| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| MC JC | NC_000913 | 3,653,231 | Δ2,028 bp | IS5‑mediated | [yhiS]–[yhiD] | [yhiS], slp, dctR, [yhiD] |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | NC_000913 | 3652104–3653236 | 3655258 | 2023–3155 | 21 [20] | [0] 81 | insH1–[yhiD] | insH1, yhiS, slp, dctR, [yhiD] |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 3653230 | NA (NA) | 80 (1.080) | 55/214 | 0.1 | 100% | noncoding (1/1195 nt) | IS5 | repeat region |
| ? | NC_000913 | 3655259 = | 0 (0.000) | coding (644/648 nt) | yhiD | putative Mg(2+) transport ATPase, inner membrane protein | |||||
CATAAACACAATATCATGATGATCCTCAATCTTAAGCGGATCAATGAGCTGGTACGCCATCAGCATATTGATTATCTGGTGTGAATTTCAGGCTTACGGTGAGTCTGGCTACGCTGCCACACAGATTAGCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACGTTGTGGCATGAAGCTGGATATCAATGGCGACCACTTCATGATCTTCATTTTCCTGCAACGAAACTAAATCAGTTT > NC_000913/3655130‑3655397 | ttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAATTGaaa < 1:593254‑M2/10‑1 (MQ=255)ttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAATTGaaa < 2:1575010‑M2/10‑1 (MQ=255) ttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACg > 1:666720‑M2/128‑139 (MQ=255) gtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCt > 1:1286498‑M2/125‑139 (MQ=255) tctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCtt < 1:1694814‑M2/16‑1 (MQ=255) tgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTc > 2:1702276‑M2/122‑139 (MQ=255) tgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCAc < 2:666720‑M2/20‑1 (MQ=255) acggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCAc < 2:367776‑M2/20‑1 (MQ=255) acggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCAc > 2:634877‑M2/120‑139 (MQ=255) gcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTg > 2:1764585‑M2/115‑139 (MQ=255) tactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCa < 1:674289‑M2/28‑1 (MQ=255) tactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCa < 2:91984‑M2/28‑1 (MQ=255) cactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTtaata < 1:1451975‑M2/40‑1 (MQ=255) actgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTtaataa > 2:311877‑M2/99‑139 (MQ=255) ggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTtaata > 2:574833‑M2/93‑132 (MQ=255) ggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTtaata < 1:574833‑M2/40‑1 (MQ=255) taagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCa < 1:61424‑M2/28‑1 (MQ=255) taagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCa > 2:61424‑M2/85‑112 (MQ=255) gttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTa > 2:1372497‑M2/82‑139 (MQ=255) tgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGAc > 2:1650539‑M2/77‑139 (MQ=255) tgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAACAATCGCAACAGGTCTTCTATCGAc > 2:996813‑M2/77‑139 (MQ=255) tcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGGTTTTCACCCCTGCCTTACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACGTtg < 1:486198‑M2/67‑1 (MQ=255) tcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACGTtg > 1:1078728‑M2/73‑139 (MQ=255) atgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACGTTGTGGCa < 1:1468921‑M2/72‑1 (MQ=255) ccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTta > 2:1499940‑M2/63‑99 (MQ=255) ccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTta < 1:1499940‑M2/37‑1 (MQ=255) ccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACGTTGTGGCATGAAg > 2:487941‑M2/63‑139 (MQ=255) ccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACGTTGTGGCATGAAg < 1:158643‑M2/77‑1 (MQ=255) cctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAGTCGCAACAGGTCTTCTATCGACGTTGTGGCATGAAGc < 1:297573‑M2/78‑1 (MQ=255) cgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACGTTGTGGCATGAAGCTg < 2:1709632‑M2/80‑1 (MQ=255) ttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCa > 1:268150‑M2/58‑85 (MQ=255) ttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCa < 2:268150‑M2/28‑1 (MQ=255) tggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccc > 2:676567‑M2/53‑53 (MQ=255) tggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccc < 1:676567‑M2/1‑1 (MQ=255) tggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACGTTGTGGCATGAAGCTGGATATCa > 2:637893‑M2/53‑139 (MQ=255) ggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACGTTGTGGCATGAAGCTGGATATCaa > 2:1745122‑M2/52‑139 (MQ=255) ccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACGTTGTGGCATGAAGCTGGATATCAATGGc > 1:48359‑M2/48‑139 (MQ=255) agatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACGTTGTGGCATGAAGCTGGATATCAATGGCGa > 2:259491‑M2/46‑139 (MQ=255) gatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACGTTGTGGCATGAAGCTGGATATCAATGGCGAc < 1:311877‑M2/95‑1 (MQ=255) gatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACGTTGTGGCATGAAGCTGGATATCAATGGCGAc < 2:48359‑M2/95‑1 (MQ=255) atgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACGTTGTGGCATGAAGCTGGATATCAATGGCGAcc < 1:259491‑M2/96‑1 (MQ=255) tgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAAc > 2:417817‑M2/43‑90 (MQ=255) tgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAAc < 1:417817‑M2/48‑1 (MQ=255) acaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAATTGaaa > 2:642670‑M2/41‑50 (MQ=255) acaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAATTGaaa < 1:642670‑M2/10‑1 (MQ=255) tcatatcagggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACGTTGTGGCATGAAGCTGGATATCAATGGCGACCACTTCATGATCTTCa < 1:1764585‑M2/111‑1 (MQ=255) atcagggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACGTtg > 1:825661‑M2/25‑91 (MQ=255) atcagggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACGTtg < 2:825661‑M2/67‑1 (MQ=255) agggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACGTTGTGGCATGAAGc > 1:445591‑M2/22‑99 (MQ=255) agggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACGTTGTGGCATGAAGc < 2:445591‑M2/78‑1 (MQ=255) gggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGa < 1:280286‑M2/62‑1 (MQ=255) gggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGa > 2:280286‑M2/21‑82 (MQ=255) ggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCa > 2:1318985‑M2/20‑47 (MQ=255) ggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCa < 1:1318985‑M2/28‑1 (MQ=255) ggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCg < 2:548724‑M2/61‑1 (MQ=255) ggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCg > 1:548724‑M2/20‑80 (MQ=255) ggacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGACTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACGTTGTGGCATGAAGCTGGATATCAATGGCGACCACTTCATGATCTTCATTTTCCTGc > 1:491647‑M2/20‑139 (MQ=255) gacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCAcccc < 2:530420‑M2/23‑1 (MQ=255) gacttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCAcccc > 1:530420‑M2/19‑41 (MQ=255) acttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACGTTGTGGCATGAAGCTGGATATCAATGGCGACCACTTCATGATCTTCATTTTCCTGCaa < 1:1702276‑M2/122‑1 (MQ=255) cttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCAGCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACGTTGTGGCATGAAGCTGGATATCAATGGCGACCACTTCATGATCTTCATTTTCCTGCAAc < 2:1078728‑M2/123‑1 (MQ=255) cttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACGTTGTGGCATGAAGCTGGATATCAATGGCGAc > 1:1101488‑M2/17‑111 (MQ=255) cttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACGTTGTGGCATGAAGCTGGATATCAATGGCGAc < 2:1101488‑M2/95‑1 (MQ=255) cttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACGTTGTGGCATGAAGCTGGATATCAATGGCGACCACTTCATGATCTTCATTTTCCTGCAAc > 2:324516‑M2/17‑139 (MQ=255) cttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACGTTGTGGCATGAAGCTGGATATCAATGGCGACCACTTCATGATCTTCATTTTCCTGCAAc > 1:1319182‑M2/17‑139 (MQ=255) ttgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACGTTGTGGCATGAAGCTGGATATCAATGGCGACCACTTCATGATCTTCATTTTCCTGCAACg < 1:1650539‑M2/124‑1 (MQ=255) tgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTAt < 1:354340‑M2/59‑1 (MQ=255) tgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTAt > 2:354340‑M2/15‑73 (MQ=255) tgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACg < 2:55653‑M2/64‑1 (MQ=255) tgttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACg > 1:55653‑M2/15‑78 (MQ=255) ttcgcaccttccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACGTTGTGGCATGAAGCTGGATATCAATGGCGAc < 1:1749734‑M2/95‑1 (MQ=255) 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ccCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACGTTGTGGCATGAAGCTGGATATCAATGGCGACCAc > 1:1167394‑M2/3‑100 (MQ=255) cTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACGTTGTGGCATGAAGCTGGATATCAATGGCGACCACTTCATGATCTTCATTTTCCTGCAACGAAACTAAATCAGttt < 2:1319182/139‑1 (MQ=255) | CATAAACACAATATCATGATGATCCTCAATCTTAAGCGGATCAATGAGCTGGTACGCCATCAGCATATTGATTATCTGGTGTGAATTTCAGGCTTACGGTGAGTCTGGCTACGCTGCCACACAGATTAGCTAATTGAAACGCCTTTCACCCCTGCCATACCTTTTAATAATCGCAACAGGTCTTCTATCGACGTTGTGGCATGAAGCTGGATATCAATGGCGACCACTTCATGATCTTCATTTTCCTGCAACGAAACTAAATCAGTTT > NC_000913/3655130‑3655397 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |