| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 575785 | NA (NA) | 69 (0.970) | 45/218 | 0.3 | 88.5% | noncoding (1/1195 nt) | IS5 | repeat region |
| ? | NC_000913 | 607382 = | 9 (0.130) | coding (2/1119 nt) | ybdK | weak gamma‑glutamyl:cysteine ligase | |||||
TGATCTTATTTTTAACCGCGTCAATCAGCATTGAAGAGTCCTGGCTTAAGTCATAGCCCGGCGGATTAACCACCTGCATTTCCAGTTCAATACCGAGGGTAAAAGGTTCAGAAACATGAAAATCGGGTAATGGCATAGGTTTCTCTTATGTTGGCGTTTTCTATTCAGTATAGAAGTCGGAGCGGCTGGGCGAGATGCGGAAGTTCTGGAATGTTTCTTTTTTTTGGTGATGGTGAACTGATGGTGCCTGAAGCAATTTGGCTACTTTTGCA > NC_000913/607248‑607519 | ctcttttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccATAgg < 2:618578‑M2/5‑1 (MQ=255) tcttttctggtctgacggcgcttactgctgaattaactgccggagaaggtaagttgatgactaatgctgaacccagttctatggctccagaagacaaacttgatatcatatcagggacttgttcgcaccttccATAGGt < 1:435642‑M2/6‑1 (MQ=255) tctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccATAGGTTTCTCTTATg < 1:1623937‑M2/16‑1 (MQ=255) gacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccATAGGTTTCTCTTATGTTg < 1:669484‑M2/19‑1 (MQ=255) cggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccATAGGTTTCTCTTATGTTGGc < 2:1623715‑M2/21‑1 (MQ=255) cgcgTCAATCAGCATTGAAGAGTCCTGGCTTAAGTCATAGCCCGGCGGATTAACCACCTGCATTTCCAGTTCAATACCGAGGGTAAAAGGTTCAGAAACATGAAAATCGGGTAATGGCATAGGTTTCTCTTATGTTGGc < 1:1609480/139‑1 (MQ=255) cgTCAATCAGCATTGAAGAGTCCTGGCTTAAGTCATAGCCCGGCGGATTAACCACCTGCATTTCCAGTTCAATACCGAGGGTAAAAGGTTCAGAAACATGAAAATCGGGTAATGGCATAGGTTTCTCTTATGTTGGCGt > 2:1642687/1‑139 (MQ=255) cgTCAATCAGCATTGAAGAGTCCTGGCTTAAGTCATAGCCCGGCGGATTAACCACCTGCATTTCCAGTTCAATACCGAGGGTAAAAGGTTCAGAAACATGAAAATCGGGTAATGGCATAGGTTTCTCTTATGTTGGCGt < 1:1642687/139‑1 (MQ=255) actgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccATAGGTTTCTCTTATGTTGGCGTTTTCTa < 2:1020242‑M2/29‑1 (MQ=255) tgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccATAGGTTTCTCTTATGTTGGCGTTTTCTAtt < 2:22098‑M2/31‑1 (MQ=255) tgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccATAGGTTTCTCTTATGTTGGCGTTTTCTAtt < 2:1059163‑M2/31‑1 (MQ=255) tgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccATAGGTTTCTCTTATGTTGGCGTTTTCTAtt < 1:144715‑M2/31‑1 (MQ=255) tgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccATAGGTTTCTCTTATGTTGGCGTTTTCTAtt < 2:1507980‑M2/31‑1 (MQ=255) ttcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccATAGGTTTCTCTTATGTTGGCGTTTTCTATTCAGtata > 2:655905‑M2/102‑139 (MQ=255) gcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccATAGGTTTCTCTTATGTTGGCGTTTTCTATTCAGTATAGAAGTCGGAg > 2:408146‑M2/92‑139 (MQ=255) aGTCATAGCCCGGCGGATTAACCACCTGCATTTCCAGTTCAATACCGAGGGTAAAAGGTTCAGAAACATGAAAATCGGGTAATGGCATAGGTTTCTCTTATGTTGGCGTTTTCTATTCAGTATAGAAGTCGGAGCGGCt > 1:1517725/1‑139 (MQ=255) atgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccATAGGTTTCTCTTATGTTGGCGTTTTCTATTCAGTATAGAAGTCGGAGCGGCTGGGCGAGAt > 2:1040311‑M2/78‑139 (MQ=255) gactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccATAGGTTTCTCTTATGTTGGCGTTTTCTATTCAGTATAGAAGTCGGAGCGGCTGGGCGAGATGc > 1:508948‑M2/76‑139 (MQ=255) tcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccATAGGTTTCTCTTATGTTGGCGTTTTCTATTCa > 2:331173‑M2/73‑105 (MQ=255) tcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccATAGGTTTCTCTTATGTTGGCGTTTTCTATTCa < 1:331173‑M2/33‑1 (MQ=255) atgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccATAGGTTTCTCTTATGTTGGCGTTTTCTAtt > 1:911276‑M2/71‑101 (MQ=255) atgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccATAGGTTTCTCTTATGTTGGCGTTTTCTAtt < 2:911276‑M2/31‑1 (MQ=255) ccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccATAGGTTTCTCTTATGTTGGCGTTTTCTATTCAGTATAGAAGTCGGAGCGGCTGGGCg > 1:1284512‑M2/63‑120 (MQ=255) ccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccATAGGTTTCTCTTATGTTGGCGTTTTCTATTCAGTATAGAAGTCGGAGCGGCTGGGCg < 2:1284512‑M2/58‑1 (MQ=255) ctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccAt < 2:9529‑M2/2‑1 (MQ=255) ctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccAt > 1:9529‑M2/61‑62 (MQ=255) ctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccATAGGt > 2:1531688‑M2/61‑66 (MQ=255) ctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccATAGGt < 1:1531688‑M2/6‑1 (MQ=255) ttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccATAGGTTTCTCTTATGTTGGCGTTTTCTATTCAGTATAGAAGTCGGAGCGGCTGGGCg > 2:1301986‑M2/58‑115 (MQ=255) ttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccATAGGTTTCTCTTATGTTGGCGTTTTCTATTCAGTATAGAAGTCGGAGCGGCTGGGCg < 1:1301986‑M2/58‑1 (MQ=255) ttctatagctccagattacaaacaagttctcatatcagggacttgttcgcacctaccATAGGTTTCTCATCTGTTGGCGTTTTCTATTCAGTATATAAGTCGGAGCGGCTGGGCGAGATGCGGAAGTTCTGGAATGttt < 1:332555‑M2/82‑1 (MQ=255) tggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccATAGGTTTCTCTTATGTTGGc > 2:938475‑M2/53‑73 (MQ=255) tggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccATAGGTTTCTCTTATGTTGGc < 1:938475‑M2/21‑1 (MQ=255) ggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccATAGGTTTCTCTTATGTTGGCGTTTTCTATTCAGTATAGAAGTCGGAGCGGCTGGGCGAGATGCGGAAGTTCTGGAATGTTTCttttt < 2:508948‑M2/88‑1 (MQ=255) ctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccATAGGTTTCTCTTATGTTGGCGTTTTCTATTCAGTATAGAAGTCGGAGCGGCTGGGCGAGATGCGGAAGTTCTGGCATGTTTCttttttt > 2:118523‑M2/50‑139 (MQ=255) ctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccATAGGTTTCTCTTATGTTGGCGTTTTCTATTCAGTATAGAAGTCGGAGCGGCTGGGCGAGATGCGGAAGTTCTGGAATGTTTCttttttt > 1:922299‑M2/50‑139 (MQ=255) ccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccATAGGTTTCTCTTATGTTGGCGTTTTCTATTCAGTATAGAAGTCGGAGCGGCTGGGCGAGATGCGGAAGTTCTGGAATGTTTCTTTTTTTtg > 1:1286493‑M2/48‑139 (MQ=255) tACCGAGGGTAAAAGGTTCAGAAACATGAAAATCGGGTAATGGCATAGGTTTCTCTTATGTTGGCGTTTTCTATTCAGTATAGAAGTCGGAGCGGCTGGGCGAGATGCGGAAGTTCTGGAATGTTTCTTTTTTTtggtg < 2:1517725/139‑1 (MQ=255) ggataacaaacatttcctcttttcagggactggttgcaccttccATAGGTTTCTCTTATGTTGGCGTTTTCTATTCAGTATAGAAGTCGGAGCGGCTGGGCGAGATGCGGAAGTTCTGGAATGTTTCTTTTTTTtggtg < 1:902175‑M2/95‑1 (MQ=255) gAGGGTAAAAGGGTCAGAAACACGTAAATCTGGTAATGGCATAGGTTTCTCTTATGTTTGCGTTTTCTATTCAGTATAGAAGTCGGAGCGGCTGTGCGAGATGCGGAAGTTCTGGAATGTTTCTTTTTTTtggtgatgg < 1:776828/139‑1 (MQ=255) caaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccATAGGTTTCTCTTATGTTGGCGTTTTCt < 2:331595‑M2/28‑1 (MQ=255) caaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccATAGGTTTCTCTTATGTTGGCGTTTTCt > 1:331595‑M2/40‑67 (MQ=255) caaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccATAGGTTTCTCTTATGTTGGCGTTTTCTATTCAGTATAGAAGTCGGAGCGGCTGGGCGAGATGCGGAAGTTCTGGAATGTTTCTTTTTTTtggtgatggt > 2:555432‑M2/40‑139 (MQ=255) caaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccATAGGTTTCTCTTATGTTGGCGTTTTCTATTCAGTATAGAAGTCGGAGCGGCTGGGCGAGATGCGGAAGTTCTGGAATGTTTCTTTTTTTtggtgatggt > 1:135647‑M2/40‑139 (MQ=255) acatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccATAGGTTTCTCTTATGTTGGCGTTTTCTATTCAGTATAGAAGTCGGAGCGGCTGGGCGAGATGCGGAAGTTCTGGAATGTTTCTTTTTTTTGGTGATGGTGaa < 2:1286493‑M2/103‑1 (MQ=255) tgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccATAGGTTTCTCTTATGTTGGCGTTTTCTATTCAGTATAGAAGTCGGAGCGGCTGGGCGAGATGCGGAAGTTCTGGAATGTTTCTTTTTTTTGGTGATGGTGAACTg > 2:1066708‑M2/34‑139 (MQ=255) tCAGAAACATGAAAATCGGGTAATGGCATAGGTTTCTCTTATGTTGGCGTTTTCTATTCAGTATAGAAGTCGGAGCGGCTGGGCGAGATGCGGAAGTTCTGGAATGTTTCTTTTTTTtggtgatg < 2:507169/125‑1 (MQ=255) tCAGAAACATGAAAATCGGGTAATGGCATAGGTTTCTCTTATGTTGGCGTTTTCTATTCAGTATAGAAGTCGGAGCGGCTGGGCGAGATGCGGAAGTTCTGGAATGTTTCTTTTTTTtggtgatg > 1:507169/1‑125 (MQ=255) atatcagggacttgttcgcaccttccATAGGTTTCTCTTATGTTGGCGTTTTCTATTCAGTATAGAAGTCGGAGCgg > 1:312308‑M2/27‑77 (MQ=255) atatcagggacttgttcgcaccttccATAGGTTTCTCTTATGTTGGCGTTTTCTATTCAGTATAGAAGTCGGAGCgg < 2:312308‑M2/51‑1 (MQ=255) atcagggacttgttcgcaccttccATAGGTTTCTCTTATGTTGGCGTTTTCTATTCAGTATAGAAGTCGGAGCGGCTGGGCgaga > 1:767929‑M2/25‑85 (MQ=255) atcagggacttgttcgcaccttccATAGGTTTCTCTTATGTTGGCGTTTTCTATTCAGTATAGAAGTCGGAGCGGCTGGGCgaga < 2:767929‑M2/61‑1 (MQ=255) atcagggacttgttcgcaccttccATAGGTTTCTCTTATGTTGGCGTTTTCTATTCAGTATAGAAGTCGGAGCGGCTGGGCGAGATGCGGAAGTTCTGGAATGTTTCTTTTTTTTGGTGATGGTGAACTGATg < 2:666749‑M2/109‑1 (MQ=255) atcagggacttgttcgcaccttccATAGGTTTCTCTTATGTTGGCGTTTTCTATTCAGTATAGAAGTCGGAGCGGCTGGGCGAGATGCGGAAGTTCTGGAATGTTTCTTTTTTTTGGTGATGGTGAACTGATg > 1:666749‑M2/25‑133 (MQ=255) atcagggacttgttcgcaccttccATAGGTTTCTCTTATGTTGGCGTTTTCTATTCAGTATAGAAGTCGGAGCGGCTGGGCGAGATGCGGAAGTTCTGGAATGTTTCTTTTTTTTGGTGATGGTGAACTGATGGTGCCt > 1:1469030‑M2/25‑139 (MQ=255) gggacttgttcgcaccttccATAGGTTTCTCTTATGTTGGCGTTTTCTATTCAGTATAGAAGTCGGAGCGGCTGGGCGAGATGCGGAAGTTCTGGAATGTTTCTTTTTTTtggtg > 2:634438‑M2/21‑115 (MQ=255) gggacttgttcgcaccttccATAGGTTTCTCTTATGTTGGCGTTTTCTATTCAGTATAGAAGTCGGAGCGGCTGGGCGAGATGCGGAAGTTCTGGAATGTTTCTTTTTTTtggtg < 1:634438‑M2/95‑1 (MQ=255) gggacttgttcgcaccttccATAGGTTTCTCTTATGTTGGCGTTTTCTATTCAGTATAGAAGTCGGAGCGGCTGGGCGAGATGCGGAAGTTCTGGAATGTTTCTTTTTTTTGGTGATGGTGAACTGATGGTGCCTGAAg > 2:1342540‑M2/21‑139 (MQ=255) gggacttgttcgcaccttccATAGGTTTCTCTTATGTTGGCGTTTTCTATTCAGTATAGAAGTCGGAGCGGCTGGGCGAGATGCGGAAGTTCTGGAATGTTTCTTTTTTTTGGTGATGGTGAACTGATGGTGCCTGAAg > 2:94877‑M2/21‑139 (MQ=255) ggacttgttcgcaccttccATAGGTTTCTCTTATg > 1:1262996‑M2/20‑35 (MQ=255) ggacttgttcgcaccttccATAGGTTTCTCTTATg < 2:1262996‑M2/16‑1 (MQ=255) ggacttgttcgcaccttccATAGGTTTCTCTTATGTTGGc > 1:1459715‑M2/20‑40 (MQ=255) ggacttgttcgcaccttccATAGGTTTCTCTTATGTTGGc < 2:1459715‑M2/21‑1 (MQ=255) ggacttgttcgcaccttccATAGGTTTCTCTTATGTTGGCGtttt > 1:733653‑M2/20‑45 (MQ=255) ggacttgttcgcaccttccATAGGTTTCTCTTATGTTGGCGtttt < 2:733653‑M2/26‑1 (MQ=255) cttgttcgcaccttccATAGGTTTCTCTTATGTTGGCGTTTTCTATTCAGTATAGAAGTCGGAGCGGCTGGGCGAGATGCGGAAGTTCTGGAATGTTTCTTTTTTTTGGTGATGGTGAACTGATGGTGCCTGAAGCAAt < 2:1469030‑M2/123‑1 (MQ=255) cttgttcgcaccttccATAGGTTTCTCTTATGTTGGCGTTTTCTATTCAGTATAGAAGTCGGAGCGGCTGGGCGAGATGCGGAAGTTCTGGAATGTTTCTTTTTTTTGGTGATGGTGAACTGATGGTGCCTGAAGCAAt > 2:662616‑M2/17‑139 (MQ=255) tgttcgcaccttccATAGGTTTCTCTTATGTTGGCGTTTTCTATTCAGTATAGAAGTCGGAGCGGCTGGGCGAGATGCGGAAGTTCTGGAATGTTTCTTTTTTTTGGTGATGGTGAACTGATGGTGCCTGAAGCAAttt > 1:1506284‑M2/15‑139 (MQ=255) tgttcgcaccttccATAGGTTTCTCTTATGTTGGCGTTTTCTATTCAGTATAGAAGTCGGAGCGGCTGGGCGAGATGCGGAAGTTCTGGAATGTTTCTTTTTTTTGGTGATGGTGAACTGATGGTGCCTGAAGCAAttt > 2:1644104‑M2/15‑139 (MQ=255) gttcgcaccttccATAGGTTTCTCTTATGTTGGCGTTTTCTATTCAGTATAGAAGTCGGAGCGGCTGGGCGAGATGCGGAAGTTCTGGAATGTTTCTTTTTTTtgg > 1:895218‑M2/14‑106 (MQ=255) gttcgcaccttccATAGGTTTCTCTTATGTTGGCGTTTTCTATTCAGTATAGAAGTCGGAGCGGCTGGGCGAGATGCGGAAGTTCTGGAATGTTTCTTTTTTTtgg < 2:895218‑M2/93‑1 (MQ=255) ttcgcaccttccATAGGTTTCTCTTATGTTGGCGTTTTCTATTCAGTATAGAAGTCGGAGCGGCTGGGCGAGATGCGGAAGTTCTGGAATGTTTCTTTTTTTTGGTGATGGTGAACTGATGGTGCCTGAAGCAATTTgg > 2:1107327‑M2/13‑139 (MQ=255) ggTAATGGCATAGGTTTCTCTTATGTTGGCGTTTTCTATTCAGTATAGAAGTCGGAGCGGCTGGGCGAGATGCGGAAGTTCTGGAATGTTTCTTTTTTTTGGTGATGGTGAACTGATGGTGCCTGAAGCAATTTGGCTa > 1:789228/1‑139 (MQ=255) cttccATAGGTTTCTCTTATGTTGGCGTTTTCTATTCAGTATAGAAGTCGGAGCGGCTGGGCGAGATGCGGAAGTTCTGGAATGTTTCTTTTTTTTGGTGATGGTGAACTGATGGTGCCTGAAGCAATTTGGCTACttt > 1:1510234‑M2/6‑139 (MQ=255) cttccATAGGTTTCTCTTATGTTGGCGTTTTCTATTCAGTATAGAAGTCGGAGCGGCTGGGCGAGATGCGGAAGTTCTGGAATGTTTCTTTTTTTTGGTGATGGTGAACTGATGGTGCCTGAAGCAATTTGGCTACttt > 1:1261661‑M2/6‑139 (MQ=255) tccATAGGTTTCTCTTATGTTGGCGTTTTCTATTCAGTATAGAAGTCGGAGCGGCTGGGCGAGATGCGGAAGTTCTGGAATGTTTCTTTTTTTTGGTGATGGTGAACTGATGGTGCCTGAAGCAATTTGGCTACTTTTg > 2:462243‑M2/4‑139 (MQ=255) ccATAGGTTTCTCTTATGTTGGCGTTTTCTATTCAGTATAGAAGTCGGAGCGGCTGGGCGAGATGCGGAAGTTCTGGAATGTTTCTTTTTTTTGGTGATGGTGaa < 1:999638‑M2/103‑1 (MQ=255) ccATAGGTTTCTCTTATGTTGGCGTTTTCTATTCAGTATAGAAGTCGGAGCGGCTGGGCGAGATGCGGAAGTTCTGGAATGTTTCTTTTTTTTGGTGATGGTGaa > 2:999638‑M2/3‑105 (MQ=255) cATAGGTTTCTCTTATGTTGGCGTTTTCTATTCAGTATAGAAGTCGGAGCGGCTGGGCGAGATGCGGAAGTTCTGGAATGTTTCTTTTTTTTGGTGATGGTGAACTGATGGTGCCTGAAGCAATTTGGCTACTTTTGCa < 2:1261661‑M2/138‑1 (MQ=255) | TGATCTTATTTTTAACCGCGTCAATCAGCATTGAAGAGTCCTGGCTTAAGTCATAGCCCGGCGGATTAACCACCTGCATTTCCAGTTCAATACCGAGGGTAAAAGGTTCAGAAACATGAAAATCGGGTAATGGCATAGGTTTCTCTTATGTTGGCGTTTTCTATTCAGTATAGAAGTCGGAGCGGCTGGGCGAGATGCGGAAGTTCTGGAATGTTTCTTTTTTTTGGTGATGGTGAACTGATGGTGCCTGAAGCAATTTGGCTACTTTTGCA > NC_000913/607248‑607519 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |