| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,769,899 | A→G | T276A (ACC→GCC) | ydiK → | UPF0118 family inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,769,899 | 0 | A | G | 91.1% | 141.3 / 3.0 | 45 | T276A (ACC→GCC) | ydiK | UPF0118 family inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/2); new base G (19/22); total (21/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.55e-01 | |||||||||||
CCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAACGTCATCCGCCCAATGTTAATTCGCATGGGTGCCGATTTACCGCTGATCCTGATTCTCTCTGGCGTTATTGGTGGTTTGAT > NC_000913/1769769‑1770032 | ccTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGATACCGCCTGGGGa < 2:344341/139‑1 (MQ=255) tCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTTCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGATACCGCCTGGGGAAc < 1:473087/139‑1 (MQ=255) tCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGATACCGCCTGGGGAAc < 2:426875/139‑1 (MQ=255) gCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGATACCGCCTGGGGAACgg < 1:113912/139‑1 (MQ=255) 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2:415087/1‑68 (MQ=255) cTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGATACCGCCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACg > 2:328542/1‑105 (MQ=255) cTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGATACCGCCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACg < 1:328542/105‑1 (MQ=255) gCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGATACCGCCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAACGTCATCCGCCCAATGTTAATTCGCATggg < 2:236809/139‑1 (MQ=255) cccGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGATACCGCCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAACGTCATCCGCCCAATGTTAATTCGCATGGGt > 1:279880/1‑139 (MQ=255) cccGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGATACCGCCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTCGAGc > 1:710534/1‑85 (MQ=255) cccGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACGGGACTGGCGATACCGCCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGc < 2:710534/85‑1 (MQ=255) ttGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGATACCGCCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAACGTCATCCGCCCAATGTTAATTCGCATGGGTGCCg > 2:465354/1‑139 (MQ=255) gTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGATACCGCCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAACGTCATCCGCCCAATGTTAATTCGCATGGGTGCCGATTTAc < 2:713911/139‑1 (MQ=255) ggCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGATACCGCCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAACGTCATCCGCCCAATGTTAATTCGCATGGGTGCCGATTTACCGCTGATCCTg > 2:511770/1‑139 (MQ=255) aTCTGGCTCTACTGGACTGGCGATACCGCCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAACGTCATCCGCCCAATGTTAATTCGCATGGGTGCCGATTTGCCGCTGATCCTGATtctct < 1:539250/139‑1 (MQ=255) ctACTGGACTGGCGATACCGCCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAACGTCATCCGCCCAATGTTAATTCGCATGGGTGCCGATTTACCGCTGATCCTGATTCTCTCTGGCGtt > 2:683973/1‑139 (MQ=255) tACTGGACTGGCGATACCGCCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAACGTCATCCGCCCAATGTTAATTCGCATGGGTGCCGATTTACCGCTGATCCTGATTCTCTCTGGCGTTa < 1:127262/139‑1 (MQ=255) gCGATACCGCCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAACGTCATCCGCCCAATGTTAATTCGCATGGGTGCCGATTTACCGCTGATCCTGATTCTCTCTGGCGTTATTGGTGGttt > 2:100931/1‑139 (MQ=255) gATACCGCCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAACGTCATCCGCCCAATGTTAATTCGCATGGGTGCCGATTTACCGCTGATCCTGATTCTCTCTGGCGTTATTGGTGGTTTGa < 2:24211/139‑1 (MQ=255) aTACCGCCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAACGTCATCCGCCCAATGTTAATTCGCATGGGTGCCGATTTACCGCTGATCCTGATTCTCTCTGGCGTTATTGGTGGTTTGAt < 1:656907/139‑1 (MQ=255) | CCTCGCCGTATCCGGCGTACCTTATGCAACGTTGCTAACGGTGTTAATGATCCTCTCCTGCCTTGTCCAGCTTGGCCCGTTGCCGGTACTGATTCCGGCGATTATCTGGCTCTACTGGACTGGCGATACCACCTGGGGAACGGTATTGTTAGTGTGGAGCGGTGTGGTTGGCACGCTGGATAACGTCATCCGCCCAATGTTAATTCGCATGGGTGCCGATTTACCGCTGATCCTGATTCTCTCTGGCGTTATTGGTGGTTTGAT > NC_000913/1769769‑1770032 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |