| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,684,175 | T→C | S432P (TCT→CCT) | rstB → | sensory histidine kinase of RstAB two‑component system |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,684,175 | 0 | T | C | 97.6% | 153.0 / NA | 41 | S432P (TCT→CCT) | rstB | sensory histidine kinase of RstAB two‑component system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (19/21); minor base A (1/0); total (20/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.88e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCTCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATAAAATAAGTATGTTGTAACTAAAGTGGTTAATATTATGGCGCGTTACGATCTCGTAGACC > NC_000913/1684049‑1684283 | gggctggCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCCCTGCCTGACACt > 2:52762/1‑139 (MQ=255) aGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCCCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCAAGTcacc > 2:62676/1‑139 (MQ=255) gCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCCCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACtg < 1:145535/139‑1 (MQ=255) gggCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCCCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCAAGt > 1:551133/1‑123 (MQ=255) gggCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCCCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCAAGt < 2:551133/123‑1 (MQ=255) gggCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCCCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCta < 1:62676/139‑1 (MQ=255) cGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCCCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCta > 2:617005/1‑136 (MQ=255) cGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCCCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCta < 1:617005/136‑1 (MQ=255) gTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCCCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCaa < 2:691892/116‑1 (MQ=255) gTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCCCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCaa < 2:396094/116‑1 (MQ=255) gTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCCCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCaa > 1:691892/1‑116 (MQ=255) gTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCCCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCaa > 1:396094/1‑116 (MQ=255) gTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCCCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATAAAATAAGt < 2:448921/139‑1 (MQ=255) ttAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCCCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCaa < 1:355489/110‑1 (MQ=255) ttAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCCCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCaa > 2:355489/1‑110 (MQ=255) gACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCCCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGa < 1:385319/112‑1 (MQ=255) gACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCCCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGa > 2:385319/1‑112 (MQ=255) cacCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCCCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATAAAATAAGTATGTTGTAACt > 1:21603/1‑139 (MQ=255) aGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCCCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATAAAATAAGTATGTTGTAACTaaa < 1:683918/138‑1 (MQ=255) aGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCCCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATAAAATAAGTATGTTGTAACTaaa > 2:683918/1‑138 (MQ=255) gCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCCCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGa < 1:511150/105‑1 (MQ=255) gCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCCCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGa > 2:511150/1‑105 (MQ=255) aaCTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCCCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATAAAATAAGTATGTTGTAACTAAAGTGGt < 2:21603/139‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tcGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCCCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCaa < 2:148502/72‑1 (MQ=255) tcGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCCCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCaa > 1:148502/1‑72 (MQ=255) gCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCCCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCta < 2:235186/83‑1 (MQ=255) gCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCCCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCta > 1:235186/1‑83 (MQ=255) gCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCCCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATaa < 2:440665/86‑1 (MQ=255) gCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCCCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATaa > 1:440665/1‑86 (MQ=255) ccgctctGGCATAACATCGCGCAGTTTACAACTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCAAGACACCACGACTGTACTATAAAACAAGTATGTTGTAATTAAGGTGGTTAATATTATGGCGCGTTACGAGCCGGTAGAcc > 1:652375/7‑139 (MQ=255) tCCCGCAATTTACCCCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATAAAATAAGTATGTTGTAACTaaa < 1:532213/86‑1 (MQ=255) tCCCGCAATTTACCCCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATAAAATAAGTATGTTGTAACTaaa > 2:532213/1‑86 (MQ=255) aCCCCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATAAAATAAGTATGTTGTAACTAAAGTGGTTAATATTATGGCGCGTTACg > 1:628345/1‑100 (MQ=255) aCCCCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATAAAATAAGTATGTTGTAACTAAAGTGGTTAATATTATGGCGCGTTACg < 2:628345/100‑1 (MQ=255) | GGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCTCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATAAAATAAGTATGTTGTAACTAAAGTGGTTAATATTATGGCGCGTTACGATCTCGTAGACC > NC_000913/1684049‑1684283 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |