| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,650,996 | C→T | G431E (GGG→GAG) | yfhM ← | bacterial alpha2‑macroglobulin colonization factor ECAM, anti‑host protease defense factor, periplasmic inner membrane‑anchored lipoprotein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,650,996 | 0 | C | T | 98.3% | 196.0 / NA | 59 | G431E (GGG→GAG) | yfhM | bacterial alpha2‑macroglobulin colonization factor ECAM, anti‑host protease defense factor, periplasmic inner membrane‑anchored lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (29/29); total (30/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATCCGATACTGATTATCGCCCGTGTTAGCGCGAATATGCCACATACCGGTTGCCGCATTGCTATCGAGTGGCCAGGTAAAGTGGTAGAGGCCATTCTCCGGCTGACTAACGACGCTCCTGAGTACCTGCCCATCGGGTTTAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATTGGGCAACGCTTTACCGTCTGCATCACGCAGCAAACCATTGAGGATTACCGTTTCACCTGGGCGATAAAGATCGCGTGGGCCAAACATGAAAAACTGT > NC_000913/2650867‑2651130 | aTCCGATACTGATTATCGCCCGTGTTAGCGCGAATATGCCACATACCGGTTGCCGCATTGCTATCGAGTGGCCAGGTAAAGTGGTAGAGGCCATTCTCCGGCTGACTAACGACGCTCCTGAGTACCTGCTCATCGGGtt < 2:827520/139‑1 (MQ=255) tCCGATACTGATTATCGCCCGTGTTAGCGCGAATATGCCACATACCGGTTGCCGCATTGCTATCGAGTGGCCAGGTAAAGTGGTAGAGGCCATTCTCCGGCTGACTAACGACGCTCCTGAGTACCTGCTCATCGGGttt > 2:107290/1‑139 (MQ=255) gATACTGATTATCGCCCGTGTTAGCGCGAATATGCCACATACCGGTTGCCGCATTGCTATCGAGTGGCCAGGTAAAGTGGTAGAGGCCATTCTCCGGCTGACTAACGACGCTCCTGAGTACCTGCTCATCGGGTTTAAt < 2:20446/139‑1 (MQ=255) aTACTGATTATCGCCCGTGTTAGCGCGAATATGCCACATACCGGTTGCCGCATTGCTATCGAGTGGCCAGGTAAAGTGGTAGAGGCCATTCTCCGGCTGACTAACGACGCTCCTGAGTACCTGCTCATCGGGTTTAATc > 2:72084/1‑139 (MQ=255) aTACTGATTATCGCCCGTGTTAGCGCGAATATGCCACATACCGGTTGCCGCATTGCTATCGAGTGGCCAGGTAAAGTGGTAGAGGCCATTCTCCGGCTGACTAACGAAGCTCCTGAGTACCTGCCCATCGGGTTTAATc > 1:89314/1‑139 (MQ=255) aTTATCGCCCGTGTTAGCGCGAATATGCCACATACCGGTTGCCGCATTGCTATCGAGTGGCCAGGTAAAGTGGTAGAGGCCATTCTCCGGCTGACTAACGACGCTCCTGAGTACCTGCTCATCGGGTTTAATCACGTCt > 1:426556/1‑139 (MQ=255) aTTATCGCCCGTGTTAGCGCGAATATGCCACATACCGGTTGCCGCATTGCTATCGAGTGGCCAGGTAAAGTGGTAGAGGCCATTCTCCGGCTGACTAACGACGCTCCTGAGTACCTGCTCATCGGGTTTAATCACGTCt > 2:554045/1‑139 (MQ=255) aTTATCGCCCGTGTTAGCGCGAATATGCCACATACCGGTTGCCGCATTGCTATCGAGTGGCCAGGTAAAGTGGTAGAGGCCATTCTCCGGCTGACTAACGACGCTCCTGAGTACCTGCTCATCGGGTTTAATCACGTCt > 1:131111/1‑139 (MQ=255) aTCGCCCGTGTTAGCGCGAATATGCCACATACCGGTTGCCGCATTGCTATCGAGTGGCCAGGTAAAGTGGTAGAGGCCATTCTCCGGCTGACTAACGACGCTCCTGAGTACCTGCTCATCGGGTTTAATCACGTCTAAc < 2:613673/139‑1 (MQ=255) cccGTGTTAGCGCGAATATGCCACATACCGGTTGCCGCATTGCTATCGAGTGGCCAGGTAAAGTGGTAGAGGCCATTCTCCGGCTGACTAACGACGCTCCTGAGTACCTGCTCATCGGGTTTAATCACGTCt < 2:1093658/132‑1 (MQ=255) cccGTGTTAGCGCGAATATGCCACATACCGGTTGCCGCATTGCTATCGAGTGGCCAGGTAAAGTGGTAGAGGCCATTCTCCGGCTGACTAACGACGCTCCTGAGTACCTGCTCATCGGGTTTAATCACGTCt > 1:1093658/1‑132 (MQ=255) tgtTAGCGCGAATATGCCACATACCGGTTGCCGCATTGCTATCGAGTGGCCAGGTAAAGTGGTAGAGGCCATTCTCCGGCTGACTAACGACGCTCCTGAGTACCTGCTCATCGGGTTTAATCACGTCTa > 2:454303/1‑129 (MQ=255) tgtTAGCGCGAATATGCCACATACCGGTTGCCGCATTGCTATCGAGTGGCCAGGTAAAGTGGTAGAGGCCATTCTCCGGCTGACTAACGACGCTCCTGAGTACCTGCTCATCGGGTTTAATCACGTCTa < 1:454303/129‑1 (MQ=255) tgtTAGCGCGAATATGCCACATACCGGTTGCCGCATTGCTATCGAGTGGCCAGGTAAAGTGGTAGAGGCCATTCTCCGGCTGACTAACAACGCTCCTGAGTACCTGCTCATCGGGTTTAATCACGTCTAACTTGATggg > 2:186274/1‑139 (MQ=255) aGCGCGAATATGCCACATACCGGTTGCCGCATTGCTATCGAGTGGCCAGGTAAAGTGGTAGAGGCCATTCTCCGGCTGACTAACGACGCTCCTGAGTACCTGCTCATCGGGTTTAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGa < 2:304801/139‑1 (MQ=255) atatGCCACATACCGGTTGCCGCATTGCTATCGAGTGGCCAGGTAAAGTGGTAGAGGCCATTCTCCGGCTGACTAACGACGCTCCTGAGTACCTGCTCATCGGGTTTAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATTGGGCa > 1:984282/1‑139 (MQ=255) acaTACCGGTTGCCGCATTGCTATCGAGTGGCCAGGTAAAGTGGTAGAGGCCATTCTCCGGCTGACTAACGACGCTCCTGAGTACCTGCTCATCGGGTTTAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATTGGGCAACGCttt < 2:8878/139‑1 (MQ=255) acaGACCGGTTGCCGCATTGCTATCGAGTGGCCAGGTAAAGTGGTAGAGGCCATTCTCCGGCTGACTAACGACGCTCCTGAGTACCTGCTCATCGGGTTTAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATTGGGCAACGCttt < 1:945830/139‑1 (MQ=255) tACCGGTTGCCGCATTGCTATCGAGTGGCCAGGTAAAGTGGTAGAGGCCATTCTCCGGCTGACTAACGACGCTCCTGAGTACCTGCTCATCGGGTTTAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATTGGGCAACGCTTTAcc < 1:934399/139‑1 (MQ=255) cGGTTGCCGCATTGCTATCGAGTGGCCAGGTAAAGTGGTAGAGGCCATTCTCCGGCTGACTAACGACGCTCCTGAGTACCTGCTCATCGGGTTTAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATTGGGCAACGCTTTACCGTc > 2:105132/1‑139 (MQ=255) gTTGCCGCATTGCTATCGAGTGGCCAGGTAAAGTGGTAGAGGCCATTCTCCGGCTGACTAACGACGCTCCTGAGTACCTGCTCATCGGGTTTAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATTGGGCAACGCTTTACCGTCTg > 1:613298/1‑139 (MQ=255) ttGCCGCATTGCTATCGAGTGGCCAGGTAAAGTGGTAGAGGCCATTCTCCGGCTGACTAACGACGCTCCTGAGTACCTGCTCATCGGGTTTAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATTGGGCAACGCTTTACCGTCTGc > 1:46041/1‑139 (MQ=255) tGCCGCATTGCTATCGAGTGGCCAGGTAAAGTGGTAGAGGCCATTCTCCGGCTGACTAACGACGCTCCTGAGTACCTGCTCATCGGGTTTAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATTGGGCAACGCTTTACCGTCTGCa > 2:334186/1‑139 (MQ=255) gCCGCATTGCTATCGAGTGGCCAGGTAAAGTGGTAGAGGCCATTCTCCGGCTGACTAACGACGCTCCTGAGTACCTGCTCATCGGGTTTAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATTGGGCAACGCTTTACCGTCTGCAt > 2:651657/1‑139 (MQ=255) cGCATTGCTATCGAGTGGCCAGGTAAAGTGGTAGAGGCCATTCTCCGGCTGACTAACGACGCTCCTGAGTACCTGCTCAt > 2:510379/1‑80 (MQ=255) cGCATTGCTATCGAGTGGCCAGGTAAAGTGGTAGAGGCCATTCTCCGGCTGACTAACGACGCTCCTGAGTACCTGCTCAt < 1:510379/80‑1 (MQ=255) cGCATTGCTATCGAGTGGCCAGGTAAAGTGGTAGAGGCCATTCTCCGGCTGACTAACGACGCTCCTGAGTACCTGCTCATCGGGTTTAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATTGGGCAACGCTTTACCGTCTGCATCa < 1:92493/139‑1 (MQ=255) ttGCTATCGAGTGGCCAGGTAAAGTGGTTGAGGCCATTCTCCGGCTGACTAACGCCGCTCCTGGGTACCTGCTCATCGGGTTTAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATTGGGCAACGCTTTACCGTCTGCATCACgca < 2:89314/139‑1 (MQ=255) tGCTATCGAGTGGCCAGGTAAAGTGGTAGAGGCCATTCTCCGGCTGACTAACGACGCTCCTGAGTACCTGCTCATCGGGTTTAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATTGGGCAACGCTTTACCGTCTGCATCACgcag < 1:334186/139‑1 (MQ=255) cTATCGAGTGGCCAGGTAAAGTGGTAGAGGCCATTCTCCGGCTGACTAACGACGCTCCTGAGTACCTGCTCATCGGGTTTAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATTGGGCAACGCTTTACCGTCTGCATCACgcagca < 2:984282/139‑1 (MQ=255) gAGTGGCCAAGTAAAGTGGTAGAGGCCATTCTCCGGCTGACTAACGACGCTCCTGAGTACCTGCTCATCGGGTTTAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATTGGGCAACGCTTTACCGTCTGCATCGCGCAGCAAACCa < 2:941318/139‑1 (MQ=255) tGGCCAGGTAAAGTGGTAGAGGCCATTCTCCGGCTGACTAACGACGCTCCTGAGTACCTGCTCATCGGGTTTAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATTGGGCAACGCTTTACCGTCTGCATCACGCAGCAAACCATTg > 2:439944/1‑139 (MQ=255) gCCAGGTAAAGTGGTAGAGGCCATTCTCCGGCTGACTAACGACGCTCCTGAGTACCTGCTCATCGGGTTTAATCACGTCTAACTTGATggg < 1:7952/91‑1 (MQ=255) gCCAGGTAAAGTGGTAGAGGCCATTCTCCGGCTGACTAACGACGCTCCTGAGTACCTGCTCATCGGGTTTAATCACGTCTAACTTGATggg > 2:7952/1‑91 (MQ=255) gCCAGGTAAAGAGGTAGAGGCCATTCTCCGGCTGACTAACGACGCTCCTGAGTACCTGCTCATCGGGTTTAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATTGGGCAACGCTTTACCGt < 1:619702/114‑1 (MQ=255) gCCAGGTAAAGAGGTAGAGGCCATTCTCCGGCTGACTAACGACGCTCCTGAGTACCTGCTCATCGGGTTTAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATTGGGCAACGCTTTACCGt > 2:619702/1‑114 (MQ=255) aGTGGTAGAGGCCATTCTCCGGCTGACTAACGACGCTCCTGAGTACCTGCTCATCGGGTTTAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATTGGGCAACGCTTTACCGTCTGCATCACGCAGCAAACCATTGAGGATTACCGt < 1:746071/139‑1 (MQ=255) gTGGTAGAGGCCATTCTCCGGCTGACTAACGACGCTCCTGAGTACCTGCTCATCGGGTTTAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATTGGGCAACGCTTTACCGTCTGCATCACGCAGCAAACCATTGAGGATTACCGtt > 1:489916/1‑139 (MQ=255) gTGGTAGAGGCCATTCTCCGGCTGACTAACGACGCTCCTGAGTACCTGCTCATCGGGTTTAAGCACGTCTAACTTGATGGGTTGATTGGGCAACGCTTTACCGTCTGCATCACGCAGCAAACCATTGAGGATTACCGtt > 2:660685/1‑139 (MQ=255) agagGCCATTCTCCGGCTGACTAACGACGCTCCTGAGTACCTGCTCATCGGGTTTAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATTGGGCAACGCTTTACCGTCTGCATCACGCAGCAAACCATTGAGGATTACCGTTTCAcc > 1:1007814/1‑139 (MQ=255) agagGCCATTCTCCGGCTGACTAACGACGCTCCTGAGTACCTGCTCATCGGGTTTAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATTGGGCAACGCTTTACCGTCTGCATCACGCAGCAAACCATTGAGGATTACCGTTTCAcc > 2:546934/1‑139 (MQ=255) ggCCATTCTCCGGCTGACTAACGACGCTCCTGAGTACCTGCTCATCGGGTTTAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATTGGGCAACGCTTTACCGTCTGCATCACGCAGCAAACCATTGAGGATTACCGTTTCACCTgg < 2:1007814/139‑1 (MQ=255) ccATTCTCCGGCTGACTAACGACGCTCCTGAGTACCTGCTCATCGGGTTTAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATTGGGCAACGCTTTACCGTCTGCATCACGCAGCAAACCATTGAGGATTACCGTTTCACCTGGGc < 1:439944/139‑1 (MQ=255) ttCTCCGGCTGACTAACGACGCTCCTGAGTACCTGCTCATCGGGTTTAATCCCGTCTAACTTGATGGGTTGATTGGGCAACGCTTTACCGTCTGCATCACGCAGCAAACCATTGAGGATTACCGTTTCACCTGGGCGAt < 1:738463/139‑1 (MQ=255) ccGGCTGACTAACGACGCTCCTGAGTACCTGCTCATCGGGTTTAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATTGGGCAACGCTTTACCGTCTGCATCACGCAGCAAACCATTGAGGATTACCGTTTCACCTGGGCGATAAAg < 2:158272/139‑1 (MQ=255) cGGCTGACTAACGACGCTCCTGAGTACCTGCTCATCGGGTTTAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATTGGGCAACGCTTTACCGTCTGCATCACGCAGCAAACCATTGAGGATTACCGTTTCACCTGGGCGATAAAGa < 2:46041/139‑1 (MQ=255) acgacgCTCCTGAGTACCTGCTCATCGGGTTTAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATTGGGCAACGCTTTACCGTCTGCATCACGCAGCAAACCATTGAGGATTACCGTTTCACCTgg < 1:107253/119‑1 (MQ=255) acgacgCTCCTGAGTACCTGCTCATCGGGTTTAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATTGGGCAACGCTTTACCGTCTGCATCACGCAGCAAACCATTGAGGATTACCGTTTCACCTgg > 2:107253/1‑119 (MQ=255) cTCCTGAGTACCTGCTCATCGGGTTTAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATTGGGCAACGCTTTACCGTCTGCa > 1:178409/1‑75 (MQ=255) cTCCTGAGTACCTGCTCATCGGGTTTAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATTGGGCAACGCTTTACCGTCTGCa < 2:178409/75‑1 (MQ=255) cTCCTGAGTACCTGCTCATCGGGTTTAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATTGGGCAACGCTTTACCGTCTGCATCACgcagca > 2:417977/1‑85 (MQ=255) cTCCTGAGTACCTGCTCATCGGGTTTAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATTGGGCAACGCTTTACCGTCTGCATCACgcagca < 1:417977/85‑1 (MQ=255) cTCCTGAGTACCTGCTCATCGGGTTTAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATTGGGCAACGCTTTACCGTCTGCATCACGCAGCAAACCATTGAGGATTACCGTTTCACCTGGGCGATAAAGATCGCGTGGGCCaa > 2:1047432/1‑136 (MQ=255) cTCCTGAGTACCTGCTCATCGGGTTTAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATTGGGCAACGCTTTACCGTCTGCATCACGCAGCAAACCATTGAGGATTACCGTTTCACCTGGGCGATAAAGATCGCGTGGGCCaa < 1:1047432/136‑1 (MQ=255) cTCCTGAGTACCTGCTCATCGGGTTTAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATTGGGCAACGCTTTACCGTCTGCATCACGCAGCAAACCATTGAGGATTACCGTTTCACCTGGGCGATAAAGATCGCGTGGGCCAAACa > 2:229847/1‑139 (MQ=255) tGAGTACCTGCTCATCGGGTTTAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATTGGGCAACGCTTTACCGTCTGCATCACGCAGCAAACCATTGAGGATTACCGTTTCACCTGGGCGATAAAGATCGCGTGGGCCAAACATGaa > 1:147317/1‑139 (MQ=255) gAGTACCTGCTCATCGGGTTTAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATTGGGCAACGCTTTACCGTCTGCATCACGCAGCAAACCATTGAGGATTACCGTTTCACCTGGGCGATAAAGATCGCGTGGGCCAAACATGaaa < 1:852860/139‑1 (MQ=255) aCCTGCTCATCGTGTTTAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATTGGGCAACGCTTTACCGTCTGCATCACGCAGCAAACCATTGAGGATTACCGTTTCACCTGGGCGATAAAGATCGCGTGGGCCAAACATGAAAAACt < 1:651657/139‑1 (MQ=255) cTGCTCATCGGGTTTAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATTGGGCAACGCTTTACCGTCTGCATCACGCAGCAAACCATTGAGGATTACCGTTTCACCTGGGCGATAAAGATCGCGTGGGCCAAACATGAAAAACTGt > 1:558477/1‑139 (MQ=255) | ATCCGATACTGATTATCGCCCGTGTTAGCGCGAATATGCCACATACCGGTTGCCGCATTGCTATCGAGTGGCCAGGTAAAGTGGTAGAGGCCATTCTCCGGCTGACTAACGACGCTCCTGAGTACCTGCCCATCGGGTTTAATCACGTCTAACTTGATGGGTTGATTGGGCAACGCTTTACCGTCTGCATCACGCAGCAAACCATTGAGGATTACCGTTTCACCTGGGCGATAAAGATCGCGTGGGCCAAACATGAAAAACTGT > NC_000913/2650867‑2651130 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |