Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 2,143,783 | T→C | L173P (CTG→CCG) | yegE → | putative diguanylate cyclase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,143,783 | 0 | T | C | 100.0% | 256.6 / NA | 68 | L173P (CTG→CCG) | yegE | putative diguanylate cyclase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (31/37); total (31/37) |
ACTCGGCAGCGCCATTGTTCCGCCTCTGTTGGGGGGTGTTCTGGTTGTCCTGCTGACGCCCGGAGACGATCCTCTCAGGGCATTTTTGATATGGGTACTGTCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCTGGGATTGTTATTTAAACCACACTATCTGCTGCGCCATCGCAACCCACGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACACTGACGTTAAGCTGGCTTTCGATGCTGTATCTGCCGTGGCCTTTTACTTT > NC_000913/2143649‑2143918 | aCTCGGCAGCGCCATTGTTCCGCCTCTGTTGGGGGGTGTTCTGGTTGTCCTGCTGACGCCCGGAGACGATCCTCTCAGGGCATTTTTGATATGGGTACTGTCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCCGGGa < 2:891271/139‑1 (MQ=255) tCGGCAGCGCCATTGTTCCGCCTCTGTTGGGGGGTGTTCTGGTTGTCCTGCTGACGCCCGGAGACGATCCTCTCAGGGCATTTTTGATATGGGTACTGTCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCCGGGAtt < 1:434582/139‑1 (MQ=255) cGGCAGCGCCATTGTTCCGCCTCTGTTGGGGGGTGTTCTGGTTGTCCTGCTGACGCCCGGAGACGATCCTCTCAGGGCATTTTTGATATGGGTACTGTCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCCGGGATTg < 1:1085503/139‑1 (MQ=255) cGGCAGCGCCATTGTTCCGCCTCTGTTGGGGGGTGTTCTGGTTGTCCTGCTGACGCCCGGAGACGATCCTCTCAGGGCATTTTTGATATGGGTACTGTCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCCGGGATTg < 2:600914/139‑1 (MQ=255) aGCGCCATTGTTCCGCCTCTGTTGGGGGGTGTTCTGGTTGTCCTGCTGACGCCCGGAGACGATCCTCTCAGGGCATTTTTGATATGGGTACTGTCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCCGGGATTGTTAt < 2:472589/139‑1 (MQ=255) ctGTTGGGGGGTGTTCTGGTTGTCCTGCTGACGCCCGGAGACGATCCTCTCAGGGCATTTTTGATATGGGTACTGTCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCCGGGATTGTTATTTAAACCACACTATctgc > 1:588385/1‑139 (MQ=255) ctGTTGGGGGGTGTTCTGGTTGTCCTGCTGACGCCCGGAGACGATCCTCTCAGGGCATTTTTGATATGGGTACTGTCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCCGGGATTGTTATTTAAACCACACTATctgc < 1:895037/139‑1 (MQ=255) tgtTCTGGTTGTCCTGCTGACGCCCGGAGACGATCCTCTCAGGGCATTTTTGATATGGGTACTGTCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCCGGGATTGTTATTTAAACCACACTATCTGCTgcgc < 2:424748/133‑1 (MQ=255) tgtTCTGGTTGTCCTGCTGACGCCCGGAGACGATCCTCTCAGGGCATTTTTGATATGGGTACTGTCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCCGGGATTGTTATTTAAACCACACTATCTGCTgcgc > 1:424748/1‑133 (MQ=255) gtTCTGGTTGTCCTGCTGACGCCCGGAGACGATCCTCTCAGGGCATTTTTGATATGGGTACTGTCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCCGGGATTGTTATTTAAACCACACTATCTGCTGCGCCATCGCa < 2:325750/139‑1 (MQ=255) ttCTGGTTGTCCTGCTGACGCCCGGAGACGATCCTCTCAGGGCATTTTTGATATGGGTACTGTCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCCGGGATTGTTATTTAAACCACACTATCTGCTGCGCCATCGCaa > 1:805608/1‑139 (MQ=255) ttCTGGTTGTCCTGCTGACGCCCGGAGACGATCCTCTCAGGGCATTTTTGATATGGGTACTGTCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCCGGGATTGTTATTTAAACCACACTATCTGCTGCGCCATCGCaa > 2:507044/1‑139 (MQ=255) tGGTTGTCCTGCTGACGCCCGGAGACGATCCTCTCAGGGCATTTTTGATATGGGTACTGTCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCCgg > 2:788026/1‑96 (MQ=255) gTTGTCCTGCTGACGCCCGGAGACGATCCTCTCAGGGCATTTTTGATATGGTTACTGTCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCCGGGATTGTTATTTAAACCACACTATCTGCTGCGCCATCGCAACCCAc > 1:389856/1‑139 (MQ=255) tGTCCTGCTGACGCCCGGAGACGATCCTCTCAGGGCATTTTTGATATGGGTACTGTCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCCGGGATTGTTATTTAAACCACACTATCTGCTGCGCCATCGCAACCCACgg < 1:507044/139‑1 (MQ=255) gTCCTGCTGACGCCCGGAGACGATCCTCTCAGGGCATTTTTGATATGGGTACTGTCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCCGGGATTGTTATTTAAACCACACTATCTGCTGCGCCATCGCAACCCACGGt > 1:141499/1‑139 (MQ=255) ccTGCTGACGCCCGGAGACGATCCTCTCAGGGCATTTTTGATATGGGTACTGTCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCCGGGATTGTTATTTAAACCACACTATCTGCTGCGCCATCGCAACCCACGGTTg > 1:1047608/1‑139 (MQ=255) ccTGCTGACGCCCGGAGACGATCCTCTCAGGGCATTTTTGAAATGGGTACTGTCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCCGGGATTGTTATTTAAACCACACTATCTGCTGCGCCATCGCAACCCACGGTTg > 2:62807/1‑139 (MQ=255) gCCCGGAGACGATCCTCTCAGGGCATTTTTGATATGGGTACTGTCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCCGGGATTGTTATTTAAACCACACTATCTGCTGCGCCATCGCAACCCACGGTTGCTTTTTGAg > 2:154481/1‑139 (MQ=255) cGATCCTCTCAGGGCATTTTTGATATGGGTACTGTCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCCGGGATTGTTATTTAAACCACACTATCTGCTGCGCCATCGCAACCCACGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTc < 2:457120/139‑1 (MQ=255) gATCCTCTCAGGGCATTTTTGATATGGGTACTGTCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCCGGGATTGTTATTTAAACCACACTATCTGCTGCGCCATCGCAACCCACGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCa > 2:550509/1‑139 (MQ=255) gATCCTCTCAGGGCATTTTTGATATGGGTACTGTCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCCGGGATTGTTATTTAAACCACACTATCTGCTGCGCCATCGCAACCCACGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCa < 2:1047608/139‑1 (MQ=255) tCCTCTCAGGGCATTTTTGATATGGGTACTGTCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCCGGGATTGTTATTTAAACCACACTATCTGCTGCGCCATCGCAACCCACGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACg < 2:141499/139‑1 (MQ=255) ctcAGGGCATTTTTGATATGGGTACTGTCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCCGGGATTGTTATTTAAACCACACTATCTGCTGCGCCATCGCAACCCACGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAg < 2:359567/139‑1 (MQ=255) ctcAGGGCATTTTTGATATGGGTACTGTCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCCGGGATTGTTATTTAAACCACACTATCTGCTGCGCCATCGCAACCCACGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAg > 2:213929/1‑139 (MQ=255) cAGGGCATTTTTGATATGGGTACTGTCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCCGGGATTGTTATTTAAACCACACTATCTGCTGCGCCATCGCAACCCACGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGcc > 2:788244/1‑139 (MQ=255) aTTTTTGATATGGGTACTGTCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCCGGGATTGTTATTTAAACCACACTATCTGCTGCGCCATCGCAACCCACGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATcaca > 2:505930/1‑139 (MQ=255) aTTTTTGATATGGGTACTGTCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCCGGGATTGTTATTTAAACCACACTATCTGCTGCGCCATCGCAACCCACGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATcaca > 2:48365/1‑139 (MQ=255) ttttGATATGGGTACTGTCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCCGGGATTGTTATTTAAACCACACTATCTGCTGCGCCATCGCAACCCACGGTTGCTTTTTGAGTCACTGCTCACGTTAGCCATca < 1:411665/135‑1 (MQ=255) ttttGATATGGGTACTGTCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCCGGGATTGTTATTTAAACCACACTATCTGCTGCGCCATCGCAACCCACGGTTGCTTTTTGAGTCACTGCTCACGTTAGCCATca > 2:411665/1‑135 (MQ=255) tttGATATGGGTACTGTCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCCGGGATTGTTATGTAAACCACACTATCTGCTGCGCCATCGCAACCCACGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACACTg > 2:664324/1‑139 (MQ=255) atatGGGTACTGTCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCCGGGATTg < 2:94684/54‑1 (MQ=255) atatGGGTACTGTCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCCGGGATTg > 1:94684/1‑54 (MQ=255) atatGGGTACTGTCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCCGGGATTGTTATTTAAACCACACTATCTGCTGCGCCATCGCAACCCACGGt > 2:945491/1‑97 (MQ=255) atatGGGTACTGTCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCCGGGATTGTTATTTAAACCACACTATCTGCTGCGCCATCGCAACCCACGGt < 1:945491/97‑1 (MQ=255) atatGGGTACTGTCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCCGGGATTGTTATTTAAACCACACTATCTGCTGCGCCATCGCAACCCACGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACACTGACGt > 2:269409/1‑139 (MQ=255) tGGGTACTGTCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCCGGGATTGTTATTTAAACCACACTATCTGCTGCGCCATCGCAACCCACGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACACTGACGTTaa > 2:472121/1‑139 (MQ=255) ggTACTGTCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCCGGGATTg < 2:94601/49‑1 (MQ=255) ggTACTGTCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCCGGGATTg > 1:94601/1‑49 (MQ=255) ggTACTGTCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCCGGGATTGTTATTTAAACCACACTATCTGCTGCGCCATCGCAACCCACGGTTGCTTTT‑‑AGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACACTGACGTTAAGCTg < 2:826350/139‑1 (MQ=255) tACTGTCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCCGGGATTGTTATTTAAACCACACTATCTGCTGCGCCATCGCAACCCACGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACACTGACGTTAAGCTg < 2:805608/139‑1 (MQ=255) tccgAATCCATCGTCGCTCTGGCACTGGTGCCGCCGGGATTGTTATTTAAACCCCACTAACCGCTGCGCCATCGCAACCCACGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACACTGACGTTAAGCTGGCttt < 1:423590/136‑1 (MQ=255) tCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCCGGGGTTGTTATTTaa > 1:24482/1‑50 (MQ=39) tCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCCGGGATTGTTATTTaa < 2:24482/50‑1 (MQ=255) tCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCCGGGATTGTTATTTAAACCACACTATCTGCTGCGCCATCGCAACCCACGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACACTGACGTTAAGCTGGCTTTCGATGc < 2:588385/139‑1 (MQ=255) cATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCCGGGATTGTTATTTAAACCACACTATCTGCTGCGCCATCGCAACCCACGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACACTGACGTTAAGCTGGCTTTCGATGCTg > 2:164868/1‑139 (MQ=255) tCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCCGGGATTGTTATTTAAAcc < 1:845236/43‑1 (MQ=255) tCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCCGGGATTGTTATTTAAAcc > 2:845236/1‑43 (MQ=255) tCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCCGGGATTGTTATTTAAACCACACTATCTGCTGCGCCATCGCAACCCACGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCAt > 1:262569/1‑106 (MQ=255) tCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCCGGGATTGTTATTTAAACCACACTATCTGCTGCGCCATCGCAACCCACGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCAt < 2:262569/106‑1 (MQ=255) tCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCCGGGATTGTTATTTAAACCACACTATCTGCTGCGCCATCGCAACCCACGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACACTGACGTTAAGCTGGCTTTCGATg > 2:273611/1‑134 (MQ=255) tCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCCGGGATTGTTATTTAAACCACACTATCTGCTGCGCCATCGCAACCCACGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACACTGACGTTAAGCTGGCTTTCGATg < 1:273611/134‑1 (MQ=255) tCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCCGGGATTGTTATTTAAACCACACTATCTGCTGCGCCATCGCAACCCACGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACACTGACGTTAAGCTGGCTTTCGATGCTGTa > 2:1005165/1‑139 (MQ=255) cGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCCGGGATTGTTATTTAAACCACACTATCTGCTGCGCCATCGCAACCCACGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACACTGACGTTAAGCTGGCTTTCGATGCTGTAt < 1:505930/139‑1 (MQ=255) cGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCCGGGATTGTTATTTAAACCACACTATCTGCTGCGCCATCGCAACCCACGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACACTGACGTTAAGCTGGCTTTCGATGCTGTAt < 1:269409/139‑1 (MQ=255) cgcTCTGGCACTGGTGCCGCCGGGATTGTTATTTAAACCACACTATCTGCTGCGCCATCGCAACCCACGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACACTGACGTTAAGCTGGCTTTCGATGCTGTATCTg > 1:933206/1‑139 (MQ=255) tctGGCACTGGTGCCGCCGGGATTGTTATTTAAACCACACTATCTGCTGCGCCATCGCAACCCACGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACACTGACGTTAAGCTGGCTTTCGATGCTGTATCTGCCg < 2:1054268/139‑1 (MQ=255) tctGGCACTGGTGCCGCCGGGATTGTTATTTAAACCACACTATCTGCTGCGCCATCGCAACCCACGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACACTGACGTTAAGCTGGCTTTCGATGCTGTATCTGCCg < 1:213929/139‑1 (MQ=255) ctGGCACTGGTGCCGCCGGGATTGTTATTTAAACCACACTATCTGCTGCGCCATCGCAACCCACGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACACTGACGTTAAGCTGGCTTTCGATGCTGTATCTGCCGt < 1:525008/139‑1 (MQ=255) ctGGCACTGGTGCCGCCGGGATTGTTATTTAAACCACACTATCTGCTGCGCCATCGCAACCCACGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACACTGACGTTAAGCTGGCTTTCGATGCTGTATCTGCCGt < 1:989450/139‑1 (MQ=255) gTGCCGCCGGGATTGTTATTTAAACCACACTATCTGCTGCGCCATCGCAACCCACGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGtt < 2:93131/83‑1 (MQ=255) gTGCCGCCGGGATTGTTATTTAAACCACACTATCTGCTGCGCCATCGCAACCCACGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGtt > 1:93131/1‑83 (MQ=255) gTGCCGCCGGGATTGTTATTTAAACCACACTATCTGCTGCGCCATCGCAACCCACGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTa > 2:875564/1‑84 (MQ=255) gTGCCGCCGGGATTGTTATTTAAACCACACTATCTGCTGCGCCATCGCAACCCACGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTa < 1:875564/84‑1 (MQ=255) tGCCGCCGGGATTGTTATTTAAACCACATTATCTGCTGCGCCATCGCAACCCACGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACACTGACGTTAAGCTGGCTTTCGATGCTGTATCTGCCGTGACCTTTTAc < 2:671969/139‑1 (MQ=255) tGCCGCCGGGATTGTTATTTAAACCACACTATCTGCTGCGCCATCGCAACCCACGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACACTGACGTTAAGCTGGCTTTCGATGCTGTATCTGCCGTGGCCTTTTAc < 1:550509/139‑1 (MQ=255) cGCCGGGATTGTTATTTAAACCACACTATCTGCTGCGCCATCGCAACCCACGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACACTGACGTTAAGCTGGCTTTCGATGCTGTATCTGCCGTGGCCTTTTACttt < 1:1072576/139‑1 (MQ=255) cGCCGGGATTGTTATTTAAACCACACTATCTGCTGCGCCATCGCAACCCACGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACACTGACGTTAAGCTGGCTATCGATGCTGTATCTGCCGTGGCCTTTTAtttt < 1:664324/139‑1 (MQ=255) | ACTCGGCAGCGCCATTGTTCCGCCTCTGTTGGGGGGTGTTCTGGTTGTCCTGCTGACGCCCGGAGACGATCCTCTCAGGGCATTTTTGATATGGGTACTGTCAGAATCCATCGGCGCTCTGGCACTGGTGCCGCTGGGATTGTTATTTAAACCACACTATCTGCTGCGCCATCGCAACCCACGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACACTGACGTTAAGCTGGCTTTCGATGCTGTATCTGCCGTGGCCTTTTACTTT > NC_000913/2143649‑2143918 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |