| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,304,888 | A→G | N570N (AAT→AAC) | yjcS ← | metallo‑beta‑lactamase superfamily protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,304,888 | 0 | A | G | 97.4% | 146.0 / NA | 39 | N570N (AAT→AAC) | yjcS | metallo‑beta‑lactamase superfamily protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (23/15); minor base C (1/0); total (24/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CGTGCAGATCTTCACGGCTGATGTAGAAAGAGGCGTCGGCTTGCGGTTGCAGCGTTTTCCGGTAGTTAAGCACGCTATCGTTCAGCGTCAGGTTGAGGTTATCGCCGTTGCTCATATTGAAGTTCAGGCTGATATTTTTACCCGCAGCTTTCGCGCTATCGAGGCGAACGGCCATAAAGTCGAACAGCATTTCGACCGACATCCCGCGAATGGTGTCCGGGGAACCGGTGGTGCCGTGGCTGAACTTATGCACCCCTTCGCGCAGC > NC_000913/4304755‑4305020 | cGTGCAGATCTTCACGGCTGATGTAGAAAGAGGCGTCGGCTTGCGGTTGCAGCGTTTTCCGGTAGTTAAGCACGCTATCGTTCAGCGTCAGGTTGAGGTTATCGCCGTTGCTCATATTGAAGTTCAGGCTGATGttttt > 1:569684/1‑139 (MQ=255) cTGATGTAGAAAGAGGCGTCGGCTTGCGGTTGCAGCGTTTTCCGGTAGTTAAGCACGCTATCGTTCAGCGTCAGGTTGAGGTTATCGCCGTTGCTCATATTGAAGTTCAGGCTGATGTTTTTACCCGCAGCTTTCgcgc < 1:1084099/139‑1 (MQ=255) aaGAGGCGTCGGCTTGCGGTTGCAGCGTTTTCCGGTAGTTAAGCACGCTATCGTTCAGCGTCAGGTTGAGGTTATCGCCGTTGCTCATATTGAAGTTCAGGCTGATGTTTTTACCCGCAGCTTTCGCGCTATCGAGGCg > 2:377163/1‑139 (MQ=255) agGCGTCGGCTTGCGGTTGCAGCGTTTTCCGGTAGTTAAGCACGCTATCGTTCAGCGTCAGGTTGAGGTTATCGCCGTTGCTCATATTGAAGTTCAGGCTGATGTTTTTACCCGCAGCtt > 2:919169/1‑120 (MQ=255) agGCGTCGGCTTGCGGTTGCAGCGTTTTCCGGTAGTTAAGCACGCTATCGTTCAGCGTCAGGTTGAGGTTATCGCCGTTGCTCATATTGAAGTTCAGGCTGATGTTTTTACCCGCAGCtt < 1:919169/120‑1 (MQ=255) agGCGTCGGCTTGCGGTTGCAGCGTTTTCCGGTAGTTAAGCACGCTATCGTTCAGCGTCAGGTTGAGGTTATCGCCGTTGCTCATATTGAAGTTCAGGCTGATGTTTTTACCCGCAGCTTTCGCGCTATCGAGGCGAAc > 2:559051/1‑139 (MQ=255) agGCGTCGGCTTGCGGTTGCAGCGTTTTCCGGTAGTTAAGCACGCTATCGTTCAGCGTCAGGATGAGGTTATCGCCGTTGCTCATATTGAAGTTCAGGCTGATGTTTTTACCCGCAGCTTTCGCGCTATCGAGGCGAAc < 1:796572/139‑1 (MQ=255) ggCGTCGGCTTGCGGTTGCAGCGTTTTCCGGTAGTTAAGCACGCTATCGTTCAGCGTCAGGTTGAGGTTATCGCCGTTGCTCATATTGAAGTTCAGGCTGATGTTTTTACCCGCAGCTTTCGCGCTATCGAGGCGAACg > 2:248512/1‑139 (MQ=255) gCGTCGGCTTGCGGTTGCAGCGTTTTCCGGTAGTTAAGCACGCTATCGTTCAGCGTCAGGTTGAGGTTATCGCCGTTGCTCATATTGAAGTTCAGGCTGATGTTTTTACCCGCAGCTTTCGCGCTATCGAGGCGAACgg > 2:147267/1‑139 (MQ=255) gCGTCGGCTTGCGGTTGCAGCGTTTTCCGGTAGTTAAGCACGCTATCGTTCAGCGTCAGGTTGAGGTTATCGCCGTTGCTCATATTGAAGTTCAGGCTGATGTTTTTACCCGCAGCTTTCGCGCTATCGAGGCGAACgg > 2:851736/1‑139 (MQ=255) cGTCGGCTTGCGGTTGCAGCGTTTTCCGGTAGTTAAGCACGCTATCGTTCAGCGTCAGGTTGAGGTTATCGCCGTTGCTCATATTGAAGTTCAGGCTGATGTTTTTACCCGCAGCTTTCGCGCTATCGAGGCGAACGGc > 2:203977/1‑139 (MQ=255) cGTCGGCTTGCGGTTGCAGCGTTTTCCGGTAGTTAAGCACGCTATCGTTCAGCGTCAGGTTGAGGTTATCGCCGTTGCTCATATTGAAGTTCAGGCTGATGTTTTTACCCGCAGCTTTCGCGCTATCGAGGCGAACGGc > 1:992753/1‑139 (MQ=255) tCGGCTTGCGGTTGCAGCGTTTTCCGGTAGTTAAGCACGCTATCGTTCAGCGTCAGGTTGAGGTTATCGCCGTTGCTCATATTGAAGTTCAGGCTGATGTTTTTACCCGCAGCTTTCGCGCTATCGAGGCGAACGGCCa > 1:446345/1‑139 (MQ=255) ggCTTGCGGTTGCAGCGTTTTCCGGTAGTTAAGCACGCTATCGTTCAGCGTCAGGTTGAGGTTATCGCCGTTGCTCATATTGAAGTTCAGGCTGATGTTTTTACCCGc > 1:287256/1‑108 (MQ=255) ggCTTGCGGTTGCAGCGTTTTCCGGTAGTTAAGCACGCTATCGTTCAGCGTCAGGTTGAGGTTATCGCCGTTGCTCATATTGAAGTTCAGGCTGATGTTTTTACCCGc < 2:287256/108‑1 (MQ=255) gCGGTTGCAGCGTTTTCCGGTAGTTAAGCACGCTATCGTTCAGCGTCAGGTTGAGGTTATCGCCGTTGCTCATATTGAAGTTCAGGCTGATGTTTTTACCCGCAGCTTTCGCGCTATCGAGGCGAACGGCCATAAAGTc < 2:992753/139‑1 (MQ=255) ttGCAGCGTTTTCCGGTAGTTAAGCACGCTATCGTTCAGCGTCAGGTTGAGGTTATCGCCGTTGCTCATATTGAAGTTCAGGCTGATGTTTTTACCCGCAGCTTTCGCGCTATCGAGGCGAACGGCCATAAAGTCGAAc < 1:377163/139‑1 (MQ=255) ttGCAGCGTTTTCCGGTAGTTAAGCACGCTATCGTTCAGCGTCAGGTTGAGGTTATCGCCGTTGCTCATATTGAAGTTCAGGCTGATGTTTTTACCCGCAGCTTTCGCGCTATCGAGGCGAACGGCCATAAAGTCGAAc < 2:326200/139‑1 (MQ=255) gCAGCGTTTTCCGGTAGTTAAGCACGCTATCGTTCAGCGTCAGGTTGAGGTTATCGCCGTTGCTCATATTGAAGTTCAGGCTGATGTTTTTACCCGCAGCTTTCGCGCTATCGAGGCGAACGGCCATAAAGTCGAACAg < 1:203977/139‑1 (MQ=255) cGCTATCATTCAGCGTCAGGTTGAGAATATCGCCGTTGCTCATAATGAAGTTCAGGCTGATCGTTTTACCCGCAGATTTCGCGCTATCGAGGCGAACCGCCATAAAGTCTAACAGCATTTCGACCGACATCAcgagtat > 1:716403/1‑134 (MQ=255) gCTATCGTTCAGCGTCAGGTTGAGGTTATCGCCGTTGCTCATATTGAAGTTCAGGCTGATGTTTTTACCCGCAGCTTTCGCGCTATCGAGGCGAACGGCCATAAAGTCGAACAGCATTTCGACCGACATCCCGCGAATg < 2:27973/139‑1 (MQ=255) tATCGTTCAGCGTCAGGTTGAGGTTATCGCCGTTGCTCATATTGAAGTTCAGGCTGATGTTTTTACCCGCAGCTTTCGCGCTATCGAGGCGAACGGCCATAAAg > 1:1021477/1‑104 (MQ=255) 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gCCGTTGCTCATATTGAAGTTCAGGCTGATGTTTTTACCCGCAGCTTTCGCGCTATCGAGGCGAACGGCCATAAAGTCGAACAGCATTTCGACCGACATCCCGCGAATGGTGTCCGGGGAACCGGTGGTGCCGTGGCTg < 1:248512/139‑1 (MQ=255) gTTGCTCATATTGAAGTTCAGGCTGATGTTTTTACCCGCAGCTTTCGCGCTATCGAGGCGAACGGCCATAAAGTCGAACAGCATTTCGACCGACATCCCGCGAATGGTGTCCGGGGAACCGGTGGTGCCGTGGCTGAAc < 1:988451/139‑1 (MQ=255) ttGCTCATATTGAAGTTCAGGCTGATGTTTTTACCCGCAGCTTTCGCGCTATCGAGGCGAACGGCCATAAAGTCGAACAGCATTTCGACCGACATCCCGCGAATGGTGTCCGGGGAACCGGTGGTGCCGTGGCTGAACt > 1:442801/1‑139 (MQ=255) atatTGAAGTTCAGGCTGATGTTTTTACCCGCAGCTTTCGCGCTATCGAGGCGAACGGCCATAAAGTCGAACAGCATTTCGACCGACATCCCGCGAATGGTGTCCGGGGAACCGGTGGTGCCGTGGCTGAACTTATGCa < 1:1070698/139‑1 (MQ=255) tGAAGTTCAGGCTGATGTTTTTACCCGCAGCTTTCGCGCTATCGAGGCGAACGGCCATAAAGTCGAACAGCATTTCGACCGACATCCCGCGAATGGTGTCCGGGGAACCGGTGGTGCCGTGGCTGAACTTATGCAcccc > 2:31209/1‑139 (MQ=255) aGTTCAGGCTGATGTTTTTACCCGCAGCTTTCGCGCTATCGAGGCGAACGGCCATAAAGTCGAACAGCATTTCGACCGACATCCCGCGAATGGTGTCCGGGGAACCGGTGGTGCCGTGGCTGAACTTATGCACCCCTTc > 1:204684/1‑139 (MQ=255) cAGGCTGATGTTTTTACCCGCAGCTTTCGCGCTATCGAGGCGAACGGCCATAAAGTCGAACAGCATTTCGACCGACATCCCGCGAATGGTGTCCGGGGAACCGGTGGTGCCGTGGCTGAACTTATGCACCCCTTCgcgc > 2:320771/1‑139 (MQ=255) aGGCTGATGTTTTTACCCGCAGCTTTCGCGCTATCGAGGCGAACGGCCATAAAGTCGAAGAGCATTTCGACCGACATCCCGCGAATGGTGTCCGGGGAACCGGTGGTGCCGTGGCAGAACTTATGTACCCCTTCGCGCa > 1:732407/1‑139 (MQ=255) aGGCTGATGTTTTTACCCGCAGCTTTCGCGCTATCGAGGCGAACGGCCATAAAGTCGAACAGCATTTCGACCGACATCCCGCGAATGGTGTCCGGGGAACCGGTGGTGCCGTGGCTGAACTTATGCACCCCTTCGCGCa > 1:919153/1‑139 (MQ=255) aGGCTGATGTTTTTACCCGCAGCTTTCGCGCTATCGAGGCGAACGGCCATAAAGTCGAACAGCATTTCGACCGACATCCCGCGAATGGTGTCCGGGGAACCGGTGGTGCCGTGGCTGAACTTATGCACCCCTTCGCGCa > 1:184243/1‑139 (MQ=255) gCTGATGTTTTTACCCGCAGCTTTCGCGCTATCGAGGCGAACGGCCATAAAGTCGAACAGCATTTCGACCGACATCCCGCGAATGGTGTCCGGGGAACCGGTGGTGCCGTGGCTGAACTTATGCACCCCTTCGCGCAGc > 1:354330/1‑139 (MQ=255) | CGTGCAGATCTTCACGGCTGATGTAGAAAGAGGCGTCGGCTTGCGGTTGCAGCGTTTTCCGGTAGTTAAGCACGCTATCGTTCAGCGTCAGGTTGAGGTTATCGCCGTTGCTCATATTGAAGTTCAGGCTGATATTTTTACCCGCAGCTTTCGCGCTATCGAGGCGAACGGCCATAAAGTCGAACAGCATTTCGACCGACATCCCGCGAATGGTGTCCGGGGAACCGGTGGTGCCGTGGCTGAACTTATGCACCCCTTCGCGCAGC > NC_000913/4304755‑4305020 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |