| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,284,097 | T→C | intergenic (‑150/‑32) | yejK ← / → yejL | spermidine nucleoid‑associated protein/UPF0352 family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,284,097 | 0 | T | C | 93.8% | 157.3 / ‑0.4 | 48 | intergenic (‑150/‑32) | yejK/yejL | spermidine nucleoid‑associated protein/UPF0352 family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/2); new base C (22/23); total (23/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.89e-01 | |||||||||||
TTAAGACCGGGCGGTATTCAACCACCGCCGGTTAAGCGACGCAATAAAAGATGGCGGTCATTTTACAGAAGGCAGCGTAACGAGAATGATTTAACGCATAAAAAAGCAGAAAAAAAACCGTTGCTACGGTAATATGTTGCCCTTTCATCAACTAACTGATTTCGATTTATGCCACAAATTTCCCGCTACAGTGATGAACAGGTTGAACAATTGCTCGCAGAGCTGCTCAACGTACTGGAAAAACATAAGGCTCCGACCGACCTTTCCCTGA > NC_000913/2283961‑2284231 | ttAAGACCGGGCGGTATTCAACCACCGCCGGTTAAGCGACGCAATAAAAGATGGCGGTCATTTTACAGAAGGCAGCGTAACGAGAATGATTTAACGCATAAAAAAGCAGAAAAAAAACCGTTGCTACGGTAATATGCTg > 2:497277/1‑139 (MQ=255) aaGACCGGGCGGTATTCAACCACCGCCGGTTAAGCGACGCAATAAAAGATGGCGGTCATTTTACAGAAGGCAGCGTAACGAGAATGATTTAACGCATAAAAAAGCAGAAAAAAAACCGTTGCTACGGTAATATGCTGcc < 1:1395845/139‑1 (MQ=255) gggCGGTATTCAACCACCGCCGGTTAAGCGACGCAATAAAAGATGGCGGTCATTTTACAGAAGGCAGCGTAACGAGAATGATTTAACGCATAAAAAAGCAGAAAAAAAACCGTTGCTACGGTAATATGTTGCCCTTtca > 2:286610/1‑139 (MQ=255) gggCGGTATTCAACCACCGCCGGTTAAGCGACGCAATAAAAGATGGCGGTCATTTTACAGAAGGCAGCGTAACGAGAATGATTTAACGCATAAAAAAGCAGAAAAAAAACCGTTGCTACGGTAATATGCTGcc > 2:239485/1‑133 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |