| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,664,360 | 0 | G | A | 21.4% | 57.2 / 10.3 | 28 | P87S (CCC→TCC) | gadW | transcriptional activator of gadA and gadBC, repressor of gadX |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (10/12); new base A (3/3); total (13/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.32e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATC > NC_000913/3664246‑3664465 | ctttcttATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACg > 2:488728/1‑139 (MQ=255) aTGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTg < 2:371748/139‑1 (MQ=255) tGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTATAGCATATTGCTCAGTCTCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGc > 2:412862/1‑139 (MQ=255) tGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGt > 1:177435/1‑133 (MQ=255) tGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGt < 2:177435/133‑1 (MQ=255) aaaaCATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCtgtg < 2:393119/139‑1 (MQ=255) aTCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAAc > 2:519657/1‑121 (MQ=255) aTCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAAc < 1:519657/121‑1 (MQ=255) cGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCt < 1:488728/139‑1 (MQ=255) cGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCt > 1:77483/1‑139 (MQ=255) atatTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGaa < 2:106800/139‑1 (MQ=255) aGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGt < 2:132309/91‑1 (MQ=255) aGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGt > 1:132309/1‑91 (MQ=255) tATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAg < 2:185122/120‑1 (MQ=255) tATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAg < 2:319183/120‑1 (MQ=255) tATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAg > 1:319183/1‑120 (MQ=255) tATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAg > 1:185122/1‑120 (MQ=255) cGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAg < 2:245467/117‑1 (MQ=255) cGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAg > 1:245467/1‑117 (MQ=255) tttACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGAGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGt > 1:495602/1‑79 (MQ=255) tttACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGAGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGt < 2:495602/79‑1 (MQ=255) tttACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGAGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCaaa > 2:381671/1‑139 (MQ=255) gATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGAGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCt < 1:381671/139‑1 (MQ=255) aGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATc < 1:634898/139‑1 (MQ=255) tCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCa < 1:663180/126‑1 (MQ=255) tCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCa > 2:663180/1‑126 (MQ=255) cGGCATGGAGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCg > 2:308976/1‑60 (MQ=255) cGGCATGGAGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCg < 1:308976/60‑1 (MQ=255) | CTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATCAAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATC > NC_000913/3664246‑3664465 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |