| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,867,926 | (C)6→7 | coding (828/1140 nt) | nlpD ← | activator of AmiC murein hydrolase activity, lipoprotein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,867,920 | 1 | . | C | 100.0% | 189.7 / NA | 53 | G278G (GGC→GGG) | nlpD | activator of AmiC murein hydrolase activity, lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/0); new base C (28/25); total (28/25) | |||||||||||
TCAGGTAATCATCATTATGTTTGATGATAATCAGATTACCGTAGCCGCGCAGCGCGTTACCAGCATAAACAACGCGGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTG‑CCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCGGCCAGCGCCAGGTGGAGATAGGCGTACTGGTTGATGTACTGCTGACAGTCGGCTCGGTTGTGCTTGCTGTTGGTACCGTTACAGG > NC_000913/2867784‑2868051 | tCAGGTAATCATCATTATGTTTGATGATAATCAGATTACCGTAGCCGCGCAGCGCGTTACCAGCATAAACAACGCGGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTG‑cc > 2:169632/1‑139 (MQ=255) atcatTATGTTTGATGATAATCAGATTACCGTAGCCGCGCAGCGCGTTACCAGCATAAACAACGCGGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCCCCCCCTCAGa < 2:93298/139‑1 (MQ=255) catTATGTTTGATGATAATCAGATTACCGTAGCCGCGCAGCGCGTTACCAGCATAAACAACGCGGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCCCCCCCTCAGAAg > 1:1101777/1‑139 (MQ=255) ttGATGATAATCAGATTACCGTAGCCGCGCAGCGCGTTACCAGCATAAACAACGCGGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCCCCCCCTCAGAAGCGCCAAAg > 1:936402/1‑139 (MQ=255) ttGATGATAATCAGATTACCGTAGCCGCGCAGCGCGTTACCAGCATAAACAACGCGGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCCCCCCCTCAGAAGCGCCAAAg < 1:136766/139‑1 (MQ=255) gatgatAATCAGATTACCGTAGCCGCGCAGCGCGTTACCAGCATAAACAACGCGGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCCCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGt > 2:1115057/1‑139 (MQ=255) aTCAGATTACCGTAGCCGCGCAGCGCGTTACCAGCATAAACAACGCGGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCCCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATc < 1:1115057/139‑1 (MQ=255) aTCAGATTACCGTAGCCGCGCAGCGCGTTACCAGCATAAACAACGCGGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCCCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATc > 2:45542/1‑139 (MQ=255) tACCGTAGCCGCGCAGCGCGTTACCAGCATAAACAACGCGGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCCCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGc > 1:71142/1‑139 (MQ=255) aCCGTAGCCGCGCAGCGCGTTACCAGCATAAACAACGCGGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCCCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGcc < 2:1101777/139‑1 (MQ=255) tAGCCGCGCAGCGCGTTACCAGCATAAACAACGCGGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCCCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCa > 1:1373533/1‑139 (MQ=255) tAGCCGCGCAGCGCGTTACCAGCATAAACAACGCGGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCCCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCa > 2:213677/1‑139 (MQ=255) ccGCGCAGCGCGTTACCAGCATAAACAACGCGGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCCCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTc > 1:895424/1‑139 (MQ=255) ccGCGCAGCGCGTTACCAGCATAAACAACGCGGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCCCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTc > 2:1417365/1‑139 (MQ=255) ccGCGCAGCGCGTTACCAGCATAAACAACGCGGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCCCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTc > 1:1168199/1‑139 (MQ=255) ccGCGCAGCGCGTTACCAGCATAAACAACGCGGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCCCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTc > 2:1511050/1‑139 (MQ=255) gcAGCGCGTTACCAGCATAAACAACGCGGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCCCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATcgct > 1:1004869/1‑120 (MQ=255) gcAGCGCGTTACCAGCATAAACAACGCGGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCCCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCGCt < 2:596004/123‑1 (MQ=255) gcAGCGCGTTACCAGCATAAACAACGCGGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCCCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCGCt < 2:1004869/123‑1 (MQ=255) gcAGCGCGTTACCAGCATAAACAACGCGGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCCCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCGCt > 1:596004/1‑123 (MQ=255) cAGCGCGTTACCAGCATAAACAACGCGGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCCCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCGGCCa > 1:1390949/1‑139 (MQ=255) cgcgTTACCAGCATAAACAACGCGGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCCCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCGGCCa < 2:69182/136‑1 (MQ=255) cgcgTTACCAGCATAAACAACGCGGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCCCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCGGCCa > 1:69182/1‑136 (MQ=255) cgTTACCAGCATAAACAACGCGGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCCCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCGGCCAGCGcc > 2:385865/1‑139 (MQ=255) tACCAGCATAAACAACGCGGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTTCGATATCAATCCCCTTGTTGCCCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCGGCCAGCGCCAgg < 2:914116/139‑1 (MQ=255) aGCATAAACAACGCGGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCCCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCGGCCAGCGCCAGGTGga < 2:1168199/139‑1 (MQ=255) gCATAAACAACGCGGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCCCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCGGCCAGCGCCAGGTGgag > 2:983695/1‑139 (MQ=255) aaaCAACGCGGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCCCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCGGCCAGCGCCAGGTGGAGATAg < 2:1390949/139‑1 (MQ=255) acGCGGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCCCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCGGCCAGCGCCAGGTGGAGATAGGCGTa < 1:1511050/139‑1 (MQ=255) acGCGGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCCCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCGGCCAGCGCCAGGTGGAGATAGGCGTa < 2:895424/139‑1 (MQ=255) acGCGGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCCCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCGGCCAGCGCCAGGTGGAGATAGGCGTa < 2:1373533/139‑1 (MQ=255) cgcgGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCCCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCGGCCAgcg < 1:1322081/119‑1 (MQ=255) cgcgGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCCCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCGGCCAgcg > 2:1322081/1‑119 (MQ=255) gcgGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTG‑ccc > 1:131633/1‑67 (MQ=255) gcgGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTG‑ccc < 2:131633/67‑1 (MQ=255) gcgGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTG‑c < 1:593061/65‑1 (MQ=255) gcgGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTG‑c > 2:593061/1‑65 (MQ=255) gcgGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCCGCGATATCAATCCCCTTGTGGCCCCCCCTCAGAAGCGCCAGAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCTGCCAGCGCCAGGTGGAGATAGGCGTACt < 1:933150/139‑1 (MQ=255) ggCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCCCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCGGCCAGCGCCAGGTGGAGATAGGCGTACTgg < 1:1417365/139‑1 (MQ=255) gCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCCCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCGGCCAGCGCCAGGTGGAGATAGGCGTACTGGt < 2:71142/139‑1 (MQ=255) ccATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCCCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCGGCCAGCGCCAGGTGGAGATAGGCGTACTGGtt > 2:1301273/1‑139 (MQ=255) tGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCCCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCGGCCAGCGCCAGGTGGAGATAGGCGTACTGGTTGATGt < 1:45542/139‑1 (MQ=255) gTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCCCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGa < 1:207852/80‑1 (MQ=255) gTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCCCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGa > 2:207852/1‑80 (MQ=255) cgATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCCCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCGGCCAGCGCCAGGTGGAGATAGGCGTACTGGTTGATGTACTGCTGa > 2:386750/1‑139 (MQ=255) tCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCCCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCGGcc < 1:243813/84‑1 (MQ=255) tCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCCCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCGGcc > 2:243813/1‑84 (MQ=255) tCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCCCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCGGc < 2:289747/83‑1 (MQ=255) tCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCCCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCGGc > 1:289747/1‑83 (MQ=255) ccTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCCCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCGGCCAGCGCCAGGTGGAGATAGGCGTACTGGTTGATGTACTGCTGACAGTCGGCTCGGtt < 1:386750/139‑1 (MQ=255) gctgcCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCCCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCGGCCAGCGCCAGGTGGAGATAGGCGTACTGGTTGATGTACTGCTGACAGTCGGCTCGGTTGtgct > 1:1056456/1‑139 (MQ=255) gcGATATCAATCCCCTTGTTGCCCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCGGCCAGCGCCAGGTGGAGATAGGCGTACTGGTTGATGTACTGCTGACAGTCGGCt < 1:1483612/122‑1 (MQ=255) gcGATATCAATCCCCTTGTTGCCCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCGGCCAGCGCCAGGTGGAGATAGGCGTACTGGTTGATGTACTGCTGACAGTCGGCt > 2:1483612/1‑122 (MQ=255) ttgataTCCCCTTGTTGCCCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCGGCCAgcg > 2:1250077/6‑71 (MQ=255) ttgataTCCCCTTGTTGCCCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCGGCCAgcg < 1:1250077/66‑1 (MQ=255) cccTTGTTGCCCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCGGCCAGCGCCAGGTGGAGATAGGCGTACTGGTTGATGTACTGCTGACAGTCGGCTCGGTTGTGCTTGCTGTTGGTACCGTTACa < 1:1301273/139‑1 (MQ=255) cTTGTTGCCCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCGGCCAGCGCCAGGTGGAGATAGGCGTACTGGTTGATGTACTGCTGACAGTCGGCTCGGTTGTGCTTGCTGTTGGTACCGTTACAgg > 2:117981/1‑139 (MQ=255) cTTGTTGCCCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCGGCCAGCGCCAGGTGGAGATAGGCGTACTGGTTGATGTACTGCTGACAGTCGGCTCGGTTGTGCTTGCTGTTGGTACCGTTACAgg > 1:295974/1‑139 (MQ=255) tgttgcCCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCGGCCAGCGCCAGGTGGAGATAGGCGTACTGGTTGATGTACTGCTGACAGTCGGCTCGGTTGtgctt > 2:402106/1‑117 (MQ=255) tgttgcCCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCGGCCAGCGCCAGGTGGAGATAGGCGTACTGGTTGATGTACTGCTGACAGTCGGCTCGGTTGtgctt < 1:402106/117‑1 (MQ=255) tgttgcCCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCGGCCAGCGCCAGGTGGAGATAGGCGTACTGGTTGATGTACTGCTGACAGTCGGCTCGGTTGtgc < 2:68307/115‑1 (MQ=255) tgttgcCCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCGGCCAGCGCCAGGTGGAGATAGGCGTACTGGTTGATGTACTGCTGACAGTCGGCTCGGTTGtgc > 1:68307/1‑115 (MQ=255) | TCAGGTAATCATCATTATGTTTGATGATAATCAGATTACCGTAGCCGCGCAGCGCGTTACCAGCATAAACAACGCGGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTG‑CCCCCCTCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCGGCCAGCGCCAGGTGGAGATAGGCGTACTGGTTGATGTACTGCTGACAGTCGGCTCGGTTGTGCTTGCTGTTGGTACCGTTACAGG > NC_000913/2867784‑2868051 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |