| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,684,175 | T→C | S432P (TCT→CCT) | rstB → | sensory histidine kinase of RstAB two‑component system |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,684,175 | 0 | T | C | 96.7% | 106.1 / ‑2.7 | 30 | S432P (TCT→CCT) | rstB | sensory histidine kinase of RstAB two‑component system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (14/15); minor base A (1/0); total (15/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.37e-01 | |||||||||||
GGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCTCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATAAAATAAGTATGTTGTAACTAAAGTGGTTAATATTATGGCGCGTTACGATCTCGTAGACCGACTCAACACTACCTTTCG > NC_000913/1684049‑1684302 | gggctggCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGTGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCCCTGCCTGACACt < 2:76308/139‑1 (MQ=255) gCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCCCTGCCTGACACTACgcgc > 1:454151/1‑139 (MQ=255) ccACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCCCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGt < 1:83697/139‑1 (MQ=255) ctctATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCCCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCaa < 1:524836/139‑1 (MQ=255) taGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCCCTGCCTGACGCTACGCGCACGATGGTCAAGTcac > 1:426609/1‑139 (MQ=255) tGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCCCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCaa < 2:269736/128‑1 (MQ=255) tGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCCCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCaa > 1:269736/1‑128 (MQ=255) tGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCCCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGAc > 2:203974/1‑139 (MQ=255) tGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCCCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGAc > 1:479910/1‑139 (MQ=255) ggCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCCCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACt < 2:116641/139‑1 (MQ=255) gCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCCCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGt < 1:102657/123‑1 (MQ=255) gCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCCCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGt > 2:102657/1‑123 (MQ=255) gCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCCCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACtg > 1:210911/1‑139 (MQ=255) gCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCCCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACtg > 2:444744/1‑139 (MQ=255) gTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCCCTGCCTGACGCTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATAAAATAAGt < 2:426609/139‑1 (MQ=255) gTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCCCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATAAAATAAGt < 2:479910/139‑1 (MQ=255) gTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCCCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATAAAATAAGt < 2:117878/139‑1 (MQ=255) aGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCCCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATAAAATAAGTATGTTGTAACTAAAg < 2:454151/139‑1 (MQ=255) gCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCCCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCtat < 1:315806/114‑1 (MQ=255) gCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCCCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCtat > 2:315806/1‑114 (MQ=255) cGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAGCATCCCGCAATTTACccct > 1:22748/1‑67 (MQ=255) cGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAGCATCCCGCAATTTACccct < 2:22748/67‑1 (MQ=255) cTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCCCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATAAAATAAGTATGTTGTAACTAAAGTGGTTa < 2:345991/139‑1 (MQ=255) ggtggtGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCCCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATAAAATAAGTATGTTGTAACTAAAGTGGTTAata > 1:79646/1‑139 (MQ=255) cccGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCCCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATAAAATAAGTATGTTGTAACTAAAGTGGTTAATATTATGgc > 2:589836/1‑139 (MQ=255) ccGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCACTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATAAAATAAGTATGTTGTAACTAAAGTGGTTAATATTATGgcg > 2:279729/1‑139 (MQ=255) tcGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCCCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATAAAATAAGTATGTTGTAACTAAAGTGGTTAATATTATGGCGCGTTACg < 1:203974/139‑1 (MQ=255) ggCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCCCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACtgtg > 1:87125/1‑77 (MQ=255) ggCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCCCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACtgtg < 2:87125/77‑1 (MQ=255) cGCAATTTACCCCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATAAAATAAGTATGTTGTAACTAAAGTGGTTAATATTATGGCGCGTTACGATCTCGTAGACCGACTCAACACTACCTTTCg > 1:23797/1‑139 (MQ=255) cAATTTACCCCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATAAAATAAGTAtgttgt > 2:337681/1‑74 (MQ=255) cAATTTACCCCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATAAAATAAGTAtgttgt < 1:337681/74‑1 (MQ=255) | GGGCTGGCAATTGTCCACTCTATAGCACTGGCAATGGGCGGTACGGTTAATTGTGACACCAGCGAACTGGGTGGTGCCCGCTTCTCGTTTAGCTGGCCGTTATGGCATAACATCCCGCAATTTACCTCTGCCTGACACTACGCGCACGATGGTCAAGTCACCACGACTGTGCTATAAAATAAGTATGTTGTAACTAAAGTGGTTAATATTATGGCGCGTTACGATCTCGTAGACCGACTCAACACTACCTTTCG > NC_000913/1684049‑1684302 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |