| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 59,177 | (C)7→8 | pseudogene (126/228 nt) | yabP → | pseudogene, pentapeptide repeats‑containing |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 59,170 | 1 | . | C | 85.2% | 77.6 / 8.7 | 27 | pseudogene (119/228 nt) | yabP | pseudogene, pentapeptide repeats‑containing |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/2); new base C (12/11); total (14/13) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.91e-01 | |||||||||||
GGCGTGCTACCCCGGACGGTGCTACCCCGGACGGTGCTAACCCGGACGGTGCTAACCTGGACGGTGCTACCGTGAACGGTGCTACCTCCTTATATGATGAGGTAATTATTATTAATAAAAT‑CCCCCCCAAAAAAATTGATACTAAAGGAGTTGCTACTGAAGAAGTTGCTACTAAAAAAGTACTGCTGAACAAATTACTGACAACGCAATTATTGAATGAGCCAGAATAAGCTAAGGTTGAAGGGGCTGGAACG > NC_000913/59050‑59303 | ggCGTGCTACCCCGGACGGTGCTACCCCGGACGGTGCTAACCCGGACGGTGCAAACCTGGACGGTGCTACCGTGAACGGTGCTACCTCCTTATATGATGAGGTAATTATTATTAATAAAATCCCCCCCCAAAAAAATTg > 1:202140/1‑139 (MQ=255) cggtgctaccccggacggtgctaACCCGGACGGTGCTAACCTGGACGGTGCTACCGTGAACGGTGCTACCTCCTTATATGATGAGGTAATTATTATTAATAAAATCCCCCCCCAAAAAAATTGATACTAAAGGAGTTGc < 1:189403/139‑1 (MQ=255) gacggtgctaacccggacggtgctaaccTGGACGGTGCTACCGTGAACGGTGCTACCTCCTTATATGATGAGGTAATTATTATTAATAAAATCCCCCCCCAAAAAAATTGATACTAAAGGAGTTGCTACTGAAGAAGtt > 1:189408/1‑139 (MQ=255) gacggtgctaacccggacggtgctaaccTGGACGGTGCTACCGTGAACGGTGCTACCTCCTTATATGATGAGGTAATTATTATTAATAAAATCCCCCCCCAAAAAAATTGATACTAAAGGAGTTGCTACTGAAGAAGtt > 2:503583/1‑139 (MQ=255) gacggtgctaacccggacggtgctaaccTGGACGGTGCTACCGTGAACGGTGCTACCTCCTTATATGATGAGGTAATTATTATTAATAAAATCCCCCCCCAAAAAAATTGATACTAAAGGAGTTGCTACTGAAGAAGtt > 2:277555/1‑139 (MQ=255) gacggtgttaaccTGGACGGTGCTACCGTGAACGGTGCTACCTCCTTATATGATGAGGTAATTATTATTAATAAAATCCCCCCCCAAAAAAATTGATACTAAAGGAGTTGCTACTGAAGAAGTTGCTACTAAAAAAGtg > 2:264026/1‑138 (MQ=255) gACGGTGCTACCGTGAACGGTGCTACCTCCTTATATGATGAGGTAATTATTATTAATAAAATCCCCCCCCAAAAAAATTGATACTAAAGGAGt > 1:281913/1‑93 (MQ=255) gACGGTGCTACCGTGAACGGTGCTACCTCCTTATATGATGAGGTAATTATTATTAATAAAATCCCCCCCCAAAAAAATTGATACTAAAGGAGt < 2:281913/93‑1 (MQ=255) gACGGTGCTACCGTGAACGGTGCTACCTCCTTATATGATGAGGTAATTATTATTAATAAAATCCCCCCCCAAAAAAATTGATACTAAAGGAGTTGCTACTGAAGAAGTTGctac < 2:698842/114‑1 (MQ=255) gACGGTGCTACCGTGAACGGTGCTACCTCCTTATATGATGAGGTAATTATTATTAATAAAATCCCCCCCCAAAAAAATTGATACTAAAGGAGTTGCTACTGAAGAAGTTGctac > 1:698842/1‑114 (MQ=255) gACGGTGCTACCGTGAACGGTGCTACCTCCTTATATGATGAGGTAATTATTATTAATAAAAT‑ccccccc > 1:351551/1‑69 (MQ=255) gACGGTGCTACCGTGAACGGTGCTACCTCCTTATATGATGAGGTAATTATTATTAATAAAAT‑ccccccc < 2:351551/69‑1 (MQ=255) gACGGTGCTACCGTGAACGGTGCTACCTCCTTATATGATGAGGTAATTATTATTAATAAAAT‑CCCCCCCAAAAAAATTGATACTaa > 2:516046/1‑86 (MQ=255) gACGGTGCTACCGTGAACGGTGCTACCTCCTTATATGATGAGGTAATTATTATTAATAAAAT‑CCCCCCCAAAAAAATTGATACTaa < 1:516046/86‑1 (MQ=255) tGCTACCGTGAACGGTGCTACCTCCTTATATGATGAGGTAATTATTATTAATAAAAT‑CCCCCCCcaaa > 1:149598/1‑68 (MQ=255) tGCTACCGTGAACGGTGCTACCTCCTTATATGATGAGGTAATTATTATTAATAAAAT‑CCCCCCCcaaa < 2:149598/68‑1 (MQ=255) aCCGTGAACGGTGCTACCTCCTTATATGATGAGGTAATTATTATTAATAAAATCCCCCCCCAACAAAATTGATACTAAAGGAGTTGCTACTGAAGAAGTTGCTACTAAAAAAGTACTGCTGAACAAATTACTGACAACg < 2:482880/139‑1 (MQ=255) ccGTGAACGGTGCTACCTCCTTATATGATGAGGTAATTATTATTAATAAAATCCCCCCCCAAAAAAATTGATACTAAAGGAGTTGCTACTGAAGAAGTTGCTACTAAAAAAGTACTGCTGAACAAATTACTGACAACGc > 2:612279/1‑139 (MQ=255) tGCTACCTCCTTATATGATGAGGTAATTATTATTAATAAAATCCCCCCCCAAAAAAATTGATACTAAAGGAGTTGCTACTGAAGAAGTTGCTACTAAAAAAGTACTGCTGAACAAATTACTGACAACGCAATTATTGaa < 1:612279/139‑1 (MQ=255) aCCTCCTTATATGATGAGGTAATTATTATTAATAAAATCCCCCCCCAAAAAAATTGATACTAAAGGAGTTGCTACTGAAGAAGTTGCTACTAAAAAAGTGCTGCTGAACAAATTACTGACAACGCAATTATTGAATGAg < 1:264026/139‑1 (MQ=255) aCCTCCTTATATGATGAGGTAATTATTATTAATAAAATCCCCCCCCAAAAAAATTGATACTAAAGGAGTTGCTACTGAAGAAGTTGCTACTAAAAAAGTACTGCTGAACAAATTACTGACAACGCAATTATTGAATGAg < 2:189408/139‑1 (MQ=255) aCCTCCTTATATGATGAGGTAATTATTATTAATAAAATCCCCCCCCAAAAAAATTGATACTAAAGGAGTTGCTACTGAAGAAGTTGCTACTAAAAAAGTACTGCTGAACAAATTACTGACAACGCAATTATTGAATGAg < 1:102654/139‑1 (MQ=255) cctcctTATATGATGAGGTAATTATTATTAATAAAATCCCCCCCCAAAAAAATTGATACTAAAGGAGTTGCTACTGAAGAAGTTGGTACTAAAAAAGTACTGCTGAACAAATTACTGACATCGCAATTATTGAATGAGc < 2:202140/139‑1 (MQ=255) atatGATGAGGTAATTATTATTAATAAAATCCCCCCCCAAAAAAATTGATACTAAAGGAGTTGCTACTGAAGAAGTTGCTACTAAAAACGTACTGCTGAACAAATTACTGACAACGCAATTATTGAATGAGCCAGAATa > 1:776157/1‑139 (MQ=255) tgatgaGGTAATTATTATTAATAAAATCCCCCCCCAAAAAAATTGATACTAAAGGAGTTGCTACTGAAGAAGTTGCTACTAAAAAAGTACTGCTGAACAAATTACTGACAACGCAATTATTGAATGAGCCAGAATAAGc > 1:257764/1‑139 (MQ=255) gaGGTAATTATTATTAATAAAATCCCCCCCCAAAAAAATTGATACTAAAGGAGTTGCTACTGAAGAAGTTGCTACTAAAAAAGTACTGCTGAACAAATTACTGAc > 1:637883/1‑105 (MQ=255) gaGGTAATTATTATTAATAAAATCCCCCCCCAAAAAAATTGATACTAAAGGAGTTGCTACTGAAGAAGTTGCTACTAAAAAAGTACTGCTGAACAAATTACTGAc < 2:637883/105‑1 (MQ=255) ttaATAAAATCCCCCCCCAAAAAAATTGATACTAAAGGAGTTGCTACTGAAGAAGTTGCTACTAAAAAAGTACTGCTGAACAAATTACTGACAACGCAATTATTGAATGAGCCAGAATAAGCTAAGGTTGAAGGGGCTg > 2:759264/1‑139 (MQ=255) aaaaTCCCCCCCCAAAAAAATTGATACTAAAGGAGTTGCTACTGAAGAAGTTGCTACTAAAAAAGTACTGCTGAACAAATTACTGACAACGCAATTATTGAATGAGCCAGAATAAGCTAAGGTTGAAGGGGCTGGAACg < 2:776157/139‑1 (MQ=255) | GGCGTGCTACCCCGGACGGTGCTACCCCGGACGGTGCTAACCCGGACGGTGCTAACCTGGACGGTGCTACCGTGAACGGTGCTACCTCCTTATATGATGAGGTAATTATTATTAATAAAAT‑CCCCCCCAAAAAAATTGATACTAAAGGAGTTGCTACTGAAGAAGTTGCTACTAAAAAAGTACTGCTGAACAAATTACTGACAACGCAATTATTGAATGAGCCAGAATAAGCTAAGGTTGAAGGGGCTGGAACG > NC_000913/59050‑59303 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |