Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,857,841 | T→C | S331S (TCA→TCG) | ydjJ ← | putative Zn‑dependent NAD(P)‑binding oxidoreductase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,857,841 | 0 | T | C | 98.6% | 265.7 / NA | 71 | S331S (TCA→TCG) | ydjJ | putative Zn‑dependent NAD(P)‑binding oxidoreductase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (38/32); minor base A (0/1); total (38/33) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.65e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
AATGGGCAATTGCATAATGTTTATTTGTGGCATCGTTTTCCCAATATCTGATATCTGCGAGCATGTTCTGTTCTCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACTGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAGCGG > NC_000913/1857706‑1857961 | aaTGGGCAATTGCATAATGTTTATTTGTGGCATCGTTTTCCCAATATCTGATATCTGCGAGCATGTTCTGTTCTCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTATTAATGTCGCGTTTGTTGTTAACCGAc > 1:1083351/1‑139 (MQ=255) cAATTGCATAATGTTTATTTGTGGCATCGTTTTCCCAATATCTGATATCTGCGAGCATGTTCTGTTCTCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACCGACTCTTCa < 1:602357/139‑1 (MQ=255) ttGCATAATGTTTATTTGTGGCATCGTTTTCCCAATATCTGATATCTGCGAGCATGTTCTGTTCTCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACCGACTCTTCAAAt < 1:323863/139‑1 (MQ=255) gCATAATGTTTATTTGTGGCATCGTTTTCCCAATATCTGATATCTGCGAGCATGTTCTGTTCTCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACCGACTCTTCAAATGc < 1:108936/139‑1 (MQ=255) cATAATGTTTATTTGTGGCATCGTTTTCCCAATATCTGATATCTGCGAGCATGTTCTGTTCTCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACCGACTCTTCAAATGcc < 2:286537/139‑1 (MQ=255) cATAATGTTTATTTGTGGCATCGTTTTCCCAATATCTGATATCTGCGAGCATGTTCTGTTCTCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACCGACTCTTCAAATGcc < 2:200931/139‑1 (MQ=255) tttATTTGTGGCATCGTTTTCCCAATATCTGATATCTGCGAGCATGTTCTGTTCTCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACCGACTCTTCAAATGCCTGTTGTa > 2:796178/1‑139 (MQ=255) aTTTGTGGCATCGTTTTCCCAATATCTGATATCTGCGAGCATGTTCTGTTCTCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACCGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACAt > 1:631895/1‑139 (MQ=255) aTTTGTGGCATCGTTTTCCCAATATCTGATATCTGCGAGCATGTTCTGTTCTCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACCGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACAt > 1:1185706/1‑139 (MQ=255) aTTTGTGGCATCGTTTTCCCAATATCTGATATCTGCGAGCATGTTCTGTTCTCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACCGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACAt > 2:929450/1‑139 (MQ=255) tgGCATCGTTTTCCCAATATCTGATATCTGCGAGCATGTTCTGTTCTCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACCGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGa > 2:394494/1‑139 (MQ=255) tgGCATCGTTTTCCCAATATCTGATATCTGCGAGCATGTTCTGTTCTCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACCGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGa > 2:424426/1‑139 (MQ=255) tgGCATCGTTTTCCCAATATCTGATATCTGCGAGCATGTTCTGTTCTCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACCGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGa > 2:883537/1‑139 (MQ=255) ggCATCGTTTTCCCAATATCTGATATCTGCGAGCATGTTCTGTTCTCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACCGACTCTTCAAATGCCTGTTGTa < 2:548603/130‑1 (MQ=255) ggCATCGTTTTCCCAATATCTGATATCTGCGAGCATGTTCTGTTCTCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACCGACTCTTCAAATGCCTGTTGTa > 1:548603/1‑130 (MQ=255) ggCATCGTTTTCCCAATATCTGATATCTGCGAGCATGTTCTGTTCTCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACCGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGAt < 2:96583/139‑1 (MQ=255) ggCATCGTTTTCCCAATATCTGATATCTGCGAGCATGTTCTGTTCTCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACCGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGAt < 1:1168502/139‑1 (MQ=255) ggCATCGTTTTCCCAATATCTGATATCTGCGAGCATGTTCTGTTCTCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACCGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGAt < 1:796178/139‑1 (MQ=255) ggCATCGTTTTCCCAATATCTGATATCTGCGAGCATGTTCTGTTCTCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACCGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGAt > 1:469651/1‑139 (MQ=255) gTTTTCCCAATATCTGATATCTGCGAGCATGTTCTGTTCTCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACCGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGt > 1:492631/1‑139 (MQ=255) cccAATATCTGATATCTGCGAGCATGTTCTGTTCTCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACCGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAata < 1:394494/139‑1 (MQ=255) cAATATCTGATATCTGCGAGCATGTTCTGTTCTCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACCGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATg < 2:47137/139‑1 (MQ=255) tatctgatatctgCGAGCATGTTCTGTTCTCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACCGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGt > 2:471303/1‑139 (MQ=255) tgatatctgCGAGCATGTTCTGTTCTCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACCGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCAcc < 1:449426/139‑1 (MQ=255) tgatatctgCGAGCATGTTCTGTTCTCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACCGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCAcc < 2:573115/139‑1 (MQ=255) atatctgCGAGCATGTTCTGTTCTCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACCGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCAt > 1:1131722/1‑139 (MQ=255) tgCGAGCATGTTCTGTTCTCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACCGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGAtt > 1:379198/1‑139 (MQ=255) gCGAGCATGTTCTGTTCTCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACCGACTCTTCAAATGCCt < 1:978702/96‑1 (MQ=255) gCGAGCATGTTCTGTTCTCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACCGACTCTTCAAATGCCt > 2:978702/1‑96 (MQ=255) gCGAGCATGTTCTGTTCTCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACCGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGAttt < 1:424426/139‑1 (MQ=255) cGAGCATGTTCTGTTCTCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACCGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATc < 1:741284/114‑1 (MQ=255) cGAGCATGTTCTGTTCTCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACCGACTCTTCAAATGCCTGTGGTACATCCCGATAATc > 2:741284/1‑114 (MQ=255) aGCATGTTCTGTTCTCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACCGACTCTTCAAAt < 1:395/89‑1 (MQ=255) aGCATGTTCTGTTCTCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACCGACTCTTCAAAt > 2:395/1‑89 (MQ=255) gCATGTTCTGTTCTCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACCGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTcaca > 2:983424/1‑139 (MQ=255) ttctgttctCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACCGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGaa < 2:631895/139‑1 (MQ=255) ttctgttctCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACCGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGaa > 2:1180373/1‑139 (MQ=255) ttctCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACCGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGcc < 1:883537/139‑1 (MQ=255) ttctCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACCGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGcc < 1:929450/139‑1 (MQ=255) ttctCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACCGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGcc > 1:216712/1‑139 (MQ=255) taccGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATATCGGCTTTACTACTGTCGCGTTTGTTGTTTATAAGCTCTTCAAATTACTGTTGTACATCCCGATTATCGTAAATAGGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTg < 2:1185706/137‑1 (MQ=255) ccGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACCGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTgaa > 2:434407/1‑139 (MQ=255) tATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACCGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGa < 1:426063/88‑1 (MQ=255) tATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACCGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGa > 2:426063/1‑88 (MQ=255) tCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACCGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGAtt > 1:428802/1‑106 (MQ=255) tCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACCGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGAtt < 2:428802/106‑1 (MQ=255) tCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACCGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGaa < 1:967112/116‑1 (MQ=255) tCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACCGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGaa > 2:967112/1‑116 (MQ=255) tCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACCGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGccc < 2:823678/122‑1 (MQ=255) tCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACCGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGccc > 1:823678/1‑122 (MQ=255) aTTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACCGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGa > 1:311588/1‑139 (MQ=255) taaCGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACCGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATa < 1:733666/139‑1 (MQ=255) cGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACCGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACg > 2:1006406/1‑139 (MQ=255) gCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACCGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGa > 1:89849/1‑139 (MQ=255) ccTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACCGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGAt > 2:1108309/1‑139 (MQ=255) ccTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACCGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGAt > 1:383913/1‑139 (MQ=255) ccTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACCGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGAt > 1:507274/1‑139 (MQ=255) ttAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACCGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTgg < 2:507274/139‑1 (MQ=255) taatGTCGCGTTTGTTGTTAACCGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATa < 2:1083351/139‑1 (MQ=255) aatGTCGCGTTTGTTGTTAACCGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAg < 1:1108309/139‑1 (MQ=255) atGTCGCGTTTGTTGTTAACCGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAGc < 2:383913/139‑1 (MQ=255) tGTCGCGTTTGTTGTTAACCGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTGAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAGCg > 2:871154/1‑139 (MQ=255) tGTCGCGTTTGTTGTTAACCGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAGCg > 2:631506/1‑139 (MQ=255) gTCGCGTTTGTTGTTAACCGACTCTTCAAATGCCt < 1:1017728/35‑1 (MQ=255) gTCGCGTTTGTTGTTAACCGACTCTTCAAATGCCt > 2:1017728/1‑35 (MQ=255) gTCGCGTTTGTTGTTAACCGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATc > 2:1196984/1‑45 (MQ=255) gTCGCGTTTGTTGTTAACCGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATc < 1:1196984/45‑1 (MQ=255) gTCGCGTTTGTTGTTAACCGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAGCgg > 1:102101/1‑139 (MQ=255) gTCGCGTTTGTTGTTAACCGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAGCgg > 1:212626/1‑139 (MQ=255) tCGCGTTTGTTGTTAACCGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCAt < 1:336898/71‑1 (MQ=255) tCGCGTTTGTTGTTAACCGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCAt > 2:336898/1‑71 (MQ=255) | AATGGGCAATTGCATAATGTTTATTTGTGGCATCGTTTTCCCAATATCTGATATCTGCGAGCATGTTCTGTTCTCCCGTATTAATTAATCGCTAATTTTAATAACGCCTTTAATAATGTCGCGTTTGTTGTTAACTGACTCTTCAAATGCCTGTTGTACATCCCGATAATCGTAAATATGCGTCACCATCGATTTCACATCGAATCGCCCTGAAGAAATAGCTTCAATCGTGACCGGATAACGATTGGCATAGCGG > NC_000913/1857706‑1857961 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |