| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,361,052 | (A)6→7 | intergenic (‑144/‑68) | puuA ← / → puuD | glutamate‑‑putrescine ligase/gamma‑glutamyl‑gamma‑aminobutyrate hydrolase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,361,046 | 1 | . | A | 86.5% | 228.3 / 24.2 | 74 | intergenic (‑138/‑74) | puuA/puuD | glutamate‑‑putrescine ligase/gamma‑glutamyl‑gamma‑aminobutyrate hydrolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (3/7); new base A (28/36); total (31/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.05e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.35e-01 | |||||||||||
CGCCTTTGGTTTGTTTTCCGCTCGTTATCAAAGCGTAAAATATAATGACCACCATTCGAATCTGTATGCAAACTAAATGTTTGTCAAATGTTAAATTGAGTTTGCAAAAATGAAAACCCACTGCTAGATTG‑AAAAAATATTGAACATAAAGGTCATTTAAAGCGCAGTAATGGCGATAATTTAGTCCACTTTGTGAGATTGAGCATGGAAAATATAATGAACAATCCGGTTATCGGTGTCGTAATGTGCAGGAACA > NC_000913/1360916‑1361171 | cGCCTTTGGTTTGTTTTCCGCTCGTTATCAAAGCGTAAAATATAATGACCACCATTCGAATCTGTATGCAAACTAACTGTTTGTCAAATGTTAAATTGAGTTTGCAAAAATGAAAACCCACTGCTAGATTG‑aaaaaaat > 1:1179900/1‑137 (MQ=255) gCCTTTGGTTTGTTTTCCGCTCGTTATCAAAGCGTAAAATATAATGACCACCATTCGAATCTGTATGCAAACTAAATGTTTGTCAAATGTTAAATTGAGTTTGCAAAAATGAAAACCCACTGCTAGATTG‑aaaaaaata < 1:879104/139‑4 (MQ=255) ttGGTTTGTTTTCCGCTCGTTATCAAAGCGTAAAATATAATGACCACCATTCGAATCTGTATGCAAACTAAATGTTTGTCAAATGTTAAATTGAGTTTGCAAAAATGAAAACCCACTGCTAGATTGAAAAAAATATTGa > 2:346428/1‑139 (MQ=255) tGGTTTGTTTTCCGCTCGTTATCAAAGCGTAAAATATAATGACCACCATTCGAATCTGTATGCAAACTAAATGTTTGTCAAATGTTAAATTGAGTTTGCAAAAATGAAAACCCACTGCTAGATTGAAAAAAATATTGaa > 1:1346623/1‑139 (MQ=255) tgtttTCCGCTCGTTATCAAAGCGTAAAATATAATGACCACCATTCGAATCTGTATGCAAACTAAATGTTTGTCAAATGTTAAATTGAGTTTGCAAAAATGAAAACCCACTGCTAGATTGAAAAAAATATTGAACATaa < 1:1121355/139‑1 (MQ=255) gtttTCCGCTCGTTATCAAAGCGTAAAATATAATGACCACCATTCGAATCTGTATGCAAACTAAATGTTTGTCAAATGTTAAATTGAGTTTGCAAAAATGAAAACCCACTGCTAGATTG‑AAAAAATATTGAACATAAAg < 1:861718/139‑1 (MQ=255) ttttCCGCTCGTTATCAAAGCGTAAAATATAATGACCACCATTCGAATCTGTATGCAAACTAAATGTTTGTCAAATGTTAAATTGAGTTTGCAAAAATGAAAACCCACTGCTAGATTGAAAAAAATATTGAACATAAAg < 1:315801/139‑1 (MQ=255) ttttCCGCTCGTTATCAAAGCGTAAAATATAATGACCACCATTCGAATCTGTATGCAAACTAAATGTTTGTCAAATGTTAAATTGAGTTTGCAAAAATGAAAACCCACTGCTAGATTGAAAAAAATATTGAACATAAAg < 1:1492933/139‑1 (MQ=255) gCTCGTTGTCAAAGCATAAAATATGATGACCACCATTCGATTCTGTATGCAAACTAAATGTTTGTCAAATGTTAAATTGAGTTTGCAAAAATGAAAACCCACTGCTAGATTG‑AAAAAATATTGAACATAAAGGTCAttt > 2:1006784/1‑139 (MQ=255) ttATCAAAGCGTAAAATATAATGACCACCATTCGAATCTGTATGCAAACTAAATGTTTGTCAAATGTTAAATTGAGTTTGCAAAAATGAAAACCCACTGCTAGATTGAAAAAAATATTGAACATAAAGGTCATTTAAAg < 1:1333460/139‑1 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ccACTGCTAGATTGAAAAAAATATTGAACATAAAGGTCATTTAAAGCGCAGTAATGGCGATAATTTAGTCCACTTTGTGAGATTGAGCATGGAAAATATAATGAACAATCCGGTTATCGGTGTCGTAATGTGCAGGAAc < 2:1062977/139‑1 (MQ=255) ccACTGCTAGATTGAAAAAAATATTGAACATAAAGGTCATTTAAAGCGCAGTAATGGCGATAATTTAGTCCACTTTGTGAGATTGAGCATGGAAAATATAATGAACAATCCGGTTATCGGTGTCGTAATGTGCAGGAAc < 1:346428/139‑1 (MQ=255) cACTGCTAGATTGAAAAAAATATTGAACATAAAGGTCATTTAAAGCGCAGTAATGGCGATAATTTAGTCCACTTTGTGAGATTGAGCATGGAAAATATAATGAACAATCCGGTTATCGGTGTCGTAATGTGCAGGAACa < 1:242284/139‑1 (MQ=255) cTGCTAGATTGAAAAAAATATTGAACATAAAGGTCATTTAAAGCGCAGTAATGGCGATAATTTAGTCCACTTTGTGAGATTGAGCAt < 2:1636718/87‑1 (MQ=255) cTGCTAGATTGAAAAAAATATTGAACATAAAGGTCATTTAAAGCGCAGTAATGGCGATAATTTAGTCCACTTTGTGAGATTGAGCAt > 1:1636718/1‑87 (MQ=255) | CGCCTTTGGTTTGTTTTCCGCTCGTTATCAAAGCGTAAAATATAATGACCACCATTCGAATCTGTATGCAAACTAAATGTTTGTCAAATGTTAAATTGAGTTTGCAAAAATGAAAACCCACTGCTAGATTG‑AAAAAATATTGAACATAAAGGTCATTTAAAGCGCAGTAATGGCGATAATTTAGTCCACTTTGTGAGATTGAGCATGGAAAATATAATGAACAATCCGGTTATCGGTGTCGTAATGTGCAGGAACA > NC_000913/1360916‑1361171 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |