| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,072,728 | G→A | G397D (GGT→GAT) | flu → | CP4‑44 prophage, antigen 43 (Ag43) phase‑variable biofilm formation autotransporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,072,728 | 0 | G | A | 99.7% | 1081.0 / NA | 300 | G397D (GGT→GAT) | flu | CP4‑44 prophage, antigen 43 (Ag43) phase‑variable biofilm formation autotransporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (143/156); minor base T (0/1); total (143/157) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 300 total aligned reads displayed.
CTGACCGGACACACAGCCACTAATACCCGCGTGGATGATGGCGGAACGCTGGATGTCCGCAACGGTGGCACCGCCACCACCGTATCCATGGGAAATGGCGGTGTACTGCTGGCCGATTCCGGTGCCGCTGTCAGTGGTACCCGGAGCGACGGAAAGGCATTCAGTATCGGAGGCGGTCAGGCGGATGCCCTGATGCTGGAAAAAGGCAGTTCATTCACGCTGAACGCCGGTGATACGGCCACGGATACCACGGTAAATGGCGGACTGTT > NC_000913/2072592‑2072860 | cTGACCGGACACACAGCCACTAATACCCGCGTGGATGATGGCGGAACGCTGGATGTCCGCAACGGTGGCACCGCCACCACCGTATCCATGGGAAATGGCGGTGTACTGCTGGCCGATTCCGGTGCCGCTGTCAGTGATa > 2:754693/1‑139 (MQ=255)cTGACCGGACACACAGCCACTAATACCCGCGTGGATGATGGCGGAACGCTGGATGTCCGCAACGGTGGCACCGCCACCACCGTATCCATGGGAAATGGCGGTGTACTGCTGGCCGATTCCGGTGCCGCTGTCAGTGATa > 2:384628/1‑139 (MQ=255)cTGACCGGACACACAGCCACTAATACCCGCGTGGATGATGGCGGAACGCTGGATGTCCGCAACGGTGGCACCGCCACCACCGTATCCATGGGAAATGGCGGTGTACTGCTGGCCGATTCCGGTGCCGCTGTCAGTGATa > 2:20494/1‑139 (MQ=255) gACCGGACACACAGCCACTAATACCCGCGTGGATGATGGCGGAACGCTGGATGTCCGCAACGGTGGCACCGCCACCACCGTATCCATGGGAAATGGCGGTGTACTGCTGGCCGATTCCGGTGCCGCTGTCAGTGATAcc < 2:513754/139‑1 (MQ=255) 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2:1029558/1‑139 (MQ=255) gCCGATTCCGGTGCCGCTGTCAGTGATACCCGGAGCGACGGAAAGGCATTCAGTATCGGAGGCGGTCAGGCGGATGCCCTGATGCTGGAAAAAGGCAGTTCATTCACGCTGAACGCCGGTGATACGGCCACGGATACCa < 2:481871/139‑1 (MQ=255) gCCGATTCCGGTGCCGCTGTCAGTGATACCCGGAGCGACGGAAAGGCATTCAGTATCGGAGGCGGTCAGGCGGATGCCCTGATGCTGGAAAAAGGCAGTTCATTCACGCTGAACGCCGGTGATACGGCCACGGATACCa > 1:481871/1‑139 (MQ=255) cGATTCCGGTGCCGCTGTCAGTGATACCCGGAGCGACGGAAAGGCATTCAGTATCGGAGGCGGt < 2:871365/64‑1 (MQ=255) cGATTCCGGTGCCGCTGTCAGTGATACCCGGAGCGACGGAAAGGCATTCAGTATCGGAGGCGGTCAgg > 1:875024/1‑68 (MQ=255) cGATTCCGGTGCCGCTGTCAGTGATACCCGGAGCGACGGAAAGGCATTCAGTATCGGAGGCGGTCAGGCGGATGccc < 2:179675/77‑1 (MQ=255) cGATTCCGGTGCCGCTGTCAGTGATACCCGGAGCGACGGAAAGGCATTCAGTATCGGAGGCGGTCAGGCGGATGCCCTGATGc < 2:1068582/83‑1 (MQ=255) cGATTCCGGTGCCGCTGTCAGTGATACCCGGAGCGACGGAAAGGCATTCAGTATCGGAGGCGGTCAGGCGGATGCCCTGATGCTGGAAAAAgg < 2:126243/93‑1 (MQ=255) cGATTCCGGTGCCGCTGTCAGTGATACCCGGAGCGACGGAAAGGCATTCAGTATCGGAGGCGGTCAGGCGGATGCCCTGATGCTGGAAAAAGGCAGTTCATTCACGCTGAACGCCGGTGATACGGCCACGGATACCACg > 2:740773/1‑139 (MQ=255) cGATTCCGGTGCCGCTGTCAGTGATACCCGGAGCGACGGAAAGGCATTCAGTATCGGAGGCGGTCAGGCGGATGCCCTGATGCTGGAAAAAGGCAGTTCATTCACGCTGAACGCCGGTGATACGGCCACGGATACCACg > 1:1071765/1‑139 (MQ=255) gTGCCGCTGTCAGTGATACCCGGAGCGACGGAAAGGCATTCAGTATCGGAGGCGGTCAGGCGGATGCCCTGATGCTGGaaaaa > 1:1170280/1‑83 (MQ=255) cGCTGTCAGTGATACCCGGAGCGACGGAAAGGCATTCAGTATCGGAGGCGGTCAGGCGGATGCCCTGATGCTGGAAAAAGGCAGTTCATTCACGCTGAACGCCGGTGATACGGCCACGGATACCACGGTAAATGGCGGa < 2:253590/139‑1 (MQ=255) gCTGTCAGTGATACCCGGAGCGACGGAAAGGCATTCAGTATCGGAGGCGGTCAGGCGGATGCCCTGATGCTGGAAAAAGGCAGTTCATTCACGCTGAACGCCGGTGATa > 2:503440/1‑109 (MQ=255) gCTGTCAGTGATACCCGGAGCGACGGAAAGGCATTCAGTATCGGAGGCGGTCAGGCGGATGCCCTGATGCTGGAAAAAGGCAGTTCATTCACGCTGAACGCCGGTGATa < 1:503440/109‑1 (MQ=255) tCAGTGATACCCGGAGCGACGGAAAGGCATTCAGTATCGGAGGCGGTCAGGCGGATGCCCTGATGCTGGAAAAAGGCAGTTCATTCACGCTGAACGCCGGTGATACGGCCACGGATACCACGGTAAATGGCGGACTGtt < 1:567449/139‑1 (MQ=255) | CTGACCGGACACACAGCCACTAATACCCGCGTGGATGATGGCGGAACGCTGGATGTCCGCAACGGTGGCACCGCCACCACCGTATCCATGGGAAATGGCGGTGTACTGCTGGCCGATTCCGGTGCCGCTGTCAGTGGTACCCGGAGCGACGGAAAGGCATTCAGTATCGGAGGCGGTCAGGCGGATGCCCTGATGCTGGAAAAAGGCAGTTCATTCACGCTGAACGCCGGTGATACGGCCACGGATACCACGGTAAATGGCGGACTGTT > NC_000913/2072592‑2072860 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |