 1:486347/1‑139 (MQ=255) gctCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTG‑‑CCCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGta < 2:16418/139‑1 (MQ=255) ctCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGC‑CCCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGta > 1:1021204/1‑139 (MQ=255) ctCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGC‑CCCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGta > 1:1021203/1‑139 (MQ=255) tCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGC‑CCCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAAtt < 1:767974/130‑1 (MQ=255) tCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGC‑CCCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAAtt > 2:767974/1‑130 (MQ=255) cccGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGC‑CCCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGaa > 2:57391/1‑127 (MQ=255) cccGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGC‑CCCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGaa < 1:57391/127‑1 (MQ=255) cccGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGC‑CCCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGtata > 2:1027178/1‑139 (MQ=255) gacgacTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGC‑CCCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTa > 1:241674/1‑139 (MQ=255) acTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGC‑CCCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAAtt > 1:160614/1‑139 (MQ=255) ttttAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGC‑CCCCCCCGGACATAAATAATcc < 1:399551/84‑1 (MQ=255) ttttAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGC‑CCCCCCCGGACATAAATAATcc > 2:399551/1‑84 (MQ=255) ttttAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGC‑CCCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCa > 1:974434/1‑139 (MQ=255) tGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGC‑CCCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCt < 2:413742/139‑1 (MQ=255) cATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGC‑CCCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGa < 1:841800/139‑1 (MQ=255) cATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGC‑CCCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGa < 1:1027178/139‑1 (MQ=255) cATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGC‑CCCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGa < 1:541162/139‑1 (MQ=255) cATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGC‑CCCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGa < 2:1034277/139‑1 (MQ=255) ctcCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTG‑‑ccccccc < 1:480794/45‑1 (MQ=255) ctcCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTG‑‑ccccccc > 2:480794/1‑45 (MQ=255) cAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGC‑CCCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGCTCTTAGGCGTa > 2:300023/1‑139 (MQ=255) tACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGC‑CCCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGCTCTTAGGCGTAAAg < 2:160614/139‑1 (MQ=255) aaTACTGATATCTGGCATATCTGC‑CCCCCCCGGACATAAATAATCTAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGCTCTTAGGCGTAAATGACGt > 2:1250/1‑139 (MQ=255) tACTGATATCTGGCATATCTGCCCCCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGTTATAAAGACTTACTGATTTAATTACGTCAATTTCTTACAAAAGCTCTTAGGCGTAAAGAACGtt > 2:784073/1‑139 (MQ=255) tACTGATATCTGGCATATCTGC‑CCCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGCTCTTAGGCGTAAAGGACGTTa < 2:903980/139‑1 (MQ=255) tGATATCTGGCATATCTGC‑CCCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGa > 1:497246/1‑51 (MQ=255) tGATATCTGGCATATCTGC‑CCCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGa < 2:497246/51‑1 (MQ=255) tGATATCTGGCATATCTGC‑CCCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACa < 1:145108/53‑1 (MQ=255) tGATATCTGGCATATCTGC‑CCCCCCCGGACATAAATAACCCAGCAACAGGACa > 2:145108/1‑53 (MQ=255) atatCTGGCATATCTGC‑CCCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAg > 1:114975/1‑112 (MQ=255) atatCTGGCATATCTGC‑CCCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAg < 2:114975/112‑1 (MQ=255) atatCTGGCATATCTGC‑CCCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGCTCTTAGGCGTAAAGGACGTTAATTTc > 2:162856/1‑139 (MQ=255) tCTGGCATATCTGC‑CCCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGaa < 2:491794/58‑1 (MQ=255) tCTGGCATATCTGC‑CCCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGaa > 1:491794/1‑58 (MQ=255) tCTGGCATATCTGC‑CCCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACt > 2:775487/1‑76 (MQ=255) tCTGGCATATCTGC‑CCCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACt < 1:775487/76‑1 (MQ=255) tCTGGCATATCTGC‑CCCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGa > 2:628802/1‑106 (MQ=255) tCTGGCATATCTGC‑CCCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGa < 1:628802/106‑1 (MQ=255) tGGCATATCTGC‑CCCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGCTCTTAGGCGTAAAGGACGTTAATTTCTTaaa > 1:481477/1‑139 (MQ=255) tGGCATATCTGC‑CCCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGCTCTTAGGCGTAAAGGACGTTAATTTCTTaaa > 1:924623/1‑139 (MQ=255) tGGCATATCTGC‑CCCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGCTCTTAGGCGTAAAGGACGTTAATTTCTTaaa > 1:88235/1‑139 (MQ=255) gCATATCTGC‑CCCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGCTCTTAGGCGTAAAGGACGTTAATTTCTTAAACg < 2:486347/139‑1 (MQ=255) gCATATCTGC‑CCCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGCTCTTAGGCGTAAAGGACGTTAATTTCTTAAACg > 2:924372/1‑139 (MQ=255) | GGCAATTCGTGATAACGCTTAATAAATCCTTCCAGTAACTCCGGGGTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTG‑‑CCCCCCCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGCTCTTAGGCGTAAAGGACGTTAATTTCTTAAACG > NC_000913/1818406‑1818672 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |